ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55151

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2' A 0, 0.013, 0.194, 0.376, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.194 std_dev=0.182
C2' A 0, -0.037, 0.149, 0.334, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.149 std_dev=0.186
O4' A 0, -0.051, 0.150, 0.350, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.150 std_dev=0.201
C3' A 0, -0.085, 0.244, 0.573, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.244 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.038, 0.370, 0.702, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.370 std_dev=0.332
C4' A 0, -0.079, 0.264, 0.606, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.264 std_dev=0.342
O3' A 0, -0.088, 0.314, 0.716, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.314 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.028, 0.531, 1.033, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.531 std_dev=0.502
C5' A 0, -0.141, 0.488, 1.118, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.488 std_dev=0.629
C1' B 0, -0.015, 0.804, 1.623, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.804 std_dev=0.819
C3' B 0, 0.001, 0.857, 1.713, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.857 std_dev=0.856
O5' A 0, -0.122, 0.746, 1.614, 2.155 max_d=2.155 avg_d=0.746 std_dev=0.868
P A 0, -0.098, 0.855, 1.807, 2.352 max_d=2.352 avg_d=0.855 std_dev=0.953
C4' B 0, 0.015, 0.975, 1.935, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.975 std_dev=0.960
O3' B 0, -0.055, 0.913, 1.880, 2.351 max_d=2.351 avg_d=0.913 std_dev=0.968
O4' B 0, -0.007, 1.066, 2.139, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.066 std_dev=1.073
N1 B 0, -0.014, 1.073, 2.160, 2.474 max_d=2.474 avg_d=1.073 std_dev=1.087
OP1 A 0, -0.114, 1.008, 2.129, 2.764 max_d=2.764 avg_d=1.008 std_dev=1.122
OP2 A 0, -0.208, 0.924, 2.056, 2.797 max_d=2.797 avg_d=0.924 std_dev=1.132
O2 B 0, -0.014, 1.276, 2.566, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.276 std_dev=1.290
C2 B 0, -0.052, 1.243, 2.539, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.243 std_dev=1.295
O5' B 0, -0.068, 1.307, 2.682, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.307 std_dev=1.375
C5' B 0, 0.026, 1.432, 2.838, 2.877 max_d=2.877 avg_d=1.432 std_dev=1.406
C6 B 0, -0.127, 1.303, 2.734, 3.472 max_d=3.472 avg_d=1.303 std_dev=1.431
N3 B 0, -0.207, 1.524, 3.254, 4.228 max_d=4.228 avg_d=1.524 std_dev=1.731
P B 0, -0.123, 1.705, 3.533, 4.410 max_d=4.410 avg_d=1.705 std_dev=1.828
C5 B 0, -0.317, 1.547, 3.411, 4.582 max_d=4.582 avg_d=1.547 std_dev=1.864
OP2 B 0, -0.015, 1.944, 3.903, 4.440 max_d=4.440 avg_d=1.944 std_dev=1.959
C4 B 0, -0.354, 1.618, 3.590, 4.844 max_d=4.844 avg_d=1.618 std_dev=1.972
OP1 B 0, -0.222, 1.954, 4.131, 5.327 max_d=5.327 avg_d=1.954 std_dev=2.176
N4 B 0, -0.567, 1.897, 4.360, 6.026 max_d=6.026 avg_d=1.897 std_dev=2.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.12 0.23 0.11
C2 0.01 0.00 0.04 0.14 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.01 0.02 0.49 0.34 0.58 0.36
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.23 0.07 0.24 0.05
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.03 0.12 0.22 0.01 0.00 0.06 0.01 0.17 0.22 0.21 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.74 0.67 0.94 0.69
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.11 0.13 0.01 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.15 0.17
C5 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.85 0.73 0.94 0.76
C5' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.22 0.00 0.15 0.00 0.10 0.13 0.25 0.23 0.01 0.02 0.24 0.01 0.01 0.36 0.22 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.81 0.58 0.73 0.60
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.58 0.36 0.53 0.37
N3 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.11 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.03 0.60 0.50 0.77 0.52
O2 0.02 0.00 0.10 0.22 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.22 0.01 0.02 0.34 0.19 0.45 0.21
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.08 0.09 0.00 0.02 0.08 0.04 0.02 0.27 0.04 0.24
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.12 0.22 0.02 0.00 0.05 0.01 0.17 0.10 0.06 0.13
O4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.10 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.00 0.02 0.75 0.75 1.04 0.77
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.31 0.12 0.07 0.10
O5' 0.37 0.49 0.23 0.17 0.74 0.02 0.85 0.01 0.81 0.58 0.60 0.34 0.02 0.17 0.75 0.31 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.34 0.07 0.22 0.67 0.06 0.73 0.36 0.58 0.36 0.50 0.19 0.27 0.10 0.75 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.58 0.24 0.21 0.94 0.15 0.94 0.22 0.73 0.53 0.77 0.45 0.04 0.06 1.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.36 0.05 0.10 0.69 0.17 0.76 0.01 0.60 0.37 0.52 0.21 0.24 0.13 0.77 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.56 0.72 0.35 0.36 0.68 0.36 0.59 0.43 0.55 0.61 0.74 0.71 0.77 0.18 0.41 0.51 0.48 0.48 0.83 0.53
C2 0.49 0.74 0.26 0.32 0.96 0.37 0.89 0.53 0.75 0.66 0.89 1.02 0.62 0.12 0.19 0.48 0.48 0.57 1.02 0.67
C2' 0.52 0.68 0.32 0.32 0.62 0.30 0.50 0.36 0.47 0.55 0.70 0.64 0.77 0.16 0.43 0.45 0.45 0.52 0.79 0.51
C3' 0.41 0.44 0.27 0.24 0.28 0.19 0.24 0.26 0.28 0.38 0.38 0.24 0.55 0.29 0.33 0.33 0.41 0.55 0.72 0.49
C4 0.23 0.22 0.16 0.41 0.69 0.41 0.88 0.65 0.71 0.37 0.30 0.76 0.49 0.09 0.34 0.32 0.56 0.78 1.19 0.85
C4' 0.41 0.35 0.31 0.41 0.21 0.29 0.27 0.39 0.31 0.34 0.27 0.16 0.50 0.36 0.53 0.37 0.55 0.65 0.77 0.58
C5 0.13 0.22 0.14 0.43 0.37 0.38 0.66 0.60 0.57 0.22 0.09 0.37 0.64 0.10 0.39 0.24 0.54 0.72 1.11 0.78
C5' 0.23 0.17 0.21 0.29 0.46 0.14 0.56 0.32 0.47 0.27 0.28 0.53 0.17 0.61 0.25 0.21 0.53 0.66 0.78 0.60
C6 0.29 0.21 0.19 0.34 0.43 0.33 0.56 0.48 0.53 0.37 0.24 0.43 0.26 0.08 0.23 0.30 0.47 0.56 0.96 0.64
N1 0.47 0.62 0.28 0.31 0.73 0.35 0.70 0.47 0.63 0.59 0.68 0.74 0.51 0.12 0.19 0.44 0.46 0.51 0.94 0.61
N3 0.39 0.53 0.21 0.35 0.94 0.40 0.96 0.60 0.77 0.57 0.73 1.05 0.42 0.10 0.20 0.42 0.52 0.68 1.13 0.78
O2 0.57 0.89 0.30 0.32 1.06 0.38 0.93 0.52 0.77 0.74 1.06 1.17 0.84 0.15 0.28 0.54 0.48 0.55 1.00 0.65
O2' 0.58 0.80 0.40 0.49 0.72 0.45 0.54 0.51 0.50 0.61 0.85 0.78 0.95 0.28 0.69 0.55 0.56 0.65 0.81 0.59
O3' 0.41 0.45 0.27 0.30 0.26 0.23 0.23 0.35 0.27 0.36 0.39 0.22 0.61 0.32 0.45 0.33 0.47 0.67 0.72 0.55
O4 0.15 0.20 0.15 0.45 0.60 0.45 0.91 0.72 0.70 0.27 0.15 0.72 0.63 0.10 0.43 0.31 0.62 0.91 1.29 0.95
O4' 0.51 0.50 0.37 0.42 0.38 0.35 0.34 0.40 0.39 0.46 0.46 0.36 0.58 0.15 0.49 0.47 0.51 0.52 0.77 0.53
O5' 0.60 0.56 0.66 0.22 0.34 0.23 0.29 0.17 0.35 0.50 0.46 0.28 0.69 0.87 0.02 0.41 0.40 0.63 0.69 0.51
OP1 0.21 0.22 0.32 0.02 0.17 0.18 0.24 0.46 0.22 0.18 0.18 0.17 0.33 0.54 0.01 0.11 0.38 0.76 0.51 0.52
OP2 0.10 0.03 0.20 0.16 0.21 0.37 0.31 0.68 0.28 0.12 0.10 0.24 0.10 0.32 0.01 0.31 0.59 1.06 0.71 0.76
P 0.18 0.18 0.31 0.01 0.15 0.13 0.21 0.37 0.18 0.14 0.14 0.16 0.27 0.48 0.00 0.02 0.40 0.72 0.60 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.24 0.29 0.21 0.20
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.02 0.05 0.38 0.30 0.59 0.32
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.07 0.31 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.20 0.00 0.24 0.03 0.23 0.13 0.14 0.21 0.03 0.01 0.01 0.03 0.18 0.15 0.42 0.23
C4 0.03 0.01 0.04 0.20 0.00 0.18 0.00 0.46 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.17 0.05 0.54 0.55 0.92 0.57
C4' 0.04 0.05 0.02 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.23 0.10 0.10 0.19 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.15 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.24 0.00 0.54 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.25 0.03 0.58 0.64 0.94 0.63
C5' 0.04 0.22 0.02 0.03 0.46 0.01 0.54 0.00 0.47 0.27 0.33 0.50 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.12 0.00
C6 0.02 0.00 0.06 0.23 0.00 0.23 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.22 0.02 0.51 0.48 0.70 0.48
N1 0.02 0.00 0.02 0.13 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.10 0.08 0.03 0.38 0.30 0.51 0.30
N3 0.02 0.00 0.04 0.14 0.00 0.10 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.08 0.05 0.46 0.40 0.78 0.44
N4 0.03 0.01 0.04 0.21 0.00 0.19 0.00 0.50 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.19 0.05 0.58 0.65 1.04 0.65
O2 0.03 0.00 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.26 0.10 0.06 0.30 0.28 0.46 0.24
O2' 0.02 0.20 0.00 0.01 0.16 0.01 0.10 0.01 0.07 0.10 0.20 0.18 0.26 0.00 0.09 0.10 0.13 0.01 0.31 0.10
O3' 0.03 0.02 0.04 0.01 0.17 0.01 0.25 0.02 0.22 0.08 0.08 0.19 0.10 0.09 0.00 0.01 0.42 0.39 0.62 0.46
O4' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.10 0.01 0.00 0.33 0.45 0.19 0.35
O5' 0.24 0.38 0.09 0.18 0.54 0.02 0.58 0.01 0.51 0.38 0.46 0.58 0.30 0.13 0.42 0.33 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.29 0.30 0.07 0.15 0.55 0.16 0.64 0.26 0.48 0.30 0.40 0.65 0.28 0.01 0.39 0.45 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.59 0.31 0.42 0.92 0.15 0.94 0.12 0.70 0.51 0.78 1.04 0.46 0.31 0.62 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.32 0.09 0.23 0.57 0.01 0.63 0.00 0.48 0.30 0.44 0.65 0.24 0.10 0.46 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00