ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55115

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.010, 0.050, 0.090, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.050 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.012, 0.061, 0.111, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.061 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.031, 0.108, 0.184, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.108 std_dev=0.076
C4' A 0, -0.010, 0.229, 0.468, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.229 std_dev=0.239
O2' B 0, 0.107, 0.371, 0.635, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.371 std_dev=0.264
C5' A 0, 0.112, 0.473, 0.834, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.473 std_dev=0.361
C2' B 0, 0.100, 0.464, 0.827, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.464 std_dev=0.363
O3' B 0, 0.150, 0.540, 0.930, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.540 std_dev=0.390
O4' B 0, 0.093, 0.500, 0.908, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.500 std_dev=0.407
O5' A 0, 0.125, 0.538, 0.951, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.538 std_dev=0.413
C3' B 0, 0.148, 0.656, 1.164, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.656 std_dev=0.508
P A 0, 0.208, 0.719, 1.229, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.719 std_dev=0.511
C3' A 0, 0.237, 0.846, 1.455, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.846 std_dev=0.609
OP2 A 0, 0.229, 0.864, 1.499, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.864 std_dev=0.635
OP1 A 0, 0.267, 0.938, 1.608, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.938 std_dev=0.671
O2' A 0, 0.282, 0.965, 1.648, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.965 std_dev=0.683
C1' B 0, 0.302, 1.220, 2.138, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.220 std_dev=0.918
C4' B 0, 0.360, 1.296, 2.232, 2.178 max_d=2.178 avg_d=1.296 std_dev=0.936
O3' A 0, 0.542, 1.874, 3.207, 2.982 max_d=2.982 avg_d=1.874 std_dev=1.332
N1 B 0, 0.722, 2.571, 4.419, 4.268 max_d=4.268 avg_d=2.571 std_dev=1.849
C5' B 0, 0.748, 2.629, 4.509, 4.292 max_d=4.292 avg_d=2.629 std_dev=1.881
C6 B 0, 0.986, 3.403, 5.820, 5.385 max_d=5.385 avg_d=3.403 std_dev=2.417
C2 B 0, 1.004, 3.578, 6.152, 5.947 max_d=5.947 avg_d=3.578 std_dev=2.574
O5' B 0, 1.091, 3.782, 6.474, 6.039 max_d=6.039 avg_d=3.782 std_dev=2.691
O2 B 0, 1.050, 3.759, 6.468, 6.280 max_d=6.280 avg_d=3.759 std_dev=2.709
C5 B 0, 1.404, 4.835, 8.266, 7.609 max_d=7.609 avg_d=4.835 std_dev=3.431
N3 B 0, 1.380, 4.839, 8.298, 7.876 max_d=7.876 avg_d=4.839 std_dev=3.459
P B 0, 1.517, 5.240, 8.962, 8.298 max_d=8.298 avg_d=5.240 std_dev=3.722
C4 B 0, 1.585, 5.493, 9.400, 8.763 max_d=8.763 avg_d=5.493 std_dev=3.907
OP2 B 0, 1.795, 6.198, 10.601, 9.813 max_d=9.813 avg_d=6.198 std_dev=4.403
OP1 B 0, 1.820, 6.270, 10.721, 9.875 max_d=9.875 avg_d=6.270 std_dev=4.450
O4 B 0, 1.973, 6.816, 11.660, 10.806 max_d=10.806 avg_d=6.816 std_dev=4.843

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.02 0.00 0.12 0.12 0.16 0.13
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.19 0.01 0.02 0.14 0.23 0.17 0.18
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.15 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.02 0.20 0.11
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.09 0.10 0.04 0.01 0.00 0.18 0.01 0.05 0.14 0.24 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.16 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.13 0.30 0.24 0.22
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.04 0.04 0.02 0.19 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.11 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.20 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.08 0.01 0.03 0.12 0.27 0.24 0.22
C5' 0.07 0.13 0.15 0.01 0.19 0.00 0.20 0.00 0.18 0.13 0.16 0.11 0.04 0.14 0.20 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.18 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.05 0.01 0.03 0.12 0.21 0.19 0.18
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.10 0.01 0.01 0.13 0.19 0.17 0.16
N3 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.11 0.01 0.02 0.14 0.28 0.20 0.21
O2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.32 0.01 0.02 0.14 0.22 0.16 0.16
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.23 0.19 0.18 0.04 0.13 0.13 0.24 0.21 0.00 0.00 0.25 0.14 0.15 0.10 0.23 0.15
O3' 0.21 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.14 0.05 0.10 0.11 0.32 0.00 0.00 0.03 0.16 0.08 0.15 0.33 0.22
O4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.03 0.00 0.02 0.13 0.32 0.27 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.14 0.16 0.02 0.00 0.13 0.10 0.15 0.11
O5' 0.12 0.14 0.10 0.05 0.13 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.14 0.14 0.15 0.08 0.13 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.23 0.02 0.14 0.30 0.10 0.27 0.06 0.21 0.19 0.28 0.22 0.10 0.15 0.32 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.17 0.20 0.24 0.24 0.11 0.24 0.14 0.19 0.17 0.20 0.16 0.23 0.33 0.27 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.11 0.18 0.22 0.05 0.22 0.00 0.18 0.16 0.21 0.16 0.15 0.22 0.24 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.43 0.02 0.08 0.41 0.24 0.28 0.34 0.23 0.31 0.47 0.48 0.12 0.15 0.44 0.04 0.62 0.65 0.54 0.62
C2 0.38 0.84 0.14 0.15 0.99 0.39 0.81 0.57 0.64 0.65 1.00 0.82 0.18 0.19 1.10 0.08 0.98 1.34 1.04 1.15
C2' 0.19 0.26 0.08 0.10 0.31 0.17 0.28 0.14 0.25 0.25 0.30 0.24 0.16 0.13 0.34 0.10 0.40 0.44 0.40 0.40
C3' 0.28 0.32 0.39 0.28 0.37 0.39 0.39 0.32 0.38 0.33 0.34 0.28 0.23 0.32 0.37 0.33 0.50 0.38 0.38 0.43
C4 0.51 1.16 0.25 0.25 1.28 0.51 1.02 0.81 0.82 0.87 1.33 1.16 0.27 0.22 1.39 0.18 1.27 1.79 1.46 1.54
C4' 0.09 0.15 0.19 0.10 0.29 0.15 0.37 0.18 0.31 0.16 0.19 0.18 0.12 0.14 0.31 0.09 0.30 0.21 0.22 0.17
C5 0.50 0.98 0.24 0.26 0.95 0.47 0.74 0.77 0.61 0.73 1.05 1.04 0.28 0.22 1.02 0.17 1.14 1.42 1.18 1.29
C5' 0.21 0.23 0.19 0.16 0.41 0.13 0.50 0.10 0.41 0.23 0.28 0.27 0.29 0.11 0.45 0.18 0.04 0.45 0.34 0.17
C6 0.39 0.72 0.16 0.18 0.67 0.36 0.49 0.58 0.41 0.53 0.76 0.78 0.23 0.20 0.71 0.10 0.88 1.02 0.84 0.95
N1 0.34 0.67 0.11 0.13 0.70 0.33 0.54 0.50 0.44 0.51 0.75 0.70 0.17 0.18 0.76 0.06 0.83 1.02 0.80 0.92
N3 0.45 1.05 0.20 0.20 1.24 0.47 1.02 0.71 0.80 0.80 1.25 1.01 0.22 0.21 1.38 0.13 1.17 1.68 1.32 1.42
O2 0.35 0.79 0.11 0.11 0.99 0.37 0.82 0.52 0.64 0.62 0.97 0.75 0.14 0.17 1.11 0.06 0.94 1.31 0.99 1.11
O2' 0.33 0.43 0.19 0.16 0.52 0.17 0.50 0.14 0.45 0.42 0.49 0.38 0.31 0.16 0.56 0.21 0.35 0.39 0.43 0.35
O3' 0.53 0.64 0.62 0.43 0.76 0.52 0.76 0.43 0.71 0.64 0.70 0.58 0.42 0.38 0.77 0.52 0.56 0.44 0.40 0.49
O4 0.55 1.33 0.29 0.29 1.51 0.56 1.20 0.91 0.94 0.98 1.57 1.33 0.29 0.23 1.66 0.23 1.42 2.12 1.77 1.80
O4' 0.20 0.32 0.07 0.07 0.16 0.17 0.09 0.31 0.07 0.18 0.29 0.44 0.13 0.13 0.17 0.06 0.50 0.35 0.39 0.42
O5' 0.15 0.08 0.06 0.06 0.30 0.06 0.46 0.12 0.37 0.07 0.08 0.28 0.14 0.00 0.35 0.13 0.12 0.44 0.19 0.13
OP1 0.21 0.25 0.02 0.07 0.16 0.08 0.37 0.43 0.32 0.05 0.12 0.52 0.08 0.01 0.19 0.16 0.40 0.19 0.35 0.17
OP2 0.12 0.32 0.17 0.04 0.76 0.13 0.92 0.02 0.79 0.44 0.51 0.09 0.06 0.02 0.83 0.06 0.22 0.95 0.52 0.51
P 0.12 0.07 0.05 0.01 0.33 0.07 0.50 0.17 0.43 0.11 0.10 0.28 0.05 0.00 0.37 0.12 0.13 0.45 0.21 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.00 0.00 0.06 0.32 0.17 0.22
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.20 0.01 0.08 0.20 0.31 0.17 0.17
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.17 0.01 0.03 0.05 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.22 0.34 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.19 0.00 0.25 0.01 0.24 0.12 0.11 0.02 0.02 0.01 0.20 0.02 0.03 0.27 0.27 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.05 0.00 0.05 0.28 0.19 0.36 0.02
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.08 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.13 0.12
C5 0.00 0.00 0.02 0.25 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.18 0.00 0.03 0.25 0.23 0.44 0.07
C5' 0.08 0.15 0.17 0.01 0.18 0.00 0.17 0.00 0.15 0.13 0.17 0.13 0.06 0.16 0.19 0.02 0.00 0.22 0.22 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.24 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.16 0.00 0.02 0.20 0.24 0.38 0.04
N1 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.00 0.03 0.16 0.26 0.22 0.12
N3 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.12 0.00 0.08 0.26 0.24 0.23 0.09
O2 0.02 0.00 0.06 0.02 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.35 0.01 0.10 0.16 0.44 0.19 0.29
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.17 0.22 0.23 0.06 0.22 0.10 0.10 0.11 0.00 0.03 0.19 0.14 0.26 0.50 0.30 0.39
O3' 0.21 0.20 0.02 0.01 0.05 0.01 0.18 0.16 0.16 0.08 0.12 0.35 0.03 0.00 0.07 0.15 0.19 0.18 0.19 0.12
O4 0.00 0.01 0.04 0.20 0.00 0.01 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.07 0.00 0.05 0.30 0.18 0.39 0.04
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.10 0.14 0.15 0.05 0.00 0.06 0.31 0.14 0.26
O5' 0.06 0.20 0.07 0.03 0.28 0.01 0.25 0.00 0.20 0.16 0.26 0.16 0.26 0.19 0.30 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.31 0.22 0.27 0.19 0.19 0.23 0.22 0.24 0.26 0.24 0.44 0.50 0.18 0.18 0.31 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.17 0.34 0.27 0.36 0.13 0.44 0.22 0.38 0.22 0.23 0.19 0.30 0.19 0.39 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.17 0.04 0.03 0.02 0.12 0.07 0.02 0.04 0.12 0.09 0.29 0.39 0.12 0.04 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00