ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55153

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.023, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.018, 0.049, 0.081, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.049 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.065, 0.249, 0.434, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.249 std_dev=0.185
O4' A 0, 0.060, 0.245, 0.430, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.245 std_dev=0.185
C2' B 0, 0.110, 0.386, 0.662, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.386 std_dev=0.276
O2' B 0, 0.168, 0.472, 0.777, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.472 std_dev=0.304
O2' A 0, 0.137, 0.536, 0.936, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.536 std_dev=0.399
C3' A 0, 0.320, 0.758, 1.195, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.758 std_dev=0.438
C3' B 0, 0.102, 0.557, 1.013, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.557 std_dev=0.456
C4' A 0, 0.313, 0.789, 1.266, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.789 std_dev=0.477
O3' B 0, 0.144, 0.709, 1.273, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.709 std_dev=0.564
C1' B 0, -0.032, 0.555, 1.142, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.555 std_dev=0.587
O2 B 0, 0.378, 1.012, 1.645, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.012 std_dev=0.634
O3' A 0, 0.486, 1.154, 1.822, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.154 std_dev=0.668
OP1 A 0, 0.328, 1.016, 1.703, 1.704 max_d=1.704 avg_d=1.016 std_dev=0.687
P A 0, 0.252, 0.966, 1.679, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.966 std_dev=0.714
C2 B 0, 0.189, 0.928, 1.667, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.928 std_dev=0.739
N1 B 0, -0.105, 0.660, 1.426, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.660 std_dev=0.766
C4' B 0, 0.064, 0.872, 1.680, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.872 std_dev=0.808
O4' B 0, 0.044, 0.877, 1.710, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.877 std_dev=0.833
C5' A 0, 0.571, 1.461, 2.352, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.461 std_dev=0.890
C6 B 0, -0.069, 0.909, 1.887, 2.558 max_d=2.558 avg_d=0.909 std_dev=0.978
O5' A 0, 0.203, 1.194, 2.185, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.194 std_dev=0.991
N3 B 0, 0.244, 1.237, 2.230, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.237 std_dev=0.993
C5' B 0, 0.089, 1.193, 2.297, 2.938 max_d=2.938 avg_d=1.193 std_dev=1.104
C5 B 0, 0.031, 1.189, 2.347, 3.087 max_d=3.087 avg_d=1.189 std_dev=1.158
C4 B 0, 0.135, 1.310, 2.484, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.310 std_dev=1.175
OP2 A 0, 0.638, 1.843, 3.047, 2.947 max_d=2.947 avg_d=1.843 std_dev=1.204
O5' B 0, 0.942, 2.310, 3.677, 3.383 max_d=3.383 avg_d=2.310 std_dev=1.368
N4 B 0, 0.260, 1.673, 3.085, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.673 std_dev=1.413
OP2 B 0, 1.118, 2.806, 4.493, 4.151 max_d=4.151 avg_d=2.806 std_dev=1.688
P B 0, 1.155, 2.963, 4.771, 4.578 max_d=4.578 avg_d=2.963 std_dev=1.808
OP1 B 0, 1.333, 3.483, 5.633, 5.415 max_d=5.415 avg_d=3.483 std_dev=2.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.23 0.13 0.59 0.21
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.15 0.02 0.03 0.49 0.19 0.38 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.05 0.16 0.00 0.03 0.03 0.01 0.26 0.21 0.59 0.20
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.14 0.01 0.18 0.03 0.18 0.08 0.13 0.20 0.02 0.01 0.14 0.01 0.31 0.34 0.51 0.20
C4 0.03 0.01 0.03 0.14 0.00 0.10 0.01 0.22 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.17 0.01 0.03 0.75 0.30 0.22 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.13 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.13 0.55 0.18
C5 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.21 0.02 0.02 0.79 0.29 0.20 0.32
C5' 0.02 0.12 0.02 0.03 0.22 0.00 0.25 0.00 0.21 0.12 0.17 0.10 0.05 0.04 0.23 0.01 0.01 0.33 0.42 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.18 0.02 0.13 0.01 0.21 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.19 0.03 0.02 0.69 0.22 0.28 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.09 0.03 0.01 0.49 0.17 0.43 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.13 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.08 0.16 0.01 0.02 0.63 0.24 0.25 0.20
O2 0.03 0.00 0.16 0.20 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.23 0.01 0.05 0.39 0.17 0.44 0.13
O2' 0.03 0.10 0.00 0.02 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.15 0.00 0.04 0.08 0.04 0.06 0.11 0.59 0.22
O3' 0.01 0.15 0.03 0.01 0.17 0.01 0.21 0.04 0.19 0.09 0.16 0.23 0.04 0.00 0.18 0.01 0.21 0.39 0.46 0.18
O4 0.04 0.02 0.03 0.14 0.01 0.11 0.02 0.23 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.18 0.00 0.03 0.80 0.34 0.29 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.14 0.64 0.29
O5' 0.23 0.49 0.26 0.31 0.75 0.00 0.79 0.01 0.69 0.49 0.63 0.39 0.06 0.21 0.80 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.13 0.19 0.21 0.34 0.30 0.13 0.29 0.33 0.22 0.17 0.24 0.17 0.11 0.39 0.34 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.59 0.38 0.59 0.51 0.22 0.55 0.20 0.42 0.28 0.43 0.25 0.44 0.59 0.46 0.29 0.64 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.12 0.20 0.20 0.31 0.18 0.32 0.02 0.19 0.12 0.20 0.13 0.22 0.18 0.38 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.20 0.12 0.24 0.57 0.23 0.67 0.38 0.55 0.32 0.35 0.63 0.19 0.29 0.35 0.22 0.49 0.67 0.80 0.63
C2 0.22 0.12 0.07 0.24 0.59 0.40 0.91 0.66 0.77 0.36 0.14 0.63 0.47 0.19 0.14 0.44 0.79 1.06 1.23 1.03
C2' 0.14 0.20 0.08 0.22 0.56 0.22 0.67 0.40 0.55 0.31 0.32 0.63 0.22 0.23 0.27 0.22 0.53 0.76 0.86 0.69
C3' 0.19 0.16 0.12 0.20 0.38 0.21 0.50 0.35 0.45 0.28 0.23 0.40 0.10 0.12 0.14 0.23 0.49 0.70 0.69 0.60
C4 0.12 0.52 0.07 0.26 0.29 0.52 0.34 0.85 0.43 0.03 0.68 0.42 0.75 0.12 0.14 0.47 1.01 1.34 1.41 1.26
C4' 0.22 0.27 0.18 0.15 0.40 0.13 0.43 0.23 0.39 0.31 0.33 0.42 0.17 0.18 0.21 0.17 0.34 0.48 0.48 0.41
C5 0.02 0.59 0.10 0.21 0.47 0.42 0.09 0.72 0.17 0.16 0.73 0.55 0.74 0.13 0.14 0.32 0.84 1.11 1.09 1.01
C5' 0.35 0.25 0.40 0.22 0.23 0.16 0.28 0.14 0.31 0.30 0.22 0.21 0.25 0.48 0.12 0.25 0.24 0.37 0.28 0.27
C6 0.05 0.39 0.10 0.18 0.13 0.31 0.20 0.54 0.25 0.08 0.39 0.16 0.59 0.17 0.05 0.25 0.66 0.87 0.89 0.80
N1 0.14 0.13 0.09 0.22 0.36 0.31 0.62 0.53 0.56 0.24 0.07 0.37 0.44 0.21 0.18 0.31 0.65 0.86 0.99 0.82
N3 0.20 0.26 0.05 0.25 0.28 0.49 0.80 0.80 0.71 0.24 0.26 0.26 0.63 0.15 0.07 0.50 0.95 1.27 1.41 1.22
O2 0.28 0.25 0.08 0.25 0.93 0.39 1.13 0.64 0.90 0.50 0.46 1.06 0.32 0.20 0.19 0.46 0.78 1.04 1.26 1.03
O2' 0.11 0.31 0.15 0.23 0.74 0.20 0.76 0.30 0.57 0.34 0.53 0.88 0.16 0.37 0.39 0.16 0.42 0.60 0.77 0.57
O3' 0.19 0.20 0.13 0.18 0.41 0.17 0.50 0.29 0.44 0.29 0.28 0.45 0.10 0.12 0.13 0.21 0.43 0.65 0.62 0.54
O4 0.12 0.61 0.09 0.29 0.54 0.59 0.21 0.95 0.35 0.07 0.86 0.77 0.80 0.11 0.22 0.51 1.14 1.57 1.60 1.46
O4' 0.18 0.28 0.07 0.21 0.47 0.18 0.50 0.29 0.44 0.32 0.36 0.49 0.13 0.15 0.37 0.17 0.40 0.53 0.59 0.48
O5' 0.31 0.42 0.31 0.22 0.56 0.11 0.57 0.17 0.52 0.42 0.49 0.59 0.34 0.18 0.02 0.20 0.21 0.41 0.26 0.26
OP1 0.20 0.21 0.05 0.16 0.34 0.41 0.37 0.57 0.31 0.23 0.27 0.39 0.12 0.11 0.01 0.37 0.72 0.85 0.63 0.76
OP2 0.12 0.42 0.14 0.06 0.52 0.16 0.46 0.31 0.36 0.30 0.52 0.59 0.41 0.09 0.01 0.09 0.19 0.33 0.09 0.19
P 0.04 0.19 0.07 0.01 0.29 0.10 0.28 0.16 0.22 0.15 0.26 0.34 0.16 0.06 0.00 0.06 0.27 0.39 0.15 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.26 0.07
C2 0.03 0.00 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.02 0.14 0.12 0.29 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.18 0.09
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.13 0.13 0.11 0.01 0.01 0.01 0.18 0.24 0.11 0.15
C4 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.18 0.21 0.34 0.20
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.07 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.10 0.17 0.01
C5 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.03 0.18 0.19 0.33 0.19
C5' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.13 0.00 0.12 0.00 0.10 0.06 0.12 0.15 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.07 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.03 0.15 0.11 0.29 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.12 0.08 0.28 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.16 0.00 0.16 0.18 0.33 0.17
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.20 0.26 0.35 0.22
O2 0.08 0.00 0.06 0.11 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.13 0.07 0.13 0.10 0.26 0.07
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.00 0.03 0.05 0.08 0.19 0.15 0.06
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.16 0.02 0.16 0.02 0.13 0.07 0.16 0.18 0.13 0.03 0.00 0.02 0.17 0.32 0.05 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.02 0.00 0.05 0.03 0.27 0.10
O5' 0.05 0.14 0.12 0.18 0.18 0.01 0.18 0.00 0.15 0.12 0.16 0.20 0.13 0.08 0.17 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.12 0.18 0.24 0.21 0.10 0.19 0.07 0.11 0.08 0.18 0.26 0.10 0.19 0.32 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.29 0.18 0.11 0.34 0.17 0.33 0.17 0.29 0.28 0.33 0.35 0.26 0.15 0.05 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.11 0.09 0.15 0.20 0.01 0.19 0.01 0.13 0.10 0.17 0.22 0.07 0.06 0.19 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00