ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55123

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
O2' B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C5' B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C3' B 0, 0.000, 0.640, 1.280, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.640 std_dev=0.640
O2 B 0, 0.000, 0.803, 1.605, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.803 std_dev=0.803
C4' B 0, 0.000, 0.817, 1.634, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.817 std_dev=0.817
C1' B 0, 0.000, 0.839, 1.678, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.839 std_dev=0.839
C2 B 0, 0.000, 0.927, 1.855, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.927 std_dev=0.927
N1 B 0, 0.000, 0.961, 1.922, 1.922 max_d=1.922 avg_d=0.961 std_dev=0.961
O4' A 0, 0.000, 1.116, 2.232, 2.232 max_d=2.232 avg_d=1.116 std_dev=1.116
C2' A 0, 0.000, 1.131, 2.262, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.131 std_dev=1.131
O4' B 0, 0.000, 1.160, 2.321, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.160 std_dev=1.160
N3 B 0, 0.000, 1.198, 2.395, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.198 std_dev=1.198
O3' B 0, 0.000, 1.228, 2.457, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.228 std_dev=1.228
C6 B 0, 0.000, 1.244, 2.488, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.244 std_dev=1.244
O2' A 0, 0.000, 1.277, 2.554, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.277 std_dev=1.277
C5 B 0, 0.000, 1.582, 3.164, 3.164 max_d=3.164 avg_d=1.582 std_dev=1.582
C4 B 0, 0.000, 1.583, 3.165, 3.165 max_d=3.165 avg_d=1.583 std_dev=1.583
O5' B 0, 0.000, 1.653, 3.305, 3.305 max_d=3.305 avg_d=1.653 std_dev=1.653
C4' A 0, 0.000, 1.656, 3.311, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.656 std_dev=1.656
C3' A 0, 0.000, 1.792, 3.583, 3.583 max_d=3.583 avg_d=1.792 std_dev=1.792
O4 B 0, 0.000, 1.920, 3.839, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.920 std_dev=1.920
OP1 B 0, 0.000, 2.530, 5.060, 5.060 max_d=5.060 avg_d=2.530 std_dev=2.530
O3' A 0, 0.000, 2.543, 5.086, 5.086 max_d=5.086 avg_d=2.543 std_dev=2.543
P B 0, 0.000, 2.577, 5.154, 5.154 max_d=5.154 avg_d=2.577 std_dev=2.577
C5' A 0, 0.000, 2.797, 5.594, 5.594 max_d=5.594 avg_d=2.797 std_dev=2.797
OP2 B 0, 0.000, 3.288, 6.576, 6.576 max_d=6.576 avg_d=3.288 std_dev=3.288
O5' A 0, 0.000, 3.657, 7.314, 7.314 max_d=7.314 avg_d=3.657 std_dev=3.657
P A 0, 0.000, 4.428, 8.856, 8.856 max_d=8.856 avg_d=4.428 std_dev=4.428
OP2 A 0, 0.000, 4.638, 9.276, 9.276 max_d=9.276 avg_d=4.638 std_dev=4.638
OP1 A 0, 0.000, 4.863, 9.727, 9.727 max_d=9.727 avg_d=4.863 std_dev=4.863

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.23 0.15 0.32
C2 0.00 0.00 0.26 0.08 0.01 0.18 0.01 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.15 0.02 0.25 0.02 0.09 0.00 0.15
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.02 0.02 0.16 0.02 0.23 0.01 0.19 0.45 0.00 0.00 0.04 0.00 0.19 0.06 0.16 0.23
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.17 0.04 0.05 0.18 0.00 0.00 0.04 0.02 0.18 0.01 0.08 0.16
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.00 0.31 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.21 0.32 0.24 0.41
C4' 0.01 0.18 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.17 0.24 0.03 0.02 0.11 0.00 0.01 0.07 0.11 0.07
C5 0.02 0.01 0.16 0.14 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.18 0.01 0.20 0.39 0.52 0.46 0.66
C5' 0.06 0.43 0.02 0.01 0.31 0.00 0.08 0.00 0.01 0.19 0.45 0.54 0.04 0.08 0.34 0.01 0.00 0.19 0.32 0.01
C6 0.03 0.00 0.23 0.17 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.21 0.01 0.28 0.42 0.52 0.44 0.66
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.20 0.27 0.19 0.37
N3 0.01 0.00 0.19 0.05 0.00 0.17 0.00 0.45 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.11 0.01 0.17 0.06 0.13 0.05 0.20
O2 0.00 0.00 0.45 0.18 0.02 0.24 0.01 0.54 0.00 0.01 0.02 0.00 0.52 0.30 0.03 0.43 0.12 0.07 0.15 0.04
O2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.05 0.03 0.14 0.04 0.19 0.03 0.23 0.52 0.00 0.01 0.07 0.05 0.09 0.04 0.09 0.13
O3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.02 0.18 0.08 0.21 0.02 0.11 0.30 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.22 0.02 0.00
O4 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.11 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.00 0.01 0.20 0.32 0.24 0.40
O4' 0.00 0.25 0.00 0.02 0.00 0.00 0.20 0.01 0.28 0.00 0.17 0.43 0.05 0.00 0.01 0.00 0.15 0.32 0.10 0.32
O5' 0.19 0.02 0.19 0.18 0.21 0.01 0.39 0.00 0.42 0.20 0.06 0.12 0.09 0.08 0.20 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.23 0.09 0.06 0.01 0.32 0.07 0.52 0.19 0.52 0.27 0.13 0.07 0.04 0.22 0.32 0.32 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.00 0.16 0.08 0.24 0.11 0.46 0.32 0.44 0.19 0.05 0.15 0.09 0.02 0.24 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.15 0.23 0.16 0.41 0.07 0.66 0.01 0.66 0.37 0.20 0.04 0.13 0.00 0.40 0.32 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.55 0.02 0.29 0.95 0.10 0.99 0.26 0.85 0.61 0.75 0.30 0.23 0.67 1.03 0.56 0.75 1.06 1.85 1.46
C2 0.25 0.60 0.04 0.33 1.07 0.00 1.07 0.22 0.88 0.62 0.85 0.31 0.25 0.76 1.19 0.43 0.54 0.95 1.79 1.29
C2' 0.98 1.02 0.64 0.46 1.39 0.95 1.53 1.09 1.45 1.19 1.16 0.71 0.34 0.03 1.43 1.33 1.61 1.74 2.49 2.21
C3' 0.72 0.80 0.32 0.13 1.34 0.80 1.54 1.13 1.41 1.02 1.02 0.41 0.10 0.44 1.41 1.18 1.69 1.89 2.71 2.40
C4 0.11 0.53 0.11 0.39 1.05 0.14 1.01 0.12 0.78 0.52 0.84 0.20 0.30 0.83 1.19 0.22 0.19 0.57 1.39 0.88
C4' 0.02 0.28 0.47 0.74 0.86 0.13 0.96 0.18 0.75 0.37 0.55 0.06 0.79 1.23 0.99 0.35 0.81 1.22 2.05 1.63
C5 0.14 0.57 0.10 0.39 1.03 0.13 1.02 0.13 0.83 0.58 0.84 0.23 0.29 0.84 1.12 0.26 0.17 0.46 1.30 0.80
C5' 0.44 0.01 1.01 1.36 0.74 0.62 0.82 0.23 0.51 0.06 0.37 0.35 1.37 1.88 0.92 0.05 0.31 0.74 1.73 1.15
C6 0.26 0.59 0.05 0.35 1.00 0.03 1.03 0.20 0.88 0.64 0.81 0.28 0.25 0.82 1.07 0.45 0.39 0.63 1.50 1.02
N1 0.29 0.59 0.03 0.32 1.02 0.04 1.05 0.24 0.89 0.64 0.81 0.31 0.24 0.75 1.11 0.50 0.57 0.89 1.75 1.28
N3 0.17 0.56 0.08 0.37 1.07 0.08 1.05 0.16 0.83 0.56 0.84 0.25 0.28 0.81 1.21 0.32 0.36 0.79 1.63 1.11
O2 0.27 0.60 0.03 0.31 1.08 0.03 1.08 0.23 0.88 0.63 0.85 0.32 0.24 0.72 1.21 0.46 0.63 1.09 1.91 1.42
O2' 1.06 1.05 0.78 0.65 1.36 1.05 1.48 1.12 1.42 1.21 1.16 0.80 0.55 0.35 1.39 1.34 1.76 1.90 2.48 2.30
O3' 1.00 0.97 0.65 0.57 1.51 1.27 1.76 1.65 1.66 1.25 1.16 0.55 0.18 0.01 1.56 1.50 2.37 2.55 3.10 3.05
O4 0.02 0.45 0.14 0.41 1.01 0.20 0.93 0.08 0.68 0.42 0.79 0.12 0.32 0.83 1.18 0.11 0.06 0.46 1.24 0.73
O4' 0.32 0.03 0.71 1.00 0.54 0.55 0.57 0.31 0.35 0.06 0.29 0.23 0.92 1.40 0.67 0.06 0.26 0.71 1.51 1.07
O5' 0.71 0.41 1.26 1.46 0.42 0.58 0.62 0.00 0.32 0.24 0.04 0.86 1.78 2.11 0.60 0.18 0.54 1.23 1.98 1.46
OP1 1.31 1.00 1.96 2.02 0.09 1.02 0.13 0.36 0.23 0.84 0.60 1.43 2.57 2.46 0.13 0.72 0.01 0.66 1.23 0.74
OP2 1.08 0.79 1.64 1.68 0.31 0.74 0.58 0.02 0.18 0.54 0.31 1.38 2.39 2.40 0.56 0.43 0.20 0.85 1.67 1.05
P 1.35 0.99 1.94 2.07 0.01 1.10 0.20 0.40 0.17 0.82 0.55 1.47 2.54 2.75 0.22 0.75 0.01 0.74 1.46 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.41 0.40 0.01 0.17
C2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.17 0.02 0.00 0.46 0.35 0.02 0.19
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.46 0.70 0.37 0.44
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.02 0.13 0.00 0.01 0.05 0.00 0.16 0.52 0.09 0.18
C4 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.08 0.00 0.04 0.44 0.24 0.04 0.21
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.14 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.20 0.32 0.12
C5 0.00 0.02 0.03 0.10 0.00 0.15 0.00 0.31 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.44 0.25 0.09 0.25
C5' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.27 0.01 0.31 0.00 0.26 0.13 0.18 0.02 0.00 0.02 0.29 0.00 0.00 0.31 0.33 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.48 0.33 0.11 0.28
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.48 0.37 0.06 0.23
N3 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.15 0.01 0.02 0.46 0.29 0.01 0.18
O2 0.04 0.00 0.07 0.13 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.26 0.02 0.01 0.44 0.36 0.01 0.15
O2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.03 0.05 0.12 0.12 0.00 0.01 0.11 0.00 0.45 0.77 0.50 0.48
O3' 0.06 0.17 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.15 0.26 0.01 0.00 0.09 0.00 0.02 0.31 0.07 0.04
O4 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.09 0.00 0.04 0.42 0.20 0.03 0.19
O4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.28 0.18 0.30 0.05
O5' 0.41 0.46 0.46 0.16 0.44 0.01 0.44 0.00 0.48 0.48 0.46 0.44 0.45 0.02 0.42 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.40 0.35 0.70 0.52 0.24 0.20 0.25 0.31 0.33 0.37 0.29 0.36 0.77 0.31 0.20 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.02 0.37 0.09 0.04 0.32 0.09 0.33 0.11 0.06 0.01 0.01 0.50 0.07 0.03 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.19 0.44 0.18 0.21 0.12 0.25 0.00 0.28 0.23 0.18 0.15 0.48 0.04 0.19 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00