ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55120

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.036 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.012, 0.040, 0.069, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.010, 0.040, 0.069, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.029
C4' A 0, 0.019, 0.065, 0.111, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.065 std_dev=0.046
C3' A 0, 0.020, 0.072, 0.124, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.072 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.031, 0.107, 0.183, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.107 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.035, 0.123, 0.211, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.123 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.044, 0.153, 0.261, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.153 std_dev=0.108
OP1 A 0, 0.050, 0.184, 0.317, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.184 std_dev=0.134
C5' B 0, 0.071, 0.262, 0.454, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.262 std_dev=0.191
P B 0, 0.039, 0.234, 0.429, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.234 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.074, 0.269, 0.464, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.269 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.082, 0.297, 0.511, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.297 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.071, 0.294, 0.518, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.294 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.082, 0.317, 0.551, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.317 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.070, 0.308, 0.545, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.308 std_dev=0.238
P A 0, 0.098, 0.345, 0.592, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.345 std_dev=0.247
N1 B 0, 0.068, 0.316, 0.564, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.316 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.091, 0.354, 0.617, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.354 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.111, 0.405, 0.700, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.405 std_dev=0.295
C4 B 0, 0.066, 0.406, 0.745, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.406 std_dev=0.340
C3' B 0, 0.146, 0.524, 0.903, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.524 std_dev=0.378
OP2 B 0, 0.145, 0.538, 0.930, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.538 std_dev=0.392
O4 B 0, 0.077, 0.479, 0.880, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.479 std_dev=0.402
N3 B 0, 0.154, 0.567, 0.979, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.567 std_dev=0.412
C2 B 0, 0.172, 0.593, 1.014, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.593 std_dev=0.421
O3' B 0, 0.173, 0.599, 1.026, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.599 std_dev=0.427
OP2 A 0, 0.185, 0.640, 1.096, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.640 std_dev=0.456
C6 B 0, 0.141, 0.617, 1.093, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.617 std_dev=0.476
C5 B 0, 0.164, 0.685, 1.205, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.685 std_dev=0.520
O2 B 0, 0.296, 1.015, 1.733, 1.570 max_d=1.570 avg_d=1.015 std_dev=0.719

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.18 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.21 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.23 0.08
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.21 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.07
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.19 0.07
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.22 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.07
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.18 0.09 0.05 0.21 0.05 0.23 0.01 0.21 0.17 0.19 0.16 0.07 0.01 0.22 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.02 0.07 0.03 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.07 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.15 0.08 0.07 0.06 0.09 0.14 0.07 0.15 0.07 0.13 0.25 0.12 0.13 0.03 0.06 0.10 0.13 0.11 0.08
C2 0.05 0.12 0.09 0.05 0.08 0.08 0.14 0.09 0.13 0.07 0.10 0.19 0.11 0.09 0.08 0.05 0.10 0.16 0.07 0.07
C2' 0.05 0.15 0.06 0.04 0.04 0.09 0.13 0.08 0.14 0.06 0.13 0.26 0.09 0.10 0.01 0.04 0.10 0.13 0.09 0.07
C3' 0.04 0.15 0.04 0.02 0.02 0.08 0.10 0.08 0.11 0.04 0.12 0.26 0.06 0.06 0.03 0.03 0.09 0.11 0.07 0.05
C4 0.03 0.08 0.10 0.01 0.07 0.04 0.08 0.09 0.06 0.04 0.07 0.11 0.09 0.03 0.09 0.04 0.08 0.15 0.07 0.03
C4' 0.05 0.16 0.04 0.05 0.02 0.09 0.11 0.06 0.13 0.05 0.14 0.28 0.09 0.11 0.04 0.04 0.08 0.09 0.10 0.06
C5 0.04 0.08 0.10 0.02 0.06 0.04 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.11 0.09 0.02 0.07 0.03 0.08 0.13 0.07 0.02
C5' 0.05 0.16 0.02 0.02 0.04 0.08 0.08 0.05 0.10 0.05 0.14 0.27 0.05 0.08 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.04
C6 0.05 0.11 0.09 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.05 0.09 0.16 0.10 0.07 0.05 0.04 0.09 0.12 0.04 0.05
N1 0.05 0.12 0.09 0.05 0.07 0.08 0.12 0.08 0.12 0.07 0.10 0.20 0.11 0.10 0.06 0.05 0.10 0.14 0.08 0.07
N3 0.04 0.09 0.09 0.03 0.08 0.06 0.12 0.09 0.10 0.06 0.09 0.14 0.10 0.06 0.09 0.05 0.10 0.16 0.03 0.06
O2 0.06 0.13 0.08 0.07 0.09 0.09 0.17 0.09 0.16 0.08 0.11 0.21 0.12 0.11 0.08 0.06 0.11 0.16 0.09 0.08
O2' 0.05 0.17 0.05 0.06 0.03 0.09 0.15 0.08 0.16 0.06 0.14 0.30 0.10 0.12 0.01 0.04 0.10 0.14 0.12 0.09
O3' 0.03 0.15 0.02 0.01 0.02 0.08 0.10 0.09 0.11 0.03 0.13 0.27 0.03 0.05 0.05 0.02 0.09 0.10 0.07 0.05
O4 0.04 0.06 0.11 0.03 0.07 0.03 0.06 0.09 0.04 0.04 0.07 0.08 0.09 0.01 0.10 0.04 0.06 0.14 0.14 0.01
O4' 0.06 0.16 0.07 0.08 0.04 0.10 0.13 0.07 0.14 0.07 0.13 0.26 0.13 0.16 0.02 0.06 0.09 0.11 0.12 0.08
O5' 0.03 0.11 0.01 0.03 0.02 0.08 0.06 0.09 0.07 0.03 0.09 0.20 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.05 0.05
OP1 0.05 0.13 0.02 0.06 0.07 0.09 0.01 0.09 0.00 0.06 0.12 0.19 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06
OP2 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.17 0.11 0.28 0.10 0.05 0.02 0.08 0.09 0.01 0.07 0.08 0.26 0.28 0.20 0.24
P 0.01 0.06 0.04 0.01 0.03 0.12 0.08 0.15 0.08 0.01 0.04 0.12 0.08 0.01 0.03 0.04 0.13 0.14 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.01 0.00 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.11 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.03 0.00 0.09 0.10 0.05 0.07
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.10 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.00 0.03 0.09 0.13 0.16 0.10
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.04 0.09 0.15 0.17 0.07
C5' 0.07 0.10 0.11 0.01 0.17 0.01 0.21 0.00 0.21 0.12 0.14 0.09 0.03 0.06 0.19 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.09 0.13 0.14 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.06 0.06 0.10 0.05
N3 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.02 0.00 0.05 0.08 0.10 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.10 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.07 0.00 0.10 0.06 0.06 0.09 0.08
O2' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.10 0.07 0.02 0.03 0.02 0.06 0.15 0.22 0.00 0.06 0.12 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05
O3' 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.03 0.12 0.06 0.12 0.04 0.02 0.07 0.06 0.00 0.09 0.00 0.06 0.07 0.11 0.08
O4 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.00 0.05 0.12 0.18 0.20 0.15
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.08 0.07
O5' 0.04 0.07 0.09 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.09 0.06 0.08 0.06 0.04 0.06 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.07 0.10 0.03 0.13 0.03 0.15 0.03 0.13 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.18 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.05 0.10 0.16 0.04 0.17 0.01 0.14 0.10 0.14 0.09 0.05 0.11 0.20 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.07 0.06 0.10 0.02 0.07 0.01 0.04 0.05 0.10 0.08 0.05 0.08 0.15 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00