ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55156

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.010, 0.034, 0.057, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.005, 0.030, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.003, 0.040, 0.077, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.040 std_dev=0.037
C3' B 0, 0.015, 0.232, 0.449, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.232 std_dev=0.217
O2' A 0, -0.024, 0.239, 0.503, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.239 std_dev=0.263
O4' A 0, -0.030, 0.263, 0.556, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.263 std_dev=0.293
C2' A 0, -0.052, 0.245, 0.542, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.245 std_dev=0.297
C4' B 0, 0.025, 0.448, 0.872, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.448 std_dev=0.423
O3' B 0, -0.106, 0.355, 0.816, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.355 std_dev=0.461
C4' A 0, -0.043, 0.424, 0.892, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.424 std_dev=0.467
O2' B 0, 0.026, 0.511, 0.996, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.511 std_dev=0.485
C3' A 0, -0.082, 0.405, 0.891, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.405 std_dev=0.487
C2' B 0, 0.017, 0.564, 1.112, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.564 std_dev=0.547
O5' A 0, -0.114, 0.492, 1.097, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.492 std_dev=0.606
O3' A 0, -0.134, 0.526, 1.186, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.526 std_dev=0.660
P A 0, -0.074, 0.700, 1.474, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.700 std_dev=0.774
C5' B 0, -0.030, 0.760, 1.550, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.760 std_dev=0.790
C5' A 0, -0.048, 0.797, 1.642, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.797 std_dev=0.845
O4' B 0, -0.046, 0.844, 1.733, 2.171 max_d=2.171 avg_d=0.844 std_dev=0.890
C1' B 0, -0.084, 0.907, 1.898, 2.421 max_d=2.421 avg_d=0.907 std_dev=0.991
OP2 A 0, -0.028, 1.027, 2.082, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.027 std_dev=1.055
O5' B 0, 0.000, 1.247, 2.494, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.247 std_dev=1.247
C6 B 0, -0.089, 1.242, 2.573, 3.243 max_d=3.243 avg_d=1.242 std_dev=1.331
OP1 A 0, -0.173, 1.231, 2.635, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.231 std_dev=1.404
N1 B 0, -0.157, 1.279, 2.716, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.279 std_dev=1.436
P B 0, 0.024, 1.489, 2.954, 3.342 max_d=3.342 avg_d=1.489 std_dev=1.465
OP1 B 0, -0.036, 1.624, 3.284, 4.012 max_d=4.012 avg_d=1.624 std_dev=1.660
C5 B 0, -0.180, 1.484, 3.148, 4.086 max_d=4.086 avg_d=1.484 std_dev=1.664
OP2 B 0, -0.044, 1.823, 3.690, 4.475 max_d=4.475 avg_d=1.823 std_dev=1.867
C2 B 0, -0.377, 1.607, 3.591, 4.878 max_d=4.878 avg_d=1.607 std_dev=1.984
C4 B 0, -0.368, 1.769, 3.906, 5.259 max_d=5.259 avg_d=1.769 std_dev=2.137
O2 B 0, -0.497, 1.720, 3.938, 5.429 max_d=5.429 avg_d=1.720 std_dev=2.218
N3 B 0, -0.474, 1.837, 4.148, 5.670 max_d=5.670 avg_d=1.837 std_dev=2.311
N4 B 0, -0.486, 2.006, 4.498, 6.131 max_d=6.131 avg_d=2.006 std_dev=2.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.07 0.24 0.12
C2 0.04 0.00 0.13 0.18 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.19 0.01 0.02 0.18 0.17 0.42 0.19
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.08 0.01 0.11 0.21 0.00 0.01 0.05 0.01 0.23 0.32 0.11 0.19
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.17 0.24 0.01 0.01 0.08 0.01 0.45 0.53 0.22 0.37
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.32 0.27 0.65 0.29
C4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.05 0.05 0.12 0.10 0.02 0.03 0.10 0.00 0.02 0.22 0.19 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04 0.34 0.26 0.64 0.29
C5' 0.04 0.18 0.03 0.03 0.24 0.01 0.20 0.00 0.14 0.13 0.24 0.16 0.02 0.04 0.26 0.00 0.01 0.28 0.34 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.04 0.28 0.19 0.49 0.22
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.18 0.15 0.38 0.17
N3 0.04 0.01 0.11 0.17 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.19 0.01 0.02 0.26 0.24 0.55 0.25
O2 0.06 0.00 0.21 0.24 0.01 0.10 0.02 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.28 0.02 0.05 0.12 0.13 0.35 0.16
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.09 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.11 0.27 0.07 0.12
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.08 0.03 0.05 0.04 0.08 0.04 0.19 0.28 0.01 0.00 0.09 0.02 0.61 0.83 0.47 0.60
O4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.10 0.02 0.26 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.09 0.00 0.03 0.36 0.30 0.72 0.33
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.27 0.18 0.38 0.26
O5' 0.11 0.18 0.23 0.45 0.32 0.02 0.34 0.01 0.28 0.18 0.26 0.12 0.11 0.61 0.36 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.17 0.32 0.53 0.27 0.22 0.26 0.28 0.19 0.15 0.24 0.13 0.27 0.83 0.30 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.24 0.42 0.11 0.22 0.65 0.19 0.64 0.34 0.49 0.38 0.55 0.35 0.07 0.47 0.72 0.38 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.19 0.19 0.37 0.29 0.02 0.29 0.02 0.22 0.17 0.25 0.16 0.12 0.60 0.33 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.68 1.24 0.38 0.12 1.40 0.21 1.26 0.28 1.08 1.02 1.40 1.49 1.18 0.33 0.27 0.53 0.68 0.87 1.10 0.80
C2 0.46 1.05 0.26 0.14 1.47 0.14 1.33 0.29 1.07 0.88 1.36 1.64 0.81 0.21 0.35 0.37 0.84 1.04 1.36 0.98
C2' 0.67 1.08 0.33 0.13 1.29 0.23 1.19 0.19 1.04 0.95 1.24 1.38 0.97 0.29 0.26 0.53 0.42 0.71 0.87 0.57
C3' 0.70 0.88 0.41 0.34 1.07 0.38 1.07 0.31 0.97 0.87 0.98 1.13 0.72 0.41 0.40 0.58 0.20 0.59 0.64 0.36
C4 0.24 0.62 0.15 0.12 1.30 0.10 1.28 0.32 0.99 0.63 0.99 1.49 0.31 0.19 0.32 0.25 0.94 1.18 1.54 1.13
C4' 0.71 0.99 0.36 0.08 1.09 0.24 1.03 0.14 0.94 0.90 1.06 1.14 0.92 0.42 0.18 0.56 0.33 0.64 0.76 0.48
C5 0.26 0.61 0.15 0.12 1.19 0.09 1.22 0.29 0.98 0.65 0.90 1.30 0.33 0.20 0.32 0.24 0.91 1.16 1.48 1.10
C5' 0.70 0.77 0.33 0.22 0.87 0.39 0.87 0.28 0.81 0.77 0.81 0.89 0.68 0.45 0.33 0.61 0.17 0.55 0.63 0.33
C6 0.41 0.85 0.24 0.13 1.23 0.11 1.20 0.26 1.02 0.80 1.07 1.31 0.52 0.21 0.34 0.32 0.82 1.06 1.32 0.98
N1 0.51 1.07 0.29 0.13 1.38 0.14 1.27 0.27 1.06 0.90 1.30 1.49 0.87 0.24 0.34 0.39 0.78 1.00 1.26 0.92
N3 0.34 0.85 0.21 0.14 1.43 0.12 1.33 0.32 1.04 0.76 1.22 1.64 0.50 0.20 0.34 0.30 0.92 1.13 1.49 1.09
O2 0.51 1.15 0.28 0.14 1.53 0.15 1.35 0.29 1.09 0.93 1.46 1.73 0.98 0.22 0.35 0.41 0.80 0.99 1.32 0.94
O2' 0.75 1.24 0.38 0.06 1.38 0.24 1.23 0.21 1.07 1.04 1.39 1.47 1.22 0.34 0.16 0.60 0.49 0.71 0.87 0.60
O3' 0.75 0.83 0.50 0.47 1.01 0.49 1.03 0.42 0.97 0.86 0.91 1.05 0.67 0.54 0.53 0.64 0.22 0.47 0.43 0.17
O4 0.20 0.47 0.10 0.08 1.22 0.11 1.26 0.35 0.94 0.54 0.83 1.47 0.42 0.19 0.29 0.24 0.96 1.21 1.60 1.17
O4' 0.72 1.18 0.43 0.17 1.27 0.21 1.15 0.25 1.02 1.01 1.28 1.32 1.16 0.47 0.28 0.54 0.61 0.81 1.01 0.73
O5' 0.69 0.82 0.59 0.18 0.95 0.16 0.94 0.13 0.88 0.81 0.89 0.97 0.71 0.81 0.02 0.42 0.45 0.83 0.83 0.63
OP1 0.03 0.14 0.16 0.13 0.22 0.44 0.21 0.54 0.16 0.08 0.19 0.25 0.13 0.48 0.01 0.30 0.12 0.66 0.43 0.31
OP2 0.32 0.37 0.41 0.02 0.65 0.16 0.74 0.26 0.67 0.43 0.48 0.70 0.22 0.70 0.00 0.07 0.32 1.10 0.88 0.71
P 0.27 0.31 0.33 0.03 0.47 0.16 0.50 0.23 0.46 0.34 0.38 0.49 0.20 0.58 0.00 0.03 0.19 0.83 0.65 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.57 0.64 0.66 0.53
C2 0.04 0.00 0.25 0.17 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.27 0.08 0.07 0.94 0.95 1.33 0.96
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.16 0.01 0.29 0.03 0.32 0.05 0.18 0.17 0.49 0.00 0.02 0.01 0.56 0.90 0.72 0.66
C3' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.16 0.01 0.25 0.03 0.25 0.05 0.14 0.18 0.32 0.01 0.01 0.01 0.25 0.75 0.41 0.44
C4 0.06 0.01 0.16 0.16 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.16 0.10 0.03 1.09 1.02 1.44 1.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.11 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.33 0.04 0.08
C5 0.05 0.02 0.29 0.25 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.33 0.18 0.10 1.07 0.96 1.21 1.00
C5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.16 0.01 0.21 0.00 0.19 0.10 0.14 0.19 0.18 0.02 0.02 0.02 0.01 0.35 0.19 0.02
C6 0.05 0.02 0.32 0.25 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.33 0.17 0.13 0.98 0.87 0.99 0.86
N1 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.86 0.82 1.01 0.79
N3 0.05 0.01 0.18 0.14 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.19 0.06 0.05 1.05 1.04 1.50 1.07
N4 0.06 0.03 0.17 0.18 0.00 0.11 0.04 0.19 0.04 0.03 0.03 0.00 0.06 0.17 0.12 0.03 1.14 1.08 1.55 1.15
O2 0.07 0.00 0.49 0.32 0.03 0.08 0.03 0.18 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.63 0.20 0.13 0.89 0.99 1.38 0.97
O2' 0.01 0.27 0.00 0.01 0.16 0.02 0.33 0.02 0.33 0.03 0.19 0.17 0.63 0.00 0.05 0.02 0.53 0.99 0.85 0.72
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.18 0.02 0.17 0.02 0.06 0.12 0.20 0.05 0.00 0.04 0.16 0.65 0.41 0.37
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.05 0.03 0.13 0.02 0.04 0.00 0.36 0.33 0.32 0.25
O5' 0.57 0.94 0.56 0.25 1.09 0.02 1.07 0.01 0.98 0.86 1.05 1.14 0.89 0.53 0.16 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.64 0.95 0.90 0.75 1.02 0.33 0.96 0.35 0.87 0.82 1.04 1.08 0.99 0.99 0.65 0.33 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.66 1.33 0.72 0.41 1.44 0.04 1.21 0.19 0.99 1.01 1.50 1.55 1.38 0.85 0.41 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.53 0.96 0.66 0.44 1.08 0.08 1.00 0.02 0.86 0.79 1.07 1.15 0.97 0.72 0.37 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00