ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55142

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 5, 8, 3, 6, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.027, 0.051, 0.075, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.051 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.030, 0.060, 0.090, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.060 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.033, 0.107, 0.181, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.107 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.054, 0.129, 0.205, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.129 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.033, 0.110, 0.188, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.110 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.080, 0.192, 0.304, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.192 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.073, 0.194, 0.316, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.194 std_dev=0.121
O5' A 0, 0.173, 0.335, 0.496, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.335 std_dev=0.161
O3' A 0, 0.109, 0.281, 0.453, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.281 std_dev=0.172
C5' A 0, 0.107, 0.301, 0.496, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.301 std_dev=0.195
C2' B 0, 0.119, 0.316, 0.513, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.316 std_dev=0.197
C3' B 0, 0.140, 0.344, 0.548, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.344 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.228, 0.440, 0.652, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.440 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.256, 0.470, 0.684, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.470 std_dev=0.214
N1 B 0, 0.224, 0.439, 0.654, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.439 std_dev=0.215
O2 B 0, 0.215, 0.430, 0.645, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.430 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.267, 0.486, 0.704, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.486 std_dev=0.219
C4 B 0, 0.273, 0.497, 0.720, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.497 std_dev=0.224
O3' B 0, 0.140, 0.368, 0.596, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.368 std_dev=0.228
C5 B 0, 0.280, 0.511, 0.741, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.511 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.193, 0.425, 0.657, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.425 std_dev=0.232
N4 B 0, 0.290, 0.533, 0.776, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.533 std_dev=0.243
P A 0, 0.147, 0.392, 0.636, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.392 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.253, 0.517, 0.780, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.517 std_dev=0.263
C4' B 0, 0.220, 0.489, 0.758, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.489 std_dev=0.269
O2' B 0, 0.111, 0.382, 0.653, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.382 std_dev=0.271
OP2 A 0, 0.189, 0.476, 0.764, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.476 std_dev=0.288
OP2 B 0, 0.219, 0.521, 0.823, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.521 std_dev=0.302
C5' B 0, 0.244, 0.548, 0.853, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.548 std_dev=0.304
OP1 A 0, 0.131, 0.470, 0.809, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.470 std_dev=0.339
P B 0, 0.231, 0.572, 0.914, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.572 std_dev=0.341
OP1 B 0, 0.260, 0.635, 1.010, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.635 std_dev=0.375
O5' B 0, 0.144, 0.545, 0.946, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.545 std_dev=0.401

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.07 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.10 0.05 0.12 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.09 0.11 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.13 0.12 0.06
C4 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.12 0.07 0.14 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.01 0.03 0.09 0.05 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.12 0.08 0.14 0.07
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.05 0.08 0.06 0.03 0.03 0.11 0.01 0.01 0.09 0.05 0.04
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.11 0.06 0.12 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.05 0.11 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.11 0.06 0.14 0.05
O2 0.03 0.01 0.08 0.09 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.02 0.02 0.11 0.07 0.11 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.11 0.09 0.04
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.18 0.14 0.08
O4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.13 0.09 0.16 0.09
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.09 0.09 0.08
O5' 0.07 0.10 0.07 0.07 0.12 0.03 0.12 0.01 0.11 0.10 0.11 0.11 0.06 0.07 0.13 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.07 0.05 0.09 0.13 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.05 0.06 0.07 0.11 0.18 0.09 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.12 0.11 0.12 0.14 0.05 0.14 0.05 0.12 0.11 0.14 0.11 0.09 0.14 0.16 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.08 0.09 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.12 0.16 0.08 0.10 0.07 0.21 0.12 0.09
C2 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.08 0.12 0.08 0.12 0.10 0.09 0.12 0.12 0.12 0.06 0.09 0.11 0.19 0.12 0.10
C2' 0.12 0.08 0.11 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.19 0.08 0.10 0.05 0.21 0.11 0.08
C3' 0.13 0.07 0.13 0.10 0.07 0.12 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.11 0.22 0.11 0.11 0.05 0.23 0.12 0.08
C4 0.07 0.11 0.08 0.06 0.10 0.07 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.14 0.10 0.06 0.08 0.14 0.19 0.16 0.14
C4' 0.15 0.10 0.14 0.09 0.08 0.14 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.13 0.24 0.08 0.14 0.06 0.23 0.09 0.07
C5 0.10 0.14 0.11 0.07 0.13 0.08 0.12 0.08 0.12 0.11 0.15 0.13 0.15 0.12 0.08 0.09 0.12 0.19 0.15 0.13
C5' 0.16 0.11 0.16 0.12 0.10 0.16 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.25 0.13 0.16 0.08 0.23 0.08 0.06
C6 0.10 0.11 0.11 0.06 0.09 0.06 0.10 0.06 0.10 0.09 0.11 0.11 0.14 0.14 0.06 0.07 0.09 0.19 0.13 0.11
N1 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.09 0.11 0.13 0.06 0.07 0.08 0.20 0.12 0.09
N3 0.08 0.08 0.07 0.06 0.10 0.07 0.13 0.09 0.12 0.09 0.08 0.12 0.12 0.09 0.05 0.09 0.14 0.20 0.14 0.13
O2 0.14 0.14 0.12 0.09 0.15 0.11 0.15 0.10 0.15 0.14 0.14 0.16 0.16 0.15 0.07 0.13 0.11 0.20 0.11 0.10
O2' 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.13 0.12 0.19 0.10 0.13 0.07 0.22 0.11 0.09
O3' 0.13 0.07 0.12 0.10 0.07 0.13 0.08 0.12 0.08 0.07 0.08 0.11 0.11 0.21 0.11 0.12 0.05 0.24 0.11 0.08
O4 0.10 0.14 0.08 0.07 0.14 0.10 0.14 0.13 0.13 0.11 0.16 0.16 0.16 0.09 0.08 0.11 0.18 0.20 0.18 0.17
O4' 0.14 0.09 0.12 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.21 0.08 0.12 0.07 0.23 0.12 0.09
O5' 0.15 0.15 0.17 0.12 0.14 0.12 0.13 0.09 0.13 0.14 0.15 0.16 0.16 0.22 0.12 0.13 0.11 0.24 0.11 0.09
OP1 0.05 0.06 0.04 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.07 0.05 0.07 0.08 0.09 0.06 0.04 0.08 0.15 0.32 0.19 0.18
OP2 0.11 0.14 0.09 0.11 0.13 0.14 0.13 0.18 0.13 0.12 0.14 0.13 0.15 0.06 0.05 0.15 0.24 0.33 0.23 0.25
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.08 0.08 0.10 0.06 0.02 0.04 0.11 0.26 0.12 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.09 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.14 0.11 0.12 0.08
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.08 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.16 0.06 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03 0.17 0.10 0.14 0.11
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.15 0.05 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.17 0.10 0.14 0.11
C5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.14 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.17 0.10 0.12 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.10 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.15 0.10 0.13 0.09
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.17 0.11 0.15 0.12
O2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.12 0.13 0.11 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.00 0.03 0.03 0.04 0.15 0.07 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.07 0.19 0.05 0.03
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.11 0.12 0.08 0.04
O5' 0.10 0.14 0.04 0.03 0.17 0.04 0.17 0.01 0.17 0.14 0.15 0.17 0.12 0.04 0.07 0.11 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.12 0.11 0.14 0.16 0.10 0.15 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.11 0.13 0.15 0.19 0.12 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.12 0.08 0.06 0.14 0.05 0.14 0.03 0.12 0.11 0.13 0.15 0.11 0.07 0.05 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.03 0.03 0.11 0.01 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.12 0.07 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00