ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55124

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
O2' B 0, 0.000, 0.546, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.546 std_dev=0.546
O4' A 0, 0.000, 1.073, 2.145, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.073 std_dev=1.073
C2' A 0, 0.000, 1.115, 2.230, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.115 std_dev=1.115
C3' B 0, 0.000, 1.157, 2.314, 2.314 max_d=2.314 avg_d=1.157 std_dev=1.157
C4' A 0, 0.000, 1.212, 2.424, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.212 std_dev=1.212
C1' B 0, 0.000, 1.376, 2.751, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.376 std_dev=1.376
C3' A 0, 0.000, 1.464, 2.928, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.464 std_dev=1.464
O2' A 0, 0.000, 1.747, 3.495, 3.495 max_d=3.495 avg_d=1.747 std_dev=1.747
O3' A 0, 0.000, 1.813, 3.627, 3.627 max_d=3.627 avg_d=1.813 std_dev=1.813
C4' B 0, 0.000, 2.067, 4.134, 4.134 max_d=4.134 avg_d=2.067 std_dev=2.067
O4' B 0, 0.000, 2.105, 4.209, 4.209 max_d=4.209 avg_d=2.105 std_dev=2.105
N1 B 0, 0.000, 2.243, 4.487, 4.487 max_d=4.487 avg_d=2.243 std_dev=2.243
C6 B 0, 0.000, 2.255, 4.511, 4.511 max_d=4.511 avg_d=2.255 std_dev=2.255
O3' B 0, 0.000, 2.424, 4.847, 4.847 max_d=4.847 avg_d=2.424 std_dev=2.424
C5' A 0, 0.000, 2.617, 5.235, 5.235 max_d=5.235 avg_d=2.617 std_dev=2.617
C5' B 0, 0.000, 2.961, 5.921, 5.921 max_d=5.921 avg_d=2.961 std_dev=2.961
C5 B 0, 0.000, 3.385, 6.770, 6.770 max_d=6.770 avg_d=3.385 std_dev=3.385
O5' A 0, 0.000, 3.498, 6.995, 6.995 max_d=6.995 avg_d=3.498 std_dev=3.498
C2 B 0, 0.000, 3.563, 7.127, 7.127 max_d=7.127 avg_d=3.563 std_dev=3.563
O5' B 0, 0.000, 3.799, 7.597, 7.597 max_d=7.597 avg_d=3.799 std_dev=3.799
O2 B 0, 0.000, 4.058, 8.115, 8.115 max_d=8.115 avg_d=4.058 std_dev=4.058
OP2 A 0, 0.000, 4.130, 8.260, 8.260 max_d=8.260 avg_d=4.130 std_dev=4.130
C4 B 0, 0.000, 4.466, 8.931, 8.931 max_d=8.931 avg_d=4.466 std_dev=4.466
N3 B 0, 0.000, 4.489, 8.978, 8.978 max_d=8.978 avg_d=4.489 std_dev=4.489
P A 0, 0.000, 4.527, 9.054, 9.054 max_d=9.054 avg_d=4.527 std_dev=4.527
P B 0, 0.000, 4.853, 9.705, 9.705 max_d=9.705 avg_d=4.853 std_dev=4.853
OP1 B 0, 0.000, 5.245, 10.489, 10.489 max_d=10.489 avg_d=5.245 std_dev=5.245
O4 B 0, 0.000, 5.525, 11.050, 11.050 max_d=11.050 avg_d=5.525 std_dev=5.525
OP2 B 0, 0.000, 5.647, 11.295, 11.295 max_d=11.295 avg_d=5.647 std_dev=5.647
OP1 A 0, 0.000, 5.708, 11.416, 11.416 max_d=11.416 avg_d=5.708 std_dev=5.708

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.28 0.04 0.00 0.30 0.18 0.01 0.10
C2 0.04 0.00 0.16 0.09 0.02 0.18 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01 0.00 0.49 0.29 0.03 0.21 0.06 0.34 0.56 0.32
C2' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.16 0.14 0.01 0.11 0.26 0.00 0.03 0.02 0.02 0.48 0.67 0.69 0.58
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.16 0.00 0.17 0.01 0.14 0.10 0.13 0.03 0.01 0.00 0.17 0.01 0.18 0.46 0.35 0.30
C4 0.04 0.02 0.02 0.16 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.03 0.01 0.02 0.27 0.05 0.00 0.10 0.72 0.40 0.11 0.47
C4' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.03 0.00 0.18 0.00 0.22 0.00 0.12 0.34 0.23 0.01 0.03 0.00 0.02 0.12 0.14 0.08
C5 0.02 0.01 0.10 0.17 0.00 0.18 0.00 0.44 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.29 1.12 0.95 0.60 0.98
C5' 0.06 0.28 0.16 0.01 0.13 0.00 0.44 0.00 0.48 0.07 0.17 0.60 0.06 0.19 0.12 0.00 0.00 0.19 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.14 0.14 0.00 0.22 0.00 0.48 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.34 1.11 0.93 0.62 0.94
N1 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.16 0.03 0.04 0.50 0.26 0.02 0.25
N3 0.04 0.01 0.11 0.13 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.46 0.20 0.02 0.10 0.26 0.17 0.40 0.09
O2 0.05 0.00 0.26 0.03 0.02 0.34 0.01 0.60 0.00 0.01 0.01 0.00 0.70 0.47 0.03 0.45 0.45 0.96 1.14 0.93
O2' 0.00 0.49 0.00 0.01 0.27 0.23 0.01 0.06 0.09 0.17 0.46 0.70 0.00 0.02 0.30 0.14 0.19 0.50 0.71 0.41
O3' 0.28 0.29 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.19 0.05 0.16 0.20 0.47 0.02 0.00 0.03 0.18 0.09 0.22 0.25 0.09
O4 0.04 0.03 0.02 0.17 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.03 0.02 0.03 0.30 0.03 0.00 0.10 0.74 0.40 0.10 0.49
O4' 0.00 0.21 0.02 0.01 0.10 0.00 0.29 0.00 0.34 0.04 0.10 0.45 0.14 0.18 0.10 0.00 0.11 0.08 0.43 0.23
O5' 0.30 0.06 0.48 0.18 0.72 0.02 1.12 0.00 1.11 0.50 0.26 0.45 0.19 0.09 0.74 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.18 0.34 0.67 0.46 0.40 0.12 0.95 0.19 0.93 0.26 0.17 0.96 0.50 0.22 0.40 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.56 0.69 0.35 0.11 0.14 0.60 0.16 0.62 0.02 0.40 1.14 0.71 0.25 0.10 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.32 0.58 0.30 0.47 0.08 0.98 0.01 0.94 0.25 0.09 0.93 0.41 0.09 0.49 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 1.46 0.06 0.09 0.72 0.86 0.10 1.17 0.11 0.81 1.33 2.04 0.15 0.72 0.71 1.42 1.36 2.14 1.05 1.65
C2 0.74 1.46 0.04 0.17 0.88 0.58 0.21 0.80 0.16 0.80 1.45 1.94 0.16 0.79 0.93 1.17 0.86 1.27 0.15 0.84
C2' 1.26 1.75 0.36 0.34 1.04 1.33 0.51 1.64 0.53 1.19 1.58 2.28 0.21 0.36 1.01 1.86 1.93 2.81 1.66 2.31
C3' 0.85 1.20 0.02 0.23 0.53 1.27 0.07 1.83 0.12 0.72 1.03 1.70 0.15 0.33 0.50 1.56 2.30 3.04 2.30 2.78
C4 0.60 1.28 0.01 0.23 0.95 0.22 0.36 0.23 0.25 0.74 1.35 1.57 0.10 0.76 1.02 0.79 0.10 0.29 0.95 0.18
C4' 0.04 0.46 0.81 0.56 0.23 0.49 0.74 1.06 0.71 0.09 0.31 1.03 0.92 1.03 0.23 0.79 1.49 2.32 1.70 2.03
C5 0.61 1.25 0.01 0.25 0.89 0.23 0.35 0.25 0.26 0.75 1.28 1.51 0.10 0.78 0.93 0.82 0.10 0.44 0.81 0.09
C5' 0.88 0.44 1.70 1.31 0.97 0.27 1.44 0.44 1.48 0.96 0.53 0.06 1.86 1.69 0.93 0.09 0.95 1.64 1.35 1.51
C6 0.71 1.36 0.03 0.21 0.81 0.48 0.24 0.63 0.19 0.79 1.30 1.73 0.14 0.81 0.82 1.09 0.57 1.09 0.11 0.56
N1 0.77 1.45 0.05 0.17 0.81 0.65 0.18 0.89 0.15 0.80 1.38 1.93 0.16 0.79 0.83 1.24 0.95 1.50 0.35 1.02
N3 0.68 1.40 0.01 0.20 0.94 0.40 0.29 0.52 0.21 0.78 1.44 1.79 0.13 0.78 1.02 0.99 0.48 0.74 0.44 0.30
O2 0.76 1.49 0.06 0.16 0.87 0.66 0.17 0.92 0.14 0.80 1.47 2.02 0.17 0.78 0.92 1.23 1.06 1.51 0.44 1.10
O2' 1.78 2.32 0.84 0.66 1.52 1.62 0.95 1.72 0.99 1.70 2.12 2.94 0.77 0.07 1.47 2.26 2.07 3.28 1.91 2.58
O3' 1.24 1.39 0.49 0.73 0.60 1.78 0.20 2.26 0.34 0.97 1.13 1.91 0.42 0.27 0.51 1.95 2.91 3.80 3.19 3.60
O4 0.52 1.17 0.05 0.23 0.97 0.07 0.43 0.01 0.29 0.69 1.29 1.40 0.07 0.71 1.08 0.62 0.21 0.18 1.44 0.63
O4' 0.04 0.58 0.82 0.70 0.16 0.31 0.76 0.77 0.74 0.06 0.44 1.17 0.87 1.20 0.14 0.72 1.04 1.80 0.98 1.42
O5' 1.57 0.97 2.44 2.22 1.47 1.17 2.02 0.52 2.13 1.59 1.01 0.43 2.51 2.64 1.37 0.88 0.01 0.79 0.45 0.61
OP1 2.43 1.60 3.27 2.92 1.74 2.08 2.24 1.25 2.47 2.18 1.45 1.23 3.77 3.42 1.55 1.80 0.71 0.03 0.17 0.10
OP2 1.21 0.33 2.07 2.04 0.57 1.20 1.16 0.57 1.39 0.98 0.21 0.08 2.41 2.82 0.39 0.70 0.08 0.50 0.05 0.32
P 1.89 1.05 2.78 2.66 1.32 1.73 1.88 1.03 2.11 1.70 0.94 0.59 3.05 3.32 1.14 1.31 0.51 0.21 0.17 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.66 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.70 0.11 0.46 0.38
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.85 0.01 0.21
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.16 0.01 0.02 0.71 0.11 0.17
C4 0.01 0.01 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.00 0.08 1.09 0.52 1.17 1.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.18 0.00 0.25 0.00 0.25 0.10 0.08 0.10 0.00 0.00 0.18 0.00 0.01 0.76 0.01 0.30
C5 0.00 0.01 0.02 0.21 0.00 0.25 0.00 0.51 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.18 0.00 0.13 1.13 0.49 1.29 1.11
C5' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.39 0.00 0.51 0.00 0.46 0.23 0.22 0.09 0.00 0.02 0.41 0.02 0.00 0.23 0.37 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.20 0.00 0.25 0.00 0.46 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.17 0.00 0.14 0.99 0.20 1.03 0.84
N1 0.01 0.00 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.05 0.75 0.15 0.57 0.44
N3 0.02 0.00 0.04 0.10 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.90 0.25 0.79 0.71
O2 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.00 0.11 0.44 0.43 0.05 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.13 0.04 0.02 0.10 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 1.20 0.40 0.53
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.02 0.17 0.08 0.08 0.01 0.01 0.00 0.15 0.00 0.27 0.90 0.13 0.40
O4 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.18 0.00 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.00 0.08 1.15 0.69 1.32 1.18
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.02 0.14 0.05 0.02 0.11 0.05 0.00 0.08 0.00 0.36 0.57 0.11 0.09
O5' 0.38 0.70 0.15 0.02 1.09 0.01 1.13 0.00 0.99 0.75 0.90 0.44 0.04 0.27 1.15 0.36 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.66 0.11 0.85 0.71 0.52 0.76 0.49 0.23 0.20 0.15 0.25 0.43 1.20 0.90 0.69 0.57 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.46 0.01 0.11 1.17 0.01 1.29 0.37 1.03 0.57 0.79 0.05 0.40 0.13 1.32 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.38 0.21 0.17 1.04 0.30 1.11 0.01 0.84 0.44 0.71 0.00 0.53 0.40 1.18 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00