ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.008, 0.031, 0.055, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.026, 0.063, 0.099, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.063 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.024, 0.075, 0.127, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.075 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.051, 0.125, 0.198, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.125 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.034, 0.110, 0.186, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.110 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.030, 0.113, 0.196, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.113 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.068, 0.212, 0.355, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.212 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.043, 0.190, 0.338, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.190 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.093, 0.254, 0.414, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.254 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.102, 0.295, 0.489, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.295 std_dev=0.193
O5' A 0, 0.073, 0.267, 0.461, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.267 std_dev=0.194
P A 0, 0.085, 0.304, 0.523, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.304 std_dev=0.219
OP2 A 0, 0.092, 0.344, 0.596, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.344 std_dev=0.252
O3' B 0, 0.102, 0.427, 0.752, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.427 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.090, 0.436, 0.782, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.436 std_dev=0.346
OP1 A 0, 0.076, 0.454, 0.833, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.454 std_dev=0.379
C4' B 0, 0.105, 0.656, 1.206, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.656 std_dev=0.550
O4' B 0, 0.125, 0.681, 1.238, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.681 std_dev=0.557
O2' B 0, 0.200, 0.789, 1.378, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.789 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.147, 0.831, 1.515, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.831 std_dev=0.684
OP2 B 0, 0.088, 0.899, 1.710, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.899 std_dev=0.811
O5' B 0, 0.115, 1.140, 2.165, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.140 std_dev=1.025
C5' B 0, 0.136, 1.180, 2.223, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.180 std_dev=1.044
P B 0, 0.082, 1.221, 2.360, 2.910 max_d=2.910 avg_d=1.221 std_dev=1.139
C6 B 0, 0.923, 2.238, 3.553, 3.348 max_d=3.348 avg_d=2.238 std_dev=1.315
N1 B 0, 0.267, 1.583, 2.898, 3.203 max_d=3.203 avg_d=1.583 std_dev=1.316
C5 B 0, 1.169, 3.146, 5.122, 5.211 max_d=5.211 avg_d=3.146 std_dev=1.977
OP1 B 0, 0.119, 2.122, 4.125, 4.895 max_d=4.895 avg_d=2.122 std_dev=2.003
C2 B 0, 0.829, 2.870, 4.912, 5.222 max_d=5.222 avg_d=2.870 std_dev=2.041
O2 B 0, 1.442, 3.614, 5.787, 5.754 max_d=5.754 avg_d=3.614 std_dev=2.173
N3 B 0, 0.851, 3.670, 6.488, 6.893 max_d=6.893 avg_d=3.670 std_dev=2.818
C4 B 0, 0.355, 3.362, 6.369, 6.827 max_d=6.827 avg_d=3.362 std_dev=3.007
N4 B 0, 0.376, 4.283, 8.191, 8.740 max_d=8.740 avg_d=4.283 std_dev=3.907

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.07 0.08
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07
C4 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.15 0.03 0.07 0.04
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05
C5 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.15 0.03 0.07 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.13 0.02 0.04 0.03
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01 0.03
N3 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.02
O2 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.03 0.01 0.04
O2' 0.03 0.06 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.07 0.07 0.00 0.06 0.07 0.08 0.03 0.04 0.04 0.04
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.04 0.05
O4 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.00 0.02 0.15 0.04 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.06 0.08
O5' 0.07 0.11 0.02 0.04 0.15 0.02 0.15 0.01 0.13 0.11 0.13 0.08 0.03 0.07 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.02 0.07 0.05 0.07 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.02 0.08 0.07 0.04 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.49 0.56 0.14 0.17 0.29 0.11 0.18 0.71 0.19 0.38 0.49 0.28 0.76 0.40 0.21 0.49 0.42 1.25 0.62 0.59
C2 0.64 0.83 0.18 0.17 0.86 0.18 0.85 0.77 0.79 0.73 0.89 0.90 0.92 0.48 0.16 0.53 0.49 1.32 0.56 0.65
C2' 0.43 0.41 0.14 0.15 0.14 0.10 0.20 0.62 0.13 0.25 0.31 0.17 0.65 0.38 0.22 0.47 0.31 1.08 0.65 0.49
C3' 0.33 0.20 0.13 0.12 0.31 0.12 0.45 0.51 0.30 0.08 0.13 0.43 0.46 0.28 0.19 0.41 0.20 0.79 0.64 0.35
C4 0.76 0.94 0.22 0.11 1.20 0.19 1.34 0.62 1.24 0.95 1.06 1.27 0.96 0.47 0.07 0.55 0.37 1.05 0.37 0.49
C4' 0.29 0.19 0.08 0.10 0.42 0.17 0.63 0.46 0.47 0.09 0.15 0.54 0.50 0.22 0.17 0.39 0.20 0.80 0.63 0.35
C5 0.74 0.80 0.22 0.11 0.94 0.15 1.06 0.53 1.03 0.83 0.87 0.97 0.84 0.46 0.06 0.57 0.29 0.88 0.32 0.39
C5' 0.21 0.13 0.09 0.06 0.69 0.25 0.89 0.26 0.70 0.24 0.34 0.83 0.34 0.08 0.09 0.33 0.08 0.43 0.54 0.15
C6 0.65 0.68 0.19 0.13 0.63 0.13 0.65 0.58 0.66 0.64 0.67 0.63 0.77 0.44 0.13 0.57 0.31 0.94 0.40 0.42
N1 0.60 0.70 0.17 0.16 0.60 0.14 0.56 0.71 0.56 0.59 0.69 0.61 0.82 0.45 0.18 0.53 0.42 1.19 0.53 0.56
N3 0.71 0.93 0.20 0.14 1.12 0.20 1.20 0.73 1.10 0.89 1.05 1.20 0.98 0.48 0.12 0.54 0.46 1.23 0.48 0.60
O2 0.60 0.83 0.17 0.19 0.83 0.18 0.77 0.83 0.70 0.69 0.89 0.88 0.94 0.48 0.19 0.50 0.55 1.46 0.65 0.74
O2' 0.47 0.50 0.07 0.07 0.20 0.17 0.27 0.52 0.16 0.29 0.39 0.25 0.78 0.30 0.16 0.54 0.26 1.07 0.63 0.44
O3' 0.29 0.13 0.11 0.08 0.54 0.17 0.69 0.41 0.48 0.11 0.24 0.70 0.40 0.22 0.15 0.39 0.13 0.61 0.64 0.25
O4 0.78 1.02 0.22 0.09 1.43 0.20 1.63 0.58 1.48 1.06 1.20 1.54 1.01 0.45 0.03 0.54 0.35 1.01 0.32 0.47
O4' 0.39 0.40 0.11 0.16 0.11 0.10 0.25 0.64 0.16 0.20 0.29 0.15 0.66 0.34 0.22 0.45 0.37 1.10 0.59 0.52
O5' 0.33 0.08 0.04 0.05 0.45 0.26 0.55 0.17 0.37 0.07 0.22 0.58 0.28 0.06 0.02 0.43 0.09 0.33 0.43 0.09
OP1 0.21 0.68 0.27 0.04 1.24 0.13 1.32 0.12 1.08 0.71 0.96 1.39 0.36 0.08 0.02 0.05 0.25 0.43 0.45 0.27
OP2 0.15 0.27 0.21 0.04 0.44 0.02 0.36 0.15 0.22 0.14 0.40 0.53 0.27 0.08 0.02 0.18 0.07 0.18 0.37 0.11
P 0.12 0.24 0.15 0.01 0.62 0.11 0.65 0.11 0.49 0.25 0.44 0.72 0.04 0.02 0.00 0.18 0.10 0.21 0.38 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.11 0.01 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.29 0.00 0.31 0.31 0.21 0.25
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.29 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.23 0.29 0.31 0.37 0.30
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.25 0.15 0.02 0.07 0.05 0.20 0.00 0.02 0.00 0.05 0.07 0.08 0.06
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.38 0.00 0.57 0.01 0.55 0.23 0.17 0.41 0.33 0.01 0.01 0.01 0.03 0.16 0.16 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.38 0.00 0.11 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.16 0.02 0.89 0.93 1.03 0.97
C4' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.11 0.00 0.40 0.00 0.46 0.07 0.19 0.11 0.61 0.30 0.01 0.00 0.02 0.16 0.16 0.05
C5 0.02 0.01 0.13 0.57 0.00 0.40 0.00 0.50 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.24 0.22 1.45 1.55 1.74 1.61
C5' 0.11 0.69 0.25 0.01 0.05 0.00 0.50 0.00 0.58 0.09 0.55 0.05 1.26 0.05 0.22 0.00 0.01 0.36 0.34 0.00
C6 0.01 0.01 0.15 0.55 0.01 0.46 0.00 0.58 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.17 0.29 1.41 1.43 1.53 1.48
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.05 0.02 0.61 0.59 0.55 0.58
N3 0.03 0.00 0.07 0.17 0.00 0.19 0.00 0.55 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.03 0.16 0.39 0.38 0.40 0.38
N4 0.03 0.01 0.05 0.41 0.00 0.11 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.21 0.02 0.95 1.03 1.17 1.07
O2 0.07 0.00 0.20 0.33 0.01 0.61 0.01 1.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.28 0.41 0.80 0.92 1.11 0.94
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.28 0.30 0.33 0.05 0.29 0.18 0.19 0.31 0.08 0.00 0.04 0.19 0.05 0.13 0.05 0.06
O3' 0.29 0.12 0.02 0.01 0.16 0.01 0.24 0.22 0.17 0.05 0.03 0.21 0.28 0.04 0.00 0.23 0.09 0.36 0.30 0.18
O4' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.02 0.00 0.22 0.00 0.29 0.02 0.16 0.02 0.41 0.19 0.23 0.00 0.37 0.38 0.11 0.26
O5' 0.31 0.29 0.05 0.03 0.89 0.02 1.45 0.01 1.41 0.61 0.39 0.95 0.80 0.05 0.09 0.37 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.31 0.31 0.07 0.16 0.93 0.16 1.55 0.36 1.43 0.59 0.38 1.03 0.92 0.13 0.36 0.38 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.21 0.37 0.08 0.16 1.03 0.16 1.74 0.34 1.53 0.55 0.40 1.17 1.11 0.05 0.30 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.25 0.30 0.06 0.08 0.97 0.05 1.61 0.00 1.48 0.58 0.38 1.07 0.94 0.06 0.18 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00