ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55150

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.020, 0.045, 0.071, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.045 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.001, 0.050, 0.100, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.050 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.186, 0.428, 0.671, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.428 std_dev=0.242
C2' A 0, 0.281, 0.549, 0.816, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.549 std_dev=0.267
O2' B 0, 0.304, 0.599, 0.893, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.599 std_dev=0.295
C3' B 0, 0.369, 0.686, 1.003, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.686 std_dev=0.317
O3' B 0, 0.389, 0.755, 1.121, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.755 std_dev=0.366
C2' B 0, 0.444, 0.841, 1.238, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.841 std_dev=0.397
C4' A 0, 0.424, 0.833, 1.242, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.833 std_dev=0.409
C5' A 0, 0.342, 0.792, 1.242, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.792 std_dev=0.450
C3' A 0, 0.589, 1.066, 1.543, 1.594 max_d=1.594 avg_d=1.066 std_dev=0.477
O2' A 0, 0.795, 1.358, 1.922, 1.776 max_d=1.776 avg_d=1.358 std_dev=0.564
C4' B 0, 0.602, 1.230, 1.859, 1.655 max_d=1.655 avg_d=1.230 std_dev=0.629
C5' B 0, 0.838, 1.478, 2.118, 1.916 max_d=1.916 avg_d=1.478 std_dev=0.640
C1' B 0, 0.801, 1.500, 2.199, 2.298 max_d=2.298 avg_d=1.500 std_dev=0.699
O4' B 0, 0.680, 1.466, 2.252, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.466 std_dev=0.786
O3' A 0, 1.124, 1.962, 2.799, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.962 std_dev=0.838
P A 0, 1.186, 2.130, 3.074, 3.258 max_d=3.258 avg_d=2.130 std_dev=0.944
N1 B 0, 1.004, 1.980, 2.955, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.980 std_dev=0.975
C6 B 0, 0.532, 1.562, 2.591, 3.284 max_d=3.284 avg_d=1.562 std_dev=1.030
O5' A 0, 1.397, 2.448, 3.500, 3.633 max_d=3.633 avg_d=2.448 std_dev=1.051
OP1 A 0, 1.592, 2.935, 4.278, 4.192 max_d=4.192 avg_d=2.935 std_dev=1.343
C2 B 0, 1.761, 3.129, 4.498, 4.520 max_d=4.520 avg_d=3.129 std_dev=1.368
C5 B 0, 0.932, 2.321, 3.710, 4.562 max_d=4.562 avg_d=2.321 std_dev=1.389
O2 B 0, 2.082, 3.548, 5.015, 4.590 max_d=4.590 avg_d=3.548 std_dev=1.467
OP2 A 0, 2.075, 3.582, 5.090, 4.815 max_d=4.815 avg_d=3.582 std_dev=1.508
O5' B 0, 1.154, 2.794, 4.433, 4.473 max_d=4.473 avg_d=2.794 std_dev=1.639
N3 B 0, 2.111, 3.838, 5.564, 5.712 max_d=5.712 avg_d=3.838 std_dev=1.727
C4 B 0, 1.742, 3.471, 5.201, 5.775 max_d=5.775 avg_d=3.471 std_dev=1.730
P B 0, 1.650, 3.759, 5.868, 5.765 max_d=5.765 avg_d=3.759 std_dev=2.109
N4 B 0, 2.183, 4.310, 6.437, 7.096 max_d=7.096 avg_d=4.310 std_dev=2.127
OP1 B 0, 1.591, 3.793, 5.996, 6.264 max_d=6.264 avg_d=3.793 std_dev=2.202
OP2 B 0, 1.880, 4.084, 6.288, 6.767 max_d=6.767 avg_d=4.084 std_dev=2.204

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.08 0.03 0.00 0.09 0.13 0.16 0.09
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.02 0.03 0.14 0.15 0.34 0.16
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03 0.08 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.07 0.17 0.08
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.15 0.00 0.12 0.01 0.10 0.10 0.16 0.16 0.01 0.01 0.16 0.01 0.13 0.15 0.09 0.10
C4 0.03 0.01 0.05 0.15 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.00 0.05 0.19 0.18 0.48 0.23
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.11 0.03 0.05 0.00 0.01 0.11 0.06 0.07
C5 0.03 0.01 0.04 0.12 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.01 0.06 0.20 0.18 0.47 0.23
C5' 0.03 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.08 0.01 0.02 0.14 0.12 0.02
C6 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.07 0.18 0.16 0.36 0.18
N1 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.14 0.14 0.29 0.14
N3 0.03 0.00 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.01 0.03 0.17 0.16 0.42 0.20
O2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.18 0.02 0.03 0.11 0.14 0.30 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.11 0.11 0.10 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.00 0.06 0.12 0.06 0.10 0.11 0.13 0.09
O3' 0.08 0.14 0.03 0.01 0.15 0.03 0.12 0.05 0.09 0.07 0.16 0.18 0.06 0.00 0.17 0.07 0.14 0.19 0.11 0.11
O4 0.03 0.02 0.05 0.16 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.17 0.00 0.05 0.21 0.20 0.53 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.07 0.05 0.00 0.06 0.25 0.05 0.15
O5' 0.09 0.14 0.11 0.13 0.19 0.01 0.20 0.02 0.18 0.14 0.17 0.11 0.10 0.14 0.21 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.13 0.15 0.07 0.15 0.18 0.11 0.18 0.14 0.16 0.14 0.16 0.14 0.11 0.19 0.20 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.34 0.17 0.09 0.48 0.06 0.47 0.12 0.36 0.29 0.42 0.30 0.13 0.11 0.53 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.08 0.10 0.23 0.07 0.23 0.02 0.18 0.14 0.20 0.14 0.09 0.11 0.25 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.59 0.23 0.15 0.85 0.23 0.82 0.30 0.67 0.53 0.76 0.96 0.49 0.09 0.36 0.16 0.69 0.94 0.57 0.70
C2 0.36 0.74 0.19 0.16 1.14 0.18 1.10 0.20 0.89 0.68 0.98 1.28 0.55 0.24 0.45 0.25 0.72 0.78 0.59 0.65
C2' 0.27 0.56 0.22 0.13 0.85 0.20 0.83 0.30 0.67 0.51 0.73 0.96 0.44 0.05 0.30 0.13 0.74 1.03 0.74 0.81
C3' 0.21 0.43 0.22 0.08 0.65 0.20 0.65 0.33 0.53 0.39 0.56 0.73 0.37 0.12 0.22 0.08 0.73 1.14 0.82 0.87
C4 0.36 0.67 0.16 0.16 1.15 0.14 1.20 0.15 0.97 0.69 0.91 1.26 0.47 0.32 0.45 0.33 0.81 0.85 0.77 0.76
C4' 0.24 0.47 0.30 0.10 0.59 0.19 0.56 0.34 0.46 0.39 0.56 0.66 0.45 0.23 0.15 0.04 0.64 1.18 0.75 0.82
C5 0.31 0.53 0.14 0.15 0.87 0.14 0.97 0.15 0.84 0.58 0.68 0.92 0.39 0.28 0.45 0.27 0.81 0.81 0.66 0.73
C5' 0.27 0.42 0.38 0.15 0.45 0.14 0.41 0.32 0.35 0.34 0.46 0.48 0.45 0.39 0.08 0.07 0.59 1.21 0.80 0.83
C6 0.29 0.52 0.17 0.15 0.80 0.19 0.84 0.22 0.72 0.53 0.66 0.86 0.39 0.21 0.46 0.20 0.76 0.78 0.55 0.68
N1 0.31 0.63 0.19 0.16 0.94 0.20 0.93 0.24 0.77 0.59 0.81 1.04 0.48 0.18 0.44 0.20 0.72 0.81 0.55 0.66
N3 0.38 0.75 0.17 0.16 1.23 0.16 1.21 0.16 0.97 0.72 1.02 1.39 0.54 0.30 0.46 0.31 0.76 0.79 0.70 0.70
O2 0.36 0.78 0.20 0.16 1.20 0.19 1.13 0.21 0.89 0.69 1.04 1.37 0.60 0.22 0.44 0.25 0.69 0.79 0.58 0.64
O2' 0.26 0.61 0.22 0.15 0.90 0.25 0.84 0.36 0.66 0.52 0.81 1.04 0.51 0.07 0.31 0.13 0.75 1.14 0.79 0.87
O3' 0.21 0.42 0.24 0.07 0.60 0.20 0.59 0.38 0.48 0.36 0.53 0.68 0.39 0.21 0.16 0.06 0.73 1.29 0.96 0.96
O4 0.38 0.68 0.18 0.15 1.27 0.15 1.33 0.17 1.04 0.71 0.95 1.40 0.49 0.34 0.42 0.39 0.84 0.98 0.92 0.86
O4' 0.24 0.51 0.26 0.17 0.67 0.27 0.64 0.37 0.53 0.44 0.63 0.75 0.46 0.09 0.34 0.13 0.67 1.06 0.60 0.74
O5' 0.27 0.36 0.33 0.14 0.41 0.15 0.43 0.34 0.38 0.33 0.39 0.44 0.37 0.31 0.02 0.13 0.73 1.13 0.80 0.87
OP1 0.48 0.48 0.27 0.19 0.36 0.54 0.31 0.65 0.33 0.42 0.44 0.34 0.57 0.31 0.02 0.56 0.89 1.33 1.12 1.11
OP2 0.14 0.21 0.20 0.12 0.30 0.15 0.34 0.38 0.30 0.19 0.26 0.33 0.24 0.15 0.02 0.11 0.96 1.12 0.82 0.98
P 0.16 0.15 0.12 0.02 0.07 0.24 0.09 0.39 0.09 0.08 0.12 0.08 0.24 0.15 0.01 0.19 0.73 1.01 0.74 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.18 0.53 0.50 0.31
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.05 0.39 1.07 0.67 0.58
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.08 0.03 0.08 0.05 0.16 0.01 0.03 0.00 0.30 0.45 0.26 0.26
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.03 0.07 0.07 0.14 0.12 0.15 0.02 0.01 0.01 0.42 0.42 0.10 0.31
C4 0.04 0.01 0.05 0.11 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.06 0.57 1.56 0.82 0.83
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.08 0.02 0.00 0.02 0.10 0.28 0.03
C5 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.08 0.08 0.59 1.59 0.82 0.85
C5' 0.04 0.11 0.05 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.17 0.11 0.15 0.20 0.08 0.05 0.07 0.02 0.01 0.17 0.34 0.01
C6 0.03 0.00 0.08 0.07 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.09 0.51 1.27 0.73 0.70
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.05 0.04 0.38 0.98 0.64 0.54
N3 0.04 0.00 0.08 0.14 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.05 0.49 1.34 0.76 0.72
N4 0.04 0.01 0.05 0.12 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.07 0.62 1.71 0.87 0.91
O2 0.03 0.00 0.16 0.15 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.17 0.07 0.30 0.88 0.60 0.48
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.09 0.08 0.11 0.05 0.10 0.06 0.07 0.10 0.10 0.00 0.05 0.05 0.11 0.29 0.22 0.07
O3' 0.03 0.12 0.03 0.01 0.10 0.02 0.08 0.07 0.07 0.05 0.13 0.12 0.17 0.05 0.00 0.03 0.40 0.53 0.22 0.37
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.02 0.09 0.04 0.05 0.07 0.07 0.05 0.03 0.00 0.15 0.34 0.54 0.29
O5' 0.18 0.39 0.30 0.42 0.57 0.02 0.59 0.01 0.51 0.38 0.49 0.62 0.30 0.11 0.40 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.53 1.07 0.45 0.42 1.56 0.10 1.59 0.17 1.27 0.98 1.34 1.71 0.88 0.29 0.53 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.67 0.26 0.10 0.82 0.28 0.82 0.34 0.73 0.64 0.76 0.87 0.60 0.22 0.22 0.54 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.58 0.26 0.31 0.83 0.03 0.85 0.01 0.70 0.54 0.72 0.91 0.48 0.07 0.37 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00