ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55117

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.001, 0.008, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.007, 0.033, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.028, 0.095, 0.162, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.095 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.029, 0.109, 0.188, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.109 std_dev=0.079
O4' A 0, 0.047, 0.162, 0.277, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.162 std_dev=0.115
C2' A 0, 0.044, 0.164, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.164 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.081, 0.276, 0.471, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.276 std_dev=0.195
C3' A 0, 0.082, 0.282, 0.483, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.282 std_dev=0.200
O3' A 0, 0.117, 0.413, 0.710, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.413 std_dev=0.296
C5' A 0, 0.121, 0.418, 0.716, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.418 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.072, 0.416, 0.759, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.416 std_dev=0.343
O3' B 0, 0.211, 0.805, 1.400, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.805 std_dev=0.595
C2' B 0, 0.086, 0.818, 1.549, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.818 std_dev=0.731
C3' B 0, 0.424, 1.504, 2.585, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.504 std_dev=1.081
C1' B 0, 0.365, 1.612, 2.859, 3.037 max_d=3.037 avg_d=1.612 std_dev=1.247
O5' A 0, 0.556, 1.914, 3.272, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.914 std_dev=1.358
P A 0, 0.562, 1.954, 3.346, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.954 std_dev=1.392
C4' B 0, 0.680, 2.328, 3.976, 3.583 max_d=3.583 avg_d=2.328 std_dev=1.648
C2 B 0, 0.678, 2.382, 4.085, 3.886 max_d=3.886 avg_d=2.382 std_dev=1.704
OP2 A 0, 0.707, 2.452, 4.197, 3.919 max_d=3.919 avg_d=2.452 std_dev=1.745
O4' B 0, 0.672, 2.459, 4.247, 4.194 max_d=4.194 avg_d=2.459 std_dev=1.787
N1 B 0, 0.105, 1.990, 3.874, 4.520 max_d=4.520 avg_d=1.990 std_dev=1.884
O2 B 0, 0.386, 2.277, 4.169, 4.632 max_d=4.632 avg_d=2.277 std_dev=1.892
OP1 A 0, 0.806, 2.770, 4.735, 4.337 max_d=4.337 avg_d=2.770 std_dev=1.964
N3 B 0, 0.788, 3.092, 5.395, 5.527 max_d=5.527 avg_d=3.092 std_dev=2.304
C5' B 0, 1.034, 3.577, 6.119, 5.689 max_d=5.689 avg_d=3.577 std_dev=2.543
C6 B 0, -0.375, 2.548, 5.471, 6.641 max_d=6.641 avg_d=2.548 std_dev=2.923
C4 B 0, 0.174, 3.404, 6.634, 7.744 max_d=7.744 avg_d=3.404 std_dev=3.230
O5' B 0, 1.472, 5.030, 8.588, 7.675 max_d=7.675 avg_d=5.030 std_dev=3.558
C5 B 0, -0.724, 3.001, 6.725, 8.250 max_d=8.250 avg_d=3.001 std_dev=3.724
O4 B 0, 0.354, 4.135, 7.916, 9.139 max_d=9.139 avg_d=4.135 std_dev=3.781
P B 0, 1.934, 6.624, 11.313, 10.231 max_d=10.231 avg_d=6.624 std_dev=4.690
OP2 B 0, 2.152, 7.427, 12.701, 11.740 max_d=11.740 avg_d=7.427 std_dev=5.274
OP1 B 0, 2.242, 7.695, 13.148, 11.980 max_d=11.980 avg_d=7.695 std_dev=5.453

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.03 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.29 0.10 0.39 0.21
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.14 0.13 0.12
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.24 0.26 0.07 0.15
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.04 0.43 0.23 0.61 0.36
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.02 0.10 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.44 0.27 0.59 0.38
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.24 0.24 0.02
C6 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.38 0.21 0.43 0.30
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.28 0.12 0.33 0.20
N3 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.36 0.15 0.52 0.28
O2 0.04 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.04 0.23 0.05 0.33 0.16
O2' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.07 0.05 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.18 0.30 0.02 0.13
O4 0.00 0.03 0.03 0.05 0.00 0.06 0.02 0.10 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.00 0.04 0.45 0.27 0.68 0.40
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.07
O5' 0.12 0.29 0.18 0.24 0.43 0.02 0.44 0.02 0.38 0.28 0.36 0.23 0.07 0.18 0.45 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.03 0.10 0.14 0.26 0.23 0.10 0.27 0.24 0.21 0.12 0.15 0.05 0.07 0.30 0.27 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.39 0.13 0.07 0.61 0.12 0.59 0.24 0.43 0.33 0.52 0.33 0.05 0.02 0.68 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.08 0.21 0.12 0.15 0.36 0.04 0.38 0.02 0.30 0.20 0.28 0.16 0.07 0.13 0.40 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.91 1.64 0.34 0.25 1.26 0.59 0.80 1.02 0.69 1.08 1.63 2.07 0.27 0.09 1.32 0.68 1.35 1.80 1.15 1.34
C2 0.87 1.76 0.33 0.24 1.48 0.72 0.99 1.03 0.82 1.14 1.84 2.20 0.34 0.04 1.59 0.78 1.43 2.00 1.52 1.65
C2' 0.83 1.48 0.27 0.18 1.03 0.50 0.54 0.95 0.47 0.92 1.45 1.96 0.27 0.07 1.07 0.61 1.24 1.81 0.94 1.19
C3' 0.70 1.15 0.20 0.11 0.59 0.35 0.15 0.78 0.14 0.66 1.03 1.63 0.24 0.06 0.59 0.48 0.97 1.60 0.49 0.84
C4 0.58 1.33 0.17 0.11 1.10 0.64 0.67 0.75 0.52 0.80 1.40 1.70 0.29 0.12 1.19 0.66 1.03 1.43 1.31 1.36
C4' 0.72 1.12 0.21 0.14 0.61 0.31 0.21 0.82 0.20 0.68 1.01 1.55 0.17 0.08 0.60 0.49 0.97 1.63 0.44 0.87
C5 0.53 1.15 0.18 0.07 0.83 0.52 0.45 0.59 0.34 0.67 1.14 1.53 0.31 0.14 0.88 0.52 0.79 1.02 1.07 1.03
C5' 0.54 0.71 0.10 0.04 0.17 0.09 0.23 0.64 0.17 0.36 0.54 1.11 0.12 0.05 0.14 0.36 0.73 1.56 0.08 0.69
C6 0.69 1.31 0.27 0.13 0.92 0.52 0.52 0.69 0.43 0.81 1.26 1.72 0.33 0.08 0.95 0.54 0.89 1.13 0.98 0.98
N1 0.85 1.60 0.33 0.22 1.24 0.63 0.79 0.93 0.67 1.04 1.61 2.05 0.33 0.06 1.31 0.68 1.26 1.65 1.22 1.34
N3 0.74 1.62 0.26 0.20 1.40 0.72 0.92 0.94 0.74 1.02 1.73 2.03 0.32 0.05 1.52 0.76 1.30 1.86 1.52 1.62
O2 0.95 1.92 0.37 0.29 1.69 0.75 1.17 1.13 0.97 1.27 2.05 2.35 0.34 0.07 1.83 0.84 1.60 2.32 1.71 1.86
O2' 0.93 1.64 0.33 0.23 1.23 0.50 0.73 1.02 0.63 1.06 1.64 2.09 0.27 0.12 1.30 0.68 1.38 2.05 1.10 1.37
O3' 0.66 1.06 0.17 0.08 0.45 0.28 0.08 0.76 0.04 0.57 0.91 1.55 0.23 0.07 0.43 0.45 0.96 1.75 0.31 0.85
O4 0.49 1.17 0.09 0.09 1.02 0.63 0.62 0.69 0.46 0.68 1.29 1.49 0.23 0.16 1.13 0.66 0.97 1.41 1.35 1.40
O4' 0.87 1.42 0.31 0.24 1.01 0.49 0.61 0.95 0.55 0.94 1.36 1.81 0.20 0.11 1.04 0.61 1.16 1.56 0.85 1.06
O5' 0.42 0.53 0.05 0.08 0.08 0.19 0.40 0.58 0.32 0.19 0.32 0.95 0.15 0.02 0.15 0.29 0.56 1.11 0.33 0.33
OP1 0.07 0.30 0.18 0.11 0.93 0.09 1.14 0.32 0.94 0.43 0.56 0.26 0.08 0.00 1.05 0.08 0.68 1.39 0.58 0.70
OP2 0.20 0.15 0.16 0.16 0.71 0.15 0.92 0.05 0.77 0.33 0.35 0.34 0.22 0.01 0.81 0.17 0.29 0.64 1.15 0.66
P 0.19 0.10 0.06 0.00 0.50 0.07 0.74 0.25 0.62 0.14 0.14 0.47 0.07 0.00 0.58 0.16 0.32 0.87 0.65 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.32 0.02 0.00 0.24 0.08 0.16 0.17
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.39 0.32 0.01 0.08 0.39 0.13 0.47 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.24 0.12 0.01 0.05 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.57 0.48 0.72 0.69
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.35 0.00 0.46 0.01 0.44 0.19 0.19 0.13 0.02 0.00 0.37 0.01 0.26 0.32 0.67 0.37
C4 0.02 0.00 0.04 0.35 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.09 0.01 0.01 0.59 0.38 1.25 0.56
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.05 0.26 0.02 0.14 0.00 0.00 0.13 0.46 0.16
C5 0.00 0.00 0.10 0.46 0.01 0.14 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.29 0.01 0.06 0.62 0.46 1.36 0.65
C5' 0.09 0.06 0.24 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.06 0.05 0.09 0.05 0.01 0.20 0.12 0.00 0.01 0.21 0.38 0.02
C6 0.00 0.01 0.12 0.44 0.02 0.12 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.12 0.25 0.02 0.09 0.54 0.34 0.95 0.45
N1 0.01 0.01 0.01 0.19 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.20 0.12 0.02 0.01 0.38 0.14 0.45 0.13
N3 0.02 0.00 0.05 0.19 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.40 0.16 0.01 0.06 0.49 0.24 0.86 0.32
O2 0.05 0.01 0.17 0.13 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.47 0.57 0.01 0.15 0.31 0.11 0.18 0.05
O2' 0.02 0.39 0.00 0.02 0.32 0.26 0.20 0.01 0.12 0.20 0.40 0.47 0.00 0.06 0.34 0.19 0.44 0.40 0.88 0.73
O3' 0.32 0.32 0.01 0.00 0.09 0.02 0.29 0.20 0.25 0.12 0.16 0.57 0.06 0.00 0.13 0.24 0.16 0.55 0.58 0.14
O4 0.02 0.01 0.04 0.37 0.01 0.14 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.01 0.34 0.13 0.00 0.01 0.62 0.44 1.45 0.65
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.06 0.15 0.19 0.24 0.01 0.00 0.10 0.21 0.34 0.30
O5' 0.24 0.39 0.57 0.26 0.59 0.00 0.62 0.01 0.54 0.38 0.49 0.31 0.44 0.16 0.62 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.13 0.48 0.32 0.38 0.13 0.46 0.21 0.34 0.14 0.24 0.11 0.40 0.55 0.44 0.21 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 0.47 0.72 0.67 1.25 0.46 1.36 0.38 0.95 0.45 0.86 0.18 0.88 0.58 1.45 0.34 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.17 0.12 0.69 0.37 0.56 0.16 0.65 0.02 0.45 0.13 0.32 0.05 0.73 0.14 0.65 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00