ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55144

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 7, 3, 1, 5, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.028, 0.036, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.036 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.033 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.012, 0.070, 0.128, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.070 std_dev=0.058
O4' A 0, 0.146, 0.313, 0.480, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.313 std_dev=0.167
C2' B 0, 0.342, 0.527, 0.712, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.527 std_dev=0.185
C2' A 0, 0.153, 0.355, 0.558, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.355 std_dev=0.202
C4' A 0, 0.234, 0.525, 0.816, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.525 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.233, 0.550, 0.868, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.550 std_dev=0.318
C3' A 0, 0.232, 0.569, 0.906, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.569 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.502, 0.842, 1.182, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.842 std_dev=0.340
N3 B 0, 0.426, 0.788, 1.150, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.788 std_dev=0.362
O2' A 0, 0.096, 0.478, 0.861, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.478 std_dev=0.382
O2 B 0, 0.354, 0.738, 1.122, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.738 std_dev=0.384
C2 B 0, 0.354, 0.743, 1.132, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.743 std_dev=0.389
C3' B 0, 0.946, 1.349, 1.752, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.349 std_dev=0.403
O3' B 0, 1.067, 1.472, 1.877, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.472 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.701, 1.115, 1.529, 1.883 max_d=1.883 avg_d=1.115 std_dev=0.414
P A 0, 0.908, 1.329, 1.749, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.329 std_dev=0.420
C4 B 0, 0.726, 1.147, 1.568, 1.881 max_d=1.881 avg_d=1.147 std_dev=0.421
O5' A 0, 1.067, 1.504, 1.940, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.504 std_dev=0.436
C1' B 0, 0.677, 1.119, 1.562, 1.871 max_d=1.871 avg_d=1.119 std_dev=0.443
OP2 A 0, 1.038, 1.502, 1.967, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.502 std_dev=0.465
N4 B 0, 0.725, 1.198, 1.671, 2.097 max_d=2.097 avg_d=1.198 std_dev=0.473
OP1 A 0, 0.569, 1.117, 1.665, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.117 std_dev=0.548
C6 B 0, 1.003, 1.556, 2.109, 2.379 max_d=2.379 avg_d=1.556 std_dev=0.553
C5 B 0, 1.020, 1.588, 2.155, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.588 std_dev=0.568
O3' A 0, 0.339, 0.947, 1.556, 2.892 max_d=2.892 avg_d=0.947 std_dev=0.609
C4' B 0, 1.270, 1.881, 2.492, 2.664 max_d=2.664 avg_d=1.881 std_dev=0.611
O4' B 0, 1.192, 1.836, 2.480, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.836 std_dev=0.644
C5' B 0, 1.881, 2.759, 3.636, 4.049 max_d=4.049 avg_d=2.759 std_dev=0.877
O5' B 0, 1.413, 2.565, 3.717, 5.225 max_d=5.225 avg_d=2.565 std_dev=1.152
P B 0, 2.312, 3.800, 5.288, 6.805 max_d=6.805 avg_d=3.800 std_dev=1.488
OP2 B 0, 2.325, 3.860, 5.394, 6.403 max_d=6.403 avg_d=3.860 std_dev=1.534
OP1 B 0, 2.824, 4.434, 6.045, 8.012 max_d=8.012 avg_d=4.434 std_dev=1.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.12 0.21 0.13
C2 0.02 0.00 0.07 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.13 0.02 0.03 0.12 0.12 0.23 0.14
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.12 0.07 0.02 0.06 0.13 0.00 0.02 0.07 0.01 0.26 0.31 0.34 0.28
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.24 0.00 0.24 0.02 0.20 0.14 0.20 0.11 0.02 0.01 0.26 0.01 0.09 0.17 0.08 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.15 0.00 0.02 0.20 0.20 0.30 0.20
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.07 0.05 0.19 0.03 0.10 0.00 0.02 0.12 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.17 0.01 0.03 0.21 0.19 0.29 0.19
C5' 0.04 0.07 0.12 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.14 0.01 0.01 0.12 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.12 0.01 0.03 0.18 0.12 0.23 0.14
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.10 0.01 0.01 0.12 0.10 0.21 0.12
N3 0.02 0.00 0.06 0.20 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.12 0.01 0.02 0.16 0.16 0.27 0.17
O2 0.04 0.01 0.13 0.11 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.20 0.02 0.05 0.11 0.12 0.22 0.14
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.23 0.19 0.20 0.08 0.16 0.14 0.23 0.17 0.00 0.05 0.25 0.12 0.20 0.26 0.38 0.24
O3' 0.20 0.13 0.02 0.01 0.15 0.03 0.17 0.12 0.12 0.10 0.12 0.20 0.05 0.00 0.19 0.15 0.19 0.34 0.24 0.23
O4 0.02 0.02 0.07 0.26 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.19 0.00 0.02 0.22 0.24 0.33 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.12 0.15 0.02 0.00 0.07 0.08 0.20 0.13
O5' 0.11 0.12 0.26 0.09 0.20 0.02 0.21 0.01 0.18 0.12 0.16 0.11 0.20 0.19 0.22 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.12 0.31 0.17 0.20 0.12 0.19 0.12 0.12 0.10 0.16 0.12 0.26 0.34 0.24 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.23 0.34 0.08 0.30 0.07 0.29 0.03 0.23 0.21 0.27 0.22 0.38 0.24 0.33 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.14 0.28 0.07 0.20 0.03 0.19 0.02 0.14 0.12 0.17 0.14 0.24 0.23 0.22 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.27 0.16 0.21 0.40 0.17 0.39 0.21 0.32 0.25 0.35 0.44 0.24 0.22 0.25 0.16 0.46 0.53 0.58 0.46
C2 0.17 0.27 0.14 0.22 0.51 0.18 0.52 0.28 0.42 0.29 0.39 0.58 0.22 0.20 0.22 0.19 0.64 0.67 0.72 0.63
C2' 0.20 0.27 0.19 0.27 0.41 0.22 0.42 0.27 0.36 0.27 0.35 0.47 0.23 0.21 0.29 0.20 0.54 0.68 0.62 0.55
C3' 0.17 0.25 0.13 0.12 0.37 0.11 0.37 0.15 0.31 0.24 0.32 0.41 0.22 0.22 0.16 0.12 0.43 0.65 0.51 0.47
C4 0.18 0.18 0.13 0.24 0.47 0.25 0.57 0.39 0.47 0.27 0.26 0.52 0.25 0.15 0.21 0.25 0.79 0.76 0.82 0.76
C4' 0.17 0.24 0.14 0.12 0.30 0.13 0.29 0.15 0.25 0.21 0.29 0.33 0.25 0.22 0.19 0.13 0.31 0.51 0.42 0.33
C5 0.18 0.17 0.13 0.24 0.36 0.25 0.47 0.37 0.43 0.26 0.21 0.36 0.26 0.14 0.21 0.25 0.75 0.72 0.74 0.70
C5' 0.22 0.25 0.21 0.11 0.27 0.14 0.26 0.14 0.24 0.22 0.27 0.28 0.27 0.29 0.14 0.16 0.27 0.55 0.34 0.31
C6 0.15 0.18 0.13 0.22 0.35 0.19 0.41 0.29 0.37 0.24 0.25 0.37 0.19 0.15 0.21 0.18 0.63 0.64 0.65 0.59
N1 0.16 0.25 0.14 0.21 0.43 0.17 0.45 0.25 0.38 0.27 0.35 0.47 0.21 0.19 0.22 0.17 0.58 0.62 0.65 0.56
N3 0.16 0.22 0.13 0.22 0.52 0.21 0.57 0.34 0.45 0.28 0.35 0.61 0.21 0.18 0.21 0.21 0.73 0.73 0.79 0.71
O2 0.19 0.30 0.16 0.21 0.54 0.17 0.53 0.25 0.42 0.30 0.44 0.63 0.25 0.22 0.23 0.19 0.61 0.65 0.72 0.61
O2' 0.18 0.29 0.15 0.22 0.46 0.17 0.45 0.22 0.36 0.27 0.39 0.53 0.26 0.23 0.24 0.17 0.48 0.64 0.63 0.51
O3' 0.19 0.28 0.15 0.14 0.37 0.15 0.36 0.18 0.31 0.24 0.34 0.42 0.30 0.23 0.20 0.14 0.41 0.72 0.52 0.48
O4 0.21 0.20 0.15 0.24 0.47 0.29 0.61 0.45 0.49 0.28 0.24 0.54 0.30 0.16 0.21 0.30 0.85 0.81 0.89 0.83
O4' 0.17 0.25 0.15 0.21 0.31 0.17 0.30 0.20 0.26 0.22 0.30 0.34 0.25 0.21 0.27 0.16 0.36 0.45 0.52 0.37
O5' 0.28 0.29 0.29 0.13 0.33 0.11 0.34 0.07 0.32 0.29 0.31 0.34 0.30 0.34 0.02 0.19 0.48 0.72 0.43 0.50
OP1 0.05 0.12 0.11 0.05 0.20 0.14 0.21 0.28 0.17 0.09 0.17 0.24 0.15 0.23 0.02 0.09 0.31 0.70 0.42 0.43
OP2 0.16 0.30 0.16 0.09 0.34 0.11 0.30 0.21 0.25 0.23 0.35 0.37 0.32 0.16 0.02 0.13 0.62 0.90 0.59 0.69
P 0.08 0.14 0.12 0.02 0.19 0.05 0.19 0.15 0.16 0.10 0.18 0.22 0.16 0.18 0.01 0.02 0.42 0.74 0.40 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.17 0.15 0.61 0.27
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.04 0.40 0.34 0.66 0.39
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.11 0.01 0.02 0.01 0.28 0.30 0.41 0.22
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.11 0.00 0.11 0.03 0.11 0.06 0.10 0.12 0.12 0.03 0.01 0.02 0.37 0.45 0.27 0.28
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.56 0.53 0.72 0.55
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.11 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.14 0.44 0.13
C5 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.05 0.57 0.55 0.70 0.56
C5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.23 0.01 0.25 0.00 0.22 0.13 0.18 0.25 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.20 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.11 0.05 0.50 0.43 0.66 0.45
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.37 0.31 0.64 0.36
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.03 0.49 0.44 0.70 0.48
N4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04 0.60 0.60 0.75 0.61
O2 0.04 0.00 0.11 0.12 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.06 0.32 0.26 0.64 0.33
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.07 0.11 0.00 0.04 0.04 0.11 0.23 0.45 0.17
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.12 0.03 0.13 0.04 0.11 0.06 0.12 0.14 0.13 0.04 0.00 0.02 0.30 0.60 0.23 0.32
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.11 0.17 0.70 0.34
O5' 0.17 0.40 0.28 0.37 0.56 0.02 0.57 0.01 0.50 0.37 0.49 0.60 0.32 0.11 0.30 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.34 0.30 0.45 0.53 0.14 0.55 0.20 0.43 0.31 0.44 0.60 0.26 0.23 0.60 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.61 0.66 0.41 0.27 0.72 0.44 0.70 0.36 0.66 0.64 0.70 0.75 0.64 0.45 0.23 0.70 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.39 0.22 0.28 0.55 0.13 0.56 0.02 0.45 0.36 0.48 0.61 0.33 0.17 0.32 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00