ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55138

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 9, 30, 7, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.010, 0.014, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.013, 0.042, 0.070, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.042 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.065, 0.128, 0.190, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.128 std_dev=0.062
O3' A 0, 0.648, 0.841, 1.034, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.841 std_dev=0.193
O2' B 0, 0.236, 0.450, 0.665, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.450 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.815, 1.073, 1.332, 1.591 max_d=1.591 avg_d=1.073 std_dev=0.258
C3' A 0, -0.073, 0.241, 0.554, 2.440 max_d=2.440 avg_d=0.241 std_dev=0.314
C2' A 0, -0.156, 0.188, 0.531, 2.628 max_d=2.628 avg_d=0.188 std_dev=0.343
C1' B 0, 1.196, 1.543, 1.890, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.543 std_dev=0.347
O4' A 0, -0.211, 0.144, 0.500, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.144 std_dev=0.356
O4' B 0, 1.611, 1.971, 2.330, 2.668 max_d=2.668 avg_d=1.971 std_dev=0.360
C4' A 0, 0.126, 0.497, 0.869, 3.057 max_d=3.057 avg_d=0.497 std_dev=0.372
C3' B 0, 1.664, 2.069, 2.474, 2.665 max_d=2.665 avg_d=2.069 std_dev=0.405
C4' B 0, 1.967, 2.455, 2.943, 3.128 max_d=3.128 avg_d=2.455 std_dev=0.488
O3' B 0, 1.747, 2.268, 2.788, 4.609 max_d=4.609 avg_d=2.268 std_dev=0.521
O2' A 0, -0.097, 0.451, 1.000, 4.323 max_d=4.323 avg_d=0.451 std_dev=0.549
N1 B 0, 2.209, 2.769, 3.329, 3.640 max_d=3.640 avg_d=2.769 std_dev=0.560
C6 B 0, 3.001, 3.703, 4.406, 4.702 max_d=4.702 avg_d=3.703 std_dev=0.703
C5' A 0, 0.494, 1.201, 1.908, 5.981 max_d=5.981 avg_d=1.201 std_dev=0.707
C2 B 0, 2.603, 3.358, 4.114, 6.274 max_d=6.274 avg_d=3.358 std_dev=0.756
O2 B 0, 2.344, 3.116, 3.889, 6.957 max_d=6.957 avg_d=3.116 std_dev=0.772
C5' B 0, 3.002, 3.785, 4.568, 4.800 max_d=4.800 avg_d=3.785 std_dev=0.783
O5' A 0, 0.441, 1.268, 2.095, 7.030 max_d=7.030 avg_d=1.268 std_dev=0.827
O5' B 0, 3.455, 4.333, 5.211, 5.500 max_d=5.500 avg_d=4.333 std_dev=0.878
C5 B 0, 3.899, 4.803, 5.707, 5.928 max_d=5.928 avg_d=4.803 std_dev=0.904
N3 B 0, 3.574, 4.562, 5.550, 8.208 max_d=8.208 avg_d=4.562 std_dev=0.988
OP1 A 0, 2.150, 3.182, 4.214, 9.403 max_d=9.403 avg_d=3.182 std_dev=1.032
C4 B 0, 4.110, 5.143, 6.176, 7.787 max_d=7.787 avg_d=5.143 std_dev=1.033
P A 0, 1.472, 2.511, 3.550, 9.217 max_d=9.217 avg_d=2.511 std_dev=1.039
P B 0, 4.609, 5.773, 6.936, 7.208 max_d=7.208 avg_d=5.773 std_dev=1.163
OP2 A 0, 2.036, 3.258, 4.480, 10.830 max_d=10.830 avg_d=3.258 std_dev=1.222
OP2 B 0, 5.285, 6.522, 7.759, 8.101 max_d=8.101 avg_d=6.522 std_dev=1.237
N4 B 0, 5.047, 6.327, 7.607, 9.939 max_d=9.939 avg_d=6.327 std_dev=1.280
OP1 B 0, 5.249, 6.595, 7.941, 8.585 max_d=8.585 avg_d=6.595 std_dev=1.346

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.02 0.00 0.12 0.19 0.19 0.16
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.01 0.07 0.31 0.33 0.34 0.31
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.09 0.02 0.05 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.17 0.14 0.15 0.15
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.05 0.15 0.02 0.01 0.04 0.01 0.16 0.12 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.00 0.03 0.20 0.31 0.27 0.27
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.07 0.18 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.12 0.18 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.08 0.00 0.10 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.05 0.16 0.33 0.29 0.30
C5' 0.06 0.19 0.11 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.27 0.12 0.17 0.34 0.07 0.08 0.16 0.01 0.01 0.15 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.09 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.17 0.28 0.26 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.01 0.16 0.24 0.21 0.21
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.30 0.33 0.33 0.30
O2 0.02 0.01 0.14 0.15 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.18 0.01 0.11 0.44 0.41 0.48 0.42
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.09 0.03 0.09 0.07 0.08 0.04 0.07 0.09 0.00 0.06 0.11 0.02 0.17 0.12 0.16 0.14
O3' 0.12 0.14 0.03 0.01 0.09 0.02 0.06 0.08 0.06 0.10 0.13 0.18 0.06 0.00 0.09 0.10 0.18 0.22 0.24 0.17
O4 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.00 0.04 0.21 0.33 0.29 0.28
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.11 0.02 0.10 0.04 0.00 0.19 0.23 0.27 0.23
O5' 0.12 0.31 0.17 0.16 0.20 0.02 0.16 0.01 0.17 0.16 0.30 0.44 0.17 0.18 0.21 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.33 0.14 0.12 0.31 0.12 0.33 0.15 0.28 0.24 0.33 0.41 0.12 0.22 0.33 0.23 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.34 0.15 0.12 0.27 0.18 0.29 0.17 0.26 0.21 0.33 0.48 0.16 0.24 0.29 0.27 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.31 0.15 0.09 0.27 0.07 0.30 0.01 0.28 0.21 0.30 0.42 0.14 0.17 0.28 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.21 0.07 0.15 0.20 0.28 0.13 0.34 0.12 0.13 0.25 0.24 0.27 0.09 0.24 0.27 0.24 0.37 0.19 0.27
C2 0.24 0.32 0.10 0.20 0.38 0.38 0.33 0.49 0.30 0.26 0.39 0.43 0.35 0.10 0.27 0.38 0.40 0.56 0.38 0.46
C2' 0.26 0.50 0.36 0.30 0.53 0.13 0.45 0.13 0.38 0.39 0.55 0.57 0.52 0.26 0.30 0.12 0.20 0.17 0.27 0.18
C3' 0.24 0.44 0.34 0.34 0.53 0.17 0.49 0.17 0.41 0.37 0.52 0.58 0.40 0.24 0.34 0.15 0.28 0.23 0.38 0.27
C4 0.33 0.54 0.17 0.29 0.71 0.47 0.65 0.62 0.55 0.47 0.68 0.80 0.48 0.15 0.30 0.48 0.58 0.73 0.63 0.66
C4' 0.11 0.18 0.23 0.34 0.24 0.16 0.25 0.20 0.22 0.16 0.21 0.26 0.21 0.14 0.46 0.09 0.28 0.31 0.34 0.29
C5 0.34 0.56 0.18 0.29 0.69 0.48 0.63 0.61 0.55 0.48 0.68 0.75 0.52 0.15 0.30 0.49 0.56 0.68 0.60 0.63
C5' 0.32 0.27 0.50 0.68 0.34 0.48 0.42 0.53 0.42 0.33 0.27 0.34 0.26 0.40 0.85 0.33 0.60 0.64 0.64 0.60
C6 0.28 0.41 0.14 0.25 0.47 0.41 0.43 0.51 0.39 0.35 0.48 0.51 0.42 0.12 0.29 0.41 0.44 0.56 0.44 0.49
N1 0.22 0.30 0.09 0.20 0.33 0.36 0.28 0.45 0.26 0.24 0.35 0.37 0.33 0.09 0.27 0.35 0.36 0.50 0.34 0.41
N3 0.29 0.43 0.13 0.25 0.55 0.43 0.50 0.57 0.43 0.37 0.53 0.62 0.40 0.12 0.29 0.44 0.50 0.67 0.52 0.58
O2 0.21 0.29 0.08 0.17 0.32 0.35 0.25 0.44 0.22 0.21 0.35 0.37 0.34 0.09 0.25 0.34 0.34 0.52 0.31 0.40
O2' 0.35 0.72 0.36 0.22 0.74 0.14 0.60 0.16 0.49 0.53 0.81 0.81 0.78 0.22 0.15 0.20 0.18 0.16 0.27 0.17
O3' 0.11 0.34 0.10 0.09 0.46 0.23 0.36 0.23 0.25 0.22 0.46 0.54 0.33 0.23 0.13 0.19 0.10 0.20 0.17 0.11
O4 0.36 0.62 0.19 0.31 0.85 0.49 0.78 0.67 0.65 0.54 0.81 0.98 0.53 0.16 0.30 0.51 0.65 0.81 0.74 0.75
O4' 0.22 0.26 0.10 0.22 0.20 0.26 0.17 0.31 0.18 0.20 0.25 0.21 0.34 0.12 0.37 0.27 0.26 0.38 0.25 0.30
O5' 0.32 0.28 0.55 0.77 0.42 0.52 0.52 0.61 0.51 0.37 0.32 0.44 0.24 0.35 0.94 0.34 0.72 0.78 0.79 0.74
OP1 0.18 0.15 0.43 0.82 0.23 0.65 0.40 0.83 0.42 0.20 0.17 0.25 0.34 0.25 1.11 0.33 0.90 1.11 0.97 0.97
OP2 0.58 0.53 0.74 1.10 0.84 0.88 1.02 1.06 0.97 0.72 0.62 0.87 0.27 0.40 1.17 0.68 1.26 1.35 1.41 1.32
P 0.43 0.26 0.65 1.02 0.49 0.80 0.67 0.94 0.67 0.47 0.31 0.49 0.11 0.40 1.25 0.54 1.04 1.15 1.11 1.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.09 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.11 0.12 0.17 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.14 0.18 0.23 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.15 0.19 0.23 0.20
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.13 0.15 0.17 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.11 0.14 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.12 0.15 0.20 0.17
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.15 0.20 0.25 0.21
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.09 0.10 0.15 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.05 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.13 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.07
O5' 0.05 0.11 0.03 0.03 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.10 0.12 0.15 0.09 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.12 0.06 0.08 0.18 0.05 0.19 0.05 0.15 0.11 0.15 0.20 0.10 0.08 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.17 0.05 0.06 0.23 0.04 0.23 0.02 0.17 0.14 0.20 0.25 0.15 0.05 0.11 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.14 0.03 0.04 0.19 0.02 0.20 0.01 0.17 0.13 0.17 0.21 0.12 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00