ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55143

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 13, 2, 0, 1, 3, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.015, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.015, 0.026, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.026 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.033, 0.059, 0.084, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.059 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.140, 0.201, 0.262, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.201 std_dev=0.061
O3' A 0, 0.050, 0.226, 0.402, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.226 std_dev=0.176
O2' B 0, 0.109, 0.375, 0.641, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.375 std_dev=0.266
C2' B 0, 0.096, 0.382, 0.667, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.382 std_dev=0.286
C2' A 0, -0.113, 0.184, 0.481, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.184 std_dev=0.297
O4' A 0, -0.121, 0.179, 0.478, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.179 std_dev=0.299
C3' A 0, -0.080, 0.222, 0.523, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.222 std_dev=0.301
C4' A 0, -0.117, 0.268, 0.652, 2.176 max_d=2.176 avg_d=0.268 std_dev=0.385
O2' A 0, -0.167, 0.311, 0.788, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.311 std_dev=0.478
C1' B 0, 0.058, 0.547, 1.035, 1.844 max_d=1.844 avg_d=0.547 std_dev=0.489
C3' B 0, -0.097, 0.476, 1.048, 3.024 max_d=3.024 avg_d=0.476 std_dev=0.572
O4' B 0, 0.041, 0.625, 1.209, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.625 std_dev=0.584
C4' B 0, -0.084, 0.566, 1.216, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.566 std_dev=0.650
O5' B 0, 0.077, 0.777, 1.477, 3.226 max_d=3.226 avg_d=0.777 std_dev=0.700
C5' A 0, -0.260, 0.441, 1.143, 3.916 max_d=3.916 avg_d=0.441 std_dev=0.701
O2 B 0, -0.009, 0.738, 1.486, 3.371 max_d=3.371 avg_d=0.738 std_dev=0.748
N1 B 0, -0.038, 0.710, 1.458, 2.770 max_d=2.770 avg_d=0.710 std_dev=0.748
O5' A 0, -0.380, 0.438, 1.257, 4.529 max_d=4.529 avg_d=0.438 std_dev=0.819
C5' B 0, -0.094, 0.725, 1.544, 3.898 max_d=3.898 avg_d=0.725 std_dev=0.819
O3' B 0, -0.346, 0.482, 1.311, 4.600 max_d=4.600 avg_d=0.482 std_dev=0.829
C2 B 0, -0.044, 0.793, 1.630, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.793 std_dev=0.837
P B 0, 0.042, 0.995, 1.949, 4.956 max_d=4.956 avg_d=0.995 std_dev=0.954
C6 B 0, -0.130, 0.899, 1.929, 4.046 max_d=4.046 avg_d=0.899 std_dev=1.029
P A 0, -0.500, 0.561, 1.623, 5.906 max_d=5.906 avg_d=0.561 std_dev=1.062
OP2 A 0, -0.427, 0.712, 1.850, 6.320 max_d=6.320 avg_d=0.712 std_dev=1.139
N3 B 0, -0.095, 1.049, 2.193, 4.956 max_d=4.956 avg_d=1.049 std_dev=1.144
OP1 B 0, -0.122, 1.112, 2.345, 7.082 max_d=7.082 avg_d=1.112 std_dev=1.234
C5 B 0, -0.231, 1.124, 2.479, 5.534 max_d=5.534 avg_d=1.124 std_dev=1.355
C4 B 0, -0.186, 1.204, 2.593, 5.872 max_d=5.872 avg_d=1.204 std_dev=1.390
OP2 B 0, -0.078, 1.398, 2.873, 5.141 max_d=5.141 avg_d=1.398 std_dev=1.476
OP1 A 0, -0.705, 0.812, 2.329, 8.419 max_d=8.419 avg_d=0.812 std_dev=1.517
N4 B 0, -0.189, 1.537, 3.263, 7.555 max_d=7.555 avg_d=1.537 std_dev=1.726

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.09 0.28 0.45 0.15
C2 0.02 0.00 0.13 0.07 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.12 0.02 0.09 0.13 0.36 0.69 0.24
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.05 0.11 0.02 0.11 0.21 0.00 0.02 0.05 0.01 0.13 0.31 0.38 0.21
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.13 0.02 0.01 0.04 0.01 0.13 0.21 0.24 0.15
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.01 0.02 0.20 0.37 0.68 0.20
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.04 0.09 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.20 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.06 0.01 0.06 0.25 0.37 0.56 0.15
C5' 0.02 0.06 0.05 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.08 0.08 0.05 0.03 0.11 0.01 0.01 0.18 0.12 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.07 0.02 0.08 0.25 0.35 0.51 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.14 0.32 0.59 0.16
N3 0.02 0.01 0.11 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.11 0.02 0.07 0.15 0.38 0.73 0.25
O2 0.04 0.01 0.21 0.13 0.02 0.09 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.35 0.17 0.03 0.15 0.12 0.38 0.69 0.28
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.05 0.15 0.03 0.16 0.35 0.00 0.04 0.09 0.01 0.16 0.38 0.41 0.26
O3' 0.07 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.11 0.17 0.04 0.00 0.09 0.05 0.12 0.20 0.26 0.14
O4 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.09 0.00 0.03 0.20 0.38 0.68 0.22
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.07 0.15 0.01 0.05 0.03 0.00 0.13 0.30 0.35 0.08
O5' 0.09 0.13 0.13 0.13 0.20 0.01 0.25 0.01 0.25 0.14 0.15 0.12 0.16 0.12 0.20 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.28 0.36 0.31 0.21 0.37 0.20 0.37 0.18 0.35 0.32 0.38 0.38 0.38 0.20 0.38 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.69 0.38 0.24 0.68 0.20 0.56 0.12 0.51 0.59 0.73 0.69 0.41 0.26 0.68 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.21 0.15 0.20 0.05 0.15 0.01 0.12 0.16 0.25 0.28 0.26 0.14 0.22 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.36 0.22 0.16 0.61 0.13 0.71 0.15 0.63 0.40 0.47 0.69 0.36 0.18 0.19 0.10 0.20 0.45 0.38 0.26
C2 0.14 0.27 0.20 0.14 0.47 0.20 0.58 0.21 0.50 0.27 0.35 0.54 0.36 0.17 0.18 0.15 0.28 0.63 0.64 0.42
C2' 0.30 0.53 0.34 0.27 0.61 0.25 0.62 0.25 0.53 0.44 0.59 0.67 0.61 0.17 0.25 0.25 0.21 0.35 0.28 0.20
C3' 0.34 0.52 0.29 0.25 0.78 0.19 0.83 0.23 0.72 0.53 0.66 0.87 0.46 0.12 0.18 0.26 0.29 0.35 0.43 0.21
C4 0.10 0.13 0.16 0.12 0.33 0.30 0.47 0.29 0.40 0.16 0.18 0.39 0.27 0.17 0.22 0.29 0.37 0.76 0.88 0.55
C4' 0.47 0.48 0.29 0.20 0.79 0.17 0.89 0.16 0.81 0.59 0.61 0.86 0.32 0.38 0.13 0.35 0.27 0.40 0.36 0.18
C5 0.10 0.13 0.15 0.10 0.35 0.31 0.48 0.27 0.42 0.18 0.19 0.40 0.23 0.16 0.27 0.27 0.33 0.65 0.78 0.48
C5' 0.54 0.44 0.31 0.21 0.65 0.25 0.76 0.18 0.72 0.55 0.50 0.71 0.37 0.46 0.18 0.44 0.26 0.38 0.35 0.17
C6 0.10 0.18 0.17 0.11 0.41 0.24 0.55 0.21 0.49 0.24 0.26 0.47 0.25 0.16 0.27 0.16 0.25 0.54 0.58 0.37
N1 0.15 0.27 0.20 0.14 0.49 0.19 0.61 0.18 0.53 0.30 0.35 0.55 0.32 0.17 0.21 0.11 0.24 0.54 0.53 0.35
N3 0.10 0.20 0.18 0.13 0.38 0.25 0.51 0.25 0.43 0.20 0.26 0.45 0.33 0.17 0.18 0.23 0.34 0.73 0.79 0.51
O2 0.17 0.33 0.21 0.16 0.53 0.18 0.62 0.19 0.53 0.32 0.42 0.61 0.41 0.18 0.18 0.14 0.27 0.63 0.60 0.40
O2' 0.49 0.79 0.50 0.38 0.75 0.40 0.66 0.36 0.57 0.60 0.82 0.80 0.93 0.38 0.33 0.44 0.31 0.35 0.33 0.29
O3' 0.37 0.63 0.31 0.27 0.93 0.21 0.95 0.25 0.81 0.60 0.80 1.05 0.55 0.11 0.19 0.28 0.32 0.37 0.49 0.24
O4 0.15 0.12 0.16 0.13 0.31 0.34 0.45 0.33 0.37 0.16 0.16 0.37 0.26 0.17 0.21 0.36 0.42 0.85 1.03 0.63
O4' 0.47 0.50 0.35 0.20 0.81 0.16 0.93 0.17 0.85 0.62 0.62 0.88 0.33 0.46 0.13 0.31 0.31 0.48 0.44 0.31
O5' 0.19 0.19 0.15 0.11 0.41 0.06 0.49 0.14 0.44 0.25 0.29 0.47 0.21 0.21 0.01 0.13 0.21 0.35 0.25 0.20
OP1 0.13 0.20 0.06 0.05 0.36 0.06 0.38 0.14 0.29 0.14 0.29 0.44 0.24 0.10 0.02 0.09 0.34 0.42 0.48 0.40
OP2 0.17 0.42 0.24 0.05 0.46 0.10 0.43 0.27 0.34 0.25 0.48 0.53 0.52 0.40 0.02 0.06 0.23 0.39 0.46 0.32
P 0.13 0.18 0.09 0.01 0.31 0.04 0.35 0.15 0.29 0.13 0.25 0.37 0.27 0.19 0.01 0.07 0.22 0.36 0.27 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.12 0.22 0.16 0.12
C2 0.02 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.12 0.14 0.13 0.57 0.36 0.14
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.14 0.08 0.17 0.04 0.12 0.09 0.28 0.01 0.01 0.01 0.19 0.24 0.32 0.23
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.20 0.00 0.22 0.01 0.20 0.11 0.17 0.22 0.17 0.02 0.01 0.01 0.10 0.18 0.13 0.13
C4 0.02 0.01 0.08 0.20 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.03 0.16 0.90 0.54 0.20
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.17 0.05 0.06 0.11 0.15 0.13 0.03 0.01 0.02 0.18 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.23 0.12 0.23 0.92 0.54 0.27
C5' 0.03 0.11 0.08 0.01 0.13 0.01 0.22 0.00 0.21 0.06 0.10 0.15 0.21 0.05 0.09 0.02 0.01 0.29 0.37 0.02
C6 0.01 0.02 0.17 0.20 0.01 0.17 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.20 0.16 0.22 0.69 0.40 0.22
N1 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.01 0.12 0.49 0.30 0.13
N3 0.02 0.01 0.12 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.14 0.10 0.12 0.75 0.46 0.15
N4 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.17 0.22 0.03 0.17 1.01 0.61 0.23
O2 0.04 0.01 0.28 0.17 0.01 0.15 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.29 0.21 0.26 0.18 0.48 0.32 0.19
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.16 0.13 0.29 0.05 0.30 0.09 0.07 0.17 0.29 0.00 0.03 0.10 0.14 0.24 0.32 0.19
O3' 0.14 0.12 0.01 0.01 0.18 0.03 0.23 0.09 0.20 0.08 0.14 0.22 0.21 0.03 0.00 0.10 0.21 0.35 0.28 0.22
O4' 0.01 0.14 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.16 0.01 0.10 0.03 0.26 0.10 0.10 0.00 0.14 0.12 0.12 0.13
O5' 0.12 0.13 0.19 0.10 0.16 0.02 0.23 0.01 0.22 0.12 0.12 0.17 0.18 0.14 0.21 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.57 0.24 0.18 0.90 0.18 0.92 0.29 0.69 0.49 0.75 1.01 0.48 0.24 0.35 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.36 0.32 0.13 0.54 0.20 0.54 0.37 0.40 0.30 0.46 0.61 0.32 0.32 0.28 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.23 0.13 0.20 0.03 0.27 0.02 0.22 0.13 0.15 0.23 0.19 0.19 0.22 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00