ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55157

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.015, 0.038, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.024
O3' B 0, 0.144, 0.418, 0.693, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.418 std_dev=0.275
P A 0, 0.168, 0.469, 0.769, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.469 std_dev=0.300
OP2 A 0, 0.240, 0.593, 0.946, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.593 std_dev=0.353
O4' A 0, 0.206, 0.562, 0.918, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.562 std_dev=0.356
O2' B 0, 0.259, 0.618, 0.976, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.618 std_dev=0.359
C2' A 0, 0.261, 0.670, 1.079, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.670 std_dev=0.409
C3' B 0, 0.082, 0.507, 0.933, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.507 std_dev=0.426
O4' B 0, 0.193, 0.632, 1.070, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.632 std_dev=0.439
OP1 A 0, 0.022, 0.486, 0.950, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.486 std_dev=0.464
O5' A 0, 0.274, 0.742, 1.210, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.742 std_dev=0.468
C2' B 0, 0.351, 0.846, 1.342, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.846 std_dev=0.496
C4' A 0, 0.332, 0.845, 1.358, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.845 std_dev=0.513
C3' A 0, 0.405, 0.979, 1.553, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.979 std_dev=0.574
C5' A 0, 0.337, 0.962, 1.587, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.962 std_dev=0.625
C4' B 0, 0.452, 1.117, 1.783, 1.750 max_d=1.750 avg_d=1.117 std_dev=0.665
O2' A 0, 0.518, 1.264, 2.011, 1.936 max_d=1.936 avg_d=1.264 std_dev=0.747
C1' B 0, 0.396, 1.319, 2.241, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.319 std_dev=0.922
O3' A 0, 0.736, 1.741, 2.746, 2.343 max_d=2.343 avg_d=1.741 std_dev=1.005
C5' B 0, 0.984, 2.395, 3.806, 3.623 max_d=3.623 avg_d=2.395 std_dev=1.411
N1 B 0, 0.880, 2.495, 4.110, 3.934 max_d=3.934 avg_d=2.495 std_dev=1.615
O5' B 0, 1.228, 2.938, 4.648, 4.255 max_d=4.255 avg_d=2.938 std_dev=1.710
C6 B 0, 1.045, 2.812, 4.578, 4.352 max_d=4.352 avg_d=2.812 std_dev=1.766
C2 B 0, 1.380, 3.845, 6.309, 6.006 max_d=6.006 avg_d=3.845 std_dev=2.464
C5 B 0, 1.448, 4.049, 6.651, 6.379 max_d=6.379 avg_d=4.049 std_dev=2.602
O2 B 0, 1.580, 4.221, 6.862, 6.476 max_d=6.476 avg_d=4.221 std_dev=2.641
P B 0, 1.949, 4.624, 7.299, 6.374 max_d=6.374 avg_d=4.624 std_dev=2.675
OP2 B 0, 2.299, 5.447, 8.595, 7.487 max_d=7.487 avg_d=5.447 std_dev=3.148
N3 B 0, 1.758, 4.962, 8.165, 7.800 max_d=7.800 avg_d=4.962 std_dev=3.203
C4 B 0, 1.728, 4.987, 8.247, 7.934 max_d=7.934 avg_d=4.987 std_dev=3.259
OP1 B 0, 2.491, 5.898, 9.304, 8.028 max_d=8.028 avg_d=5.898 std_dev=3.407
N4 B 0, 2.131, 6.232, 10.332, 9.970 max_d=9.970 avg_d=6.232 std_dev=4.100

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.15 0.02 0.00 0.10 0.08 0.27 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.14 0.02 0.03 0.10 0.08 0.36 0.17
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.09 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.03 0.01 0.21 0.18 0.29 0.20
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.13 0.00 0.11 0.01 0.09 0.08 0.14 0.14 0.01 0.00 0.14 0.02 0.07 0.06 0.10 0.07
C4 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.05 0.00 0.02 0.10 0.11 0.45 0.20
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.15 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.09 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.17 0.03 0.01 0.03 0.08 0.11 0.43 0.19
C5' 0.03 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.08 0.11 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.02 0.01 0.04 0.08 0.08 0.37 0.17
N1 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.01 0.09 0.08 0.33 0.16
N3 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.12 0.01 0.03 0.12 0.11 0.43 0.20
O2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.21 0.02 0.06 0.11 0.08 0.33 0.16
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.17 0.15 0.17 0.08 0.15 0.10 0.14 0.07 0.00 0.04 0.18 0.08 0.13 0.10 0.31 0.17
O3' 0.15 0.14 0.04 0.00 0.05 0.01 0.03 0.11 0.02 0.07 0.12 0.21 0.04 0.00 0.07 0.10 0.19 0.17 0.22 0.19
O4 0.02 0.02 0.03 0.14 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.07 0.00 0.02 0.11 0.13 0.48 0.21
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.08 0.10 0.02 0.00 0.11 0.14 0.29 0.21
O5' 0.10 0.10 0.21 0.07 0.10 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.12 0.11 0.13 0.19 0.11 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.08 0.08 0.18 0.06 0.11 0.04 0.11 0.05 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.17 0.13 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.36 0.29 0.10 0.45 0.09 0.43 0.02 0.37 0.33 0.43 0.33 0.31 0.22 0.48 0.29 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.20 0.07 0.20 0.06 0.19 0.01 0.17 0.16 0.20 0.16 0.17 0.19 0.21 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.68 0.31 0.27 0.35 0.44 0.07 0.64 0.08 0.42 0.62 0.34 0.96 0.36 0.27 0.46 0.62 1.22 0.85 0.89
C2 0.57 0.98 0.27 0.17 0.76 0.35 0.41 0.60 0.32 0.62 1.01 0.81 1.24 0.30 0.19 0.38 0.52 1.14 0.63 0.76
C2' 0.49 0.61 0.23 0.15 0.32 0.31 0.21 0.46 0.15 0.37 0.54 0.33 0.89 0.29 0.18 0.41 0.47 1.03 0.79 0.74
C3' 0.27 0.30 0.13 0.13 0.35 0.21 0.48 0.40 0.36 0.15 0.27 0.44 0.56 0.23 0.14 0.24 0.57 1.01 0.96 0.81
C4 0.54 1.13 0.25 0.09 1.02 0.28 0.67 0.52 0.50 0.73 1.23 1.12 1.35 0.26 0.11 0.25 0.36 0.87 0.35 0.52
C4' 0.33 0.32 0.18 0.18 0.35 0.26 0.48 0.41 0.34 0.16 0.28 0.44 0.58 0.28 0.20 0.30 0.59 1.07 1.01 0.86
C5 0.52 0.99 0.25 0.08 0.81 0.27 0.51 0.50 0.40 0.64 1.02 0.87 1.21 0.28 0.10 0.24 0.37 0.80 0.37 0.51
C5' 0.24 0.29 0.11 0.07 0.64 0.15 0.77 0.19 0.60 0.29 0.42 0.77 0.38 0.22 0.12 0.24 0.56 0.82 1.00 0.76
C6 0.51 0.82 0.26 0.14 0.57 0.30 0.30 0.52 0.23 0.52 0.80 0.59 1.06 0.31 0.16 0.31 0.46 0.92 0.52 0.63
N1 0.55 0.84 0.28 0.19 0.57 0.36 0.27 0.58 0.21 0.53 0.82 0.59 1.10 0.32 0.21 0.40 0.53 1.10 0.66 0.76
N3 0.57 1.12 0.27 0.13 0.97 0.31 0.60 0.56 0.46 0.72 1.20 1.06 1.35 0.29 0.16 0.33 0.43 1.02 0.46 0.64
O2 0.57 0.97 0.27 0.19 0.73 0.37 0.38 0.63 0.30 0.60 1.00 0.79 1.24 0.30 0.20 0.42 0.57 1.25 0.73 0.85
O2' 0.54 0.64 0.30 0.26 0.27 0.47 0.09 0.69 0.03 0.38 0.55 0.26 0.95 0.35 0.24 0.51 0.64 1.26 0.95 0.95
O3' 0.23 0.33 0.15 0.16 0.53 0.19 0.65 0.40 0.49 0.22 0.38 0.66 0.54 0.22 0.17 0.23 0.61 1.06 1.08 0.86
O4 0.51 1.22 0.24 0.07 1.19 0.28 0.82 0.50 0.61 0.79 1.39 1.34 1.41 0.23 0.08 0.19 0.32 0.80 0.30 0.45
O4' 0.47 0.52 0.33 0.32 0.19 0.40 0.16 0.59 0.09 0.29 0.42 0.19 0.80 0.40 0.35 0.40 0.66 1.23 0.94 0.92
O5' 0.18 0.21 0.08 0.02 0.59 0.11 0.72 0.19 0.56 0.24 0.35 0.71 0.29 0.22 0.02 0.17 0.46 0.59 0.80 0.59
OP1 0.18 0.56 0.21 0.07 1.08 0.19 1.15 0.24 0.92 0.57 0.81 1.22 0.27 0.28 0.04 0.17 0.43 0.28 0.73 0.48
OP2 0.14 0.16 0.19 0.04 0.54 0.09 0.62 0.02 0.47 0.21 0.33 0.64 0.20 0.40 0.01 0.11 0.24 0.23 0.45 0.29
P 0.08 0.21 0.14 0.02 0.64 0.08 0.74 0.10 0.59 0.28 0.41 0.75 0.08 0.28 0.01 0.08 0.33 0.28 0.57 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.16 0.01 0.13 0.13 0.21 0.13
C2 0.02 0.00 0.08 0.16 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.13 0.03 0.11 0.13 0.21 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.17 0.01 0.19 0.10 0.17 0.08 0.12 0.18 0.09 0.00 0.01 0.01 0.23 0.26 0.32 0.26
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.34 0.00 0.40 0.01 0.36 0.20 0.24 0.37 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.17 0.34 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.33 0.06 0.19 0.22 0.29 0.21
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.08 0.06 0.11 0.02 0.16 0.07 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.19 0.40 0.01 0.15 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.42 0.05 0.22 0.24 0.30 0.23
C5' 0.04 0.09 0.10 0.01 0.16 0.01 0.20 0.00 0.19 0.11 0.11 0.17 0.06 0.08 0.11 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.36 0.02 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.17 0.35 0.04 0.19 0.19 0.23 0.18
N1 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.15 0.01 0.12 0.13 0.20 0.13
N3 0.01 0.00 0.12 0.24 0.00 0.06 0.00 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.20 0.04 0.15 0.17 0.25 0.17
N4 0.01 0.01 0.18 0.37 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.38 0.07 0.21 0.25 0.34 0.24
O2 0.04 0.01 0.09 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.22 0.07 0.09 0.10 0.19 0.11
O2' 0.00 0.14 0.00 0.02 0.17 0.16 0.20 0.08 0.17 0.11 0.15 0.19 0.20 0.00 0.10 0.10 0.18 0.22 0.36 0.23
O3' 0.16 0.13 0.01 0.01 0.33 0.07 0.42 0.11 0.35 0.15 0.20 0.38 0.22 0.10 0.00 0.12 0.26 0.27 0.35 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.10 0.12 0.00 0.14 0.12 0.18 0.13
O5' 0.13 0.11 0.23 0.10 0.19 0.02 0.22 0.00 0.19 0.12 0.15 0.21 0.09 0.18 0.26 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.13 0.26 0.07 0.22 0.03 0.24 0.07 0.19 0.13 0.17 0.25 0.10 0.22 0.27 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.21 0.32 0.13 0.29 0.03 0.30 0.02 0.23 0.20 0.25 0.34 0.19 0.36 0.35 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.26 0.10 0.21 0.02 0.23 0.01 0.18 0.13 0.17 0.24 0.11 0.23 0.29 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00