ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55148

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C4 A 0, -0.003, 0.017, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.017 std_dev=0.020
C6 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.022 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.002, 0.030, 0.059, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.030 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.004, 0.036, 0.067, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.036 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.002, 0.044, 0.086, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.044 std_dev=0.042
O2 A 0, 0.013, 0.061, 0.110, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.061 std_dev=0.048
O2' B 0, 0.242, 0.526, 0.809, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.526 std_dev=0.284
C3' A 0, -0.033, 0.290, 0.613, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.290 std_dev=0.323
O3' A 0, -0.021, 0.341, 0.703, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.341 std_dev=0.362
OP1 A 0, 0.149, 0.573, 0.997, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.573 std_dev=0.424
C2' B 0, 0.187, 0.615, 1.044, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.615 std_dev=0.428
C4' A 0, -0.126, 0.323, 0.772, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.323 std_dev=0.449
O4' A 0, -0.150, 0.302, 0.753, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.302 std_dev=0.451
C2' A 0, -0.132, 0.345, 0.823, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.345 std_dev=0.477
C3' B 0, 0.054, 0.865, 1.677, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.865 std_dev=0.811
O2' A 0, -0.266, 0.587, 1.439, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.587 std_dev=0.853
O5' A 0, -0.084, 0.808, 1.699, 2.364 max_d=2.364 avg_d=0.808 std_dev=0.891
C5' A 0, -0.278, 0.630, 1.538, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.630 std_dev=0.908
P A 0, -0.309, 0.819, 1.948, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.819 std_dev=1.128
C1' B 0, -0.138, 1.168, 2.475, 3.457 max_d=3.457 avg_d=1.168 std_dev=1.306
O3' B 0, -0.184, 1.166, 2.517, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.166 std_dev=1.351
C4' B 0, -0.237, 1.460, 3.157, 4.408 max_d=4.408 avg_d=1.460 std_dev=1.697
O4' B 0, -0.264, 1.560, 3.384, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.560 std_dev=1.824
N1 B 0, -0.382, 1.712, 3.806, 5.384 max_d=5.384 avg_d=1.712 std_dev=2.094
OP2 A 0, -0.621, 1.507, 3.635, 5.257 max_d=5.257 avg_d=1.507 std_dev=2.128
O5' B 0, -0.448, 1.746, 3.939, 5.624 max_d=5.624 avg_d=1.746 std_dev=2.194
O2 B 0, -0.521, 1.703, 3.927, 5.620 max_d=5.620 avg_d=1.703 std_dev=2.224
C2 B 0, -0.543, 1.914, 4.370, 6.245 max_d=6.245 avg_d=1.914 std_dev=2.456
C5' B 0, -0.450, 2.023, 4.495, 6.343 max_d=6.343 avg_d=2.023 std_dev=2.473
OP2 B 0, -0.520, 2.173, 4.866, 6.896 max_d=6.896 avg_d=2.173 std_dev=2.693
C6 B 0, -0.555, 2.150, 4.855, 6.850 max_d=6.850 avg_d=2.150 std_dev=2.705
P B 0, -0.687, 2.337, 5.361, 7.636 max_d=7.636 avg_d=2.337 std_dev=3.024
N3 B 0, -0.802, 2.479, 5.760, 8.250 max_d=8.250 avg_d=2.479 std_dev=3.281
C5 B 0, -0.758, 2.641, 6.039, 8.539 max_d=8.539 avg_d=2.641 std_dev=3.398
OP1 B 0, -0.900, 2.692, 6.285, 8.922 max_d=8.922 avg_d=2.692 std_dev=3.593
C4 B 0, -0.865, 2.780, 6.426, 9.152 max_d=9.152 avg_d=2.780 std_dev=3.645
N4 B 0, -1.110, 3.337, 7.784, 11.108 max_d=11.108 avg_d=3.337 std_dev=4.447

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.08 0.05 0.01 0.30 0.57 0.77 0.45
C2 0.06 0.00 0.13 0.07 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.03 0.12 0.54 0.53 1.40 0.73
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.06 0.15 0.01 0.09 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01 0.36 0.99 0.73 0.57
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.79 0.25 0.29
C4 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01 0.07 0.45 0.44 1.60 0.70
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.05 0.13 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.34 0.19 0.07
C5 0.01 0.01 0.12 0.05 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.10 0.01 0.16 0.34 0.43 1.38 0.55
C5' 0.04 0.15 0.06 0.02 0.05 0.01 0.15 0.00 0.17 0.05 0.12 0.25 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.33 0.20 0.01
C6 0.02 0.02 0.15 0.06 0.01 0.12 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.32 0.11 0.01 0.19 0.30 0.48 1.15 0.48
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.04 0.01 0.42 0.55 1.18 0.60
N3 0.05 0.01 0.09 0.06 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.17 0.16 0.02 0.07 0.55 0.50 1.60 0.78
O2 0.10 0.01 0.24 0.15 0.01 0.13 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.49 0.31 0.03 0.23 0.60 0.53 1.34 0.76
O2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.05 0.01 0.28 0.05 0.32 0.02 0.17 0.49 0.00 0.03 0.05 0.01 0.35 1.12 0.80 0.62
O3' 0.08 0.18 0.02 0.01 0.10 0.03 0.10 0.02 0.11 0.08 0.16 0.31 0.03 0.00 0.11 0.06 0.04 0.63 0.22 0.14
O4 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.11 0.00 0.07 0.47 0.41 1.71 0.73
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.19 0.01 0.07 0.23 0.01 0.06 0.07 0.00 0.18 0.25 0.48 0.22
O5' 0.30 0.54 0.36 0.15 0.45 0.01 0.34 0.01 0.30 0.42 0.55 0.60 0.35 0.04 0.47 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.57 0.53 0.99 0.79 0.44 0.34 0.43 0.33 0.48 0.55 0.50 0.53 1.12 0.63 0.41 0.25 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.77 1.40 0.73 0.25 1.60 0.19 1.38 0.20 1.15 1.18 1.60 1.34 0.80 0.22 1.71 0.48 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.45 0.73 0.57 0.29 0.70 0.07 0.55 0.01 0.48 0.60 0.78 0.76 0.62 0.14 0.73 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.74 0.07 0.37 0.59 1.12 0.14 1.38 0.10 0.19 0.89 0.73 1.08 0.15 0.26 0.82 0.84 1.40 0.48 0.99
C2 0.28 1.39 0.13 0.29 1.42 0.80 0.91 1.00 0.58 0.77 1.68 1.65 1.65 0.15 0.40 0.34 0.44 1.03 0.07 0.53
C2' 0.78 0.13 0.52 0.89 0.13 1.76 0.56 1.98 0.78 0.49 0.24 0.11 0.46 0.28 0.71 1.50 1.38 1.87 0.91 1.48
C3' 0.84 0.20 0.37 0.58 0.46 1.62 0.88 1.95 1.03 0.69 0.16 0.38 0.24 0.13 0.15 1.59 1.43 1.91 1.08 1.63
C4 0.64 1.93 0.23 0.28 2.15 0.50 1.62 0.57 1.20 1.28 2.35 2.45 2.07 0.16 0.66 0.16 0.06 0.50 0.50 0.09
C4' 0.21 0.31 0.26 0.21 0.10 0.74 0.26 1.02 0.37 0.11 0.34 0.14 0.61 0.43 0.75 0.82 0.62 1.03 0.41 0.84
C5 0.61 1.84 0.23 0.30 1.95 0.51 1.47 0.55 1.10 1.21 2.17 2.18 2.03 0.17 0.71 0.12 0.05 0.45 0.51 0.09
C5' 0.13 0.22 0.53 0.74 0.13 0.22 0.21 0.37 0.25 0.13 0.21 0.13 0.39 0.62 1.42 0.53 0.10 0.27 0.15 0.23
C6 0.36 1.44 0.16 0.32 1.42 0.71 0.98 0.80 0.68 0.85 1.66 1.59 1.70 0.18 0.58 0.21 0.24 0.71 0.22 0.24
N1 0.18 1.21 0.11 0.31 1.16 0.87 0.70 1.05 0.41 0.62 1.43 1.34 1.49 0.16 0.40 0.44 0.49 1.02 0.09 0.56
N3 0.48 1.71 0.19 0.28 1.86 0.64 1.32 0.79 0.93 1.06 2.08 2.14 1.90 0.15 0.53 0.13 0.22 0.78 0.24 0.25
O2 0.20 1.26 0.12 0.26 1.26 0.86 0.74 1.12 0.43 0.64 1.53 1.49 1.53 0.16 0.29 0.46 0.57 1.20 0.21 0.71
O2' 1.09 0.18 0.91 1.47 0.36 2.29 0.90 2.63 1.14 0.79 0.13 0.22 0.32 0.58 1.45 1.87 1.99 2.63 1.47 2.11
O3' 0.90 0.25 0.46 0.76 0.60 1.80 1.08 2.33 1.22 0.79 0.23 0.52 0.28 0.17 0.31 1.71 1.85 2.55 1.60 2.18
O4 0.77 2.13 0.27 0.28 2.50 0.39 1.94 0.43 1.46 1.47 2.65 2.86 2.17 0.16 0.73 0.33 0.18 0.33 0.68 0.26
O4' 0.22 0.88 0.43 0.27 0.72 0.52 0.37 0.77 0.21 0.45 0.96 0.81 1.17 0.54 0.59 0.39 0.33 0.80 0.10 0.51
O5' 0.34 0.42 0.65 0.97 0.35 0.36 0.29 0.24 0.28 0.35 0.40 0.35 0.48 0.57 1.62 0.14 0.44 0.30 0.51 0.31
OP1 0.08 0.23 0.11 0.58 0.13 0.53 0.07 0.50 0.10 0.08 0.22 0.14 0.37 0.43 1.02 0.27 0.44 0.53 0.36 0.40
OP2 0.18 0.30 0.26 1.13 0.15 1.04 0.18 1.17 0.27 0.09 0.33 0.20 0.55 0.31 1.72 0.55 1.13 1.37 1.15 1.14
P 0.29 0.07 0.52 1.22 0.05 0.90 0.19 0.89 0.27 0.17 0.08 0.04 0.20 0.19 1.88 0.44 0.91 0.97 0.89 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.07 0.10 0.03 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.22 0.01 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.26 0.10 0.02 0.12 0.09 0.14 0.09
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.11 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.00 0.02 0.01 0.30 0.23 0.42 0.35
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.34 0.00 0.34 0.01 0.30 0.21 0.29 0.36 0.15 0.03 0.02 0.02 0.11 0.05 0.16 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.34 0.00 0.11 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.25 0.30 0.01 0.23 0.12 0.44 0.13
C4' 0.01 0.08 0.03 0.00 0.11 0.00 0.10 0.00 0.09 0.07 0.10 0.11 0.08 0.29 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C5 0.01 0.02 0.04 0.34 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.33 0.03 0.28 0.13 0.59 0.19
C5' 0.05 0.02 0.11 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.17 0.17 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.30 0.01 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.25 0.03 0.24 0.09 0.45 0.15
N1 0.00 0.01 0.01 0.21 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.10 0.01 0.12 0.07 0.19 0.06
N3 0.02 0.00 0.06 0.29 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.20 0.01 0.16 0.10 0.25 0.10
N4 0.01 0.02 0.04 0.36 0.00 0.11 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.35 0.02 0.25 0.14 0.51 0.16
O2 0.05 0.00 0.10 0.15 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.10 0.05 0.10 0.09 0.06 0.11
O2' 0.01 0.26 0.00 0.03 0.25 0.29 0.17 0.17 0.11 0.15 0.29 0.27 0.30 0.00 0.03 0.20 0.16 0.04 0.42 0.21
O3' 0.13 0.10 0.02 0.02 0.30 0.02 0.33 0.17 0.25 0.10 0.20 0.35 0.10 0.03 0.00 0.09 0.14 0.28 0.08 0.16
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.20 0.09 0.00 0.12 0.09 0.18 0.10
O5' 0.07 0.12 0.30 0.11 0.23 0.01 0.28 0.01 0.24 0.12 0.16 0.25 0.10 0.16 0.14 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.09 0.23 0.05 0.12 0.05 0.13 0.07 0.09 0.07 0.10 0.14 0.09 0.04 0.28 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.14 0.42 0.16 0.44 0.01 0.59 0.02 0.45 0.19 0.25 0.51 0.06 0.42 0.08 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.35 0.11 0.13 0.02 0.19 0.02 0.15 0.06 0.10 0.16 0.11 0.21 0.16 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00