ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55141

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 6, 6, 9, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.007, 0.048, 0.089, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.048 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.053, 0.132, 0.211, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.132 std_dev=0.079
C2' A 0, 0.065, 0.177, 0.288, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.177 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.110, 0.249, 0.387, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.249 std_dev=0.139
C3' A 0, 0.120, 0.267, 0.415, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.267 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.132, 0.292, 0.452, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.292 std_dev=0.160
O5' A 0, 0.207, 0.373, 0.538, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.373 std_dev=0.166
O2' B 0, 0.175, 0.341, 0.508, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.341 std_dev=0.167
C2' B 0, 0.182, 0.365, 0.549, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.365 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.170, 0.382, 0.594, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.382 std_dev=0.212
P A 0, 0.224, 0.444, 0.664, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.444 std_dev=0.220
O3' B 0, 0.218, 0.460, 0.701, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.460 std_dev=0.241
O3' A 0, 0.198, 0.441, 0.685, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.441 std_dev=0.244
C3' B 0, 0.272, 0.533, 0.794, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.533 std_dev=0.261
C1' B 0, 0.303, 0.576, 0.848, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.576 std_dev=0.273
OP2 A 0, 0.244, 0.531, 0.819, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.531 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.240, 0.550, 0.860, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.550 std_dev=0.310
O4' B 0, 0.401, 0.752, 1.103, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.752 std_dev=0.351
C4' B 0, 0.353, 0.718, 1.083, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.718 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.323, 0.749, 1.175, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.749 std_dev=0.426
O2 B 0, 0.167, 0.661, 1.155, 2.323 max_d=2.323 avg_d=0.661 std_dev=0.494
C2 B 0, 0.189, 0.718, 1.247, 2.492 max_d=2.492 avg_d=0.718 std_dev=0.529
C6 B 0, 0.479, 1.038, 1.596, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.038 std_dev=0.558
C5' B 0, 0.463, 1.033, 1.603, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.033 std_dev=0.570
O5' B 0, 0.500, 1.170, 1.839, 3.270 max_d=3.270 avg_d=1.170 std_dev=0.669
N3 B 0, 0.206, 0.914, 1.623, 3.538 max_d=3.538 avg_d=0.914 std_dev=0.709
C5 B 0, 0.526, 1.236, 1.947, 3.851 max_d=3.851 avg_d=1.236 std_dev=0.711
C4 B 0, 0.384, 1.150, 1.915, 4.083 max_d=4.083 avg_d=1.150 std_dev=0.766
P B 0, 0.729, 1.655, 2.582, 4.346 max_d=4.346 avg_d=1.655 std_dev=0.927
OP1 B 0, 0.756, 1.693, 2.629, 4.469 max_d=4.469 avg_d=1.693 std_dev=0.937
N4 B 0, 0.421, 1.361, 2.301, 5.108 max_d=5.108 avg_d=1.361 std_dev=0.940
OP2 B 0, 1.049, 2.154, 3.258, 4.808 max_d=4.808 avg_d=2.154 std_dev=1.104

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.16 0.11
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.02 0.03 0.11 0.15 0.26 0.18
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.05 0.10 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.11 0.15 0.09
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.09 0.11 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.14 0.12 0.09
C4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.04 0.15 0.24 0.34 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.02 0.07 0.00 0.03 0.09 0.06 0.04
C5 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.01 0.05 0.16 0.24 0.32 0.25
C5' 0.02 0.07 0.03 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.09 0.06 0.07 0.03 0.13 0.02 0.01 0.10 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.13 0.17 0.25 0.19
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.10 0.13 0.23 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.03 0.14 0.20 0.31 0.22
O2 0.05 0.01 0.10 0.11 0.02 0.06 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.13 0.02 0.05 0.11 0.13 0.24 0.16
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.08 0.08 0.06 0.07 0.05 0.04 0.09 0.13 0.00 0.06 0.09 0.07 0.05 0.12 0.12 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.10 0.05 0.10 0.13 0.06 0.00 0.12 0.02 0.12 0.23 0.19 0.16
O4 0.03 0.02 0.07 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.12 0.00 0.04 0.17 0.28 0.36 0.27
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00 0.09 0.12 0.15 0.12
O5' 0.07 0.11 0.08 0.08 0.15 0.03 0.16 0.01 0.13 0.10 0.14 0.11 0.05 0.12 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.15 0.11 0.14 0.24 0.09 0.24 0.10 0.17 0.13 0.20 0.13 0.12 0.23 0.28 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.26 0.15 0.12 0.34 0.06 0.32 0.03 0.25 0.23 0.31 0.24 0.12 0.19 0.36 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.09 0.09 0.25 0.04 0.25 0.02 0.19 0.16 0.22 0.16 0.07 0.16 0.27 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.53 0.20 0.23 0.63 0.16 0.56 0.23 0.47 0.43 0.63 0.69 0.52 0.18 0.21 0.22 0.38 0.35 0.58 0.43
C2 0.31 0.56 0.20 0.31 0.82 0.28 0.77 0.42 0.63 0.51 0.74 0.91 0.44 0.15 0.24 0.32 0.60 0.60 0.93 0.70
C2' 0.27 0.51 0.21 0.21 0.62 0.15 0.55 0.22 0.45 0.41 0.61 0.69 0.49 0.23 0.16 0.21 0.39 0.39 0.60 0.44
C3' 0.26 0.41 0.23 0.16 0.46 0.13 0.41 0.16 0.35 0.33 0.46 0.50 0.43 0.31 0.12 0.19 0.32 0.35 0.48 0.34
C4 0.30 0.37 0.20 0.37 0.71 0.41 0.78 0.61 0.66 0.45 0.51 0.76 0.27 0.15 0.30 0.40 0.78 0.83 1.18 0.92
C4' 0.28 0.43 0.24 0.16 0.43 0.13 0.37 0.13 0.33 0.34 0.46 0.46 0.47 0.32 0.13 0.20 0.25 0.27 0.35 0.25
C5 0.28 0.29 0.20 0.37 0.49 0.40 0.60 0.57 0.55 0.39 0.35 0.49 0.26 0.16 0.30 0.37 0.72 0.73 0.99 0.81
C5' 0.29 0.34 0.28 0.15 0.30 0.16 0.27 0.12 0.26 0.29 0.34 0.31 0.39 0.39 0.11 0.22 0.22 0.29 0.28 0.20
C6 0.25 0.35 0.18 0.31 0.49 0.29 0.53 0.42 0.48 0.38 0.42 0.51 0.29 0.14 0.26 0.28 0.56 0.55 0.77 0.62
N1 0.28 0.50 0.19 0.28 0.66 0.24 0.63 0.35 0.54 0.45 0.62 0.71 0.42 0.15 0.24 0.27 0.52 0.50 0.77 0.58
N3 0.31 0.49 0.20 0.34 0.84 0.35 0.83 0.53 0.68 0.51 0.69 0.94 0.33 0.14 0.27 0.37 0.71 0.75 1.11 0.85
O2 0.33 0.63 0.21 0.29 0.90 0.25 0.81 0.38 0.65 0.54 0.83 1.01 0.51 0.17 0.23 0.31 0.57 0.57 0.91 0.67
O2' 0.26 0.54 0.20 0.19 0.65 0.12 0.55 0.16 0.44 0.41 0.66 0.74 0.54 0.19 0.17 0.18 0.32 0.31 0.53 0.36
O3' 0.27 0.40 0.24 0.16 0.44 0.15 0.38 0.15 0.33 0.32 0.45 0.48 0.44 0.34 0.13 0.19 0.30 0.37 0.44 0.31
O4 0.30 0.31 0.21 0.38 0.70 0.46 0.82 0.70 0.68 0.43 0.44 0.78 0.29 0.16 0.31 0.44 0.88 0.97 1.35 1.06
O4' 0.28 0.48 0.21 0.20 0.50 0.14 0.44 0.17 0.38 0.38 0.52 0.53 0.51 0.24 0.21 0.20 0.28 0.26 0.40 0.30
O5' 0.24 0.22 0.26 0.11 0.19 0.08 0.21 0.10 0.22 0.21 0.21 0.19 0.28 0.36 0.01 0.16 0.24 0.34 0.32 0.25
OP1 0.05 0.11 0.10 0.03 0.15 0.10 0.19 0.22 0.16 0.07 0.13 0.18 0.17 0.19 0.02 0.06 0.28 0.44 0.42 0.30
OP2 0.12 0.26 0.16 0.06 0.28 0.16 0.26 0.32 0.23 0.19 0.29 0.30 0.29 0.17 0.02 0.12 0.38 0.51 0.42 0.42
P 0.07 0.12 0.12 0.02 0.14 0.07 0.16 0.17 0.14 0.08 0.13 0.15 0.17 0.18 0.01 0.03 0.25 0.37 0.30 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.25 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.11 0.04 0.20 0.44 0.38 0.29
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.05 0.14 0.01 0.02 0.01 0.11 0.11 0.15 0.11
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.11 0.06 0.10 0.10 0.13 0.02 0.01 0.02 0.11 0.13 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.11 0.05 0.28 0.64 0.56 0.43
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.06 0.09 0.05 0.07 0.02 0.00 0.03 0.08 0.13 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.07 0.29 0.66 0.54 0.44
C5' 0.04 0.11 0.03 0.03 0.20 0.01 0.23 0.00 0.20 0.12 0.15 0.23 0.08 0.07 0.03 0.02 0.01 0.12 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.07 0.25 0.54 0.40 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.18 0.41 0.31 0.26
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.12 0.04 0.25 0.55 0.49 0.37
N4 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.12 0.05 0.30 0.70 0.63 0.48
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.16 0.05 0.17 0.37 0.32 0.24
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.04 0.10 0.07 0.15 0.00 0.06 0.06 0.08 0.10 0.13 0.08
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.12 0.05 0.12 0.12 0.16 0.06 0.00 0.02 0.15 0.29 0.22 0.15
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.00 0.11 0.25 0.13 0.13
O5' 0.10 0.20 0.11 0.11 0.28 0.03 0.29 0.01 0.25 0.18 0.25 0.30 0.17 0.08 0.15 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.44 0.11 0.13 0.64 0.08 0.66 0.12 0.54 0.41 0.55 0.70 0.37 0.10 0.29 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.38 0.15 0.13 0.56 0.13 0.54 0.21 0.40 0.31 0.49 0.63 0.32 0.13 0.22 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.29 0.11 0.10 0.43 0.03 0.44 0.02 0.35 0.26 0.37 0.48 0.24 0.08 0.15 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00