ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55112

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, -0.001, 0.008, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.004, 0.008, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.008 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.017
O4 A 0, -0.008, 0.027, 0.062, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.035
O3' A 0, 0.077, 0.308, 0.539, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.308 std_dev=0.231
C3' A 0, 0.078, 0.312, 0.546, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.312 std_dev=0.234
C2' A 0, 0.104, 0.349, 0.595, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.349 std_dev=0.245
O4' A 0, 0.093, 0.354, 0.615, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.354 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.224, 0.554, 0.884, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.554 std_dev=0.330
C1' B 0, 0.035, 0.391, 0.748, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.391 std_dev=0.357
C3' B 0, 0.180, 0.584, 0.989, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.584 std_dev=0.405
O3' B 0, 0.087, 0.493, 0.898, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.493 std_dev=0.406
O2' B 0, 0.274, 0.688, 1.102, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.688 std_dev=0.414
O4' B 0, 0.162, 0.599, 1.035, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.599 std_dev=0.437
C2 B 0, 0.256, 0.722, 1.188, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.722 std_dev=0.466
O2' A 0, 0.165, 0.633, 1.101, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.633 std_dev=0.468
C4' A 0, -0.041, 0.459, 0.960, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.459 std_dev=0.500
N1 B 0, 0.217, 0.729, 1.242, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.729 std_dev=0.512
C4' B 0, 0.167, 0.712, 1.256, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.712 std_dev=0.544
N3 B 0, 0.203, 0.878, 1.553, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.878 std_dev=0.675
C5' A 0, 0.008, 0.866, 1.723, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.866 std_dev=0.857
C5' B 0, -0.091, 0.779, 1.649, 2.255 max_d=2.255 avg_d=0.779 std_dev=0.870
P A 0, -0.006, 1.025, 2.057, 2.740 max_d=2.740 avg_d=1.025 std_dev=1.031
O5' A 0, -0.030, 1.004, 2.038, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.004 std_dev=1.034
O5' B 0, -0.183, 0.935, 2.054, 2.846 max_d=2.846 avg_d=0.935 std_dev=1.118
O2 B 0, 0.317, 1.440, 2.563, 2.862 max_d=2.862 avg_d=1.440 std_dev=1.123
OP2 B 0, -0.307, 0.971, 2.250, 3.171 max_d=3.171 avg_d=0.971 std_dev=1.278
OP1 A 0, -0.052, 1.306, 2.665, 3.585 max_d=3.585 avg_d=1.306 std_dev=1.358
C4 B 0, 0.249, 1.618, 2.987, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.618 std_dev=1.369
P B 0, -0.431, 1.014, 2.460, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.014 std_dev=1.446
C6 B 0, 0.218, 1.694, 3.171, 3.546 max_d=3.546 avg_d=1.694 std_dev=1.477
OP2 A 0, -0.163, 1.423, 3.010, 4.114 max_d=4.114 avg_d=1.423 std_dev=1.587
O4 B 0, 0.245, 1.966, 3.686, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.966 std_dev=1.720
OP1 B 0, -0.658, 1.251, 3.160, 4.553 max_d=4.553 avg_d=1.251 std_dev=1.909
C5 B 0, 0.246, 2.159, 4.072, 4.372 max_d=4.372 avg_d=2.159 std_dev=1.913

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.00 0.28 0.07 0.26 0.12
C2 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.16 0.03 0.02 0.60 0.36 0.81 0.47
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.02 0.07 0.12 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.21 0.16
C3' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.09 0.03 0.04 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.13 0.06 0.29 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.13 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.09 0.01 0.05 0.88 0.68 1.33 0.81
C4' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.18 0.07 0.06 0.07 0.00 0.01 0.14 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.10 0.00 0.20 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.04 0.00 0.09 0.92 0.68 1.32 0.83
C5' 0.07 0.21 0.06 0.02 0.40 0.01 0.46 0.00 0.40 0.24 0.30 0.11 0.05 0.02 0.43 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.18 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.04 0.00 0.09 0.80 0.48 0.95 0.63
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.59 0.31 0.68 0.41
N3 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.06 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.15 0.02 0.02 0.76 0.54 1.10 0.66
O2 0.01 0.00 0.12 0.05 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.23 0.04 0.06 0.46 0.26 0.65 0.36
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.10 0.00 0.14 0.05 0.13 0.05 0.04 0.15 0.00 0.00 0.11 0.00 0.02 0.07 0.29 0.20
O3' 0.08 0.16 0.01 0.00 0.09 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.15 0.23 0.00 0.00 0.10 0.03 0.14 0.07 0.27 0.16
O4 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.43 0.00 0.01 0.02 0.04 0.11 0.10 0.00 0.04 0.93 0.78 1.47 0.90
O4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.09 0.03 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.00 0.24 0.06 0.23 0.12
O5' 0.28 0.60 0.04 0.13 0.88 0.02 0.92 0.01 0.80 0.59 0.76 0.46 0.02 0.14 0.93 0.24 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.36 0.04 0.06 0.68 0.04 0.68 0.03 0.48 0.31 0.54 0.26 0.07 0.07 0.78 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.26 0.81 0.21 0.29 1.33 0.04 1.32 0.01 0.95 0.68 1.10 0.65 0.29 0.27 1.47 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.47 0.16 0.19 0.81 0.02 0.83 0.01 0.63 0.41 0.66 0.36 0.20 0.16 0.90 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.38 0.28 0.23 0.42 0.22 0.65 0.29 0.58 0.23 0.34 0.70 0.21 0.22 0.47 0.22 0.58 1.33 0.55 0.76
C2 0.12 0.47 0.20 0.11 0.63 0.10 0.91 0.11 0.78 0.30 0.48 0.85 0.18 0.07 0.72 0.10 0.47 1.63 0.39 0.82
C2' 0.32 0.43 0.46 0.48 0.44 0.49 0.55 0.58 0.50 0.34 0.42 0.60 0.40 0.48 0.47 0.45 0.89 1.44 0.81 1.02
C3' 0.12 0.21 0.34 0.32 0.22 0.30 0.39 0.39 0.35 0.12 0.16 0.43 0.36 0.32 0.25 0.27 0.65 1.06 0.65 0.74
C4 0.07 0.49 0.15 0.12 0.75 0.20 1.05 0.11 0.88 0.33 0.55 0.85 0.26 0.15 0.87 0.05 0.34 1.77 0.31 0.86
C4' 0.07 0.16 0.24 0.12 0.25 0.07 0.47 0.13 0.44 0.12 0.08 0.44 0.30 0.10 0.27 0.14 0.36 0.77 0.44 0.44
C5 0.10 0.47 0.19 0.09 0.69 0.15 0.96 0.03 0.82 0.34 0.52 0.78 0.25 0.15 0.78 0.02 0.48 1.69 0.49 0.92
C5' 0.03 0.10 0.30 0.08 0.16 0.03 0.29 0.08 0.27 0.07 0.05 0.27 0.52 0.04 0.17 0.14 0.22 0.42 0.35 0.25
C6 0.14 0.44 0.25 0.14 0.58 0.10 0.82 0.17 0.72 0.31 0.46 0.74 0.22 0.03 0.65 0.12 0.58 1.52 0.57 0.88
N1 0.14 0.44 0.24 0.16 0.55 0.13 0.80 0.19 0.70 0.29 0.43 0.77 0.19 0.10 0.62 0.15 0.55 1.51 0.51 0.83
N3 0.09 0.49 0.15 0.08 0.71 0.13 1.02 0.03 0.85 0.32 0.53 0.88 0.22 0.06 0.83 0.03 0.38 1.72 0.29 0.82
O2 0.12 0.47 0.20 0.12 0.61 0.11 0.91 0.13 0.77 0.29 0.46 0.87 0.16 0.11 0.70 0.13 0.47 1.61 0.36 0.79
O2' 0.34 0.47 0.46 0.52 0.47 0.57 0.57 0.71 0.51 0.37 0.45 0.64 0.35 0.51 0.51 0.51 1.02 1.65 0.90 1.18
O3' 0.06 0.17 0.22 0.21 0.26 0.22 0.50 0.32 0.44 0.11 0.07 0.46 0.23 0.21 0.29 0.19 0.58 1.06 0.58 0.67
O4 0.05 0.49 0.15 0.19 0.82 0.30 1.13 0.24 0.92 0.33 0.57 0.87 0.30 0.21 0.96 0.12 0.21 1.79 0.17 0.80
O4' 0.11 0.32 0.26 0.16 0.35 0.13 0.61 0.17 0.56 0.18 0.26 0.66 0.22 0.14 0.39 0.16 0.41 1.03 0.48 0.55
O5' 0.08 0.10 0.18 0.04 0.03 0.07 0.08 0.11 0.07 0.04 0.06 0.16 0.41 0.01 0.04 0.22 0.10 0.22 0.16 0.11
OP1 0.29 0.12 0.44 0.11 0.29 0.09 0.43 0.21 0.44 0.28 0.15 0.13 0.83 0.01 0.28 0.24 0.10 0.26 0.25 0.12
OP2 0.18 0.17 0.07 0.22 0.25 0.18 0.36 0.26 0.36 0.20 0.18 0.28 0.19 0.02 0.26 0.32 0.22 0.27 0.19 0.23
P 0.14 0.10 0.16 0.04 0.14 0.08 0.20 0.15 0.20 0.13 0.10 0.15 0.41 0.00 0.14 0.25 0.06 0.07 0.14 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.11 0.48 0.51 0.18
C2 0.04 0.00 0.27 0.13 0.00 0.20 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.39 0.26 0.00 0.36 0.34 0.97 0.52 0.46
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.06 0.02 0.28 0.15 0.34 0.03 0.17 0.52 0.00 0.03 0.05 0.02 0.20 0.17 0.35 0.22
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.26 0.04 0.07 0.28 0.01 0.01 0.10 0.02 0.06 0.15 0.33 0.08
C4 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.09 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.11 0.00 0.01 0.04 0.68 0.81 0.17
C4' 0.01 0.20 0.02 0.00 0.09 0.00 0.26 0.00 0.29 0.04 0.12 0.44 0.07 0.03 0.09 0.00 0.00 0.34 0.36 0.06
C5 0.00 0.00 0.28 0.24 0.00 0.26 0.00 0.48 0.00 0.00 0.01 0.00 0.51 0.15 0.01 0.27 0.21 0.77 1.00 0.35
C5' 0.09 0.25 0.15 0.01 0.29 0.00 0.48 0.00 0.47 0.19 0.22 0.51 0.08 0.13 0.30 0.02 0.00 0.37 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.34 0.26 0.00 0.29 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.57 0.16 0.01 0.35 0.23 0.72 0.95 0.36
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.16 0.01 0.01 0.09 0.60 0.67 0.19
N3 0.03 0.00 0.17 0.07 0.00 0.12 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.21 0.01 0.24 0.27 0.92 0.62 0.39
O2 0.06 0.00 0.52 0.28 0.01 0.44 0.00 0.51 0.01 0.01 0.01 0.00 0.82 0.40 0.01 0.66 0.56 1.30 0.37 0.70
O2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.19 0.07 0.51 0.08 0.57 0.11 0.24 0.82 0.00 0.02 0.18 0.05 0.19 0.27 0.32 0.28
O3' 0.21 0.26 0.03 0.01 0.11 0.03 0.15 0.13 0.16 0.16 0.21 0.40 0.02 0.00 0.10 0.17 0.23 0.26 0.36 0.21
O4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.09 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.10 0.00 0.01 0.04 0.69 0.81 0.16
O4' 0.00 0.36 0.02 0.02 0.01 0.00 0.27 0.02 0.35 0.01 0.24 0.66 0.05 0.17 0.01 0.00 0.14 0.74 0.52 0.29
O5' 0.11 0.34 0.20 0.06 0.04 0.00 0.21 0.00 0.23 0.09 0.27 0.56 0.19 0.23 0.04 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.48 0.97 0.17 0.15 0.68 0.34 0.77 0.37 0.72 0.60 0.92 1.30 0.27 0.26 0.69 0.74 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.51 0.52 0.35 0.33 0.81 0.36 1.00 0.27 0.95 0.67 0.62 0.37 0.32 0.36 0.81 0.52 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.46 0.22 0.08 0.17 0.06 0.35 0.01 0.36 0.19 0.39 0.70 0.28 0.21 0.16 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00