ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C4 A 0, -0.004, 0.023, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.023 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.011, 0.042, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.015, 0.062, 0.109, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.062 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.105, 0.389, 0.673, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.389 std_dev=0.284
C2' A 0, 0.117, 0.424, 0.732, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.424 std_dev=0.307
C4' A 0, 0.200, 0.688, 1.177, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.688 std_dev=0.488
O4' B 0, 0.206, 0.801, 1.397, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.801 std_dev=0.596
O2' A 0, 0.232, 0.832, 1.432, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.832 std_dev=0.600
C3' B 0, -0.082, 0.521, 1.124, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.521 std_dev=0.603
C3' A 0, 0.099, 0.729, 1.358, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.729 std_dev=0.629
C1' B 0, 0.211, 0.842, 1.473, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.842 std_dev=0.631
O3' B 0, 0.048, 0.682, 1.316, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.682 std_dev=0.634
C2' B 0, -0.024, 0.627, 1.277, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.627 std_dev=0.650
C4' B 0, 0.008, 0.678, 1.348, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.678 std_dev=0.670
O2' B 0, 0.282, 0.963, 1.645, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.963 std_dev=0.681
C5' B 0, 0.279, 0.965, 1.651, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.965 std_dev=0.686
C5' A 0, 0.163, 0.915, 1.667, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.915 std_dev=0.752
N1 B 0, 0.343, 1.176, 2.008, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.176 std_dev=0.833
C2 B 0, -0.015, 1.006, 2.027, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.006 std_dev=1.021
P A 0, -0.221, 0.898, 2.017, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.898 std_dev=1.119
O5' B 0, 0.093, 1.242, 2.390, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.242 std_dev=1.149
N3 B 0, 0.153, 1.328, 2.504, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.328 std_dev=1.175
OP2 A 0, 0.009, 1.197, 2.384, 2.816 max_d=2.816 avg_d=1.197 std_dev=1.188
O5' A 0, -0.102, 1.137, 2.376, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.137 std_dev=1.239
O2 B 0, 0.509, 1.757, 3.006, 2.786 max_d=2.786 avg_d=1.757 std_dev=1.248
O3' A 0, -0.364, 0.980, 2.324, 2.881 max_d=2.881 avg_d=0.980 std_dev=1.344
OP1 A 0, -0.028, 1.465, 2.959, 3.515 max_d=3.515 avg_d=1.465 std_dev=1.493
C4 B 0, 0.592, 2.119, 3.645, 3.540 max_d=3.540 avg_d=2.119 std_dev=1.527
C6 B 0, 0.211, 2.018, 3.824, 4.384 max_d=4.384 avg_d=2.018 std_dev=1.807
N4 B 0, 0.731, 2.621, 4.512, 4.389 max_d=4.389 avg_d=2.621 std_dev=1.891
C5 B 0, 0.355, 2.539, 4.723, 5.332 max_d=5.332 avg_d=2.539 std_dev=2.184
P B 0, -0.231, 1.989, 4.209, 5.087 max_d=5.087 avg_d=1.989 std_dev=2.220
OP1 B 0, 0.034, 2.459, 4.883, 5.758 max_d=5.758 avg_d=2.459 std_dev=2.425
OP2 B 0, -0.322, 2.974, 6.270, 7.569 max_d=7.569 avg_d=2.974 std_dev=3.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.28 0.07 0.00 0.13 0.24 0.09 0.14
C2 0.04 0.00 0.24 0.31 0.04 0.09 0.05 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.15 0.05 0.05 0.06 0.31 0.17 0.39 0.08
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.16 0.12 0.04 0.20 0.40 0.00 0.01 0.11 0.01 0.41 0.41 0.39 0.44
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.45 0.02 0.43 0.04 0.35 0.26 0.39 0.24 0.01 0.03 0.50 0.03 0.23 0.27 0.06 0.13
C4 0.06 0.04 0.09 0.45 0.00 0.21 0.02 0.22 0.02 0.04 0.02 0.04 0.29 0.24 0.01 0.05 0.52 0.08 0.69 0.26
C4' 0.01 0.09 0.02 0.02 0.21 0.00 0.26 0.01 0.24 0.12 0.14 0.05 0.31 0.05 0.23 0.00 0.02 0.14 0.17 0.05
C5 0.05 0.05 0.05 0.43 0.02 0.26 0.00 0.26 0.01 0.04 0.03 0.06 0.35 0.29 0.03 0.12 0.52 0.07 0.62 0.26
C5' 0.04 0.07 0.16 0.04 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.10 0.13 0.03 0.13 0.26 0.25 0.01 0.01 0.26 0.24 0.01
C6 0.03 0.04 0.12 0.35 0.02 0.24 0.01 0.23 0.00 0.03 0.02 0.05 0.32 0.20 0.03 0.15 0.42 0.10 0.39 0.13
N1 0.02 0.02 0.04 0.26 0.04 0.12 0.04 0.10 0.03 0.00 0.02 0.04 0.19 0.02 0.05 0.02 0.28 0.17 0.27 0.03
N3 0.05 0.01 0.20 0.39 0.02 0.14 0.03 0.13 0.02 0.02 0.00 0.02 0.21 0.09 0.03 0.04 0.42 0.14 0.56 0.17
O2 0.07 0.01 0.40 0.24 0.04 0.05 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.20 0.19 0.05 0.11 0.25 0.21 0.33 0.04
O2' 0.02 0.15 0.00 0.01 0.29 0.31 0.35 0.13 0.32 0.19 0.21 0.20 0.00 0.04 0.30 0.22 0.36 0.31 0.41 0.35
O3' 0.28 0.05 0.01 0.03 0.24 0.05 0.29 0.26 0.20 0.02 0.09 0.19 0.04 0.00 0.30 0.17 0.32 0.50 0.38 0.35
O4 0.07 0.05 0.11 0.50 0.01 0.23 0.03 0.25 0.03 0.05 0.03 0.05 0.30 0.30 0.00 0.06 0.57 0.07 0.81 0.33
O4' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.05 0.00 0.12 0.01 0.15 0.02 0.04 0.11 0.22 0.17 0.06 0.00 0.07 0.18 0.20 0.11
O5' 0.13 0.31 0.41 0.23 0.52 0.02 0.52 0.01 0.42 0.28 0.42 0.25 0.36 0.32 0.57 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.24 0.17 0.41 0.27 0.08 0.14 0.07 0.26 0.10 0.17 0.14 0.21 0.31 0.50 0.07 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.39 0.39 0.06 0.69 0.17 0.62 0.24 0.39 0.27 0.56 0.33 0.41 0.38 0.81 0.20 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.08 0.44 0.13 0.26 0.05 0.26 0.01 0.13 0.03 0.17 0.04 0.35 0.35 0.33 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.21 0.13 0.06 0.15 0.09 0.23 0.23 0.20 0.13 0.19 0.17 0.32 0.30 0.36 0.08 0.19 0.98 0.15 0.19
C2 0.03 0.36 0.09 0.03 0.28 0.14 0.51 0.29 0.47 0.14 0.33 0.33 0.66 0.33 0.30 0.09 0.28 1.48 0.82 0.68
C2' 0.43 0.45 0.40 0.34 0.35 0.31 0.35 0.26 0.34 0.39 0.41 0.34 0.52 0.52 0.67 0.36 0.56 0.61 0.56 0.31
C3' 0.21 0.21 0.14 0.18 0.17 0.23 0.19 0.43 0.17 0.18 0.20 0.18 0.28 0.35 0.13 0.14 0.13 1.04 0.34 0.17
C4 0.11 0.39 0.15 0.09 0.43 0.22 0.87 0.34 0.83 0.23 0.34 0.49 0.90 0.33 0.21 0.20 0.42 1.69 1.21 0.96
C4' 0.20 0.19 0.17 0.10 0.32 0.18 0.42 0.36 0.38 0.25 0.23 0.35 0.19 0.40 0.16 0.01 0.01 0.86 0.42 0.21
C5 0.13 0.28 0.17 0.09 0.37 0.19 0.77 0.28 0.76 0.21 0.22 0.41 0.73 0.32 0.21 0.18 0.29 1.34 0.74 0.64
C5' 0.32 0.29 0.26 0.10 0.46 0.16 0.60 0.37 0.57 0.38 0.34 0.49 0.32 0.53 0.09 0.09 0.11 0.67 0.69 0.31
C6 0.05 0.22 0.10 0.04 0.24 0.12 0.51 0.24 0.50 0.12 0.16 0.27 0.53 0.28 0.28 0.10 0.20 1.08 0.34 0.34
N1 0.04 0.27 0.08 0.03 0.21 0.11 0.41 0.25 0.38 0.10 0.23 0.24 0.50 0.30 0.32 0.07 0.20 1.20 0.44 0.42
N3 0.03 0.42 0.09 0.05 0.37 0.18 0.71 0.32 0.67 0.18 0.39 0.43 0.84 0.33 0.27 0.14 0.38 1.68 1.15 0.91
O2 0.08 0.38 0.10 0.04 0.29 0.13 0.44 0.29 0.39 0.16 0.37 0.34 0.64 0.35 0.31 0.07 0.28 1.50 0.83 0.69
O2' 0.33 0.33 0.32 0.32 0.21 0.33 0.28 0.35 0.26 0.26 0.27 0.21 0.46 0.40 0.58 0.33 0.76 0.38 0.74 0.57
O3' 0.16 0.14 0.05 0.28 0.14 0.42 0.20 0.59 0.15 0.09 0.11 0.18 0.26 0.30 0.09 0.28 0.19 1.17 0.29 0.26
O4 0.18 0.44 0.19 0.12 0.54 0.28 1.08 0.40 1.02 0.30 0.39 0.62 1.04 0.33 0.15 0.26 0.55 1.93 1.60 1.24
O4' 0.11 0.16 0.12 0.12 0.20 0.18 0.25 0.32 0.22 0.15 0.18 0.22 0.18 0.31 0.25 0.06 0.05 0.93 0.26 0.27
O5' 0.12 0.07 0.04 0.23 0.13 0.26 0.21 0.42 0.21 0.11 0.07 0.13 0.18 0.30 0.00 0.12 0.10 0.76 0.55 0.03
OP1 0.64 0.40 0.69 0.24 0.75 0.19 1.02 0.19 1.04 0.71 0.49 0.77 0.14 0.99 0.05 0.35 0.29 0.14 1.06 0.44
OP2 0.14 0.19 0.13 0.35 0.17 0.46 0.12 0.68 0.11 0.14 0.19 0.18 0.26 0.18 0.03 0.26 0.18 0.56 1.03 0.27
P 0.18 0.06 0.19 0.09 0.17 0.17 0.29 0.30 0.30 0.17 0.08 0.17 0.15 0.42 0.01 0.03 0.10 0.36 0.88 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.07 0.07 0.10 0.00 0.26 0.00 0.56 0.32 0.28 0.43
C2 0.07 0.00 0.12 0.14 0.02 0.21 0.01 0.46 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.30 0.13 0.35 0.31 0.51 0.34
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.03 0.19 0.14 0.22 0.03 0.06 0.09 0.25 0.00 0.09 0.02 0.60 0.72 0.59 0.64
C3' 0.04 0.14 0.01 0.00 0.13 0.01 0.31 0.01 0.33 0.09 0.08 0.14 0.34 0.01 0.03 0.02 0.19 0.47 0.17 0.17
C4 0.06 0.02 0.08 0.13 0.00 0.11 0.02 0.15 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.17 0.27 0.09 1.08 0.57 1.44 1.16
C4' 0.02 0.21 0.03 0.01 0.11 0.00 0.33 0.01 0.36 0.06 0.12 0.12 0.47 0.09 0.05 0.00 0.02 0.16 0.52 0.12
C5 0.03 0.01 0.19 0.31 0.02 0.33 0.00 0.59 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.19 0.26 0.22 1.56 1.17 1.89 1.68
C5' 0.06 0.46 0.14 0.01 0.15 0.01 0.59 0.00 0.65 0.09 0.32 0.17 0.98 0.08 0.11 0.02 0.01 0.24 0.27 0.02
C6 0.01 0.02 0.22 0.33 0.03 0.36 0.01 0.65 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.17 0.25 0.25 1.54 1.15 1.62 1.56
N1 0.03 0.02 0.03 0.09 0.04 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.25 0.04 0.84 0.42 0.80 0.77
N3 0.07 0.01 0.06 0.08 0.01 0.12 0.02 0.32 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.29 0.06 0.55 0.18 0.85 0.57
N4 0.07 0.03 0.09 0.14 0.01 0.12 0.03 0.17 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.19 0.28 0.11 1.14 0.62 1.63 1.27
O2 0.10 0.00 0.25 0.34 0.00 0.47 0.01 0.98 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.18 0.38 0.28 0.41 0.95 0.45 0.54
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.17 0.09 0.19 0.08 0.17 0.09 0.14 0.19 0.18 0.00 0.08 0.05 0.51 0.74 0.59 0.61
O3' 0.26 0.30 0.09 0.03 0.27 0.05 0.26 0.11 0.25 0.25 0.29 0.28 0.38 0.08 0.00 0.19 0.29 0.23 0.68 0.32
O4' 0.00 0.13 0.02 0.02 0.09 0.00 0.22 0.02 0.25 0.04 0.06 0.11 0.28 0.05 0.19 0.00 0.42 0.04 0.18 0.16
O5' 0.56 0.35 0.60 0.19 1.08 0.02 1.56 0.01 1.54 0.84 0.55 1.14 0.41 0.51 0.29 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.32 0.31 0.72 0.47 0.57 0.16 1.17 0.24 1.15 0.42 0.18 0.62 0.95 0.74 0.23 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.51 0.59 0.17 1.44 0.52 1.89 0.27 1.62 0.80 0.85 1.63 0.45 0.59 0.68 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.43 0.34 0.64 0.17 1.16 0.12 1.68 0.02 1.56 0.77 0.57 1.27 0.54 0.61 0.32 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00