ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55113

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.008, 0.033, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.050, 0.296, 0.541, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.296 std_dev=0.245
O4' A 0, 0.103, 0.369, 0.635, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.369 std_dev=0.266
C4' A 0, 0.176, 0.603, 1.029, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.603 std_dev=0.426
O2' A 0, 0.175, 0.612, 1.049, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.612 std_dev=0.437
C1' B 0, 0.149, 0.609, 1.070, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.609 std_dev=0.461
C2' B 0, 0.172, 0.656, 1.139, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.656 std_dev=0.484
P A 0, 0.178, 0.699, 1.221, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.699 std_dev=0.522
C3' A 0, 0.232, 0.792, 1.351, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.792 std_dev=0.560
O2' B 0, 0.193, 0.806, 1.420, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.806 std_dev=0.614
O5' A 0, 0.258, 0.972, 1.686, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.972 std_dev=0.714
O3' B 0, 0.163, 0.961, 1.760, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.961 std_dev=0.798
C5' A 0, 0.344, 1.175, 2.006, 1.789 max_d=1.789 avg_d=1.175 std_dev=0.831
C3' B 0, 0.342, 1.313, 2.284, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.313 std_dev=0.971
OP2 A 0, 0.175, 1.175, 2.174, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.175 std_dev=1.000
N1 B 0, 0.347, 1.350, 2.352, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.350 std_dev=1.002
OP1 A 0, 0.469, 1.623, 2.777, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.623 std_dev=1.154
O3' A 0, 0.482, 1.663, 2.844, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.663 std_dev=1.181
C2 B 0, 0.562, 1.940, 3.318, 3.070 max_d=3.070 avg_d=1.940 std_dev=1.378
O4' B 0, 0.561, 2.009, 3.457, 3.355 max_d=3.355 avg_d=2.009 std_dev=1.448
O2 B 0, 0.743, 2.561, 4.380, 4.040 max_d=4.040 avg_d=2.561 std_dev=1.818
C4' B 0, 0.713, 2.591, 4.468, 4.392 max_d=4.392 avg_d=2.591 std_dev=1.878
C6 B 0, 0.805, 2.777, 4.750, 4.393 max_d=4.393 avg_d=2.777 std_dev=1.973
N3 B 0, 0.851, 2.940, 5.029, 4.662 max_d=4.662 avg_d=2.940 std_dev=2.089
C4 B 0, 1.033, 3.573, 6.113, 5.678 max_d=5.678 avg_d=3.573 std_dev=2.540
C5 B 0, 1.066, 3.665, 6.263, 5.738 max_d=5.738 avg_d=3.665 std_dev=2.599
C5' B 0, 1.193, 4.223, 7.253, 6.962 max_d=6.962 avg_d=4.223 std_dev=3.030
O4 B 0, 1.329, 4.572, 7.814, 7.167 max_d=7.167 avg_d=4.572 std_dev=3.243
O5' B 0, 1.488, 5.089, 8.691, 7.812 max_d=7.812 avg_d=5.089 std_dev=3.602
P B 0, 2.013, 6.874, 11.735, 10.326 max_d=10.326 avg_d=6.874 std_dev=4.861
OP2 B 0, 2.164, 7.489, 12.813, 11.914 max_d=11.914 avg_d=7.489 std_dev=5.325
OP1 B 0, 2.283, 7.842, 13.402, 12.247 max_d=12.247 avg_d=7.842 std_dev=5.559

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.00 0.24 0.19 0.23 0.17
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.30 0.02 0.03 0.23 0.04 0.40 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.04 0.13 0.00 0.05 0.01 0.04 0.23 0.17 0.11 0.11
C3' 0.05 0.05 0.01 0.00 0.07 0.01 0.13 0.03 0.13 0.05 0.03 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.20 0.13
C4 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.30 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.15 0.01 0.01 0.18 0.18 0.47 0.13
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.13 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.11 0.00 0.04 0.18 0.04 0.06
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.14 0.00 0.34 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.05 0.01 0.02 0.14 0.20 0.41 0.11
C5' 0.05 0.16 0.04 0.03 0.30 0.01 0.34 0.00 0.30 0.18 0.22 0.08 0.05 0.06 0.32 0.02 0.00 0.17 0.01 0.04
C6 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.13 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.05 0.02 0.03 0.16 0.10 0.35 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.17 0.01 0.00 0.21 0.06 0.34 0.14
N3 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.26 0.01 0.03 0.22 0.09 0.46 0.15
O2 0.02 0.01 0.13 0.13 0.03 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.22 0.43 0.03 0.04 0.26 0.08 0.39 0.17
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.16 0.02 0.13 0.05 0.11 0.09 0.17 0.22 0.00 0.06 0.17 0.04 0.21 0.16 0.12 0.11
O3' 0.20 0.30 0.05 0.01 0.15 0.02 0.05 0.06 0.05 0.17 0.26 0.43 0.06 0.00 0.15 0.09 0.28 0.19 0.53 0.35
O4 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.03 0.17 0.15 0.00 0.02 0.17 0.24 0.50 0.14
O4' 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.09 0.02 0.00 0.28 0.31 0.28 0.30
O5' 0.24 0.23 0.23 0.07 0.18 0.04 0.14 0.00 0.16 0.21 0.22 0.26 0.21 0.28 0.17 0.28 0.00 0.01 0.05 0.02
OP1 0.19 0.04 0.17 0.10 0.18 0.18 0.20 0.17 0.10 0.06 0.09 0.08 0.16 0.19 0.24 0.31 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.40 0.11 0.20 0.47 0.04 0.41 0.01 0.35 0.34 0.46 0.39 0.12 0.53 0.50 0.28 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.15 0.11 0.13 0.13 0.06 0.11 0.04 0.11 0.14 0.15 0.17 0.11 0.35 0.14 0.30 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.18 0.27 0.23 0.28 0.41 0.34 0.48 0.34 0.27 0.21 0.09 0.28 0.19 0.30 0.33 0.29 0.93 0.60 0.74
C2 0.38 0.21 0.30 0.28 0.51 0.49 0.62 0.58 0.56 0.38 0.33 0.02 0.31 0.11 0.58 0.46 0.75 1.56 1.14 1.30
C2' 0.38 0.22 0.38 0.31 0.23 0.29 0.32 0.30 0.36 0.33 0.19 0.18 0.43 0.23 0.21 0.30 0.41 0.88 0.78 0.86
C3' 0.38 0.32 0.40 0.32 0.26 0.16 0.27 0.16 0.30 0.34 0.29 0.35 0.44 0.28 0.24 0.24 0.17 0.54 0.48 0.51
C4 0.43 0.19 0.30 0.33 0.66 0.53 0.84 0.73 0.75 0.45 0.37 0.15 0.33 0.06 0.73 0.54 1.14 2.07 1.46 1.68
C4' 0.25 0.33 0.28 0.14 0.23 0.22 0.18 0.44 0.19 0.25 0.31 0.42 0.38 0.11 0.24 0.06 0.18 0.60 0.10 0.25
C5 0.42 0.17 0.31 0.31 0.52 0.48 0.68 0.62 0.64 0.41 0.29 0.13 0.35 0.05 0.56 0.49 1.00 1.76 1.21 1.46
C5' 0.41 0.47 0.40 0.16 0.28 0.13 0.18 0.34 0.20 0.36 0.41 0.60 0.60 0.06 0.26 0.21 0.20 0.49 0.07 0.12
C6 0.35 0.16 0.28 0.25 0.37 0.42 0.48 0.47 0.46 0.32 0.23 0.04 0.31 0.08 0.40 0.39 0.68 1.32 0.91 1.11
N1 0.34 0.17 0.28 0.24 0.38 0.43 0.47 0.49 0.45 0.32 0.26 0.01 0.29 0.12 0.42 0.39 0.58 1.27 0.90 1.06
N3 0.42 0.21 0.31 0.31 0.63 0.53 0.78 0.68 0.69 0.43 0.37 0.09 0.32 0.08 0.71 0.52 1.00 1.91 1.39 1.57
O2 0.38 0.22 0.30 0.27 0.51 0.49 0.60 0.57 0.54 0.37 0.34 0.03 0.31 0.13 0.58 0.45 0.67 1.47 1.11 1.23
O2' 0.42 0.25 0.40 0.33 0.23 0.34 0.34 0.35 0.39 0.36 0.19 0.26 0.50 0.25 0.19 0.35 0.49 1.00 0.96 0.99
O3' 0.42 0.37 0.42 0.38 0.29 0.21 0.29 0.20 0.33 0.37 0.34 0.41 0.43 0.38 0.28 0.29 0.16 0.48 0.49 0.46
O4 0.45 0.19 0.29 0.35 0.78 0.57 1.00 0.84 0.87 0.49 0.42 0.22 0.32 0.07 0.88 0.59 1.33 2.38 1.66 1.89
O4' 0.24 0.17 0.21 0.29 0.21 0.56 0.26 0.70 0.28 0.22 0.20 0.17 0.20 0.36 0.23 0.38 0.29 0.78 0.24 0.44
O5' 0.24 0.12 0.18 0.04 0.06 0.04 0.11 0.24 0.09 0.12 0.03 0.23 0.29 0.03 0.10 0.14 0.13 0.47 0.04 0.17
OP1 0.56 0.46 0.35 0.12 0.13 0.30 0.08 0.44 0.07 0.34 0.31 0.67 0.56 0.02 0.11 0.49 0.30 0.67 0.44 0.35
OP2 0.25 0.46 0.41 0.14 0.65 0.18 0.58 0.08 0.46 0.40 0.59 0.37 0.37 0.01 0.72 0.20 0.37 0.52 0.13 0.37
P 0.21 0.01 0.15 0.02 0.23 0.12 0.24 0.18 0.17 0.08 0.13 0.11 0.21 0.00 0.28 0.22 0.21 0.51 0.05 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.28 0.40 0.32 0.16
C2 0.03 0.00 0.15 0.18 0.00 0.08 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.18 0.00 0.04 0.41 0.56 0.28 0.20
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.11 0.05 0.03 0.14 0.21 0.00 0.07 0.09 0.03 0.46 0.72 0.31 0.51
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.21 0.00 0.17 0.03 0.13 0.11 0.22 0.19 0.02 0.02 0.23 0.01 0.38 0.57 0.19 0.41
C4 0.04 0.00 0.08 0.21 0.00 0.12 0.00 0.20 0.02 0.03 0.00 0.01 0.15 0.22 0.00 0.05 0.52 0.60 0.35 0.21
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.12 0.00 0.10 0.00 0.07 0.05 0.11 0.07 0.17 0.05 0.12 0.01 0.01 0.27 0.35 0.03
C5 0.02 0.02 0.03 0.17 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.18 0.01 0.07 0.54 0.56 0.36 0.22
C5' 0.07 0.15 0.11 0.03 0.20 0.00 0.17 0.00 0.14 0.13 0.19 0.13 0.06 0.13 0.21 0.04 0.01 0.39 0.38 0.07
C6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.15 0.02 0.08 0.51 0.51 0.32 0.19
N1 0.01 0.00 0.03 0.11 0.03 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.11 0.03 0.02 0.42 0.51 0.29 0.19
N3 0.04 0.00 0.14 0.22 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.23 0.00 0.03 0.47 0.60 0.31 0.20
O2 0.03 0.01 0.21 0.19 0.01 0.07 0.03 0.13 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.20 0.01 0.08 0.35 0.54 0.27 0.21
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.15 0.17 0.14 0.06 0.11 0.09 0.14 0.12 0.00 0.10 0.16 0.09 0.24 0.61 0.32 0.39
O3' 0.04 0.18 0.07 0.02 0.22 0.05 0.18 0.13 0.15 0.11 0.23 0.20 0.10 0.00 0.25 0.02 0.25 0.59 0.23 0.41
O4 0.04 0.00 0.09 0.23 0.00 0.12 0.01 0.21 0.02 0.03 0.00 0.01 0.16 0.25 0.00 0.05 0.54 0.62 0.39 0.23
O4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.08 0.02 0.03 0.08 0.09 0.02 0.05 0.00 0.08 0.16 0.44 0.12
O5' 0.28 0.41 0.46 0.38 0.52 0.01 0.54 0.01 0.51 0.42 0.47 0.35 0.24 0.25 0.54 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.40 0.56 0.72 0.57 0.60 0.27 0.56 0.39 0.51 0.51 0.60 0.54 0.61 0.59 0.62 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.28 0.31 0.19 0.35 0.35 0.36 0.38 0.32 0.29 0.31 0.27 0.32 0.23 0.39 0.44 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.20 0.51 0.41 0.21 0.03 0.22 0.07 0.19 0.19 0.20 0.21 0.39 0.41 0.23 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00