ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55146

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 4, 2, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.013, 0.059, 0.105, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.059 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.003, 0.067, 0.131, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.067 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.070, 0.250, 0.429, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.250 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.102, 0.293, 0.485, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.293 std_dev=0.191
O2' A 0, 0.195, 0.423, 0.652, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.423 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.386, 0.666, 0.947, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.666 std_dev=0.281
C3' A 0, 0.170, 0.460, 0.750, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.460 std_dev=0.290
C4' A 0, 0.163, 0.456, 0.748, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.456 std_dev=0.292
C2' B 0, 0.203, 0.501, 0.800, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.501 std_dev=0.298
C1' B 0, 0.480, 0.836, 1.192, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.836 std_dev=0.356
C3' B 0, 0.379, 0.825, 1.272, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.825 std_dev=0.446
O3' A 0, 0.265, 0.731, 1.196, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.731 std_dev=0.465
P A 0, 0.462, 0.948, 1.434, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.948 std_dev=0.486
C2 B 0, 0.427, 0.932, 1.437, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.932 std_dev=0.505
C5' A 0, 0.266, 0.780, 1.294, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.780 std_dev=0.514
O4' B 0, 0.613, 1.160, 1.707, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.160 std_dev=0.547
O2 B 0, 0.529, 1.092, 1.655, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.092 std_dev=0.563
N1 B 0, 0.464, 1.058, 1.651, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.058 std_dev=0.594
C4' B 0, 0.481, 1.132, 1.782, 2.097 max_d=2.097 avg_d=1.132 std_dev=0.650
O5' A 0, 0.355, 1.013, 1.671, 2.015 max_d=2.015 avg_d=1.013 std_dev=0.658
O3' B 0, 0.412, 1.070, 1.728, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.070 std_dev=0.658
N3 B 0, 0.433, 1.132, 1.830, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.132 std_dev=0.698
OP2 A 0, 0.422, 1.155, 1.887, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.155 std_dev=0.733
OP1 A 0, 0.363, 1.337, 2.310, 3.805 max_d=3.805 avg_d=1.337 std_dev=0.974
C5' B 0, 0.639, 1.660, 2.682, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.660 std_dev=1.021
C4 B 0, 0.330, 1.492, 2.653, 4.308 max_d=4.308 avg_d=1.492 std_dev=1.161
C6 B 0, 0.335, 1.553, 2.771, 4.886 max_d=4.886 avg_d=1.553 std_dev=1.218
O5' B 0, 0.937, 2.214, 3.492, 3.660 max_d=3.660 avg_d=2.214 std_dev=1.277
P B 0, 1.081, 2.511, 3.941, 4.730 max_d=4.730 avg_d=2.511 std_dev=1.430
N4 B 0, 0.257, 1.712, 3.168, 5.329 max_d=5.329 avg_d=1.712 std_dev=1.455
C5 B 0, 0.244, 1.766, 3.288, 6.008 max_d=6.008 avg_d=1.766 std_dev=1.522
OP2 B 0, 1.030, 2.623, 4.216, 5.350 max_d=5.350 avg_d=2.623 std_dev=1.593
OP1 B 0, 1.169, 3.035, 4.901, 6.538 max_d=6.538 avg_d=3.035 std_dev=1.866

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.20 0.19 0.56 0.25
C2 0.04 0.00 0.11 0.16 0.01 0.07 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.21 0.02 0.04 0.31 0.12 0.75 0.27
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.08 0.03 0.10 0.19 0.00 0.04 0.08 0.01 0.19 0.06 0.47 0.17
C3' 0.03 0.16 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.04 0.15 0.09 0.16 0.23 0.03 0.01 0.15 0.02 0.23 0.16 0.37 0.15
C4 0.03 0.01 0.06 0.13 0.00 0.11 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.03 0.37 0.26 0.86 0.32
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.07 0.08 0.12 0.08 0.01 0.13 0.00 0.03 0.15 0.26 0.10
C5 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.16 0.00 0.42 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.18 0.01 0.04 0.36 0.28 0.85 0.32
C5' 0.09 0.22 0.05 0.04 0.36 0.01 0.42 0.00 0.39 0.24 0.28 0.17 0.06 0.05 0.39 0.02 0.02 0.13 0.25 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.16 0.00 0.39 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.04 0.32 0.19 0.76 0.27
N1 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.27 0.13 0.70 0.25
N3 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.22 0.02 0.04 0.35 0.18 0.83 0.29
O2 0.06 0.00 0.19 0.23 0.02 0.12 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.30 0.03 0.06 0.30 0.10 0.72 0.27
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.08 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.11 0.19 0.00 0.09 0.09 0.09 0.11 0.20 0.37 0.15
O3' 0.04 0.21 0.04 0.01 0.18 0.01 0.18 0.05 0.16 0.10 0.22 0.30 0.09 0.00 0.21 0.01 0.22 0.24 0.33 0.15
O4 0.03 0.02 0.08 0.15 0.01 0.13 0.01 0.39 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.21 0.00 0.03 0.38 0.32 0.88 0.34
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.20 0.30 0.47 0.29
O5' 0.20 0.31 0.19 0.23 0.37 0.03 0.36 0.02 0.32 0.27 0.35 0.30 0.11 0.22 0.38 0.20 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.19 0.12 0.06 0.16 0.26 0.15 0.28 0.13 0.19 0.13 0.18 0.10 0.20 0.24 0.32 0.30 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.56 0.75 0.47 0.37 0.86 0.26 0.85 0.25 0.76 0.70 0.83 0.72 0.37 0.33 0.88 0.47 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.27 0.17 0.15 0.32 0.10 0.32 0.03 0.27 0.25 0.29 0.27 0.15 0.15 0.34 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.31 0.19 0.36 0.67 0.28 0.81 0.36 0.68 0.37 0.45 0.76 0.47 0.33 0.52 0.19 0.40 0.68 0.80 0.46
C2 0.14 0.20 0.15 0.24 0.64 0.22 0.68 0.38 0.51 0.26 0.38 0.77 0.32 0.32 0.30 0.19 0.61 1.10 0.92 0.69
C2' 0.21 0.30 0.15 0.28 0.67 0.21 0.83 0.32 0.68 0.35 0.43 0.79 0.48 0.32 0.45 0.15 0.41 0.66 0.83 0.45
C3' 0.24 0.29 0.18 0.17 0.53 0.14 0.64 0.31 0.54 0.30 0.38 0.62 0.41 0.39 0.36 0.08 0.44 0.56 0.85 0.42
C4 0.16 0.27 0.20 0.22 0.34 0.29 0.51 0.52 0.36 0.15 0.22 0.44 0.52 0.30 0.27 0.25 0.80 1.36 1.04 0.88
C4' 0.31 0.35 0.23 0.18 0.55 0.13 0.67 0.31 0.59 0.38 0.42 0.61 0.45 0.43 0.45 0.13 0.41 0.47 0.80 0.40
C5 0.18 0.30 0.23 0.21 0.32 0.27 0.48 0.46 0.37 0.17 0.22 0.37 0.54 0.31 0.28 0.23 0.70 1.11 0.99 0.73
C5' 0.46 0.47 0.48 0.25 0.57 0.23 0.60 0.34 0.55 0.47 0.51 0.61 0.47 0.67 0.35 0.30 0.56 0.55 0.91 0.53
C6 0.11 0.13 0.19 0.22 0.26 0.23 0.34 0.39 0.25 0.07 0.11 0.31 0.34 0.31 0.22 0.18 0.55 0.86 0.90 0.57
N1 0.12 0.18 0.15 0.27 0.53 0.23 0.59 0.36 0.47 0.24 0.33 0.60 0.32 0.31 0.33 0.16 0.52 0.88 0.87 0.57
N3 0.13 0.17 0.16 0.21 0.46 0.25 0.52 0.46 0.37 0.17 0.23 0.59 0.35 0.30 0.23 0.23 0.73 1.30 1.00 0.83
O2 0.18 0.29 0.17 0.27 0.81 0.21 0.87 0.36 0.65 0.34 0.51 1.00 0.40 0.36 0.37 0.20 0.58 1.09 0.90 0.68
O2' 0.32 0.40 0.26 0.37 0.83 0.31 1.07 0.37 0.88 0.47 0.54 0.97 0.62 0.36 0.57 0.27 0.37 0.63 0.81 0.44
O3' 0.27 0.29 0.21 0.16 0.56 0.14 0.70 0.32 0.59 0.33 0.38 0.66 0.44 0.41 0.35 0.11 0.47 0.55 0.88 0.44
O4 0.21 0.38 0.23 0.26 0.42 0.36 0.61 0.62 0.43 0.21 0.36 0.56 0.67 0.30 0.35 0.32 0.91 1.59 1.11 1.03
O4' 0.25 0.34 0.13 0.33 0.55 0.23 0.67 0.36 0.60 0.36 0.41 0.60 0.46 0.35 0.59 0.12 0.34 0.50 0.71 0.36
O5' 0.46 0.33 0.57 0.14 0.37 0.11 0.43 0.28 0.42 0.38 0.31 0.40 0.34 0.77 0.02 0.25 0.37 0.51 0.74 0.36
OP1 0.67 0.53 0.74 0.38 0.42 0.51 0.46 0.54 0.49 0.54 0.45 0.40 0.63 1.02 0.06 0.59 0.49 0.70 0.77 0.50
OP2 0.41 0.64 0.28 0.40 0.84 0.52 0.90 0.88 0.80 0.61 0.74 0.90 0.65 0.26 0.02 0.55 0.82 0.80 1.32 0.85
P 0.14 0.12 0.30 0.03 0.26 0.19 0.34 0.46 0.28 0.11 0.16 0.31 0.25 0.48 0.01 0.12 0.42 0.54 0.80 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.10 0.20 0.38 0.13
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.01 0.24 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.13 0.25 0.53 0.82 0.66 0.50
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.03 0.11 0.02 0.08 0.04 0.24 0.01 0.07 0.02 0.22 0.36 0.38 0.17
C3' 0.03 0.15 0.00 0.00 0.16 0.01 0.31 0.02 0.32 0.10 0.11 0.17 0.35 0.03 0.02 0.03 0.34 0.44 0.39 0.27
C4 0.03 0.01 0.04 0.16 0.00 0.15 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.24 0.05 0.39 0.71 0.61 0.35
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.15 0.00 0.33 0.01 0.37 0.08 0.17 0.17 0.52 0.09 0.05 0.01 0.02 0.19 0.31 0.06
C5 0.03 0.01 0.09 0.31 0.01 0.33 0.00 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.37 0.21 0.72 0.89 1.00 0.83
C5' 0.05 0.38 0.03 0.02 0.36 0.01 0.63 0.00 0.63 0.20 0.33 0.39 0.79 0.09 0.06 0.02 0.01 0.27 0.33 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.37 0.01 0.63 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.34 0.27 0.73 0.78 0.90 0.80
N1 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.08 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.11 0.03 0.24 0.39 0.45 0.18
N3 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.13 0.17 0.47 0.88 0.59 0.41
N4 0.04 0.02 0.04 0.17 0.01 0.17 0.01 0.39 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.27 0.05 0.42 0.80 0.67 0.41
O2 0.06 0.01 0.24 0.35 0.01 0.52 0.01 0.79 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.37 0.32 0.46 1.05 1.33 1.16 1.10
O2' 0.03 0.18 0.01 0.03 0.06 0.09 0.16 0.09 0.19 0.04 0.14 0.07 0.37 0.00 0.20 0.08 0.12 0.27 0.33 0.14
O3' 0.04 0.13 0.07 0.02 0.24 0.05 0.37 0.06 0.34 0.11 0.13 0.27 0.32 0.20 0.00 0.04 0.44 0.59 0.54 0.45
O4' 0.01 0.25 0.02 0.03 0.05 0.01 0.21 0.02 0.27 0.03 0.17 0.05 0.46 0.08 0.04 0.00 0.12 0.14 0.41 0.24
O5' 0.10 0.53 0.22 0.34 0.39 0.02 0.72 0.01 0.73 0.24 0.47 0.42 1.05 0.12 0.44 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.82 0.36 0.44 0.71 0.19 0.89 0.27 0.78 0.39 0.88 0.80 1.33 0.27 0.59 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.66 0.38 0.39 0.61 0.31 1.00 0.33 0.90 0.45 0.59 0.67 1.16 0.33 0.54 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.50 0.17 0.27 0.35 0.06 0.83 0.02 0.80 0.18 0.41 0.41 1.10 0.14 0.45 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00