ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55159

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4' A 0, -0.004, 0.040, 0.084, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.040 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.008, 0.057, 0.106, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.057 std_dev=0.049
C2 B 0, 0.021, 0.078, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.078 std_dev=0.057
O2 B 0, 0.023, 0.083, 0.143, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.083 std_dev=0.060
N3 B 0, 0.020, 0.081, 0.142, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.081 std_dev=0.061
C6 B 0, 0.025, 0.085, 0.146, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.085 std_dev=0.061
N1 B 0, 0.024, 0.085, 0.146, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.085 std_dev=0.061
C5 B 0, 0.022, 0.084, 0.145, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.084 std_dev=0.061
C4 B 0, 0.019, 0.085, 0.151, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.085 std_dev=0.066
O4' B 0, 0.027, 0.097, 0.166, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.097 std_dev=0.070
P A 0, 0.017, 0.088, 0.160, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.088 std_dev=0.071
C1' B 0, 0.029, 0.103, 0.177, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.103 std_dev=0.074
N4 B 0, 0.018, 0.099, 0.180, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.099 std_dev=0.081
C4' B 0, 0.031, 0.119, 0.207, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.119 std_dev=0.088
C2' B 0, 0.036, 0.129, 0.223, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.129 std_dev=0.093
C3' B 0, 0.036, 0.132, 0.228, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.132 std_dev=0.096
C3' A 0, -0.004, 0.093, 0.190, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.093 std_dev=0.097
O3' A 0, 0.008, 0.107, 0.206, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.107 std_dev=0.099
C5' B 0, 0.029, 0.129, 0.228, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.129 std_dev=0.100
O2' B 0, 0.039, 0.140, 0.240, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.140 std_dev=0.100
O3' B 0, 0.042, 0.154, 0.265, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.154 std_dev=0.111
OP2 B 0, 0.021, 0.133, 0.244, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.133 std_dev=0.112
P B 0, 0.022, 0.136, 0.250, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.136 std_dev=0.114
O5' B 0, 0.020, 0.136, 0.251, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.136 std_dev=0.116
OP1 B 0, 0.027, 0.155, 0.282, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.155 std_dev=0.128
OP1 A 0, 0.014, 0.142, 0.270, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.142 std_dev=0.128
C4' A 0, -0.032, 0.135, 0.302, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.135 std_dev=0.167
OP2 A 0, -0.023, 0.242, 0.507, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.242 std_dev=0.265
C5' A 0, -0.088, 0.312, 0.712, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.312 std_dev=0.400
O5' A 0, -0.103, 0.356, 0.816, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.356 std_dev=0.460

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.15 0.03 0.21 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.29 0.03 0.12 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.07 0.23 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.19 0.13 0.24 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.34 0.03 0.11 0.03
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.02 0.03 0.02 0.09 0.00 0.01 0.04 0.31 0.05
C5 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.33 0.03 0.16 0.03
C5' 0.04 0.14 0.03 0.05 0.23 0.01 0.22 0.00 0.18 0.13 0.19 0.08 0.03 0.04 0.25 0.01 0.00 0.12 0.36 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.29 0.03 0.19 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.02 0.18 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.33 0.04 0.08 0.03
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.04 0.07 0.03
O2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.25 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.11 0.28 0.01
O4 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.36 0.04 0.08 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.02 0.23 0.03
O5' 0.15 0.29 0.15 0.19 0.34 0.01 0.33 0.00 0.29 0.26 0.33 0.24 0.01 0.07 0.36 0.11 0.00 0.01 0.05 0.00
OP1 0.03 0.03 0.07 0.13 0.03 0.04 0.03 0.12 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.11 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.12 0.23 0.24 0.11 0.31 0.16 0.36 0.19 0.18 0.08 0.07 0.25 0.28 0.08 0.23 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02
C2 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.05 0.05
C3' 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03
C4' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.13 0.04 0.14 0.04 0.12 0.09 0.10 0.14 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.04 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03
C5' 0.21 0.26 0.21 0.20 0.33 0.15 0.34 0.12 0.29 0.25 0.30 0.36 0.24 0.19 0.18 0.16 0.15 0.09 0.22 0.13
C6 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
N3 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
O2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
O2' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.04 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.06 0.03 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.05 0.06 0.07
O3' 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
O4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00
O5' 0.27 0.35 0.27 0.23 0.38 0.19 0.35 0.14 0.31 0.31 0.38 0.39 0.35 0.25 0.21 0.22 0.20 0.02 0.18 0.12
OP1 0.05 0.03 0.07 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06 0.11 0.10 0.10 0.11
OP2 0.24 0.19 0.25 0.26 0.20 0.27 0.25 0.28 0.26 0.23 0.18 0.17 0.18 0.25 0.27 0.25 0.26 0.30 0.29 0.29
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00