ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55149

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C6 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.003, 0.014, 0.031, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.001, 0.020, 0.041, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.002, 0.026, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.026 std_dev=0.024
O2 A 0, -0.005, 0.044, 0.094, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.044 std_dev=0.049
O4 A 0, -0.023, 0.051, 0.125, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.051 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.012, 0.146, 0.281, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.146 std_dev=0.135
C2' A 0, -0.002, 0.161, 0.324, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.161 std_dev=0.163
C4' A 0, 0.072, 0.288, 0.503, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.288 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.013, 0.232, 0.450, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.232 std_dev=0.218
C3' A 0, 0.036, 0.273, 0.510, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.273 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.139, 0.493, 0.846, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.493 std_dev=0.353
O5' A 0, 0.150, 0.504, 0.858, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.504 std_dev=0.354
O3' A 0, 0.025, 0.402, 0.778, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.402 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.140, 0.536, 0.931, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.536 std_dev=0.395
C2' B 0, 0.103, 0.539, 0.976, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.539 std_dev=0.436
C6 B 0, 0.170, 0.610, 1.049, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.610 std_dev=0.439
C3' B 0, 0.139, 0.591, 1.044, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.591 std_dev=0.452
C2 B 0, 0.245, 0.736, 1.227, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.736 std_dev=0.491
P A 0, 0.224, 0.718, 1.213, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.718 std_dev=0.494
OP2 A 0, 0.236, 0.737, 1.239, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.737 std_dev=0.501
C1' B 0, 0.095, 0.604, 1.113, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.604 std_dev=0.509
O3' B 0, 0.209, 0.725, 1.241, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.725 std_dev=0.516
C5 B 0, 0.277, 0.798, 1.319, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.798 std_dev=0.521
N3 B 0, 0.270, 0.898, 1.526, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.898 std_dev=0.628
C4 B 0, 0.262, 0.896, 1.531, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.896 std_dev=0.634
O4' B 0, 0.122, 0.766, 1.410, 2.144 max_d=2.144 avg_d=0.766 std_dev=0.644
OP1 A 0, 0.302, 0.953, 1.605, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.953 std_dev=0.651
O2 B 0, 0.246, 0.897, 1.548, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.897 std_dev=0.651
C4' B 0, 0.234, 0.907, 1.581, 2.041 max_d=2.041 avg_d=0.907 std_dev=0.674
O5' B 0, 0.368, 1.069, 1.771, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.069 std_dev=0.702
O2' B 0, 0.155, 0.862, 1.569, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.862 std_dev=0.707
C5' B 0, 0.365, 1.236, 2.107, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.236 std_dev=0.871
N4 B 0, 0.252, 1.149, 2.046, 2.706 max_d=2.706 avg_d=1.149 std_dev=0.897
P B 0, 0.281, 1.209, 2.136, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.209 std_dev=0.927
OP2 B 0, 0.402, 1.420, 2.438, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.420 std_dev=1.018
OP1 B 0, 0.641, 1.977, 3.313, 3.181 max_d=3.181 avg_d=1.977 std_dev=1.336

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.08 0.07
C2 0.04 0.00 0.09 0.09 0.02 0.04 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.02 0.02 0.16 0.14 0.22 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.16 0.00 0.01 0.10 0.01 0.05 0.08 0.08 0.03
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.12 0.06 0.09 0.14 0.02 0.01 0.11 0.02 0.04 0.10 0.06 0.04
C4 0.03 0.02 0.08 0.11 0.00 0.09 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.14 0.01 0.04 0.28 0.32 0.39 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.12 0.04 0.06 0.09 0.06 0.02 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.16 0.02 0.04 0.30 0.32 0.37 0.32
C5' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.22 0.01 0.26 0.00 0.22 0.11 0.16 0.08 0.06 0.04 0.24 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.01 0.02 0.06 0.12 0.02 0.12 0.00 0.22 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.13 0.02 0.04 0.23 0.20 0.22 0.20
N1 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.02 0.02 0.14 0.11 0.16 0.11
N3 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.06 0.02 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.13 0.01 0.02 0.22 0.23 0.32 0.23
O2 0.07 0.01 0.16 0.14 0.02 0.09 0.03 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.19 0.17 0.02 0.05 0.13 0.11 0.17 0.10
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.10 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.13 0.19 0.00 0.04 0.13 0.07 0.04 0.08 0.04 0.02
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.14 0.02 0.16 0.04 0.13 0.07 0.13 0.17 0.04 0.00 0.16 0.02 0.06 0.16 0.08 0.08
O4 0.04 0.02 0.10 0.11 0.01 0.10 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.16 0.00 0.04 0.30 0.38 0.46 0.37
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00 0.08 0.15 0.13 0.15
O5' 0.05 0.16 0.05 0.04 0.28 0.02 0.30 0.01 0.23 0.14 0.22 0.13 0.04 0.06 0.30 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.06 0.14 0.08 0.10 0.32 0.06 0.32 0.06 0.20 0.11 0.23 0.11 0.08 0.16 0.38 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.22 0.08 0.06 0.39 0.04 0.37 0.01 0.22 0.16 0.32 0.17 0.04 0.08 0.46 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.14 0.03 0.04 0.31 0.05 0.32 0.02 0.20 0.11 0.23 0.10 0.02 0.08 0.37 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.24 0.20 0.12 0.43 0.14 0.41 0.11 0.32 0.23 0.37 0.50 0.15 0.39 0.20 0.15 0.38 0.31 0.46 0.25
C2 0.25 0.18 0.29 0.17 0.43 0.18 0.47 0.22 0.38 0.25 0.25 0.51 0.28 0.44 0.16 0.19 0.61 0.56 0.73 0.48
C2' 0.16 0.20 0.16 0.08 0.38 0.09 0.37 0.08 0.30 0.21 0.31 0.44 0.13 0.33 0.14 0.11 0.43 0.30 0.40 0.27
C3' 0.13 0.23 0.12 0.03 0.33 0.03 0.33 0.09 0.28 0.21 0.30 0.38 0.21 0.26 0.07 0.08 0.40 0.24 0.30 0.20
C4 0.19 0.22 0.23 0.24 0.26 0.27 0.42 0.40 0.38 0.21 0.22 0.27 0.36 0.28 0.22 0.21 0.79 0.74 0.91 0.65
C4' 0.18 0.33 0.15 0.04 0.38 0.06 0.35 0.07 0.30 0.26 0.38 0.42 0.34 0.26 0.11 0.11 0.31 0.22 0.30 0.14
C5 0.15 0.18 0.16 0.22 0.27 0.23 0.37 0.32 0.36 0.21 0.22 0.28 0.25 0.20 0.23 0.20 0.67 0.57 0.68 0.50
C5' 0.27 0.39 0.28 0.14 0.38 0.10 0.36 0.07 0.33 0.33 0.40 0.39 0.42 0.30 0.03 0.18 0.31 0.33 0.30 0.18
C6 0.16 0.14 0.17 0.14 0.29 0.15 0.35 0.19 0.33 0.21 0.20 0.30 0.15 0.25 0.14 0.16 0.52 0.41 0.54 0.35
N1 0.19 0.14 0.24 0.14 0.37 0.14 0.41 0.15 0.34 0.21 0.26 0.43 0.11 0.38 0.15 0.15 0.51 0.43 0.57 0.36
N3 0.25 0.22 0.28 0.21 0.36 0.23 0.48 0.33 0.40 0.25 0.17 0.41 0.39 0.39 0.18 0.21 0.74 0.70 0.89 0.61
O2 0.28 0.24 0.31 0.17 0.51 0.18 0.51 0.20 0.39 0.27 0.34 0.63 0.32 0.50 0.18 0.22 0.59 0.57 0.75 0.48
O2' 0.19 0.27 0.17 0.09 0.43 0.11 0.40 0.10 0.33 0.25 0.38 0.51 0.20 0.33 0.14 0.15 0.37 0.24 0.41 0.21
O3' 0.15 0.24 0.14 0.06 0.33 0.04 0.33 0.13 0.28 0.22 0.30 0.37 0.23 0.26 0.05 0.09 0.38 0.24 0.26 0.16
O4 0.20 0.30 0.22 0.28 0.32 0.34 0.45 0.52 0.40 0.23 0.37 0.36 0.41 0.24 0.28 0.26 0.90 0.89 1.12 0.81
O4' 0.15 0.32 0.14 0.13 0.40 0.14 0.35 0.14 0.28 0.24 0.41 0.45 0.31 0.34 0.26 0.12 0.27 0.25 0.38 0.16
O5' 0.16 0.24 0.16 0.09 0.27 0.07 0.29 0.13 0.28 0.22 0.26 0.28 0.25 0.16 0.02 0.11 0.32 0.29 0.31 0.15
OP1 0.05 0.06 0.06 0.05 0.10 0.13 0.17 0.23 0.16 0.06 0.06 0.11 0.15 0.09 0.03 0.11 0.37 0.68 0.69 0.49
OP2 0.06 0.09 0.06 0.04 0.15 0.14 0.20 0.23 0.17 0.07 0.12 0.17 0.15 0.05 0.01 0.14 0.40 0.36 0.34 0.21
P 0.04 0.07 0.05 0.02 0.11 0.08 0.18 0.15 0.17 0.07 0.07 0.12 0.13 0.05 0.01 0.07 0.30 0.38 0.43 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.28 0.74 0.52 0.38
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06 0.02 0.50 1.00 0.65 0.57
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.12 0.00 0.02 0.01 0.24 0.46 0.38 0.22
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.14 0.04 0.03 0.07 0.10 0.02 0.01 0.03 0.28 0.28 0.31 0.15
C4 0.03 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.04 0.62 1.19 0.79 0.70
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.08 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.26 0.37 0.09
C5 0.04 0.02 0.06 0.13 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.14 0.05 0.60 1.20 0.79 0.68
C5' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.19 0.10 0.12 0.19 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.23 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.14 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.04 0.53 1.11 0.70 0.59
N1 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.46 0.97 0.62 0.53
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.03 0.58 1.11 0.73 0.65
N4 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05 0.65 1.22 0.84 0.74
O2 0.02 0.01 0.12 0.10 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.14 0.14 0.03 0.44 0.91 0.59 0.51
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.04 0.08 0.05 0.14 0.00 0.02 0.04 0.04 0.33 0.40 0.13
O3' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.14 0.04 0.15 0.05 0.03 0.07 0.14 0.02 0.00 0.02 0.25 0.29 0.39 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.24 0.69 0.53 0.37
O5' 0.28 0.50 0.24 0.28 0.62 0.01 0.60 0.01 0.53 0.46 0.58 0.65 0.44 0.04 0.25 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.74 1.00 0.46 0.28 1.19 0.26 1.20 0.23 1.11 0.97 1.11 1.22 0.91 0.33 0.29 0.69 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.65 0.38 0.31 0.79 0.37 0.79 0.39 0.70 0.62 0.73 0.84 0.59 0.40 0.39 0.53 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.38 0.57 0.22 0.15 0.70 0.09 0.68 0.02 0.59 0.53 0.65 0.74 0.51 0.13 0.21 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00