ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55152

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.009, 0.052, 0.094, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.052 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.044, 0.145, 0.247, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.145 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.047, 0.179, 0.312, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.179 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.117, 0.313, 0.510, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.313 std_dev=0.196
C3' A 0, 0.057, 0.274, 0.491, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.274 std_dev=0.217
C4' A 0, 0.076, 0.302, 0.529, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.302 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.230, 0.599, 0.968, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.599 std_dev=0.369
O3' A 0, 0.036, 0.418, 0.801, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.418 std_dev=0.382
C5' A 0, 0.111, 0.496, 0.882, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.496 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.120, 0.524, 0.928, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.524 std_dev=0.404
C1' B 0, 0.296, 0.732, 1.167, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.732 std_dev=0.435
O5' A 0, 0.132, 0.751, 1.370, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.751 std_dev=0.619
O4' B 0, 0.444, 1.147, 1.850, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.147 std_dev=0.703
C3' B 0, 0.213, 0.928, 1.643, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.928 std_dev=0.715
N1 B 0, 0.097, 0.833, 1.568, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.833 std_dev=0.736
O3' B 0, 0.108, 0.849, 1.591, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.849 std_dev=0.741
P A 0, 0.023, 0.814, 1.606, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.814 std_dev=0.791
OP2 A 0, 0.233, 1.061, 1.889, 2.305 max_d=2.305 avg_d=1.061 std_dev=0.828
O2 B 0, 0.218, 1.068, 1.918, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.068 std_dev=0.850
C4' B 0, 0.429, 1.323, 2.216, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.323 std_dev=0.894
OP1 A 0, 0.048, 1.012, 1.975, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.012 std_dev=0.963
C2 B 0, -0.138, 0.835, 1.807, 2.464 max_d=2.464 avg_d=0.835 std_dev=0.973
C6 B 0, 0.256, 1.343, 2.430, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.343 std_dev=1.087
N3 B 0, -0.197, 1.192, 2.580, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.192 std_dev=1.389
C5' B 0, 0.589, 1.979, 3.370, 3.669 max_d=3.669 avg_d=1.979 std_dev=1.390
C5 B 0, 0.246, 1.676, 3.105, 3.908 max_d=3.908 avg_d=1.676 std_dev=1.429
C4 B 0, -0.027, 1.528, 3.083, 4.081 max_d=4.081 avg_d=1.528 std_dev=1.555
N4 B 0, -0.021, 1.957, 3.935, 5.150 max_d=5.150 avg_d=1.957 std_dev=1.978
O5' B 0, 0.219, 2.443, 4.666, 5.915 max_d=5.915 avg_d=2.443 std_dev=2.223
OP1 B 0, 0.582, 3.291, 5.999, 7.172 max_d=7.172 avg_d=3.291 std_dev=2.709
P B 0, 0.519, 3.329, 6.139, 7.519 max_d=7.519 avg_d=3.329 std_dev=2.810
OP2 B 0, 0.575, 3.702, 6.829, 8.380 max_d=8.380 avg_d=3.702 std_dev=3.127

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.13 0.07
C2 0.01 0.00 0.08 0.18 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.20 0.00 0.02 0.17 0.19 0.32 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.07 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.07 0.17 0.10
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.16 0.01 0.10 0.03 0.05 0.10 0.20 0.21 0.02 0.01 0.18 0.02 0.13 0.08 0.13 0.09
C4 0.01 0.00 0.04 0.16 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.03 0.19 0.28 0.41 0.31
C4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.09 0.00 0.06 0.01 0.04 0.05 0.10 0.10 0.10 0.01 0.10 0.00 0.02 0.11 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.03 0.15 0.21 0.31 0.24
C5' 0.02 0.13 0.03 0.03 0.15 0.01 0.12 0.00 0.09 0.08 0.15 0.13 0.10 0.05 0.17 0.01 0.00 0.12 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.13 0.12 0.20 0.16
N1 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.11 0.11 0.22 0.17
N3 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.24 0.00 0.02 0.20 0.26 0.40 0.31
O2 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.23 0.00 0.01 0.19 0.18 0.32 0.25
O2' 0.03 0.04 0.00 0.02 0.03 0.10 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.08 0.09 0.07 0.14 0.09
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.21 0.01 0.13 0.05 0.07 0.10 0.24 0.23 0.03 0.00 0.24 0.01 0.21 0.05 0.13 0.12
O4 0.01 0.00 0.05 0.18 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.24 0.00 0.03 0.21 0.34 0.47 0.35
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.09 0.09 0.07 0.04
O5' 0.06 0.17 0.07 0.13 0.19 0.02 0.15 0.00 0.13 0.11 0.20 0.19 0.09 0.21 0.21 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.19 0.07 0.08 0.28 0.11 0.21 0.12 0.12 0.11 0.26 0.18 0.07 0.05 0.34 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.32 0.17 0.13 0.41 0.06 0.31 0.03 0.20 0.22 0.40 0.32 0.14 0.13 0.47 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.25 0.10 0.09 0.31 0.03 0.24 0.01 0.16 0.17 0.31 0.25 0.09 0.12 0.35 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.70 0.52 0.45 0.84 0.44 0.87 0.47 0.82 0.73 0.76 0.87 0.57 0.37 0.24 0.56 0.90 0.77 1.09 0.94
C2 0.56 0.64 0.44 0.52 0.99 0.51 1.06 0.64 0.94 0.74 0.78 1.06 0.38 0.21 0.34 0.57 1.24 1.14 1.54 1.34
C2' 0.53 0.56 0.45 0.38 0.71 0.37 0.75 0.40 0.70 0.61 0.62 0.75 0.45 0.36 0.23 0.47 0.86 0.75 1.11 0.91
C3' 0.43 0.41 0.39 0.33 0.54 0.31 0.60 0.34 0.58 0.48 0.46 0.57 0.31 0.35 0.22 0.38 0.78 0.67 1.00 0.81
C4 0.41 0.38 0.29 0.51 0.95 0.54 1.11 0.75 0.96 0.62 0.56 1.01 0.21 0.15 0.36 0.53 1.46 1.37 1.79 1.60
C4' 0.47 0.44 0.44 0.34 0.53 0.32 0.58 0.30 0.57 0.50 0.47 0.54 0.35 0.41 0.20 0.41 0.63 0.53 0.78 0.64
C5 0.44 0.37 0.31 0.50 0.81 0.53 1.00 0.71 0.93 0.64 0.48 0.78 0.18 0.15 0.32 0.54 1.36 1.21 1.57 1.44
C5' 0.33 0.25 0.33 0.26 0.33 0.24 0.40 0.22 0.42 0.34 0.26 0.33 0.15 0.34 0.17 0.29 0.50 0.42 0.61 0.50
C6 0.54 0.53 0.43 0.50 0.78 0.50 0.90 0.61 0.86 0.69 0.59 0.76 0.23 0.18 0.29 0.56 1.16 1.00 1.32 1.20
N1 0.58 0.64 0.47 0.49 0.89 0.49 0.95 0.57 0.88 0.73 0.73 0.91 0.42 0.25 0.30 0.57 1.11 0.98 1.33 1.17
N3 0.48 0.52 0.37 0.52 1.01 0.53 1.11 0.72 0.96 0.68 0.71 1.10 0.23 0.15 0.36 0.55 1.39 1.31 1.74 1.52
O2 0.58 0.69 0.47 0.51 1.03 0.50 1.07 0.62 0.94 0.76 0.84 1.12 0.47 0.26 0.34 0.57 1.20 1.12 1.53 1.31
O2' 0.63 0.67 0.54 0.43 0.79 0.42 0.80 0.41 0.75 0.69 0.72 0.82 0.61 0.47 0.26 0.55 0.82 0.70 1.05 0.86
O3' 0.42 0.40 0.39 0.32 0.52 0.29 0.57 0.31 0.54 0.46 0.44 0.55 0.31 0.38 0.23 0.36 0.73 0.64 0.97 0.76
O4 0.32 0.23 0.22 0.50 0.92 0.54 1.14 0.81 0.93 0.52 0.41 1.04 0.37 0.18 0.37 0.49 1.56 1.52 1.97 1.75
O4' 0.60 0.60 0.53 0.43 0.70 0.42 0.74 0.42 0.72 0.66 0.63 0.70 0.49 0.42 0.24 0.53 0.76 0.63 0.88 0.77
O5' 0.22 0.15 0.23 0.10 0.12 0.10 0.23 0.14 0.26 0.18 0.11 0.11 0.25 0.32 0.02 0.15 0.57 0.50 0.67 0.58
OP1 0.06 0.14 0.09 0.06 0.10 0.15 0.11 0.25 0.14 0.07 0.15 0.11 0.21 0.14 0.03 0.11 0.42 0.44 0.51 0.44
OP2 0.07 0.28 0.15 0.04 0.15 0.15 0.09 0.33 0.11 0.10 0.28 0.16 0.39 0.20 0.02 0.09 0.90 0.80 1.00 0.92
P 0.07 0.16 0.12 0.01 0.06 0.07 0.11 0.19 0.14 0.06 0.15 0.06 0.26 0.18 0.01 0.03 0.58 0.50 0.63 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.11 0.06 0.17
C2 0.01 0.00 0.10 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.03 0.50 0.21 0.33 0.44
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.05 0.15 0.00 0.02 0.00 0.31 0.17 0.17 0.26
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.03 0.12 0.03 0.07 0.04 0.13 0.00 0.01 0.01 0.39 0.21 0.24 0.31
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.71 0.33 0.65 0.67
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.18 0.03
C5 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.75 0.34 0.65 0.69
C5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.09 0.19 0.02
C6 0.00 0.00 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.66 0.28 0.40 0.55
N1 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.49 0.20 0.24 0.40
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.03 0.61 0.27 0.51 0.57
N4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.75 0.37 0.77 0.75
O2 0.01 0.00 0.15 0.13 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.19 0.05 0.39 0.17 0.23 0.35
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.08 0.06 0.15 0.00 0.04 0.04 0.11 0.10 0.07 0.10
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.05 0.02 0.11 0.05 0.13 0.03 0.10 0.05 0.19 0.04 0.00 0.02 0.32 0.24 0.27 0.29
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.09 0.10 0.28 0.03
O5' 0.24 0.50 0.31 0.39 0.71 0.02 0.75 0.01 0.66 0.49 0.61 0.75 0.39 0.11 0.32 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.11 0.21 0.17 0.21 0.33 0.08 0.34 0.09 0.28 0.20 0.27 0.37 0.17 0.10 0.24 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.33 0.17 0.24 0.65 0.18 0.65 0.19 0.40 0.24 0.51 0.77 0.23 0.07 0.27 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.44 0.26 0.31 0.67 0.03 0.69 0.02 0.55 0.40 0.57 0.75 0.35 0.10 0.29 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00