ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55145

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.020, 0.056, 0.093, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.056 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.065, 0.110, 0.154, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.110 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.097, 0.275, 0.453, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.275 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.154, 0.367, 0.580, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.367 std_dev=0.213
O4' A 0, -0.016, 0.213, 0.441, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.213 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.246, 0.519, 0.791, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.519 std_dev=0.273
C3' A 0, 0.100, 0.394, 0.688, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.394 std_dev=0.294
C4' A 0, 0.019, 0.337, 0.655, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.337 std_dev=0.318
O3' A 0, 0.215, 0.587, 0.958, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.587 std_dev=0.371
O2' B 0, 0.100, 0.564, 1.027, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.564 std_dev=0.463
C5' A 0, -0.044, 0.561, 1.166, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.561 std_dev=0.605
C1' B 0, 0.464, 1.126, 1.788, 2.688 max_d=2.688 avg_d=1.126 std_dev=0.662
C3' B 0, 0.130, 0.945, 1.759, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.945 std_dev=0.815
N1 B 0, 0.749, 1.571, 2.394, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.571 std_dev=0.822
C6 B 0, 1.161, 2.014, 2.868, 3.462 max_d=3.462 avg_d=2.014 std_dev=0.854
O5' A 0, -0.143, 0.752, 1.647, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.752 std_dev=0.895
C2 B 0, 0.700, 1.662, 2.625, 3.577 max_d=3.577 avg_d=1.662 std_dev=0.963
C5 B 0, 1.485, 2.453, 3.422, 4.177 max_d=4.177 avg_d=2.453 std_dev=0.968
C4' B 0, 0.458, 1.461, 2.463, 3.814 max_d=3.814 avg_d=1.461 std_dev=1.003
O4' B 0, 0.614, 1.625, 2.635, 3.910 max_d=3.910 avg_d=1.625 std_dev=1.010
O2 B 0, 0.409, 1.421, 2.432, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.421 std_dev=1.011
O3' B 0, -0.033, 0.982, 1.996, 3.447 max_d=3.447 avg_d=0.982 std_dev=1.014
C4 B 0, 1.452, 2.503, 3.554, 4.537 max_d=4.537 avg_d=2.503 std_dev=1.051
N3 B 0, 1.101, 2.155, 3.209, 4.277 max_d=4.277 avg_d=2.155 std_dev=1.054
OP2 A 0, -0.117, 1.010, 2.136, 3.535 max_d=3.535 avg_d=1.010 std_dev=1.126
N4 B 0, 1.834, 2.997, 4.161, 5.233 max_d=5.233 avg_d=2.997 std_dev=1.164
P A 0, -0.380, 0.812, 2.003, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.812 std_dev=1.191
OP1 B 0, 1.525, 2.726, 3.928, 4.989 max_d=4.989 avg_d=2.726 std_dev=1.201
P B 0, 1.023, 2.249, 3.474, 4.338 max_d=4.338 avg_d=2.249 std_dev=1.225
O5' B 0, 0.537, 1.862, 3.187, 4.380 max_d=4.380 avg_d=1.862 std_dev=1.325
C5' B 0, 0.546, 1.944, 3.342, 4.871 max_d=4.871 avg_d=1.944 std_dev=1.398
OP1 A 0, -0.318, 1.156, 2.631, 4.594 max_d=4.594 avg_d=1.156 std_dev=1.475
OP2 B 0, 2.184, 3.717, 5.250, 5.183 max_d=5.183 avg_d=3.717 std_dev=1.533

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.16 0.17 0.21 0.15
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.16 0.02 0.05 0.33 0.34 0.44 0.34
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.16 0.00 0.03 0.04 0.01 0.18 0.23 0.15 0.16
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.03 0.08 0.06 0.15 0.18 0.02 0.01 0.12 0.01 0.25 0.28 0.11 0.19
C4 0.02 0.01 0.03 0.11 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.04 0.47 0.53 0.63 0.54
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.07 0.07 0.07 0.03 0.11 0.00 0.02 0.13 0.18 0.04
C5 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.11 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.47 0.51 0.56 0.53
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.20 0.01 0.22 0.00 0.18 0.09 0.15 0.07 0.07 0.06 0.22 0.01 0.01 0.18 0.26 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.08 0.40 0.39 0.39 0.40
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.31 0.30 0.34 0.30
N3 0.03 0.00 0.07 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.01 0.02 0.41 0.44 0.56 0.45
O2 0.06 0.00 0.16 0.18 0.01 0.07 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.21 0.02 0.10 0.26 0.28 0.40 0.28
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.03 0.08 0.12 0.00 0.04 0.09 0.06 0.09 0.18 0.13 0.10
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.12 0.03 0.08 0.06 0.09 0.06 0.17 0.21 0.04 0.00 0.14 0.02 0.27 0.31 0.11 0.20
O4 0.03 0.02 0.04 0.12 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.14 0.00 0.04 0.49 0.59 0.71 0.60
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02 0.04 0.00 0.14 0.12 0.21 0.11
O5' 0.16 0.33 0.18 0.25 0.47 0.02 0.47 0.01 0.40 0.31 0.41 0.26 0.09 0.27 0.49 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.34 0.23 0.28 0.53 0.13 0.51 0.18 0.39 0.30 0.44 0.28 0.18 0.31 0.59 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.44 0.15 0.11 0.63 0.18 0.56 0.26 0.39 0.34 0.56 0.40 0.13 0.11 0.71 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.34 0.16 0.19 0.54 0.04 0.53 0.01 0.40 0.30 0.45 0.28 0.10 0.20 0.60 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.48 0.23 0.31 0.56 0.14 0.60 0.19 0.58 0.51 0.51 0.55 0.43 0.20 0.29 0.36 0.31 0.40 0.28 0.24
C2 0.26 0.30 0.23 0.43 0.50 0.20 0.58 0.24 0.52 0.36 0.37 0.52 0.25 0.27 0.36 0.24 0.47 0.40 0.56 0.46
C2' 0.46 0.44 0.15 0.27 0.48 0.17 0.55 0.23 0.56 0.49 0.43 0.46 0.42 0.37 0.28 0.37 0.28 0.45 0.25 0.24
C3' 0.53 0.45 0.17 0.25 0.40 0.23 0.47 0.29 0.52 0.49 0.40 0.36 0.47 0.51 0.30 0.40 0.26 0.52 0.33 0.29
C4 0.19 0.32 0.29 0.64 0.20 0.45 0.37 0.41 0.33 0.21 0.29 0.18 0.46 0.35 0.54 0.29 0.59 0.58 0.86 0.68
C4' 0.57 0.58 0.21 0.20 0.51 0.20 0.52 0.22 0.55 0.57 0.53 0.47 0.60 0.36 0.25 0.48 0.22 0.58 0.45 0.32
C5 0.23 0.35 0.33 0.68 0.18 0.52 0.36 0.47 0.35 0.25 0.28 0.15 0.50 0.39 0.59 0.36 0.54 0.48 0.66 0.55
C5' 0.60 0.54 0.27 0.20 0.42 0.26 0.43 0.28 0.48 0.53 0.47 0.38 0.60 0.46 0.25 0.49 0.23 0.64 0.61 0.42
C6 0.17 0.13 0.30 0.56 0.27 0.38 0.44 0.35 0.44 0.24 0.13 0.26 0.29 0.36 0.49 0.19 0.41 0.35 0.42 0.36
N1 0.28 0.30 0.24 0.43 0.47 0.21 0.56 0.24 0.54 0.39 0.35 0.46 0.24 0.28 0.36 0.23 0.39 0.36 0.41 0.34
N3 0.12 0.13 0.26 0.53 0.34 0.30 0.48 0.29 0.40 0.20 0.16 0.38 0.26 0.31 0.44 0.15 0.54 0.50 0.76 0.60
O2 0.35 0.44 0.20 0.36 0.61 0.16 0.64 0.23 0.58 0.46 0.51 0.63 0.37 0.24 0.30 0.36 0.47 0.39 0.54 0.44
O2' 0.46 0.51 0.21 0.26 0.56 0.16 0.59 0.21 0.57 0.52 0.52 0.56 0.50 0.25 0.26 0.41 0.25 0.53 0.29 0.26
O3' 0.56 0.46 0.20 0.23 0.38 0.25 0.44 0.33 0.49 0.49 0.40 0.33 0.51 0.55 0.30 0.43 0.27 0.63 0.49 0.39
O4 0.30 0.49 0.30 0.68 0.35 0.53 0.33 0.48 0.31 0.34 0.52 0.30 0.59 0.36 0.59 0.41 0.68 0.73 1.07 0.84
O4' 0.52 0.60 0.22 0.25 0.60 0.15 0.61 0.19 0.61 0.60 0.59 0.58 0.58 0.25 0.28 0.46 0.26 0.49 0.34 0.26
O5' 0.59 0.39 0.37 0.14 0.35 0.11 0.41 0.18 0.47 0.47 0.34 0.32 0.41 0.66 0.01 0.38 0.32 0.54 0.39 0.31
OP1 0.33 0.21 0.15 0.05 0.17 0.19 0.21 0.53 0.17 0.18 0.16 0.21 0.34 0.33 0.02 0.20 0.47 0.84 1.14 0.78
OP2 0.26 0.18 0.35 0.08 0.36 0.21 0.34 0.46 0.23 0.10 0.29 0.44 0.21 0.90 0.02 0.17 0.50 0.71 0.48 0.50
P 0.36 0.15 0.22 0.01 0.18 0.10 0.23 0.37 0.21 0.18 0.14 0.22 0.25 0.52 0.00 0.17 0.35 0.61 0.61 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.03 0.27 0.01 0.26 0.25 0.32 0.24
C2 0.04 0.00 0.24 0.24 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.16 0.14 0.44 0.28 0.70 0.51
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.07 0.02 0.19 0.21 0.25 0.02 0.19 0.08 0.45 0.01 0.02 0.01 0.53 0.64 0.67 0.59
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.26 0.01 0.25 0.03 0.22 0.17 0.27 0.28 0.29 0.02 0.01 0.03 0.31 0.46 0.20 0.29
C4 0.03 0.02 0.07 0.26 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.10 0.03 0.68 0.71 1.25 0.94
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.19 0.06 0.05 0.11 0.15 0.26 0.02 0.01 0.02 0.21 0.26 0.09
C5 0.02 0.02 0.19 0.25 0.01 0.18 0.00 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.50 0.16 0.12 0.75 0.85 1.35 1.05
C5' 0.09 0.15 0.21 0.03 0.23 0.01 0.30 0.00 0.27 0.14 0.18 0.26 0.19 0.06 0.20 0.01 0.01 0.16 0.34 0.01
C6 0.02 0.01 0.25 0.22 0.01 0.19 0.01 0.27 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.48 0.15 0.17 0.66 0.65 1.04 0.84
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.10 0.01 0.45 0.32 0.68 0.53
N3 0.04 0.01 0.19 0.27 0.01 0.05 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.13 0.11 0.56 0.46 0.98 0.72
N4 0.03 0.03 0.08 0.28 0.00 0.11 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.38 0.13 0.03 0.74 0.85 1.44 1.07
O2 0.07 0.01 0.45 0.29 0.02 0.15 0.02 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.42 0.30 0.24 0.32 0.23 0.45 0.31
O2' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.34 0.26 0.50 0.06 0.48 0.18 0.19 0.38 0.42 0.00 0.04 0.18 0.36 0.71 0.81 0.55
O3' 0.27 0.16 0.02 0.01 0.10 0.02 0.16 0.20 0.15 0.10 0.13 0.13 0.30 0.04 0.00 0.18 0.25 0.44 0.42 0.28
O4' 0.01 0.14 0.01 0.03 0.03 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.11 0.03 0.24 0.18 0.18 0.00 0.09 0.13 0.20 0.16
O5' 0.26 0.44 0.53 0.31 0.68 0.02 0.75 0.01 0.66 0.45 0.56 0.74 0.32 0.36 0.25 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.25 0.28 0.64 0.46 0.71 0.21 0.85 0.16 0.65 0.32 0.46 0.85 0.23 0.71 0.44 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.70 0.67 0.20 1.25 0.26 1.35 0.34 1.04 0.68 0.98 1.44 0.45 0.81 0.42 0.20 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.51 0.59 0.29 0.94 0.09 1.05 0.01 0.84 0.53 0.72 1.07 0.31 0.55 0.28 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00