ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55114

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.016, 0.078, 0.139, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.078 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.018, 0.122, 0.226, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.122 std_dev=0.104
O4' A 0, -0.001, 0.155, 0.311, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.155 std_dev=0.156
O2' B 0, 0.072, 0.363, 0.654, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.363 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.100, 0.400, 0.701, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.400 std_dev=0.300
C5' A 0, 0.147, 0.503, 0.859, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.503 std_dev=0.356
C4' A 0, 0.104, 0.463, 0.822, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.463 std_dev=0.359
C3' B 0, -0.009, 0.530, 1.070, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.530 std_dev=0.539
O2' A 0, -0.077, 0.493, 1.064, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.493 std_dev=0.571
C3' A 0, -0.001, 0.753, 1.507, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.753 std_dev=0.754
O5' A 0, 0.049, 0.817, 1.585, 1.846 max_d=1.846 avg_d=0.817 std_dev=0.768
O3' B 0, -0.083, 0.791, 1.666, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.791 std_dev=0.875
C1' B 0, 0.093, 1.116, 2.140, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.116 std_dev=1.024
C6 B 0, 0.270, 1.313, 2.357, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.313 std_dev=1.044
C4' B 0, 0.055, 1.149, 2.243, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.149 std_dev=1.094
O4' B 0, 0.105, 1.237, 2.369, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.237 std_dev=1.132
P A 0, -0.104, 1.082, 2.267, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.082 std_dev=1.185
N1 B 0, 0.127, 1.599, 3.071, 3.554 max_d=3.554 avg_d=1.599 std_dev=1.472
O3' A 0, -0.050, 1.443, 2.936, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.443 std_dev=1.493
OP1 A 0, -0.098, 1.430, 2.958, 3.548 max_d=3.548 avg_d=1.430 std_dev=1.528
C5 B 0, 0.306, 1.884, 3.461, 3.861 max_d=3.861 avg_d=1.884 std_dev=1.578
C5' B 0, 0.175, 1.870, 3.566, 4.106 max_d=4.106 avg_d=1.870 std_dev=1.696
OP2 A 0, -0.236, 1.533, 3.301, 4.011 max_d=4.011 avg_d=1.533 std_dev=1.769
O5' B 0, 0.868, 3.025, 5.182, 4.877 max_d=4.877 avg_d=3.025 std_dev=2.157
C2 B 0, -0.016, 2.469, 4.953, 5.869 max_d=5.869 avg_d=2.469 std_dev=2.485
C4 B 0, 0.184, 2.816, 5.447, 6.331 max_d=6.331 avg_d=2.816 std_dev=2.632
O2 B 0, -0.185, 2.766, 5.718, 6.856 max_d=6.856 avg_d=2.766 std_dev=2.951
N3 B 0, 0.028, 3.025, 6.022, 7.109 max_d=7.109 avg_d=3.025 std_dev=2.997
P B 0, 1.192, 4.285, 7.378, 7.188 max_d=7.188 avg_d=4.285 std_dev=3.093
OP2 B 0, 1.312, 4.542, 7.772, 7.235 max_d=7.235 avg_d=4.542 std_dev=3.230
O4 B 0, 0.204, 3.438, 6.673, 7.770 max_d=7.770 avg_d=3.438 std_dev=3.234
OP1 B 0, 1.426, 5.423, 9.420, 9.515 max_d=9.515 avg_d=5.423 std_dev=3.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.33 0.02 0.01 0.11 0.35 0.31 0.09
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.40 0.01 0.04 0.09 0.67 0.22 0.13
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.17 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.39 0.08 0.71 0.44
C3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.30 0.00 0.42 0.01 0.40 0.17 0.14 0.15 0.02 0.00 0.31 0.02 0.05 0.11 0.15 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.30 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.04 0.00 0.04 0.35 0.89 0.03 0.39
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.14 0.00 0.19 0.00 0.18 0.08 0.07 0.07 0.24 0.01 0.15 0.00 0.01 0.17 0.04 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.42 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.21 0.01 0.01 0.43 0.83 0.10 0.42
C5' 0.06 0.06 0.17 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.18 0.07 0.11 0.06 0.08 0.22 0.22 0.02 0.00 0.02 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.40 0.01 0.18 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.19 0.01 0.01 0.33 0.68 0.01 0.28
N1 0.02 0.00 0.02 0.17 0.01 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.16 0.01 0.02 0.12 0.59 0.19 0.11
N3 0.02 0.00 0.01 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.38 0.27 0.01 0.05 0.21 0.81 0.11 0.26
O2 0.02 0.00 0.04 0.15 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.68 0.01 0.06 0.08 0.60 0.31 0.04
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.35 0.24 0.26 0.08 0.19 0.21 0.38 0.32 0.00 0.09 0.39 0.14 0.30 0.06 0.72 0.39
O3' 0.33 0.40 0.04 0.00 0.04 0.01 0.21 0.22 0.19 0.16 0.27 0.68 0.09 0.00 0.05 0.18 0.24 0.25 0.26 0.24
O4 0.02 0.01 0.02 0.31 0.00 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.39 0.05 0.00 0.05 0.41 0.99 0.10 0.48
O4' 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.14 0.18 0.05 0.00 0.02 0.40 0.07 0.07
O5' 0.11 0.09 0.39 0.05 0.35 0.01 0.43 0.00 0.33 0.12 0.21 0.08 0.30 0.24 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.35 0.67 0.08 0.11 0.89 0.17 0.83 0.02 0.68 0.59 0.81 0.60 0.06 0.25 0.99 0.40 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.22 0.71 0.15 0.03 0.04 0.10 0.18 0.01 0.19 0.11 0.31 0.72 0.26 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.44 0.03 0.39 0.01 0.42 0.01 0.28 0.11 0.26 0.04 0.39 0.24 0.48 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.36 0.06 0.26 0.23 0.56 0.18 0.70 0.21 0.31 0.30 0.48 0.14 0.37 0.22 0.46 0.86 0.73 0.78 0.84
C2 0.55 0.98 0.13 0.14 0.82 0.30 0.58 0.35 0.50 0.68 1.00 1.20 0.06 0.12 0.87 0.37 0.82 1.02 0.96 0.91
C2' 0.14 0.29 0.20 0.28 0.37 0.44 0.29 0.63 0.21 0.20 0.37 0.29 0.28 0.55 0.43 0.21 0.62 0.66 0.51 0.63
C3' 0.65 1.09 0.90 0.31 1.23 0.04 1.07 0.30 0.91 0.91 1.23 1.08 0.98 0.05 1.33 0.34 0.21 0.35 0.04 0.24
C4 0.70 1.58 0.25 0.09 1.40 0.21 0.97 0.43 0.78 1.04 1.67 1.92 0.21 0.21 1.52 0.28 0.84 1.44 1.11 1.06
C4' 0.08 0.50 0.46 0.05 0.75 0.52 0.63 0.82 0.44 0.37 0.69 0.43 0.55 0.23 0.87 0.27 0.76 0.71 0.53 0.74
C5 0.73 1.41 0.25 0.08 1.18 0.19 0.84 0.35 0.70 0.97 1.43 1.73 0.20 0.22 1.25 0.34 0.74 1.14 0.93 0.88
C5' 0.08 0.62 0.42 0.10 0.91 0.58 0.75 0.91 0.53 0.44 0.84 0.52 0.45 0.24 1.05 0.32 0.72 0.78 0.53 0.71
C6 0.62 0.94 0.16 0.11 0.74 0.31 0.53 0.31 0.48 0.68 0.91 1.16 0.07 0.06 0.75 0.42 0.68 0.78 0.79 0.73
N1 0.52 0.76 0.10 0.17 0.59 0.39 0.43 0.44 0.40 0.56 0.74 0.95 0.05 0.18 0.60 0.42 0.78 0.81 0.84 0.80
N3 0.63 1.33 0.19 0.07 1.18 0.19 0.82 0.31 0.66 0.88 1.41 1.61 0.14 0.07 1.28 0.31 0.83 1.29 1.08 1.01
O2 0.50 0.85 0.10 0.17 0.72 0.35 0.51 0.42 0.44 0.60 0.87 1.05 0.05 0.19 0.76 0.37 0.86 1.01 0.98 0.94
O2' 0.22 0.26 0.13 0.33 0.33 0.48 0.26 0.64 0.20 0.20 0.33 0.27 0.13 0.58 0.40 0.29 0.62 0.64 0.50 0.62
O3' 1.04 1.67 1.29 0.61 1.87 0.24 1.64 0.12 1.42 1.41 1.88 1.65 1.27 0.18 2.02 0.65 0.06 0.20 0.34 0.04
O4 0.74 1.88 0.30 0.16 1.74 0.33 1.19 0.64 0.91 1.20 2.05 2.28 0.27 0.32 1.92 0.24 0.94 1.77 1.27 1.26
O4' 0.51 0.33 0.02 0.35 0.14 0.80 0.12 0.97 0.19 0.32 0.21 0.45 0.10 0.38 0.14 0.69 1.07 0.81 0.89 1.00
O5' 0.44 0.91 0.68 0.24 1.13 0.06 1.01 0.31 0.83 0.77 1.08 0.81 0.61 0.00 1.23 0.18 0.13 0.21 0.35 0.14
OP1 0.28 0.08 0.08 0.32 0.28 0.54 0.20 0.79 0.06 0.05 0.22 0.02 0.08 0.01 0.38 0.50 0.43 0.64 0.36 0.47
OP2 0.30 0.80 0.21 0.17 1.18 0.13 1.10 0.19 0.87 0.70 1.03 0.63 0.15 0.02 1.30 0.24 0.85 0.91 1.18 0.96
P 0.08 0.47 0.20 0.01 0.73 0.15 0.67 0.25 0.50 0.39 0.64 0.35 0.10 0.00 0.82 0.05 0.21 0.38 0.43 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.01 0.23 0.12 0.42 0.04
C2 0.02 0.00 0.12 0.21 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.08 0.01 0.08 0.49 0.12 0.64 0.28
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.04 0.11 0.17 0.00 0.00 0.07 0.02 0.28 0.10 0.26 0.12
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.35 0.00 0.35 0.02 0.30 0.21 0.29 0.12 0.02 0.00 0.38 0.01 0.36 0.23 0.23 0.26
C4 0.02 0.01 0.06 0.35 0.00 0.17 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.31 0.00 0.04 0.94 0.65 1.03 0.82
C4' 0.05 0.05 0.01 0.00 0.17 0.00 0.26 0.00 0.25 0.09 0.07 0.15 0.13 0.03 0.19 0.00 0.04 0.08 0.31 0.12
C5 0.02 0.01 0.06 0.35 0.01 0.26 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.35 0.00 0.05 1.13 0.80 1.12 1.01
C5' 0.02 0.12 0.01 0.02 0.39 0.00 0.51 0.00 0.46 0.21 0.23 0.12 0.12 0.04 0.43 0.02 0.01 0.22 0.19 0.02
C6 0.02 0.00 0.08 0.30 0.00 0.25 0.00 0.46 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.27 0.00 0.06 1.00 0.60 0.81 0.79
N1 0.02 0.01 0.04 0.21 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01 0.03 0.58 0.21 0.55 0.34
N3 0.02 0.00 0.11 0.29 0.00 0.07 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.19 0.00 0.07 0.68 0.35 0.80 0.50
O2 0.03 0.00 0.17 0.12 0.00 0.15 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.13 0.38 0.14 0.67 0.23
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.20 0.13 0.21 0.12 0.18 0.12 0.15 0.04 0.00 0.10 0.21 0.13 0.21 0.42 0.11 0.28
O3' 0.09 0.08 0.00 0.00 0.31 0.03 0.35 0.04 0.27 0.12 0.19 0.07 0.10 0.00 0.36 0.04 0.26 0.35 0.23 0.29
O4 0.02 0.01 0.07 0.38 0.00 0.19 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.36 0.00 0.04 1.01 0.76 1.17 0.93
O4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.13 0.13 0.04 0.04 0.00 0.17 0.23 0.59 0.21
O5' 0.23 0.49 0.28 0.36 0.94 0.04 1.13 0.01 1.00 0.58 0.68 0.38 0.21 0.26 1.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.12 0.10 0.23 0.65 0.08 0.80 0.22 0.60 0.21 0.35 0.14 0.42 0.35 0.76 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.64 0.26 0.23 1.03 0.31 1.12 0.19 0.81 0.55 0.80 0.67 0.11 0.23 1.17 0.59 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.28 0.12 0.26 0.82 0.12 1.01 0.02 0.79 0.34 0.50 0.23 0.28 0.29 0.93 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00