ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55121

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.018, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.001, 0.019, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N3 A 0, -0.005, 0.027, 0.060, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.033
C2 A 0, -0.001, 0.033, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.007, 0.050, 0.092, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.042
O2 A 0, -0.014, 0.064, 0.142, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.064 std_dev=0.078
C2' B 0, 0.119, 0.437, 0.755, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.437 std_dev=0.318
C3' A 0, 0.259, 0.887, 1.515, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.887 std_dev=0.628
O2' B 0, 0.267, 0.928, 1.590, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.928 std_dev=0.662
C4' A 0, 0.217, 0.918, 1.618, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.918 std_dev=0.701
C2' A 0, 0.014, 0.719, 1.423, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.719 std_dev=0.704
O4' A 0, -0.083, 0.708, 1.499, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.708 std_dev=0.791
C6 B 0, 0.308, 1.224, 2.140, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.224 std_dev=0.916
O3' A 0, 0.034, 1.118, 2.202, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.118 std_dev=1.084
O2' A 0, 0.269, 1.474, 2.679, 2.952 max_d=2.952 avg_d=1.474 std_dev=1.205
C5' A 0, 0.191, 1.513, 2.835, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.513 std_dev=1.322
C5 B 0, 0.547, 1.911, 3.275, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.911 std_dev=1.364
C1' B 0, 0.557, 1.972, 3.387, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.972 std_dev=1.415
C3' B 0, 0.623, 2.127, 3.630, 3.200 max_d=3.200 avg_d=2.127 std_dev=1.504
N1 B 0, 0.663, 2.347, 4.031, 3.872 max_d=3.872 avg_d=2.347 std_dev=1.684
O3' B 0, 0.707, 2.439, 4.171, 3.855 max_d=3.855 avg_d=2.439 std_dev=1.732
OP2 B 0, 0.587, 2.446, 4.305, 4.503 max_d=4.503 avg_d=2.446 std_dev=1.859
O5' A 0, 0.006, 2.020, 4.035, 4.770 max_d=4.770 avg_d=2.020 std_dev=2.014
O4' B 0, 0.889, 3.078, 5.266, 4.897 max_d=4.897 avg_d=3.078 std_dev=2.188
C4' B 0, 0.948, 3.252, 5.555, 5.045 max_d=5.045 avg_d=3.252 std_dev=2.303
C4 B 0, 1.078, 3.712, 6.346, 5.842 max_d=5.842 avg_d=3.712 std_dev=2.634
O5' B 0, 1.081, 3.729, 6.378, 5.896 max_d=5.896 avg_d=3.729 std_dev=2.648
P B 0, 1.120, 3.946, 6.771, 6.467 max_d=6.467 avg_d=3.946 std_dev=2.826
C2 B 0, 1.176, 4.060, 6.944, 6.427 max_d=6.427 avg_d=4.060 std_dev=2.884
C5' B 0, 1.220, 4.200, 7.180, 6.602 max_d=6.602 avg_d=4.200 std_dev=2.980
P A 0, 0.166, 3.199, 6.233, 7.274 max_d=7.274 avg_d=3.199 std_dev=3.034
O4 B 0, 1.324, 4.535, 7.747, 7.013 max_d=7.013 avg_d=4.535 std_dev=3.211
N3 B 0, 1.343, 4.625, 7.906, 7.267 max_d=7.267 avg_d=4.625 std_dev=3.281
OP1 A 0, 0.126, 3.510, 6.894, 8.082 max_d=8.082 avg_d=3.510 std_dev=3.384
OP1 B 0, 1.437, 4.930, 8.423, 7.659 max_d=7.659 avg_d=4.930 std_dev=3.493
O2 B 0, 1.483, 5.091, 8.700, 7.941 max_d=7.941 avg_d=5.091 std_dev=3.609
OP2 A 0, 0.154, 3.933, 7.712, 9.033 max_d=9.033 avg_d=3.933 std_dev=3.779

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.34 0.03 0.00 0.13 0.65 0.42 0.24
C2 0.06 0.00 0.25 0.18 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.20 0.01 0.29 0.13 0.89 0.50 0.32
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.22 0.27 0.01 0.17 0.43 0.01 0.03 0.02 0.03 0.34 0.75 0.43 0.46
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.26 0.01 0.23 0.01 0.18 0.16 0.23 0.12 0.02 0.01 0.28 0.02 0.28 0.78 0.14 0.36
C4 0.03 0.01 0.01 0.26 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.35 0.10 0.00 0.03 0.19 0.54 1.03 0.50
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.19 0.05 0.11 0.29 0.28 0.00 0.08 0.00 0.02 0.72 0.13 0.20
C5 0.01 0.01 0.20 0.23 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.56 0.10 0.00 0.19 0.31 0.46 1.25 0.71
C5' 0.09 0.26 0.22 0.01 0.15 0.01 0.15 0.00 0.14 0.12 0.24 0.39 0.11 0.23 0.16 0.01 0.00 0.31 0.42 0.01
C6 0.01 0.01 0.27 0.18 0.01 0.19 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.57 0.13 0.01 0.27 0.31 0.42 1.11 0.65
N1 0.01 0.02 0.01 0.16 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.03 0.02 0.21 0.18 0.01 0.02 0.15 0.58 0.69 0.34
N3 0.05 0.01 0.17 0.23 0.00 0.11 0.01 0.24 0.02 0.03 0.00 0.01 0.21 0.14 0.01 0.22 0.13 0.79 0.70 0.35
O2 0.09 0.00 0.43 0.12 0.02 0.29 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.00 0.53 0.30 0.02 0.51 0.25 1.24 0.27 0.49
O2' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.35 0.28 0.56 0.11 0.57 0.21 0.21 0.53 0.00 0.01 0.36 0.17 0.11 0.38 0.38 0.22
O3' 0.34 0.20 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.23 0.13 0.18 0.14 0.30 0.01 0.00 0.08 0.22 0.01 0.76 0.10 0.25
O4 0.03 0.01 0.02 0.28 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.08 0.00 0.04 0.20 0.55 1.11 0.54
O4' 0.00 0.29 0.03 0.02 0.03 0.00 0.19 0.01 0.27 0.02 0.22 0.51 0.17 0.22 0.04 0.00 0.22 0.58 0.48 0.18
O5' 0.13 0.13 0.34 0.28 0.19 0.02 0.31 0.00 0.31 0.15 0.13 0.25 0.11 0.01 0.20 0.22 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.65 0.89 0.75 0.78 0.54 0.72 0.46 0.31 0.42 0.58 0.79 1.24 0.38 0.76 0.55 0.58 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.50 0.43 0.14 1.03 0.13 1.25 0.42 1.11 0.69 0.70 0.27 0.38 0.10 1.11 0.48 0.02 0.01 0.00 0.02
P 0.24 0.32 0.46 0.36 0.50 0.20 0.71 0.01 0.65 0.34 0.35 0.49 0.22 0.25 0.54 0.18 0.01 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.48 1.21 0.22 0.54 1.00 0.45 0.55 0.58 0.41 0.70 1.30 1.49 0.25 0.69 1.10 0.33 0.68 1.15 0.33 0.72
C2 0.44 1.36 0.14 0.60 1.28 0.47 0.69 0.71 0.46 0.76 1.58 1.61 0.29 0.72 1.46 0.21 0.91 1.54 0.50 1.01
C2' 0.68 1.24 0.62 0.65 1.10 0.60 0.76 0.78 0.66 0.85 1.32 1.45 0.75 0.69 1.18 0.52 0.88 1.12 0.85 0.94
C3' 0.46 1.05 0.16 0.25 0.89 0.27 0.54 0.40 0.41 0.64 1.10 1.28 0.28 0.40 0.97 0.29 0.42 0.69 0.23 0.43
C4 0.28 1.20 0.12 0.68 1.31 0.57 0.71 0.85 0.41 0.64 1.50 1.34 0.32 0.75 1.55 0.13 1.06 1.82 0.64 1.22
C4' 0.38 0.88 0.49 0.66 0.67 0.49 0.36 0.56 0.30 0.48 0.92 1.17 0.56 0.76 0.75 0.26 0.64 0.98 0.40 0.63
C5 0.24 1.09 0.13 0.69 1.17 0.58 0.66 0.82 0.38 0.59 1.34 1.19 0.32 0.74 1.34 0.15 1.01 1.68 0.59 1.12
C5' 0.24 0.89 0.47 0.65 0.66 0.34 0.33 0.43 0.21 0.45 0.91 1.23 0.69 0.73 0.73 0.13 0.57 0.88 0.43 0.55
C6 0.32 1.13 0.14 0.65 1.07 0.52 0.60 0.71 0.39 0.64 1.30 1.28 0.32 0.74 1.19 0.14 0.86 1.41 0.46 0.92
N1 0.42 1.27 0.15 0.59 1.14 0.46 0.62 0.66 0.42 0.72 1.43 1.50 0.30 0.72 1.27 0.20 0.82 1.37 0.43 0.88
N3 0.37 1.33 0.12 0.65 1.34 0.52 0.72 0.80 0.45 0.72 1.61 1.53 0.31 0.74 1.57 0.14 1.01 1.72 0.60 1.15
O2 0.48 1.42 0.14 0.56 1.30 0.43 0.70 0.68 0.47 0.79 1.63 1.71 0.27 0.68 1.49 0.25 0.87 1.50 0.48 0.97
O2' 0.77 1.34 0.82 0.68 1.25 0.52 0.96 0.75 0.85 0.96 1.44 1.57 1.07 0.54 1.33 0.51 0.99 1.26 1.19 1.12
O3' 0.41 1.00 0.10 0.18 0.84 0.15 0.48 0.30 0.35 0.59 1.07 1.24 0.24 0.30 0.93 0.20 0.35 0.68 0.16 0.37
O4 0.23 1.12 0.13 0.70 1.32 0.61 0.71 0.90 0.38 0.59 1.46 1.24 0.31 0.75 1.61 0.16 1.12 1.95 0.72 1.33
O4' 0.69 1.00 0.81 1.02 0.76 0.86 0.51 0.91 0.55 0.68 1.03 1.27 0.82 1.12 0.82 0.63 0.98 1.34 0.66 0.95
O5' 0.33 0.60 0.72 0.94 0.43 0.67 0.28 0.79 0.30 0.32 0.62 0.87 0.81 1.02 0.48 0.25 0.90 1.14 0.77 0.88
OP1 1.10 0.42 1.59 2.10 0.42 1.95 0.72 2.11 0.93 0.74 0.43 0.53 1.44 2.10 0.40 1.33 2.12 2.51 1.92 2.13
OP2 1.07 0.49 1.83 2.00 0.85 1.62 1.23 1.95 1.31 0.95 0.54 0.23 1.86 1.66 0.79 1.07 2.26 2.59 2.31 2.33
P 0.94 0.16 1.59 1.98 0.35 1.65 0.75 1.82 0.92 0.65 0.13 0.32 1.53 1.98 0.25 1.04 1.97 2.25 1.83 1.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.17 0.03 0.00 0.11 0.29 0.21 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.24 0.01 0.07 0.08 0.47 0.35 0.21
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.12 0.05 0.02 0.07 0.08 0.00 0.02 0.10 0.01 0.20 0.19 0.11 0.08
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.02 0.09 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.21 0.16 0.11
C4 0.03 0.00 0.09 0.08 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.12 0.00 0.01 0.21 0.60 0.29 0.30
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.12 0.03 0.03 0.10 0.06 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.26 0.06
C5 0.03 0.02 0.07 0.11 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.06 0.01 0.05 0.27 0.57 0.26 0.31
C5' 0.05 0.06 0.12 0.00 0.18 0.00 0.25 0.00 0.25 0.11 0.10 0.09 0.06 0.08 0.19 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01
C6 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.07 0.25 0.48 0.17 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.01 0.14 0.42 0.22 0.15
N3 0.02 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.20 0.00 0.05 0.12 0.55 0.35 0.26
O2 0.05 0.00 0.08 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.35 0.01 0.12 0.03 0.44 0.43 0.22
O2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.18 0.06 0.12 0.06 0.07 0.08 0.19 0.17 0.00 0.03 0.20 0.04 0.21 0.14 0.23 0.13
O3' 0.17 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.06 0.08 0.05 0.14 0.20 0.35 0.03 0.00 0.12 0.12 0.14 0.27 0.19 0.18
O4 0.03 0.01 0.10 0.09 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.00 0.01 0.22 0.64 0.32 0.34
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.12 0.04 0.12 0.01 0.00 0.05 0.22 0.38 0.12
O5' 0.11 0.08 0.20 0.03 0.21 0.01 0.27 0.01 0.25 0.14 0.12 0.03 0.21 0.14 0.22 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.29 0.47 0.19 0.21 0.60 0.06 0.57 0.12 0.48 0.42 0.55 0.44 0.14 0.27 0.64 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.35 0.11 0.16 0.29 0.26 0.26 0.23 0.17 0.22 0.35 0.43 0.23 0.19 0.32 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.21 0.08 0.11 0.30 0.06 0.31 0.01 0.23 0.15 0.26 0.22 0.13 0.18 0.34 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00