ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55110

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.014, 0.037, 0.059, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.014, 0.037, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.025, 0.078, 0.131, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.078 std_dev=0.053
O4 A 0, 0.020, 0.082, 0.143, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.082 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.063, 0.267, 0.471, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.267 std_dev=0.204
O4' A 0, 0.059, 0.320, 0.580, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.320 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.070, 0.338, 0.607, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.338 std_dev=0.269
C1' B 0, 0.205, 0.563, 0.922, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.563 std_dev=0.358
C2' B 0, 0.230, 0.600, 0.970, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.600 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.181, 0.647, 1.113, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.647 std_dev=0.466
C3' A 0, 0.246, 0.723, 1.201, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.723 std_dev=0.477
C4' A 0, 0.127, 0.622, 1.118, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.622 std_dev=0.495
O2' B 0, 0.356, 0.899, 1.442, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.899 std_dev=0.543
O4' B 0, 0.338, 0.905, 1.472, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.905 std_dev=0.567
C3' B 0, 0.319, 0.909, 1.499, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.909 std_dev=0.590
C4' B 0, 0.376, 0.984, 1.592, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.984 std_dev=0.608
C6 B 0, 0.282, 0.969, 1.656, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.969 std_dev=0.687
C2 B 0, 0.084, 0.799, 1.513, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.799 std_dev=0.715
C5' A 0, 0.091, 0.846, 1.602, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.846 std_dev=0.755
O3' B 0, 0.319, 1.080, 1.840, 1.998 max_d=1.998 avg_d=1.080 std_dev=0.760
O2 B 0, 0.121, 0.901, 1.681, 2.105 max_d=2.105 avg_d=0.901 std_dev=0.780
O3' A 0, 0.489, 1.332, 2.176, 2.341 max_d=2.341 avg_d=1.332 std_dev=0.844
C5' B 0, 0.472, 1.361, 2.249, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.361 std_dev=0.888
O5' A 0, 0.329, 1.227, 2.125, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.227 std_dev=0.898
C5 B 0, 0.294, 1.299, 2.303, 2.820 max_d=2.820 avg_d=1.299 std_dev=1.004
N3 B 0, 0.126, 1.159, 2.192, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.159 std_dev=1.033
O5' B 0, 0.350, 1.395, 2.440, 2.690 max_d=2.690 avg_d=1.395 std_dev=1.045
P A 0, 0.676, 1.799, 2.922, 3.057 max_d=3.057 avg_d=1.799 std_dev=1.123
C4 B 0, 0.225, 1.389, 2.552, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.389 std_dev=1.164
P B 0, 0.265, 1.489, 2.713, 3.347 max_d=3.347 avg_d=1.489 std_dev=1.224
OP2 B 0, 0.234, 1.603, 2.972, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.603 std_dev=1.369
OP1 B 0, 0.545, 1.965, 3.385, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.965 std_dev=1.420
O4 B 0, 0.279, 1.750, 3.221, 4.079 max_d=4.079 avg_d=1.750 std_dev=1.471
OP2 A 0, 1.020, 2.516, 4.011, 3.937 max_d=3.937 avg_d=2.516 std_dev=1.496
OP1 A 0, 1.122, 2.759, 4.397, 4.295 max_d=4.295 avg_d=2.759 std_dev=1.637

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.17 0.52 0.23
C2 0.01 0.00 0.10 0.19 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.21 0.01 0.03 0.36 0.15 0.52 0.18
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.03 0.08 0.17 0.00 0.02 0.07 0.01 0.27 0.11 0.41 0.08
C3' 0.03 0.19 0.01 0.00 0.20 0.01 0.19 0.02 0.17 0.12 0.20 0.22 0.02 0.00 0.21 0.02 0.37 0.28 0.33 0.12
C4 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.27 0.00 0.02 0.56 0.38 0.65 0.38
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.09 0.09 0.06 0.04 0.11 0.01 0.03 0.08 0.47 0.18
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.26 0.00 0.03 0.59 0.42 0.65 0.41
C5' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.19 0.01 0.20 0.00 0.16 0.11 0.16 0.12 0.06 0.07 0.20 0.01 0.00 0.23 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.21 0.01 0.03 0.51 0.28 0.56 0.28
N1 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.00 0.35 0.14 0.52 0.18
N3 0.01 0.00 0.08 0.20 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.26 0.01 0.02 0.46 0.26 0.58 0.28
O2 0.04 0.00 0.17 0.22 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.25 0.02 0.06 0.27 0.12 0.49 0.14
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.03 0.04 0.11 0.00 0.08 0.03 0.06 0.15 0.27 0.41 0.21
O3' 0.02 0.21 0.02 0.00 0.27 0.04 0.26 0.07 0.21 0.13 0.26 0.25 0.08 0.00 0.31 0.03 0.31 0.40 0.24 0.15
O4 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.31 0.00 0.02 0.60 0.46 0.70 0.44
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.07 0.26 0.60 0.35
O5' 0.14 0.36 0.27 0.37 0.56 0.03 0.59 0.00 0.51 0.35 0.46 0.27 0.15 0.31 0.60 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.17 0.15 0.11 0.28 0.38 0.08 0.42 0.23 0.28 0.14 0.26 0.12 0.27 0.40 0.46 0.26 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.52 0.52 0.41 0.33 0.65 0.47 0.65 0.42 0.56 0.52 0.58 0.49 0.41 0.24 0.70 0.60 0.01 0.03 0.00 0.00
P 0.23 0.18 0.08 0.12 0.38 0.18 0.41 0.01 0.28 0.18 0.28 0.14 0.21 0.15 0.44 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.42 0.19 0.29 0.49 0.24 0.43 0.32 0.36 0.33 0.49 0.41 0.28 0.35 0.50 0.23 0.35 0.37 0.48 0.37
C2 0.18 0.33 0.13 0.18 0.69 0.22 0.71 0.35 0.57 0.38 0.52 0.11 0.29 0.18 0.72 0.29 0.46 0.46 0.66 0.52
C2' 0.20 0.39 0.18 0.25 0.48 0.20 0.42 0.29 0.35 0.31 0.47 0.37 0.23 0.23 0.50 0.22 0.36 0.37 0.50 0.37
C3' 0.31 0.36 0.30 0.30 0.34 0.26 0.32 0.32 0.30 0.32 0.35 0.41 0.25 0.12 0.33 0.31 0.31 0.30 0.37 0.29
C4 0.15 0.15 0.06 0.17 0.29 0.33 0.56 0.49 0.51 0.20 0.16 0.44 0.18 0.10 0.26 0.41 0.64 0.66 0.85 0.73
C4' 0.33 0.43 0.33 0.25 0.27 0.18 0.20 0.21 0.20 0.31 0.37 0.58 0.35 0.15 0.25 0.25 0.19 0.31 0.26 0.19
C5 0.16 0.21 0.08 0.20 0.18 0.36 0.27 0.51 0.31 0.12 0.29 0.37 0.13 0.12 0.26 0.41 0.61 0.60 0.74 0.65
C5' 0.46 0.34 0.50 0.35 0.07 0.34 0.12 0.25 0.14 0.29 0.17 0.54 0.64 0.26 0.14 0.40 0.13 0.29 0.10 0.06
C6 0.19 0.07 0.14 0.22 0.18 0.31 0.28 0.43 0.29 0.20 0.11 0.10 0.17 0.09 0.17 0.35 0.48 0.46 0.59 0.50
N1 0.20 0.28 0.16 0.23 0.45 0.24 0.47 0.35 0.42 0.31 0.36 0.15 0.26 0.20 0.43 0.29 0.41 0.41 0.57 0.45
N3 0.16 0.15 0.08 0.15 0.64 0.26 0.75 0.41 0.61 0.33 0.33 0.24 0.25 0.09 0.65 0.35 0.56 0.57 0.79 0.64
O2 0.18 0.47 0.14 0.19 0.88 0.18 0.81 0.30 0.62 0.44 0.73 0.25 0.34 0.23 0.97 0.25 0.42 0.42 0.64 0.49
O2' 0.17 0.49 0.18 0.28 0.62 0.23 0.49 0.28 0.37 0.34 0.63 0.50 0.29 0.36 0.68 0.19 0.29 0.32 0.45 0.31
O3' 0.33 0.40 0.32 0.31 0.38 0.27 0.35 0.33 0.32 0.34 0.40 0.49 0.26 0.14 0.38 0.32 0.29 0.25 0.31 0.24
O4 0.13 0.29 0.03 0.19 0.22 0.37 0.59 0.55 0.53 0.14 0.34 0.60 0.16 0.15 0.26 0.44 0.71 0.78 0.98 0.85
O4' 0.28 0.45 0.26 0.29 0.35 0.20 0.28 0.28 0.26 0.33 0.43 0.57 0.22 0.36 0.34 0.22 0.30 0.38 0.39 0.32
O5' 0.26 0.33 0.31 0.15 0.32 0.06 0.34 0.13 0.30 0.28 0.31 0.42 0.28 0.04 0.35 0.14 0.18 0.46 0.28 0.25
OP1 0.21 0.39 0.09 0.20 0.84 0.30 0.94 0.51 0.77 0.47 0.60 0.18 0.17 0.01 0.96 0.29 0.55 0.87 0.77 0.72
OP2 0.18 0.55 0.20 0.11 0.84 0.24 0.77 0.37 0.60 0.47 0.74 0.43 0.09 0.01 0.95 0.17 0.37 0.42 0.41 0.38
P 0.05 0.25 0.08 0.04 0.56 0.09 0.59 0.16 0.47 0.28 0.40 0.10 0.10 0.01 0.65 0.05 0.20 0.44 0.35 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.15 0.09 0.12 0.10
C2 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.09 0.01 0.01 0.41 0.35 0.44 0.33
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.03 0.06 0.10 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.14 0.09 0.05
C3' 0.03 0.12 0.00 0.00 0.25 0.01 0.29 0.03 0.26 0.15 0.18 0.08 0.01 0.01 0.28 0.03 0.19 0.25 0.13 0.13
C4 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.18 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.29 0.00 0.03 0.68 0.71 0.83 0.67
C4' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.18 0.00 0.22 0.00 0.19 0.09 0.11 0.04 0.12 0.06 0.20 0.00 0.01 0.05 0.12 0.08
C5 0.01 0.00 0.08 0.29 0.00 0.22 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.34 0.01 0.04 0.72 0.72 0.80 0.69
C5' 0.03 0.16 0.01 0.03 0.36 0.00 0.40 0.00 0.33 0.18 0.26 0.06 0.11 0.13 0.40 0.02 0.01 0.19 0.14 0.03
C6 0.02 0.00 0.07 0.26 0.01 0.19 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.27 0.01 0.04 0.60 0.51 0.51 0.48
N1 0.01 0.00 0.03 0.15 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.01 0.40 0.31 0.34 0.28
N3 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.18 0.01 0.02 0.56 0.54 0.66 0.51
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.12 0.02 0.03 0.29 0.23 0.35 0.23
O2' 0.03 0.19 0.01 0.01 0.15 0.12 0.09 0.11 0.05 0.08 0.20 0.27 0.00 0.10 0.17 0.09 0.15 0.15 0.06 0.04
O3' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.29 0.06 0.34 0.13 0.27 0.12 0.18 0.12 0.10 0.00 0.34 0.04 0.19 0.33 0.20 0.19
O4 0.02 0.01 0.08 0.28 0.00 0.20 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.34 0.00 0.04 0.74 0.83 0.96 0.78
O4' 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.09 0.04 0.04 0.00 0.05 0.10 0.17 0.15
O5' 0.15 0.41 0.16 0.19 0.68 0.01 0.72 0.01 0.60 0.40 0.56 0.29 0.15 0.19 0.74 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.35 0.14 0.25 0.71 0.05 0.72 0.19 0.51 0.31 0.54 0.23 0.15 0.33 0.83 0.10 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.12 0.44 0.09 0.13 0.83 0.12 0.80 0.14 0.51 0.34 0.66 0.35 0.06 0.20 0.96 0.17 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.10 0.33 0.05 0.13 0.67 0.08 0.69 0.03 0.48 0.28 0.51 0.23 0.04 0.19 0.78 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00