ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55111

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.012, 0.033, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.010, 0.033, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.014, 0.038, 0.061, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.013, 0.038, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.014, 0.043, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.043 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.042 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.015, 0.054, 0.094, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.054 std_dev=0.039
O2 A 0, 0.031, 0.079, 0.126, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.079 std_dev=0.047
O4 A 0, 0.041, 0.098, 0.156, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.098 std_dev=0.057
C4' A 0, 0.043, 0.111, 0.180, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.111 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.037, 0.110, 0.184, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.110 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.033, 0.107, 0.180, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.107 std_dev=0.074
P A 0, 0.057, 0.136, 0.214, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.136 std_dev=0.079
C5 B 0, 0.062, 0.148, 0.235, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.148 std_dev=0.086
C3' B 0, 0.042, 0.131, 0.219, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.131 std_dev=0.089
C4 B 0, 0.046, 0.136, 0.226, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.136 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.055, 0.146, 0.237, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.146 std_dev=0.091
C4' B 0, 0.049, 0.154, 0.260, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.154 std_dev=0.105
C1' B 0, 0.061, 0.170, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.170 std_dev=0.109
C6 B 0, 0.076, 0.186, 0.295, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.186 std_dev=0.109
N1 B 0, 0.074, 0.186, 0.299, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.186 std_dev=0.113
C2' B 0, 0.030, 0.144, 0.259, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.144 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.051, 0.177, 0.302, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.177 std_dev=0.126
O4 B 0, 0.049, 0.177, 0.305, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.177 std_dev=0.128
C5' B 0, 0.080, 0.218, 0.356, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.218 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.057, 0.196, 0.334, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.196 std_dev=0.138
OP1 A 0, 0.059, 0.200, 0.341, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.200 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.076, 0.217, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.217 std_dev=0.141
O4' B 0, 0.076, 0.218, 0.360, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.218 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.045, 0.211, 0.376, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.211 std_dev=0.165
O2 B 0, 0.081, 0.252, 0.422, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.252 std_dev=0.171
O3' B 0, 0.038, 0.214, 0.391, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.214 std_dev=0.176
P B 0, 0.131, 0.313, 0.495, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.313 std_dev=0.182
O2' B 0, 0.099, 0.301, 0.503, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.301 std_dev=0.202
O5' B 0, 0.139, 0.358, 0.577, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.358 std_dev=0.219
OP2 B 0, 0.160, 0.394, 0.627, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.394 std_dev=0.234
OP1 B 0, 0.182, 0.433, 0.683, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.433 std_dev=0.250
OP2 A 0, 0.152, 0.406, 0.659, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.406 std_dev=0.253
O5' A 0, 0.161, 0.428, 0.695, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.428 std_dev=0.267

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.11 0.03 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.14 0.07 0.03 0.03
C2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.08 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.10 0.04 0.09 0.04
C3' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.02 0.08 0.08 0.15 0.06
C4 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.15 0.07 0.06 0.04
C4' 0.05 0.03 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.07 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01
C5 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.06 0.15 0.07 0.06 0.04
C5' 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.10 0.11 0.09 0.08 0.08 0.13 0.07 0.06 0.02 0.06 0.11 0.04
C6 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.17 0.05 0.04 0.05
N1 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.16 0.05 0.05 0.05
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01 0.15 0.06 0.05 0.04
O2 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.14 0.07 0.04 0.04
O2' 0.04 0.07 0.01 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.04 0.07 0.08 0.00 0.02 0.06 0.03 0.08 0.05 0.10 0.05
O3' 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.09 0.02 0.13 0.04 0.03 0.04 0.07 0.02 0.00 0.03 0.04 0.14 0.22 0.25 0.14
O4 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.04 0.14 0.09 0.08 0.02
O4' 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.00 0.06 0.06 0.02 0.02
O5' 0.11 0.14 0.10 0.08 0.15 0.00 0.15 0.02 0.17 0.16 0.15 0.14 0.08 0.14 0.14 0.06 0.00 0.03 0.08 0.01
OP1 0.03 0.07 0.04 0.08 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.22 0.09 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02
OP2 0.04 0.03 0.09 0.15 0.06 0.05 0.06 0.11 0.04 0.05 0.05 0.04 0.10 0.25 0.08 0.02 0.08 0.01 0.00 0.03
P 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.11 0.07 0.04 0.02 0.07 0.11 0.14 0.11
C2 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.13 0.08 0.02 0.02 0.09 0.14 0.12 0.11
C2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.05 0.12 0.08 0.03 0.02 0.06 0.11 0.14 0.11
C3' 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.07 0.09 0.06 0.02 0.03 0.14 0.05 0.05 0.03 0.11 0.16 0.20 0.17
C4 0.08 0.05 0.07 0.04 0.01 0.05 0.07 0.07 0.12 0.09 0.01 0.05 0.16 0.07 0.04 0.06 0.10 0.16 0.10 0.11
C4' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.07 0.07 0.08 0.03 0.06 0.06 0.08 0.16 0.11
C5 0.06 0.02 0.05 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.10 0.07 0.03 0.01 0.15 0.08 0.03 0.06 0.11 0.16 0.13 0.13
C5' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.07 0.04 0.04 0.05 0.11 0.02 0.06 0.03 0.09 0.12 0.21 0.15
C6 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.05 0.03 0.07 0.04 0.14 0.07 0.04 0.02 0.11 0.15 0.16 0.14
N1 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03 0.07 0.04 0.13 0.07 0.03 0.02 0.10 0.14 0.15 0.13
N3 0.06 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07 0.01 0.04 0.16 0.07 0.04 0.05 0.10 0.15 0.10 0.11
O2 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.03 0.12 0.07 0.02 0.02 0.10 0.15 0.13 0.12
O2' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.09 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.11 0.09 0.09 0.08 0.06 0.03 0.07 0.12 0.16 0.12
O3' 0.07 0.03 0.06 0.07 0.03 0.08 0.06 0.12 0.10 0.07 0.03 0.03 0.18 0.03 0.05 0.07 0.14 0.19 0.25 0.20
O4 0.07 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.10 0.08 0.02 0.04 0.13 0.09 0.03 0.05 0.08 0.14 0.08 0.08
O4' 0.05 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06 0.05 0.03 0.02 0.04 0.11 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.07 0.12 0.08
O5' 0.07 0.08 0.08 0.06 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.09 0.08 0.09 0.15 0.05 0.12 0.04 0.11 0.13 0.22 0.16
OP1 0.21 0.24 0.22 0.13 0.20 0.13 0.16 0.06 0.15 0.19 0.24 0.27 0.18 0.05 0.19 0.18 0.08 0.06 0.25 0.12
OP2 0.21 0.22 0.18 0.18 0.18 0.22 0.16 0.16 0.17 0.19 0.21 0.22 0.08 0.16 0.16 0.24 0.16 0.07 0.23 0.14
P 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.07 0.08 0.07 0.02 0.04 0.06 0.08 0.08 0.20 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.08 0.10 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.02 0.10 0.12 0.14 0.10
C3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.04 0.12 0.02 0.05 0.03 0.08 0.12 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.10 0.10 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.07 0.11 0.14 0.09
C5 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.02 0.09 0.09 0.09 0.07
C5' 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.09 0.17 0.10
C6 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.08 0.09 0.08 0.06
N1 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.10 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.01 0.08 0.10 0.08 0.06
O2 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.00 0.07 0.09 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.06 0.12 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.23 0.02 0.04 0.16 0.15 0.23 0.16
O3' 0.04 0.04 0.05 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.23 0.00 0.08 0.05 0.03 0.09 0.10 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.10 0.08 0.12 0.08
O4' 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.04 0.09 0.09 0.05
O5' 0.08 0.06 0.10 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.08 0.08 0.07 0.16 0.03 0.10 0.04 0.00 0.04 0.03 0.02
OP1 0.10 0.08 0.12 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.15 0.09 0.08 0.09 0.04 0.00 0.00 0.02
OP2 0.11 0.07 0.14 0.14 0.10 0.14 0.09 0.17 0.08 0.08 0.08 0.08 0.23 0.10 0.12 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01
P 0.07 0.05 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06 0.16 0.05 0.08 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00