ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55126

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.000, 0.025, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O4 B 0, 0.000, 0.121, 0.242, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.121 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
C4 B 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O3' A 0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C6 B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
N3 B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
N1 B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O5' A 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
OP2 A 0, 0.000, 0.351, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C3' B 0, 0.000, 0.359, 0.717, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O3' B 0, 0.000, 0.389, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.389 std_dev=0.389
P A 0, 0.000, 0.393, 0.787, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.393 std_dev=0.393
C2' B 0, 0.000, 0.394, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.394 std_dev=0.394
O2 B 0, 0.000, 0.402, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O4' B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.000, 0.452, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C5' B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
OP2 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O5' B 0, 0.000, 0.557, 1.115, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.557 std_dev=0.557
O2' B 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
OP1 A 0, 0.000, 0.599, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.599 std_dev=0.599
P B 0, 0.000, 0.605, 1.210, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.605 std_dev=0.605
OP1 B 0, 0.000, 0.833, 1.667, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.833 std_dev=0.833

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05
C2 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.12 0.11 0.15 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05
C5 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.13 0.13 0.16 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.08 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.10 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00
N3 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.08 0.05 0.11 0.06
O2 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.13 0.14 0.18 0.14
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06
O5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.10 0.05 0.08 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.07 0.00 0.05 0.04 0.03 0.02 0.14 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.00 0.09 0.04 0.11 0.03 0.01 0.01 0.18 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.01 0.05 0.04 0.11 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.14 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.08 0.16 0.16 0.00 0.16 0.12 0.17 0.16 0.07 0.10 0.20 0.19 0.14 0.03 0.14 0.17 0.04 0.14 0.13
C2 0.15 0.03 0.17 0.14 0.02 0.13 0.13 0.12 0.16 0.10 0.07 0.12 0.21 0.10 0.03 0.13 0.11 0.04 0.05 0.06
C2' 0.13 0.08 0.16 0.16 0.00 0.16 0.12 0.16 0.15 0.07 0.10 0.18 0.20 0.15 0.03 0.14 0.16 0.03 0.14 0.13
C3' 0.09 0.12 0.12 0.13 0.05 0.13 0.09 0.14 0.13 0.03 0.15 0.22 0.16 0.13 0.08 0.11 0.14 0.01 0.15 0.12
C4 0.05 0.09 0.06 0.02 0.03 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.12 0.14 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.17 0.04 0.05
C4' 0.08 0.13 0.09 0.12 0.06 0.13 0.07 0.14 0.11 0.02 0.15 0.22 0.13 0.12 0.08 0.10 0.15 0.04 0.16 0.13
C5 0.01 0.14 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.16 0.21 0.02 0.05 0.06 0.00 0.00 0.15 0.01 0.03
C5' 0.01 0.18 0.02 0.04 0.11 0.07 0.02 0.09 0.06 0.04 0.20 0.26 0.05 0.05 0.14 0.04 0.11 0.00 0.15 0.10
C6 0.04 0.15 0.04 0.05 0.04 0.06 0.11 0.08 0.13 0.01 0.16 0.24 0.05 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06 0.09 0.05
N1 0.11 0.09 0.14 0.13 0.01 0.13 0.12 0.13 0.15 0.07 0.12 0.20 0.16 0.10 0.04 0.11 0.12 0.02 0.10 0.09
N3 0.11 0.03 0.13 0.09 0.01 0.08 0.12 0.07 0.14 0.08 0.08 0.10 0.16 0.05 0.03 0.08 0.05 0.12 0.01 0.00
O2 0.19 0.02 0.22 0.18 0.03 0.17 0.14 0.16 0.17 0.13 0.03 0.06 0.28 0.15 0.01 0.17 0.15 0.01 0.06 0.09
O2' 0.13 0.05 0.15 0.15 0.02 0.15 0.12 0.15 0.15 0.08 0.07 0.15 0.21 0.13 0.01 0.14 0.16 0.04 0.13 0.13
O3' 0.11 0.11 0.13 0.14 0.06 0.14 0.08 0.14 0.12 0.04 0.15 0.20 0.19 0.14 0.09 0.12 0.15 0.01 0.15 0.12
O4 0.01 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.00 0.11 0.12 0.04 0.04 0.07 0.02 0.07 0.24 0.12 0.12
O4' 0.10 0.12 0.12 0.15 0.03 0.16 0.10 0.17 0.14 0.04 0.13 0.22 0.15 0.15 0.05 0.13 0.18 0.07 0.17 0.15
O5' 0.02 0.20 0.03 0.01 0.13 0.04 0.02 0.07 0.02 0.07 0.21 0.26 0.01 0.00 0.15 0.01 0.10 0.02 0.14 0.10
OP1 0.04 0.10 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.08 0.04 0.01 0.13 0.13 0.03 0.00 0.12 0.08 0.14 0.06 0.17 0.13
OP2 0.02 0.20 0.02 0.00 0.16 0.05 0.04 0.09 0.01 0.08 0.23 0.25 0.00 0.00 0.18 0.02 0.11 0.00 0.15 0.10
P 0.01 0.16 0.01 0.01 0.13 0.05 0.03 0.07 0.01 0.06 0.18 0.21 0.00 0.00 0.15 0.03 0.10 0.00 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.12 0.12 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.07 0.19 0.18 0.12
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.17 0.17 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.12 0.12 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.17 0.16 0.09
O2 0.03 0.00 0.06 0.11 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.03 0.01 0.10 0.10 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.02
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.11 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.04 0.06 0.03
O4 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.08 0.23 0.20 0.14
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01
O5' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.12 0.05 0.06 0.19 0.04 0.17 0.07 0.12 0.09 0.17 0.10 0.06 0.04 0.23 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.12 0.02 0.02 0.18 0.01 0.17 0.05 0.12 0.09 0.16 0.10 0.04 0.06 0.20 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.00 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.07 0.04 0.09 0.03 0.02 0.03 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00