ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55122

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.005, 0.033, 0.062, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.033 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.009, 0.045, 0.082, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.036
C6 A 0, -0.004, 0.037, 0.078, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.037 std_dev=0.041
N1 A 0, -0.005, 0.041, 0.087, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.041 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.020, 0.068, 0.117, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.068 std_dev=0.048
O2 A 0, 0.004, 0.079, 0.153, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.079 std_dev=0.075
C2' B 0, 0.034, 0.372, 0.710, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.372 std_dev=0.338
O2' B 0, -0.069, 0.629, 1.328, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.629 std_dev=0.698
C1' B 0, -0.072, 0.668, 1.407, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.668 std_dev=0.740
N1 B 0, -0.100, 0.729, 1.558, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.729 std_dev=0.829
O3' A 0, -0.173, 0.661, 1.496, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.661 std_dev=0.835
C3' A 0, -0.226, 0.643, 1.512, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.643 std_dev=0.869
C3' B 0, -0.105, 0.814, 1.733, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.814 std_dev=0.919
C5' B 0, -0.071, 0.878, 1.826, 2.195 max_d=2.195 avg_d=0.878 std_dev=0.948
O4' B 0, -0.110, 0.847, 1.803, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.847 std_dev=0.957
C4' B 0, -0.126, 0.910, 1.946, 2.360 max_d=2.360 avg_d=0.910 std_dev=1.036
O4' A 0, -0.274, 0.782, 1.837, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.782 std_dev=1.056
C4' A 0, -0.262, 0.822, 1.905, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.822 std_dev=1.084
C2' A 0, -0.306, 0.845, 1.995, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.845 std_dev=1.151
C6 B 0, -0.217, 1.031, 2.278, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.031 std_dev=1.247
O5' B 0, -0.147, 1.146, 2.439, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.146 std_dev=1.293
C5 B 0, -0.218, 1.108, 2.434, 2.972 max_d=2.972 avg_d=1.108 std_dev=1.326
C4 B 0, -0.255, 1.230, 2.715, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.230 std_dev=1.485
P B 0, -0.179, 1.351, 2.882, 3.491 max_d=3.491 avg_d=1.351 std_dev=1.530
C2 B 0, -0.292, 1.282, 2.857, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.282 std_dev=1.575
O3' B 0, -0.361, 1.499, 3.359, 4.121 max_d=4.121 avg_d=1.499 std_dev=1.860
O4 B 0, -0.366, 1.530, 3.425, 4.200 max_d=4.200 avg_d=1.530 std_dev=1.895
N3 B 0, -0.388, 1.528, 3.443, 4.229 max_d=4.229 avg_d=1.528 std_dev=1.915
OP1 B 0, -0.323, 1.637, 3.597, 4.392 max_d=4.392 avg_d=1.637 std_dev=1.960
O2' A 0, -0.557, 1.479, 3.515, 4.358 max_d=4.358 avg_d=1.479 std_dev=2.036
O2 B 0, -0.474, 1.810, 4.094, 5.032 max_d=5.032 avg_d=1.810 std_dev=2.284
C5' A 0, -0.558, 1.753, 4.065, 5.020 max_d=5.020 avg_d=1.753 std_dev=2.312
O5' A 0, -0.713, 1.883, 4.479, 5.554 max_d=5.554 avg_d=1.883 std_dev=2.596
OP2 B 0, -0.464, 2.189, 4.843, 5.924 max_d=5.924 avg_d=2.189 std_dev=2.654
P A 0, -0.890, 2.457, 5.804, 7.189 max_d=7.189 avg_d=2.457 std_dev=3.347
OP2 A 0, -0.836, 2.630, 6.096, 7.528 max_d=7.528 avg_d=2.630 std_dev=3.466
OP1 A 0, -1.048, 3.097, 7.242, 8.956 max_d=8.956 avg_d=3.097 std_dev=4.145

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.01 0.02 0.12 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.06
C2 0.04 0.00 0.10 0.14 0.03 0.27 0.03 0.61 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.04 0.22 0.64 0.46 0.49 0.43
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.07 0.07 0.02 0.06 0.16 0.01 0.04 0.03 0.01 0.30 0.13 0.52 0.31
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.10 0.22 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.08 0.34 0.13
C4 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.04 0.01 0.04 0.15 0.18 0.11 0.16
C4' 0.00 0.27 0.02 0.02 0.06 0.00 0.13 0.01 0.19 0.03 0.22 0.44 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.19 0.08 0.15
C5 0.04 0.03 0.07 0.07 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.14 0.01 0.13 0.33 0.70 0.67 0.68
C5' 0.05 0.61 0.07 0.03 0.16 0.01 0.25 0.00 0.34 0.12 0.52 1.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.06 0.01 0.07 0.08 0.02 0.19 0.01 0.34 0.00 0.01 0.03 0.03 0.15 0.17 0.01 0.20 0.46 0.72 0.73 0.74
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.09 0.12 0.12
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.22 0.02 0.52 0.03 0.01 0.00 0.02 0.20 0.08 0.03 0.18 0.56 0.33 0.42 0.32
O2 0.12 0.01 0.16 0.22 0.04 0.44 0.04 1.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.43 0.28 0.05 0.34 1.07 0.97 0.96 0.90
O2' 0.02 0.22 0.01 0.03 0.08 0.04 0.08 0.08 0.15 0.01 0.20 0.43 0.00 0.07 0.11 0.03 0.32 0.12 0.62 0.33
O3' 0.04 0.11 0.04 0.02 0.04 0.03 0.14 0.01 0.17 0.05 0.08 0.28 0.07 0.00 0.03 0.07 0.17 0.24 0.14 0.08
O4 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.03 0.05 0.11 0.03 0.00 0.04 0.18 0.18 0.10 0.16
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.20 0.02 0.18 0.34 0.03 0.07 0.04 0.00 0.13 0.07 0.17 0.12
O5' 0.02 0.64 0.30 0.28 0.15 0.01 0.33 0.00 0.46 0.06 0.56 1.07 0.32 0.17 0.18 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.46 0.13 0.08 0.18 0.19 0.70 0.02 0.72 0.09 0.33 0.97 0.12 0.24 0.18 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.11 0.49 0.52 0.34 0.11 0.08 0.67 0.02 0.73 0.12 0.42 0.96 0.62 0.14 0.10 0.17 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.06 0.43 0.31 0.13 0.16 0.15 0.68 0.01 0.74 0.12 0.32 0.90 0.33 0.08 0.16 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.67 0.32 0.14 0.46 0.38 0.30 0.24 0.30 0.50 0.61 0.87 0.55 0.43 0.47 0.56 0.04 0.19 1.56 0.61
C2 0.57 0.41 0.27 0.11 0.34 0.49 0.36 0.36 0.41 0.46 0.36 0.45 0.59 0.22 0.31 0.67 0.03 0.29 1.89 0.79
C2' 0.31 0.63 0.28 0.19 0.42 0.14 0.16 0.07 0.11 0.35 0.62 0.89 0.48 0.50 0.46 0.24 0.13 0.35 1.70 0.76
C3' 0.02 0.51 0.03 0.47 0.16 0.18 0.23 0.23 0.31 0.07 0.49 0.91 0.06 0.84 0.24 0.09 0.32 0.49 1.70 0.86
C4 0.71 0.30 0.33 0.02 0.42 0.68 0.64 0.56 0.73 0.57 0.27 0.12 0.72 0.05 0.37 0.88 0.02 0.30 1.98 0.81
C4' 0.59 0.15 0.76 1.16 0.52 0.72 0.90 0.78 0.95 0.58 0.19 0.32 0.70 1.52 0.46 0.59 0.85 0.95 2.13 1.33
C5 0.72 0.32 0.32 0.06 0.46 0.64 0.67 0.48 0.74 0.59 0.30 0.13 0.73 0.13 0.42 0.87 0.04 0.34 1.98 0.83
C5' 1.71 1.16 1.77 2.11 1.57 1.72 2.00 1.71 2.09 1.67 1.19 0.66 1.65 2.44 1.49 1.68 1.79 1.76 2.92 2.16
C6 0.63 0.40 0.28 0.17 0.43 0.49 0.51 0.32 0.56 0.53 0.37 0.34 0.68 0.35 0.41 0.72 0.08 0.34 1.88 0.81
N1 0.56 0.46 0.26 0.17 0.38 0.43 0.37 0.28 0.40 0.47 0.42 0.52 0.60 0.36 0.36 0.63 0.05 0.30 1.82 0.77
N3 0.66 0.35 0.32 0.03 0.38 0.62 0.50 0.50 0.58 0.53 0.31 0.28 0.67 0.06 0.33 0.80 0.01 0.27 1.94 0.79
O2 0.49 0.42 0.22 0.14 0.27 0.43 0.22 0.31 0.27 0.38 0.35 0.52 0.49 0.26 0.25 0.58 0.04 0.29 1.87 0.79
O2' 1.05 1.35 1.12 0.68 1.21 0.90 0.98 0.84 0.92 1.12 1.36 1.54 1.25 0.44 1.26 0.96 0.64 0.37 0.98 0.04
O3' 0.79 1.35 0.77 0.33 0.97 0.59 0.55 0.50 0.47 0.87 1.33 1.78 0.73 0.06 1.04 0.70 0.50 0.27 0.85 0.07
O4 0.75 0.23 0.34 0.07 0.44 0.74 0.73 0.66 0.83 0.60 0.21 0.03 0.74 0.13 0.37 0.95 0.05 0.28 1.97 0.79
O4' 0.27 0.07 0.60 1.04 0.32 0.45 0.54 0.57 0.56 0.31 0.11 0.25 0.43 1.36 0.29 0.23 0.70 0.84 2.13 1.26
O5' 1.82 1.25 1.91 2.43 1.57 2.03 1.97 1.97 2.07 1.73 1.24 0.81 1.60 2.91 1.48 1.88 2.18 2.17 3.36 2.54
OP1 3.27 2.42 3.07 3.53 2.81 3.41 3.34 3.35 3.53 3.10 2.38 1.82 2.57 3.74 2.65 3.43 3.44 3.33 4.17 3.60
OP2 2.40 1.79 2.43 3.20 2.02 3.02 2.40 2.95 2.53 2.25 1.74 1.40 1.82 3.66 1.90 2.73 3.37 3.39 4.42 3.64
P 2.52 1.83 2.58 3.26 2.08 2.97 2.50 2.89 2.65 2.35 1.77 1.37 2.08 3.74 1.95 2.74 3.11 3.07 4.09 3.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.09 0.03 0.16 0.04 0.01 0.29 0.29 0.01 0.20
C2 0.04 0.00 0.08 0.12 0.04 0.34 0.04 0.79 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.05 0.22 0.15 0.25 0.02 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.03 0.11 0.18 0.11 0.01 0.04 0.15 0.01 0.01 0.06 0.01 0.21 0.17 0.41 0.09
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.31 0.01 0.54 0.01 0.55 0.18 0.03 0.44 0.03 0.02 0.33 0.02 0.26 0.23 0.57 0.11
C4 0.02 0.04 0.05 0.31 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.06 0.21 0.24 0.01 0.03 0.69 0.71 1.32 0.88
C4' 0.01 0.34 0.03 0.01 0.08 0.00 0.38 0.01 0.44 0.04 0.22 0.67 0.30 0.03 0.08 0.00 0.02 0.14 0.51 0.12
C5 0.01 0.04 0.11 0.54 0.01 0.38 0.00 0.41 0.00 0.02 0.01 0.06 0.29 0.36 0.01 0.21 1.28 1.39 1.93 1.55
C5' 0.11 0.79 0.18 0.01 0.13 0.01 0.41 0.00 0.51 0.14 0.64 1.36 0.12 0.23 0.16 0.01 0.01 0.32 0.25 0.01
C6 0.02 0.02 0.11 0.55 0.01 0.44 0.00 0.51 0.00 0.01 0.00 0.05 0.27 0.31 0.02 0.27 1.29 1.34 1.61 1.44
N1 0.00 0.02 0.01 0.18 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.05 0.13 0.04 0.03 0.01 0.49 0.47 0.56 0.50
N3 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.22 0.01 0.64 0.00 0.01 0.00 0.05 0.11 0.03 0.03 0.15 0.07 0.03 0.46 0.11
O2 0.09 0.03 0.15 0.44 0.06 0.67 0.06 1.36 0.05 0.05 0.05 0.00 0.15 0.31 0.08 0.38 0.82 1.00 0.82 0.98
O2' 0.03 0.04 0.01 0.03 0.21 0.30 0.29 0.12 0.27 0.13 0.11 0.15 0.00 0.02 0.21 0.19 0.33 0.33 0.51 0.01
O3' 0.16 0.10 0.01 0.02 0.24 0.03 0.36 0.23 0.31 0.04 0.03 0.31 0.02 0.00 0.28 0.12 0.29 0.37 0.77 0.10
O4 0.04 0.05 0.06 0.33 0.01 0.08 0.01 0.16 0.02 0.03 0.03 0.08 0.21 0.28 0.00 0.03 0.69 0.71 1.47 0.92
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.03 0.00 0.21 0.01 0.27 0.01 0.15 0.38 0.19 0.12 0.03 0.00 0.22 0.30 0.02 0.24
O5' 0.29 0.15 0.21 0.26 0.69 0.02 1.28 0.01 1.29 0.49 0.07 0.82 0.33 0.29 0.69 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.29 0.25 0.17 0.23 0.71 0.14 1.39 0.32 1.34 0.47 0.03 1.00 0.33 0.37 0.71 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.02 0.41 0.57 1.32 0.51 1.93 0.25 1.61 0.56 0.46 0.82 0.51 0.77 1.47 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.19 0.09 0.11 0.88 0.12 1.55 0.01 1.44 0.50 0.11 0.98 0.01 0.10 0.92 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00