ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55118

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.006, 0.024, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.009, 0.036, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.036 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.007, 0.095, 0.184, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.095 std_dev=0.089
O4 A 0, 0.043, 0.147, 0.250, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.147 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.022, 0.128, 0.234, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.128 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.039, 0.159, 0.278, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.159 std_dev=0.119
C3' A 0, -0.001, 0.131, 0.263, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.131 std_dev=0.132
O3' A 0, 0.038, 0.195, 0.351, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.195 std_dev=0.156
O2' A 0, 0.080, 0.276, 0.473, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.276 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.081, 0.354, 0.626, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.354 std_dev=0.273
O3' B 0, -0.027, 0.442, 0.911, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.442 std_dev=0.469
O2' B 0, 0.113, 0.620, 1.127, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.620 std_dev=0.507
C2' B 0, 0.053, 0.575, 1.097, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.575 std_dev=0.522
C1' B 0, 0.220, 0.799, 1.378, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.799 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.184, 1.023, 1.862, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.023 std_dev=0.839
O5' A 0, 0.340, 1.249, 2.157, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.249 std_dev=0.908
N1 B 0, 0.382, 1.382, 2.382, 2.332 max_d=2.332 avg_d=1.382 std_dev=1.000
P A 0, 0.354, 1.363, 2.373, 2.411 max_d=2.411 avg_d=1.363 std_dev=1.009
O4' B 0, 0.278, 1.309, 2.340, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.309 std_dev=1.031
C4' B 0, 0.482, 1.875, 3.267, 3.333 max_d=3.333 avg_d=1.875 std_dev=1.392
C6 B 0, 0.487, 1.883, 3.278, 3.337 max_d=3.337 avg_d=1.883 std_dev=1.396
C2 B 0, 0.592, 2.070, 3.548, 3.357 max_d=3.357 avg_d=2.070 std_dev=1.478
O2 B 0, 0.623, 2.127, 3.631, 3.192 max_d=3.192 avg_d=2.127 std_dev=1.504
OP1 A 0, 0.740, 2.560, 4.380, 4.073 max_d=4.073 avg_d=2.560 std_dev=1.820
OP2 A 0, 0.708, 2.559, 4.411, 4.319 max_d=4.319 avg_d=2.559 std_dev=1.851
O5' B 0, 0.644, 2.604, 4.564, 4.728 max_d=4.728 avg_d=2.604 std_dev=1.960
N3 B 0, 0.821, 2.942, 5.063, 4.921 max_d=4.921 avg_d=2.942 std_dev=2.121
C5 B 0, 0.795, 2.934, 5.073, 5.040 max_d=5.040 avg_d=2.934 std_dev=2.139
P B 0, 0.553, 2.734, 4.914, 5.338 max_d=5.338 avg_d=2.734 std_dev=2.181
OP2 B 0, 0.469, 2.675, 4.881, 5.402 max_d=5.402 avg_d=2.675 std_dev=2.206
C5' B 0, 0.870, 3.178, 5.485, 5.410 max_d=5.410 avg_d=3.178 std_dev=2.308
OP1 B 0, 0.684, 3.118, 5.551, 5.939 max_d=5.939 avg_d=3.118 std_dev=2.434
C4 B 0, 0.951, 3.457, 5.964, 5.861 max_d=5.861 avg_d=3.457 std_dev=2.506
O4 B 0, 1.225, 4.412, 7.600, 7.419 max_d=7.419 avg_d=4.412 std_dev=3.188

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.54 0.15 0.16
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.26 0.52 0.39 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.33 0.22 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.23 0.10 0.26 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.36 0.41 0.61 0.21
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.03 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.35 0.38 0.60 0.23
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.08 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.08 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.31 0.44 0.45 0.18
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.25 0.50 0.34 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.32 0.48 0.51 0.17
O2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.22 0.54 0.32 0.11
O2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.07 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.43 0.03 0.14
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.17 0.11 0.22 0.10
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.03 0.39 0.37 0.69 0.25
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.54 0.10 0.21
O5' 0.12 0.26 0.18 0.23 0.36 0.01 0.35 0.01 0.31 0.25 0.32 0.22 0.05 0.17 0.39 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.54 0.52 0.33 0.10 0.41 0.22 0.38 0.11 0.44 0.50 0.48 0.54 0.43 0.11 0.37 0.54 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.39 0.22 0.26 0.61 0.03 0.60 0.04 0.45 0.34 0.51 0.32 0.03 0.22 0.69 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.13 0.08 0.10 0.21 0.10 0.23 0.01 0.18 0.13 0.17 0.11 0.14 0.10 0.25 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.58 0.33 0.25 0.42 0.23 0.25 0.33 0.22 0.38 0.57 0.72 0.38 0.17 0.45 0.19 0.33 0.21 0.11 0.01
C2 0.33 0.60 0.39 0.37 0.45 0.29 0.29 0.35 0.26 0.40 0.60 0.77 0.35 0.21 0.48 0.28 0.33 0.40 0.19 0.24
C2' 0.30 0.51 0.28 0.21 0.31 0.16 0.13 0.29 0.13 0.31 0.48 0.68 0.34 0.14 0.33 0.15 0.30 0.26 0.15 0.08
C3' 0.26 0.40 0.19 0.14 0.16 0.07 0.03 0.24 0.01 0.22 0.34 0.58 0.25 0.10 0.15 0.11 0.29 0.31 0.23 0.15
C4 0.39 0.60 0.45 0.49 0.46 0.44 0.38 0.60 0.37 0.45 0.58 0.76 0.31 0.25 0.47 0.42 0.50 0.69 0.46 0.52
C4' 0.30 0.45 0.19 0.10 0.25 0.12 0.10 0.37 0.09 0.28 0.41 0.59 0.27 0.10 0.26 0.09 0.37 0.29 0.27 0.19
C5 0.40 0.56 0.45 0.48 0.41 0.42 0.36 0.54 0.35 0.43 0.51 0.72 0.32 0.25 0.41 0.42 0.44 0.65 0.38 0.47
C5' 0.30 0.36 0.14 0.07 0.16 0.05 0.13 0.33 0.10 0.22 0.29 0.51 0.19 0.11 0.16 0.13 0.36 0.32 0.29 0.20
C6 0.36 0.53 0.40 0.39 0.35 0.30 0.27 0.34 0.27 0.38 0.48 0.69 0.36 0.22 0.35 0.33 0.30 0.46 0.18 0.27
N1 0.33 0.57 0.37 0.33 0.39 0.25 0.25 0.30 0.23 0.37 0.54 0.73 0.37 0.20 0.41 0.26 0.29 0.35 0.11 0.16
N3 0.36 0.61 0.43 0.44 0.46 0.36 0.34 0.48 0.32 0.43 0.60 0.78 0.33 0.24 0.49 0.35 0.42 0.56 0.35 0.40
O2 0.30 0.62 0.37 0.34 0.49 0.27 0.30 0.34 0.25 0.40 0.64 0.78 0.35 0.19 0.54 0.24 0.32 0.32 0.14 0.17
O2' 0.33 0.60 0.29 0.18 0.45 0.15 0.26 0.36 0.21 0.39 0.60 0.74 0.38 0.12 0.48 0.11 0.34 0.30 0.27 0.19
O3' 0.27 0.38 0.15 0.09 0.14 0.05 0.10 0.29 0.07 0.20 0.31 0.55 0.23 0.08 0.13 0.10 0.34 0.37 0.37 0.27
O4 0.42 0.63 0.46 0.53 0.52 0.51 0.45 0.75 0.42 0.48 0.62 0.79 0.27 0.26 0.53 0.48 0.63 0.82 0.61 0.66
O4' 0.31 0.53 0.27 0.19 0.37 0.22 0.20 0.39 0.18 0.34 0.51 0.66 0.34 0.14 0.40 0.15 0.37 0.20 0.18 0.09
O5' 0.37 0.37 0.06 0.01 0.20 0.09 0.13 0.20 0.13 0.27 0.31 0.47 0.11 0.00 0.20 0.28 0.25 0.49 0.29 0.28
OP1 0.60 0.69 0.36 0.08 0.35 0.09 0.17 0.55 0.17 0.48 0.58 0.88 0.70 0.00 0.33 0.27 0.79 0.60 0.90 0.66
OP2 0.60 0.37 0.07 0.03 0.20 0.49 0.18 0.27 0.27 0.40 0.28 0.41 0.10 0.01 0.16 0.72 0.18 0.78 0.34 0.57
P 0.48 0.42 0.15 0.02 0.19 0.15 0.11 0.16 0.13 0.33 0.33 0.54 0.26 0.01 0.18 0.38 0.31 0.38 0.33 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.15 0.33 0.23 0.08
C2 0.04 0.00 0.12 0.04 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.14 0.00 0.05 0.33 0.07 0.61 0.25
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.15 0.09 0.16 0.02 0.06 0.24 0.00 0.01 0.05 0.02 0.16 0.30 0.23 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.24 0.00 0.37 0.01 0.36 0.13 0.09 0.17 0.01 0.01 0.25 0.01 0.24 0.28 0.22 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.00 0.01 0.50 0.33 1.01 0.56
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.16 0.07 0.07 0.09 0.17 0.01 0.11 0.00 0.01 0.40 0.09 0.20
C5 0.01 0.01 0.15 0.37 0.00 0.15 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.03 0.57 0.44 1.07 0.62
C5' 0.03 0.20 0.09 0.01 0.21 0.00 0.26 0.00 0.25 0.12 0.21 0.26 0.07 0.12 0.23 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
C6 0.02 0.00 0.16 0.36 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01 0.03 0.52 0.31 0.85 0.49
N1 0.01 0.00 0.02 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.05 0.01 0.01 0.34 0.11 0.58 0.25
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.07 0.00 0.04 0.41 0.12 0.81 0.40
O2 0.08 0.00 0.24 0.17 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.40 0.27 0.01 0.10 0.28 0.19 0.47 0.16
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.17 0.17 0.05 0.07 0.01 0.12 0.26 0.40 0.00 0.01 0.18 0.12 0.23 0.28 0.24 0.06
O3' 0.15 0.14 0.01 0.01 0.12 0.01 0.22 0.12 0.20 0.05 0.07 0.27 0.01 0.00 0.13 0.08 0.24 0.39 0.16 0.12
O4 0.01 0.00 0.05 0.25 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.13 0.00 0.01 0.52 0.41 1.12 0.63
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.10 0.12 0.08 0.01 0.00 0.05 0.31 0.06 0.12
O5' 0.15 0.33 0.16 0.24 0.50 0.01 0.57 0.01 0.52 0.34 0.41 0.28 0.23 0.24 0.52 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.33 0.07 0.30 0.28 0.33 0.40 0.44 0.05 0.31 0.11 0.12 0.19 0.28 0.39 0.41 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.61 0.23 0.22 1.01 0.09 1.07 0.03 0.85 0.58 0.81 0.47 0.24 0.16 1.12 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.25 0.04 0.05 0.56 0.20 0.62 0.02 0.49 0.25 0.40 0.16 0.06 0.12 0.63 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00