ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55116

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.007, 0.031, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.019, 0.078, 0.138, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.078 std_dev=0.060
O4 A 0, 0.017, 0.077, 0.137, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.077 std_dev=0.060
C2' B 0, 0.164, 0.568, 0.971, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.568 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.294, 1.020, 1.745, 1.627 max_d=1.627 avg_d=1.020 std_dev=0.725
C2' A 0, 0.327, 1.152, 1.976, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.152 std_dev=0.825
O4' A 0, 0.326, 1.159, 1.993, 1.923 max_d=1.923 avg_d=1.159 std_dev=0.833
O4' B 0, 0.361, 1.241, 2.122, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.241 std_dev=0.881
C1' B 0, 0.382, 1.304, 2.225, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.304 std_dev=0.922
C3' B 0, 0.106, 1.135, 2.163, 2.490 max_d=2.490 avg_d=1.135 std_dev=1.028
C3' A 0, 0.465, 1.589, 2.712, 2.409 max_d=2.409 avg_d=1.589 std_dev=1.124
C4' A 0, 0.487, 1.697, 2.907, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.697 std_dev=1.210
O2' A 0, 0.451, 1.700, 2.948, 2.963 max_d=2.963 avg_d=1.700 std_dev=1.248
O3' A 0, 0.533, 1.887, 3.242, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.887 std_dev=1.355
C4' B 0, -0.228, 1.138, 2.504, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.138 std_dev=1.366
N1 B 0, 0.610, 2.185, 3.761, 3.651 max_d=3.651 avg_d=2.185 std_dev=1.575
O3' B 0, 0.395, 2.040, 3.686, 4.029 max_d=4.029 avg_d=2.040 std_dev=1.645
C5' B 0, -0.170, 1.582, 3.334, 4.024 max_d=4.024 avg_d=1.582 std_dev=1.752
C6 B 0, 0.733, 2.521, 4.310, 3.951 max_d=3.951 avg_d=2.521 std_dev=1.788
C5' A 0, 0.677, 2.480, 4.283, 4.234 max_d=4.234 avg_d=2.480 std_dev=1.803
O5' B 0, 0.719, 2.554, 4.390, 4.233 max_d=4.233 avg_d=2.554 std_dev=1.836
P B 0, 0.985, 3.422, 5.859, 5.491 max_d=5.491 avg_d=3.422 std_dev=2.437
C2 B 0, 0.648, 3.099, 5.549, 5.992 max_d=5.992 avg_d=3.099 std_dev=2.450
OP1 B 0, 0.829, 3.384, 5.939, 6.172 max_d=6.172 avg_d=3.384 std_dev=2.555
C5 B 0, 0.957, 3.548, 6.138, 6.111 max_d=6.111 avg_d=3.548 std_dev=2.590
O5' A 0, 1.078, 3.765, 6.452, 6.095 max_d=6.095 avg_d=3.765 std_dev=2.687
O2 B 0, 0.552, 3.281, 6.010, 6.682 max_d=6.682 avg_d=3.281 std_dev=2.729
N3 B 0, 0.791, 3.997, 7.203, 7.849 max_d=7.849 avg_d=3.997 std_dev=3.206
OP2 B 0, 1.213, 4.488, 7.762, 7.720 max_d=7.720 avg_d=4.488 std_dev=3.274
C4 B 0, 0.966, 4.244, 7.523, 7.984 max_d=7.984 avg_d=4.244 std_dev=3.279
P A 0, 1.042, 4.458, 7.874, 8.298 max_d=8.298 avg_d=4.458 std_dev=3.416
OP1 A 0, 1.362, 5.202, 9.041, 9.152 max_d=9.152 avg_d=5.202 std_dev=3.840
O4 B 0, 1.083, 5.173, 9.264, 10.003 max_d=10.003 avg_d=5.173 std_dev=4.091
OP2 A 0, 1.457, 5.814, 10.171, 10.489 max_d=10.489 avg_d=5.814 std_dev=4.357

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.21 0.02 0.01 0.30 0.39 0.41 0.38
C2 0.04 0.00 0.18 0.22 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.02 0.14 0.54 0.89 0.85 0.75
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.14 0.16 0.02 0.13 0.30 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.27 0.19 0.17
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.23 0.00 0.18 0.02 0.12 0.13 0.25 0.25 0.01 0.01 0.24 0.02 0.30 0.52 0.34 0.26
C4 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.11 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.15 0.01 0.05 0.97 1.75 1.67 1.51
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.19 0.05 0.03 0.23 0.18 0.03 0.11 0.00 0.01 0.48 0.07 0.16
C5 0.01 0.01 0.11 0.18 0.00 0.20 0.00 0.37 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.09 0.01 0.14 1.05 1.89 1.80 1.69
C5' 0.07 0.06 0.14 0.02 0.26 0.01 0.37 0.00 0.34 0.14 0.13 0.18 0.05 0.11 0.29 0.01 0.00 0.23 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.16 0.12 0.00 0.19 0.01 0.34 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.05 0.00 0.17 0.90 1.50 1.44 1.40
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.11 0.02 0.02 0.61 0.94 0.93 0.87
N3 0.03 0.00 0.13 0.25 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.76 1.31 1.25 1.10
O2 0.10 0.00 0.30 0.25 0.00 0.23 0.01 0.18 0.02 0.03 0.01 0.00 0.20 0.26 0.00 0.28 0.27 0.59 0.45 0.32
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.18 0.35 0.05 0.34 0.14 0.09 0.20 0.00 0.02 0.27 0.12 0.14 0.18 0.17 0.11
O3' 0.21 0.17 0.03 0.01 0.15 0.03 0.09 0.11 0.05 0.11 0.18 0.26 0.02 0.00 0.17 0.14 0.39 0.87 0.57 0.50
O4 0.02 0.02 0.04 0.24 0.01 0.11 0.01 0.29 0.00 0.02 0.01 0.00 0.27 0.17 0.00 0.05 1.05 1.95 1.86 1.65
O4' 0.01 0.14 0.03 0.02 0.05 0.00 0.14 0.01 0.17 0.02 0.09 0.28 0.12 0.14 0.05 0.00 0.40 0.28 0.36 0.31
O5' 0.30 0.54 0.03 0.30 0.97 0.01 1.05 0.00 0.90 0.61 0.76 0.27 0.14 0.39 1.05 0.40 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.89 0.27 0.52 1.75 0.48 1.89 0.23 1.50 0.94 1.31 0.59 0.18 0.87 1.95 0.28 0.02 0.00 0.04 0.02
OP2 0.41 0.85 0.19 0.34 1.67 0.07 1.80 0.13 1.44 0.93 1.25 0.45 0.17 0.57 1.86 0.36 0.02 0.04 0.00 0.02
P 0.38 0.75 0.17 0.26 1.51 0.16 1.69 0.01 1.40 0.87 1.10 0.32 0.11 0.50 1.65 0.31 0.01 0.02 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 1.70 0.09 0.52 1.94 0.50 1.48 0.64 1.11 1.14 2.05 1.76 0.26 0.81 2.18 0.16 0.57 0.54 0.96 0.64
C2 0.68 2.19 0.15 0.67 2.80 0.77 2.12 0.96 1.52 1.48 2.83 2.15 0.37 1.15 3.24 0.07 0.81 0.93 1.36 0.94
C2' 0.79 1.49 0.42 0.14 1.65 0.34 1.34 0.22 1.09 1.12 1.71 1.52 0.69 0.27 1.81 0.51 0.29 0.15 0.89 0.43
C3' 0.48 1.03 0.24 0.21 1.04 0.22 0.76 0.27 0.59 0.69 1.16 1.15 0.34 0.25 1.16 0.27 0.36 0.29 0.73 0.45
C4 0.58 2.28 0.16 0.86 3.26 1.09 2.51 1.30 1.72 1.56 3.10 2.08 0.41 1.46 3.84 0.18 1.00 1.26 1.59 1.17
C4' 0.36 1.10 0.40 0.64 1.00 0.43 0.61 0.58 0.43 0.61 1.23 1.36 0.26 0.72 1.13 0.14 0.53 0.61 0.61 0.55
C5 0.56 2.15 0.16 0.85 3.01 1.07 2.36 1.22 1.66 1.50 2.87 1.92 0.41 1.46 3.41 0.19 0.93 1.07 1.40 1.03
C5' 0.24 0.88 0.63 0.80 0.64 0.47 0.29 0.62 0.16 0.40 0.91 1.24 0.55 0.81 0.73 0.11 0.60 0.74 0.61 0.62
C6 0.62 2.03 0.15 0.74 2.56 0.85 2.01 0.96 1.48 1.42 2.56 1.90 0.40 1.28 2.84 0.04 0.76 0.78 1.17 0.82
N1 0.66 2.03 0.14 0.64 2.48 0.70 1.90 0.85 1.40 1.39 2.54 2.00 0.36 1.09 2.80 0.08 0.71 0.74 1.18 0.81
N3 0.64 2.30 0.15 0.79 3.13 0.96 2.37 1.17 1.65 1.55 3.06 2.18 0.39 1.34 3.68 0.07 0.93 1.16 1.53 1.10
O2 0.72 2.17 0.17 0.59 2.71 0.66 2.05 0.87 1.48 1.47 2.77 2.18 0.36 0.99 3.15 0.15 0.77 0.87 1.34 0.92
O2' 0.76 1.34 0.50 0.24 1.68 0.29 1.47 0.13 1.20 1.09 1.61 1.27 0.75 0.09 1.86 0.50 0.54 0.52 1.21 0.70
O3' 0.39 0.92 0.18 0.20 1.00 0.20 0.73 0.28 0.55 0.60 1.08 1.00 0.18 0.25 1.14 0.20 0.39 0.32 0.76 0.48
O4 0.54 2.29 0.17 0.90 3.45 1.19 2.66 1.44 1.77 1.57 3.20 2.07 0.41 1.53 4.16 0.26 1.07 1.48 1.73 1.31
O4' 0.61 1.66 0.40 0.81 1.69 0.61 1.20 0.79 0.91 1.05 1.92 1.87 0.18 1.03 1.89 0.30 0.70 0.79 0.80 0.72
O5' 0.10 0.60 0.76 1.00 0.31 0.67 0.32 0.96 0.32 0.11 0.57 1.06 0.61 1.00 0.38 0.12 1.10 1.29 1.25 1.18
OP1 1.05 0.69 1.62 2.07 0.44 1.96 0.89 2.40 1.09 0.80 0.61 1.12 1.48 2.07 0.35 1.29 2.40 2.91 2.43 2.55
OP2 0.98 0.59 1.68 2.04 1.32 1.69 1.80 2.18 1.76 1.15 0.79 0.21 1.28 1.71 1.33 1.13 2.62 2.86 2.98 2.79
P 0.77 0.08 1.55 1.99 0.48 1.67 1.02 2.05 1.13 0.65 0.04 0.63 1.31 1.98 0.41 0.99 2.22 2.49 2.33 2.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.29 0.05 0.00 0.33 0.20 0.46 0.32
C2 0.03 0.00 0.08 0.13 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.27 0.01 0.10 0.47 0.21 0.81 0.51
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.12 0.02 0.19 0.21 0.21 0.03 0.06 0.16 0.00 0.04 0.13 0.02 0.49 0.55 0.69 0.56
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.23 0.00 0.25 0.02 0.22 0.16 0.19 0.05 0.02 0.00 0.24 0.02 0.04 0.22 0.12 0.10
C4 0.04 0.01 0.12 0.23 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.46 0.16 0.01 0.03 0.66 0.47 1.27 0.80
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.15 0.06 0.03 0.11 0.26 0.01 0.08 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01
C5 0.03 0.01 0.19 0.25 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.50 0.15 0.01 0.07 0.73 0.58 1.33 0.88
C5' 0.07 0.07 0.21 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.13 0.06 0.04 0.15 0.08 0.18 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.21 0.22 0.01 0.15 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.03 0.43 0.11 0.02 0.09 0.67 0.49 1.10 0.76
N1 0.01 0.02 0.03 0.16 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.22 0.16 0.03 0.01 0.50 0.28 0.80 0.54
N3 0.03 0.01 0.06 0.19 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.32 0.22 0.00 0.07 0.55 0.30 1.04 0.65
O2 0.05 0.01 0.16 0.05 0.01 0.11 0.01 0.15 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.43 0.01 0.19 0.39 0.16 0.63 0.40
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.46 0.26 0.50 0.08 0.43 0.22 0.32 0.05 0.00 0.05 0.51 0.18 0.38 0.46 0.76 0.50
O3' 0.29 0.27 0.04 0.00 0.16 0.01 0.15 0.18 0.11 0.16 0.22 0.43 0.05 0.00 0.17 0.20 0.31 0.15 0.40 0.29
O4 0.05 0.01 0.13 0.24 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.51 0.17 0.00 0.05 0.68 0.50 1.38 0.85
O4' 0.00 0.10 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.07 0.19 0.18 0.20 0.05 0.00 0.23 0.01 0.31 0.22
O5' 0.33 0.47 0.49 0.04 0.66 0.02 0.73 0.01 0.67 0.50 0.55 0.39 0.38 0.31 0.68 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.21 0.55 0.22 0.47 0.10 0.58 0.06 0.49 0.28 0.30 0.16 0.46 0.15 0.50 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.81 0.69 0.12 1.27 0.02 1.33 0.02 1.10 0.80 1.04 0.63 0.76 0.40 1.38 0.31 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.51 0.56 0.10 0.80 0.01 0.88 0.01 0.76 0.54 0.65 0.40 0.50 0.29 0.85 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00