ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.011, 0.044, 0.078, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.044 std_dev=0.033
O4 A 0, -0.006, 0.084, 0.174, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.084 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.065, 0.184, 0.302, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.184 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.050, 0.176, 0.301, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.176 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.105, 0.233, 0.361, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.233 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.126, 0.305, 0.485, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.305 std_dev=0.180
C3' A 0, 0.109, 0.301, 0.494, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.301 std_dev=0.193
O3' A 0, 0.170, 0.447, 0.724, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.447 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.277, 0.561, 0.845, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.561 std_dev=0.284
C5' A 0, 0.231, 0.537, 0.842, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.537 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.125, 0.525, 0.925, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.525 std_dev=0.400
C3' B 0, 0.412, 0.826, 1.239, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.826 std_dev=0.413
O5' A 0, 0.151, 0.606, 1.061, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.606 std_dev=0.455
C1' B 0, 0.273, 0.737, 1.201, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.737 std_dev=0.464
C4' B 0, 0.621, 1.134, 1.646, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.134 std_dev=0.513
O3' B 0, 0.317, 0.859, 1.401, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.859 std_dev=0.542
O4' B 0, 0.516, 1.071, 1.626, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.071 std_dev=0.555
N1 B 0, 0.441, 1.033, 1.625, 2.049 max_d=2.049 avg_d=1.033 std_dev=0.592
OP2 A 0, 0.156, 0.751, 1.345, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.751 std_dev=0.594
P A 0, 0.138, 0.743, 1.348, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.743 std_dev=0.605
O2 B 0, 0.343, 0.950, 1.558, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.950 std_dev=0.607
C2 B 0, 0.455, 1.097, 1.739, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.097 std_dev=0.642
C5' B 0, 1.006, 1.661, 2.316, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.661 std_dev=0.655
C6 B 0, 0.698, 1.379, 2.059, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.379 std_dev=0.681
O5' B 0, 0.757, 1.492, 2.227, 2.519 max_d=2.519 avg_d=1.492 std_dev=0.735
N3 B 0, 0.700, 1.462, 2.225, 2.516 max_d=2.516 avg_d=1.462 std_dev=0.762
C5 B 0, 0.867, 1.682, 2.496, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.682 std_dev=0.815
C4 B 0, 0.860, 1.705, 2.549, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.705 std_dev=0.844
OP1 A 0, 0.077, 0.944, 1.812, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.944 std_dev=0.867
P B 0, 0.977, 1.975, 2.974, 3.372 max_d=3.372 avg_d=1.975 std_dev=0.998
N4 B 0, 1.063, 2.064, 3.066, 3.297 max_d=3.297 avg_d=2.064 std_dev=1.002
OP2 B 0, 1.228, 2.381, 3.534, 3.862 max_d=3.862 avg_d=2.381 std_dev=1.153
OP1 B 0, 1.255, 2.439, 3.624, 3.950 max_d=3.950 avg_d=2.439 std_dev=1.185

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.24 0.26 0.12 0.17
C2 0.01 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.02 0.02 0.43 0.41 0.36 0.37
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.06 0.15 0.01 0.02 0.06 0.01 0.21 0.30 0.12 0.17
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.05 0.11 0.06 0.10 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.20 0.33 0.15 0.18
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.49 0.48 0.49 0.46
C4' 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.06 0.07 0.03 0.09 0.00 0.02 0.15 0.18 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.10 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.06 0.46 0.42 0.41 0.41
C5' 0.06 0.14 0.05 0.05 0.22 0.01 0.24 0.00 0.22 0.15 0.18 0.10 0.07 0.04 0.24 0.01 0.01 0.25 0.30 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.06 0.41 0.36 0.29 0.33
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.38 0.35 0.27 0.31
N3 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.01 0.03 0.48 0.47 0.46 0.44
O2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.12 0.20 0.03 0.03 0.39 0.40 0.34 0.34
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.08 0.12 0.00 0.05 0.07 0.06 0.11 0.22 0.11 0.10
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.10 0.03 0.12 0.04 0.12 0.06 0.12 0.20 0.05 0.00 0.14 0.03 0.21 0.30 0.28 0.21
O4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.14 0.00 0.04 0.51 0.51 0.55 0.50
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.18 0.19 0.11 0.12
O5' 0.24 0.43 0.21 0.20 0.49 0.02 0.46 0.01 0.41 0.38 0.48 0.39 0.11 0.21 0.51 0.18 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.26 0.41 0.30 0.33 0.48 0.15 0.42 0.25 0.36 0.35 0.47 0.40 0.22 0.30 0.51 0.19 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.36 0.12 0.15 0.49 0.18 0.41 0.30 0.29 0.27 0.46 0.34 0.11 0.28 0.55 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.37 0.17 0.18 0.46 0.03 0.41 0.02 0.33 0.31 0.44 0.34 0.10 0.21 0.50 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.25 0.21 0.22 0.37 0.19 0.36 0.18 0.33 0.25 0.34 0.42 0.23 0.36 0.16 0.18 0.55 0.69 0.92 0.54
C2 0.24 0.28 0.20 0.30 0.48 0.24 0.49 0.25 0.42 0.31 0.40 0.54 0.20 0.45 0.25 0.23 0.73 0.86 1.25 0.82
C2' 0.22 0.25 0.17 0.16 0.37 0.14 0.36 0.16 0.32 0.24 0.34 0.43 0.25 0.44 0.13 0.17 0.56 0.83 0.87 0.58
C3' 0.27 0.25 0.19 0.17 0.32 0.16 0.34 0.18 0.32 0.25 0.30 0.36 0.29 0.51 0.16 0.21 0.55 0.88 0.74 0.55
C4 0.21 0.29 0.15 0.36 0.49 0.31 0.53 0.34 0.45 0.31 0.40 0.52 0.31 0.46 0.33 0.28 0.88 1.04 1.51 1.06
C4' 0.27 0.24 0.19 0.14 0.29 0.15 0.31 0.15 0.30 0.25 0.28 0.31 0.29 0.39 0.12 0.21 0.52 0.74 0.68 0.44
C5 0.20 0.31 0.15 0.36 0.37 0.31 0.43 0.32 0.40 0.28 0.36 0.36 0.39 0.46 0.32 0.27 0.82 0.93 1.35 0.93
C5' 0.32 0.27 0.25 0.16 0.30 0.15 0.35 0.15 0.36 0.30 0.28 0.31 0.32 0.42 0.11 0.24 0.53 0.77 0.64 0.46
C6 0.19 0.25 0.19 0.32 0.32 0.26 0.36 0.26 0.35 0.25 0.30 0.34 0.33 0.46 0.27 0.22 0.69 0.78 1.13 0.73
N1 0.22 0.25 0.21 0.28 0.39 0.23 0.41 0.23 0.37 0.28 0.35 0.44 0.23 0.44 0.23 0.21 0.66 0.76 1.10 0.70
N3 0.22 0.27 0.17 0.33 0.51 0.27 0.53 0.30 0.45 0.31 0.41 0.58 0.21 0.46 0.29 0.25 0.83 0.98 1.44 0.98
O2 0.26 0.30 0.21 0.28 0.51 0.23 0.50 0.23 0.43 0.33 0.42 0.59 0.20 0.44 0.23 0.24 0.71 0.84 1.23 0.79
O2' 0.22 0.25 0.18 0.16 0.38 0.16 0.36 0.16 0.32 0.24 0.35 0.45 0.22 0.35 0.16 0.19 0.52 0.75 0.80 0.48
O3' 0.30 0.25 0.22 0.20 0.33 0.18 0.34 0.20 0.33 0.26 0.31 0.37 0.29 0.50 0.19 0.25 0.55 0.95 0.68 0.57
O4 0.24 0.33 0.15 0.38 0.55 0.34 0.58 0.40 0.48 0.33 0.45 0.60 0.36 0.45 0.36 0.32 0.97 1.17 1.68 1.21
O4' 0.22 0.24 0.22 0.20 0.29 0.18 0.29 0.18 0.28 0.23 0.29 0.33 0.27 0.32 0.16 0.18 0.49 0.62 0.80 0.43
O5' 0.21 0.38 0.23 0.12 0.41 0.08 0.37 0.14 0.31 0.27 0.43 0.46 0.45 0.40 0.02 0.14 0.50 0.82 0.68 0.51
OP1 0.10 0.22 0.08 0.05 0.30 0.11 0.29 0.26 0.21 0.11 0.28 0.35 0.30 0.17 0.02 0.09 0.50 0.78 0.59 0.46
OP2 0.08 0.29 0.21 0.09 0.42 0.13 0.41 0.27 0.31 0.18 0.39 0.49 0.31 0.47 0.02 0.11 0.63 1.02 0.68 0.67
P 0.10 0.24 0.11 0.02 0.32 0.06 0.31 0.19 0.24 0.14 0.31 0.37 0.31 0.29 0.01 0.05 0.49 0.82 0.54 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.12 0.00 0.30 0.36 0.93 0.41
C2 0.03 0.00 0.12 0.19 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.03 0.53 0.54 1.34 0.72
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.14 0.10 0.16 0.05 0.09 0.08 0.25 0.01 0.03 0.01 0.35 0.55 0.74 0.38
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.19 0.01 0.18 0.02 0.17 0.13 0.21 0.20 0.24 0.02 0.01 0.03 0.36 0.64 0.54 0.35
C4 0.01 0.01 0.07 0.19 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.25 0.16 0.04 0.75 0.82 1.63 1.00
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.07 0.12 0.09 0.19 0.02 0.01 0.02 0.44 0.46 0.17
C5 0.01 0.01 0.14 0.18 0.01 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.19 0.07 0.80 0.86 1.62 1.04
C5' 0.05 0.12 0.10 0.02 0.25 0.01 0.30 0.00 0.26 0.14 0.18 0.29 0.08 0.10 0.14 0.01 0.01 0.23 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.17 0.01 0.14 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.16 0.07 0.71 0.69 1.43 0.88
N1 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.14 0.06 0.02 0.54 0.52 1.27 0.69
N3 0.02 0.00 0.09 0.21 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.23 0.16 0.03 0.64 0.67 1.51 0.87
N4 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.12 0.02 0.29 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.19 0.05 0.80 0.92 1.73 1.09
O2 0.05 0.01 0.25 0.24 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.20 0.22 0.07 0.41 0.48 1.21 0.59
O2' 0.02 0.18 0.01 0.02 0.25 0.19 0.24 0.10 0.20 0.14 0.23 0.27 0.20 0.00 0.08 0.14 0.27 0.42 0.64 0.23
O3' 0.12 0.13 0.03 0.01 0.16 0.02 0.19 0.14 0.16 0.06 0.16 0.19 0.22 0.08 0.00 0.09 0.41 0.70 0.49 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.07 0.14 0.09 0.00 0.28 0.28 0.86 0.38
O5' 0.30 0.53 0.35 0.36 0.75 0.02 0.80 0.01 0.71 0.54 0.64 0.80 0.41 0.27 0.41 0.28 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.36 0.54 0.55 0.64 0.82 0.44 0.86 0.23 0.69 0.52 0.67 0.92 0.48 0.42 0.70 0.28 0.02 0.00 0.05 0.00
OP2 0.93 1.34 0.74 0.54 1.63 0.46 1.62 0.35 1.43 1.27 1.51 1.73 1.21 0.64 0.49 0.86 0.03 0.05 0.00 0.01
P 0.41 0.72 0.38 0.35 1.00 0.17 1.04 0.02 0.88 0.69 0.87 1.09 0.59 0.23 0.38 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00