ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55154

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O4 A 0, -0.053, 0.091, 0.236, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.091 std_dev=0.144
O4' A 0, -0.017, 0.249, 0.515, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.249 std_dev=0.266
C3' A 0, -0.043, 0.236, 0.516, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.236 std_dev=0.279
C4' A 0, -0.006, 0.274, 0.553, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.274 std_dev=0.280
P A 0, 0.016, 0.356, 0.697, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.356 std_dev=0.341
C2' B 0, -0.080, 0.262, 0.603, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.262 std_dev=0.341
C2' A 0, -0.041, 0.316, 0.673, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.316 std_dev=0.357
O3' A 0, -0.143, 0.305, 0.754, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.305 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.012, 0.484, 0.955, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.484 std_dev=0.472
C5' A 0, 0.002, 0.477, 0.952, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.477 std_dev=0.475
O2' B 0, -0.037, 0.486, 1.008, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.486 std_dev=0.522
C3' B 0, -0.039, 0.485, 1.008, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.485 std_dev=0.524
O5' A 0, 0.013, 0.606, 1.198, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.606 std_dev=0.593
OP2 A 0, 0.016, 0.683, 1.350, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.683 std_dev=0.667
O2' A 0, -0.070, 0.599, 1.268, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.599 std_dev=0.669
OP1 A 0, 0.009, 0.751, 1.493, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.751 std_dev=0.742
C1' B 0, 0.012, 0.758, 1.504, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.758 std_dev=0.746
O4' B 0, 0.010, 0.846, 1.683, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.846 std_dev=0.837
C4' B 0, -0.107, 0.831, 1.769, 2.308 max_d=2.308 avg_d=0.831 std_dev=0.938
O5' B 0, 0.027, 1.087, 2.147, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.087 std_dev=1.060
N1 B 0, 0.021, 1.116, 2.212, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.116 std_dev=1.095
C6 B 0, -0.002, 1.097, 2.195, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.097 std_dev=1.098
P B 0, -0.019, 1.257, 2.533, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.257 std_dev=1.276
C5' B 0, -0.133, 1.348, 2.829, 3.618 max_d=3.618 avg_d=1.348 std_dev=1.481
C5 B 0, 0.028, 1.644, 3.260, 3.323 max_d=3.323 avg_d=1.644 std_dev=1.616
C2 B 0, -0.037, 1.692, 3.421, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.692 std_dev=1.729
OP1 B 0, 0.027, 1.761, 3.495, 3.607 max_d=3.607 avg_d=1.761 std_dev=1.734
O2 B 0, -0.076, 1.817, 3.709, 4.456 max_d=4.456 avg_d=1.817 std_dev=1.893
OP2 B 0, -0.028, 1.894, 3.815, 4.399 max_d=4.399 avg_d=1.894 std_dev=1.922
C4 B 0, -0.038, 2.160, 4.359, 5.055 max_d=5.055 avg_d=2.160 std_dev=2.198
N3 B 0, -0.090, 2.173, 4.436, 5.337 max_d=5.337 avg_d=2.173 std_dev=2.263
N4 B 0, -0.094, 2.714, 5.521, 6.576 max_d=6.576 avg_d=2.714 std_dev=2.807

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.02 0.01 0.24 0.57 0.09 0.16
C2 0.01 0.00 0.14 0.07 0.01 0.03 0.02 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.22 0.01 0.10 0.35 0.57 0.05 0.11
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.04 0.02 0.14 0.22 0.17 0.01 0.08 0.28 0.01 0.03 0.04 0.01 0.42 0.40 0.50 0.34
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.09 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.32 0.27 0.13
C4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.18 0.00 0.02 0.46 0.47 0.01 0.04
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.14 0.02 0.04 0.01 0.01 0.37 0.14 0.16
C5 0.01 0.02 0.14 0.02 0.00 0.06 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.15 0.00 0.07 0.48 0.43 0.01 0.03
C5' 0.09 0.18 0.22 0.02 0.28 0.00 0.29 0.00 0.25 0.19 0.23 0.14 0.07 0.17 0.27 0.02 0.00 0.06 0.14 0.00
C6 0.00 0.01 0.17 0.01 0.01 0.05 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.02 0.29 0.15 0.00 0.10 0.45 0.49 0.03 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.01 0.01 0.36 0.56 0.06 0.11
N3 0.01 0.00 0.08 0.06 0.00 0.04 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.41 0.53 0.03 0.07
O2 0.02 0.01 0.28 0.09 0.01 0.05 0.02 0.14 0.02 0.01 0.01 0.00 0.40 0.24 0.02 0.15 0.29 0.59 0.06 0.14
O2' 0.03 0.14 0.01 0.00 0.15 0.14 0.29 0.07 0.29 0.07 0.04 0.40 0.00 0.03 0.16 0.07 0.40 0.44 0.60 0.41
O3' 0.26 0.22 0.03 0.00 0.18 0.02 0.15 0.17 0.15 0.20 0.20 0.24 0.03 0.00 0.18 0.20 0.13 0.35 0.19 0.17
O4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.02 0.16 0.18 0.00 0.01 0.47 0.44 0.02 0.03
O4' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.01 0.08 0.15 0.07 0.20 0.01 0.00 0.19 0.69 0.29 0.39
O5' 0.24 0.35 0.42 0.10 0.46 0.01 0.48 0.00 0.45 0.36 0.41 0.29 0.40 0.13 0.47 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.57 0.57 0.40 0.32 0.47 0.37 0.43 0.06 0.49 0.56 0.53 0.59 0.44 0.35 0.44 0.69 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.05 0.50 0.27 0.01 0.14 0.01 0.14 0.03 0.06 0.03 0.06 0.60 0.19 0.02 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.11 0.34 0.13 0.04 0.16 0.03 0.00 0.06 0.11 0.07 0.14 0.41 0.17 0.03 0.39 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.73 0.28 0.16 0.51 0.11 0.29 0.28 0.26 0.48 0.71 0.52 0.96 0.48 0.29 0.19 0.42 0.99 0.40 0.33
C2 0.53 1.14 0.28 0.02 0.96 0.37 0.58 0.59 0.43 0.70 1.22 1.05 1.45 0.43 0.15 0.20 0.53 0.94 0.59 0.24
C2' 0.77 0.94 0.63 0.56 0.82 0.36 0.70 0.31 0.68 0.80 0.92 0.82 1.05 0.73 0.51 0.55 0.14 1.17 0.25 0.41
C3' 0.25 0.36 0.16 0.31 0.32 0.17 0.25 0.31 0.20 0.26 0.37 0.34 0.43 0.26 0.38 0.14 0.24 0.95 0.36 0.34
C4 0.58 1.39 0.27 0.17 1.18 0.54 0.71 0.89 0.51 0.83 1.50 1.30 1.75 0.37 0.04 0.17 0.62 0.91 0.81 0.21
C4' 0.14 0.19 0.19 0.17 0.32 0.14 0.35 0.28 0.26 0.15 0.24 0.38 0.26 0.31 0.28 0.07 0.48 0.94 0.41 0.41
C5 0.56 1.19 0.24 0.16 0.92 0.48 0.53 0.83 0.39 0.72 1.22 0.99 1.54 0.37 0.05 0.12 0.61 0.95 0.71 0.21
C5' 0.16 0.35 0.32 0.04 0.65 0.12 0.63 0.14 0.46 0.31 0.52 0.76 0.22 0.43 0.07 0.14 0.41 0.91 0.32 0.31
C6 0.51 0.95 0.25 0.05 0.68 0.33 0.38 0.60 0.29 0.59 0.94 0.72 1.27 0.42 0.10 0.13 0.54 0.99 0.54 0.25
N1 0.50 0.95 0.28 0.03 0.72 0.27 0.42 0.49 0.33 0.59 0.97 0.77 1.25 0.45 0.19 0.17 0.50 0.98 0.50 0.27
N3 0.56 1.34 0.28 0.10 1.16 0.48 0.71 0.77 0.51 0.80 1.46 1.29 1.68 0.40 0.07 0.21 0.58 0.92 0.73 0.21
O2 0.52 1.11 0.28 0.03 0.96 0.34 0.59 0.52 0.44 0.68 1.21 1.07 1.40 0.43 0.20 0.22 0.51 0.94 0.55 0.25
O2' 1.25 1.56 1.07 0.90 1.47 0.69 1.31 0.65 1.24 1.36 1.58 1.50 1.67 1.21 0.70 0.97 0.48 1.36 0.46 0.67
O3' 0.17 0.25 0.05 0.34 0.21 0.19 0.14 0.36 0.11 0.16 0.26 0.23 0.33 0.21 0.42 0.09 0.31 0.92 0.40 0.40
O4 0.62 1.55 0.29 0.24 1.37 0.62 0.83 1.04 0.59 0.93 1.71 1.52 1.92 0.38 0.10 0.22 0.67 0.85 0.97 0.24
O4' 0.09 0.20 0.19 0.30 0.12 0.36 0.28 0.58 0.25 0.04 0.12 0.15 0.45 0.28 0.43 0.15 0.77 0.98 0.66 0.62
O5' 0.17 0.43 0.36 0.02 0.69 0.11 0.65 0.12 0.50 0.38 0.59 0.79 0.30 0.51 0.01 0.10 0.39 0.86 0.27 0.28
OP1 0.37 0.14 0.12 0.03 0.32 0.22 0.43 0.30 0.28 0.05 0.07 0.43 0.42 0.15 0.00 0.41 0.50 1.00 0.25 0.19
OP2 0.18 0.76 0.46 0.02 1.12 0.47 1.03 0.53 0.76 0.60 1.00 1.27 0.60 0.50 0.01 0.26 0.48 1.01 0.81 0.63
P 0.14 0.25 0.27 0.01 0.60 0.22 0.62 0.19 0.46 0.24 0.44 0.71 0.08 0.32 0.01 0.24 0.44 0.92 0.31 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.27 0.00 0.10 0.59 0.07 0.24
C2 0.00 0.00 0.05 0.19 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.15 0.02 0.34 0.28 0.34 0.25
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.19 0.03 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.01 0.14 0.52 0.04 0.12
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.37 0.00 0.41 0.01 0.36 0.22 0.28 0.40 0.10 0.01 0.01 0.01 0.39 0.47 0.14 0.08
C4 0.02 0.00 0.02 0.37 0.00 0.17 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.16 0.03 0.51 0.92 0.69 0.64
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.17 0.00 0.20 0.00 0.18 0.09 0.12 0.19 0.02 0.27 0.00 0.00 0.01 0.87 0.08 0.35
C5 0.02 0.00 0.03 0.41 0.00 0.20 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.26 0.04 0.51 1.06 0.74 0.70
C5' 0.07 0.08 0.19 0.01 0.17 0.00 0.20 0.00 0.15 0.07 0.12 0.21 0.07 0.06 0.21 0.01 0.01 0.29 0.24 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.36 0.01 0.18 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.19 0.04 0.41 0.60 0.55 0.45
N1 0.01 0.00 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.05 0.01 0.29 0.22 0.32 0.20
N3 0.01 0.00 0.04 0.28 0.00 0.12 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.36 0.07 0.02 0.44 0.55 0.51 0.44
N4 0.02 0.00 0.03 0.40 0.00 0.19 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.21 0.03 0.56 1.18 0.81 0.78
O2 0.00 0.00 0.09 0.10 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.31 0.34 0.03 0.27 0.38 0.20 0.20
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.32 0.27 0.23 0.06 0.16 0.18 0.36 0.35 0.31 0.00 0.04 0.21 0.27 0.54 0.20 0.04
O3' 0.27 0.15 0.02 0.01 0.16 0.00 0.26 0.21 0.19 0.05 0.07 0.21 0.34 0.04 0.00 0.19 0.47 0.73 0.19 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.21 0.19 0.00 0.11 0.82 0.09 0.44
O5' 0.10 0.34 0.14 0.39 0.51 0.01 0.51 0.01 0.41 0.29 0.44 0.56 0.27 0.27 0.47 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.59 0.28 0.52 0.47 0.92 0.87 1.06 0.29 0.60 0.22 0.55 1.18 0.38 0.54 0.73 0.82 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.34 0.04 0.14 0.69 0.08 0.74 0.24 0.55 0.32 0.51 0.81 0.20 0.20 0.19 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.25 0.12 0.08 0.64 0.35 0.70 0.01 0.45 0.20 0.44 0.78 0.20 0.04 0.07 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00