ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55140

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 7, 13, 10, 7, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.020, 0.036, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.036 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.088, 0.145, 0.202, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.145 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.035, 0.094, 0.152, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.094 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.022, 0.089, 0.156, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.089 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.052, 0.143, 0.233, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.143 std_dev=0.091
C3' A 0, 0.119, 0.216, 0.312, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.216 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.146, 0.246, 0.346, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.246 std_dev=0.100
O5' A 0, 0.249, 0.383, 0.518, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.383 std_dev=0.135
P A 0, 0.190, 0.326, 0.462, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.326 std_dev=0.136
O3' B 0, 0.295, 0.432, 0.570, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.432 std_dev=0.138
O2' B 0, 0.301, 0.440, 0.580, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.440 std_dev=0.140
C3' B 0, 0.173, 0.318, 0.462, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.318 std_dev=0.144
C2' B 0, 0.212, 0.357, 0.502, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.357 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.100, 0.259, 0.419, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.259 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.253, 0.453, 0.654, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.453 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.148, 0.356, 0.563, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.356 std_dev=0.207
O3' A 0, 1.132, 1.368, 1.604, 1.688 max_d=1.688 avg_d=1.368 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.269, 0.520, 0.770, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.520 std_dev=0.251
OP1 A 0, 0.305, 0.580, 0.854, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.580 std_dev=0.274
OP2 A 0, 0.263, 0.539, 0.815, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.539 std_dev=0.276
O4' B 0, 0.161, 0.438, 0.715, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.438 std_dev=0.277
C6 B 0, 0.366, 0.646, 0.927, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.646 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.208, 0.512, 0.817, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.512 std_dev=0.304
O2 B 0, 0.186, 0.491, 0.796, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.491 std_dev=0.305
C2 B 0, 0.185, 0.492, 0.799, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.492 std_dev=0.307
O5' B 0, 0.199, 0.525, 0.851, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.525 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.360, 0.696, 1.031, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.696 std_dev=0.336
P B 0, 0.216, 0.572, 0.928, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.572 std_dev=0.356
OP1 B 0, 0.281, 0.639, 0.998, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.639 std_dev=0.358
N3 B 0, 0.183, 0.542, 0.902, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.542 std_dev=0.359
OP2 B 0, 0.228, 0.592, 0.955, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.592 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.250, 0.619, 0.988, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.619 std_dev=0.369
N4 B 0, 0.234, 0.668, 1.103, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.668 std_dev=0.434

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.23 0.07 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.09 0.27 0.05 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.14 0.16 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.10 0.19 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.12 0.23 0.08 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.14 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.13 0.22 0.08 0.09
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.11 0.24 0.05 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.09 0.25 0.05 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.11 0.26 0.06 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.07 0.01 0.04 0.08 0.27 0.05 0.08
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.07 0.10 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.13 0.20 0.07
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.12 0.20 0.06
O4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.13 0.22 0.10 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.25 0.05 0.10
O5' 0.06 0.09 0.05 0.04 0.12 0.02 0.13 0.01 0.11 0.09 0.11 0.08 0.06 0.04 0.13 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.27 0.14 0.10 0.23 0.14 0.22 0.06 0.24 0.25 0.26 0.27 0.13 0.12 0.22 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.05 0.16 0.19 0.08 0.09 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.20 0.20 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.05 0.06 0.10 0.03 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.06 0.10 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.07 0.11 0.09 0.19 0.10 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06
C2 0.09 0.15 0.08 0.07 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.14 0.11 0.22 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07
C2' 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.11 0.07 0.11 0.09 0.20 0.11 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08
C3' 0.08 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.12 0.06 0.12 0.07 0.10 0.08 0.19 0.12 0.06 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07
C4 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.17 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.09 0.09
C4' 0.07 0.10 0.07 0.04 0.09 0.04 0.15 0.04 0.14 0.07 0.10 0.10 0.18 0.10 0.03 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06
C5 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.15 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09
C5' 0.08 0.11 0.07 0.04 0.13 0.03 0.18 0.04 0.17 0.09 0.11 0.14 0.17 0.09 0.01 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06
C6 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.11 0.07 0.09 0.09 0.15 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07
N1 0.07 0.11 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.18 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
N3 0.10 0.15 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.10 0.14 0.10 0.21 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08
O2 0.11 0.18 0.09 0.08 0.13 0.09 0.11 0.08 0.11 0.12 0.17 0.13 0.25 0.10 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.07
O2' 0.12 0.16 0.11 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.13 0.12 0.16 0.13 0.24 0.12 0.08 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11
O3' 0.09 0.13 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.07 0.12 0.09 0.12 0.10 0.22 0.12 0.06 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09
O4 0.10 0.13 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.13 0.10 0.18 0.10 0.09 0.10 0.09 0.14 0.11 0.11
O4' 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.07 0.14 0.08 0.13 0.07 0.10 0.10 0.18 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08
O5' 0.10 0.12 0.09 0.07 0.17 0.05 0.21 0.05 0.20 0.13 0.14 0.18 0.15 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08
OP1 0.02 0.07 0.04 0.02 0.08 0.05 0.12 0.10 0.11 0.04 0.07 0.10 0.12 0.09 0.01 0.03 0.15 0.21 0.20 0.19
OP2 0.09 0.20 0.10 0.05 0.19 0.04 0.17 0.08 0.15 0.14 0.21 0.20 0.23 0.09 0.01 0.05 0.07 0.15 0.09 0.09
P 0.02 0.08 0.03 0.01 0.07 0.01 0.11 0.03 0.10 0.04 0.08 0.09 0.13 0.04 0.00 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.09 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.09 0.11 0.14 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.08 0.09 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.12 0.16 0.12
O2 0.01 0.00 0.10 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.10 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.06 0.07 0.10 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.07 0.09 0.05 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.04 0.05 0.11 0.03 0.11 0.03 0.09 0.06 0.09 0.12 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.10 0.03 0.04 0.14 0.01 0.14 0.01 0.10 0.08 0.12 0.16 0.09 0.03 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.02 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09 0.12 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00