ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55160

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C6 A 0, -0.001, 0.015, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.006, 0.038, 0.069, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.032
O4 A 0, -0.012, 0.075, 0.163, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.075 std_dev=0.088
C2' B 0, 0.065, 0.398, 0.730, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.398 std_dev=0.332
P A 0, 0.205, 0.735, 1.266, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.735 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.219, 0.754, 1.288, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.754 std_dev=0.534
O4' A 0, 0.246, 0.840, 1.434, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.840 std_dev=0.594
C2' A 0, 0.251, 0.859, 1.467, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.859 std_dev=0.608
OP2 A 0, 0.261, 0.892, 1.523, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.892 std_dev=0.631
O2' B 0, 0.242, 0.901, 1.561, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.901 std_dev=0.660
OP1 A 0, 0.274, 1.000, 1.726, 1.701 max_d=1.701 avg_d=1.000 std_dev=0.726
C3' A 0, 0.369, 1.284, 2.200, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.284 std_dev=0.916
C4' A 0, 0.409, 1.400, 2.390, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.400 std_dev=0.990
C3' B 0, 0.393, 1.401, 2.408, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.401 std_dev=1.007
O2' A 0, 0.422, 1.488, 2.553, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.488 std_dev=1.066
C1' B 0, 0.271, 1.353, 2.435, 2.648 max_d=2.648 avg_d=1.353 std_dev=1.082
O3' A 0, 0.485, 1.760, 3.036, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.760 std_dev=1.276
C5' A 0, 0.585, 1.998, 3.410, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.998 std_dev=1.413
O4' B 0, 0.539, 2.172, 3.805, 3.938 max_d=3.938 avg_d=2.172 std_dev=1.633
O3' B 0, 0.681, 2.336, 3.991, 3.631 max_d=3.631 avg_d=2.336 std_dev=1.655
C4' B 0, 0.690, 2.468, 4.247, 4.122 max_d=4.122 avg_d=2.468 std_dev=1.779
N1 B 0, 0.714, 2.609, 4.504, 4.442 max_d=4.442 avg_d=2.609 std_dev=1.895
C6 B 0, 0.950, 3.259, 5.569, 5.074 max_d=5.074 avg_d=3.259 std_dev=2.310
O2 B 0, 0.916, 3.427, 5.937, 5.945 max_d=5.945 avg_d=3.427 std_dev=2.511
C2 B 0, 0.948, 3.484, 6.019, 5.961 max_d=5.961 avg_d=3.484 std_dev=2.536
C5' B 0, 1.098, 3.858, 6.619, 6.302 max_d=6.302 avg_d=3.858 std_dev=2.760
O5' B 0, 1.084, 3.884, 6.683, 6.492 max_d=6.492 avg_d=3.884 std_dev=2.800
C5 B 0, 1.270, 4.342, 7.413, 6.626 max_d=6.626 avg_d=4.342 std_dev=3.071
N3 B 0, 1.316, 4.671, 8.025, 7.727 max_d=7.727 avg_d=4.671 std_dev=3.355
OP2 B 0, 1.433, 4.894, 8.354, 7.361 max_d=7.361 avg_d=4.894 std_dev=3.460
C4 B 0, 1.442, 4.983, 8.525, 7.910 max_d=7.910 avg_d=4.983 std_dev=3.542
P B 0, 1.453, 5.001, 8.549, 7.857 max_d=7.857 avg_d=5.001 std_dev=3.548
OP1 B 0, 1.589, 5.448, 9.307, 8.451 max_d=8.451 avg_d=5.448 std_dev=3.859
N4 B 0, 1.792, 6.160, 10.528, 9.642 max_d=9.642 avg_d=6.160 std_dev=4.368

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.01 0.00 0.16 0.07 0.19 0.05
C2 0.01 0.00 0.13 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.01 0.08 0.18 0.12 0.21 0.06
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.10 0.12 0.03 0.10 0.22 0.00 0.02 0.08 0.01 0.40 0.39 0.46 0.34
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.25 0.00 0.24 0.01 0.19 0.14 0.21 0.10 0.02 0.01 0.27 0.02 0.23 0.37 0.14 0.17
C4 0.01 0.01 0.07 0.25 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.17 0.00 0.02 0.15 0.24 0.21 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.14 0.06 0.04 0.07 0.19 0.02 0.10 0.00 0.00 0.12 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.15 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.18 0.00 0.07 0.13 0.25 0.21 0.12
C5' 0.03 0.03 0.10 0.01 0.14 0.00 0.20 0.00 0.17 0.07 0.08 0.06 0.09 0.12 0.15 0.01 0.01 0.23 0.21 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.19 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.12 0.00 0.10 0.14 0.19 0.21 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.10 0.00 0.01 0.17 0.12 0.21 0.05
N3 0.01 0.00 0.10 0.21 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.13 0.01 0.06 0.17 0.18 0.21 0.08
O2 0.02 0.00 0.22 0.10 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.20 0.01 0.14 0.19 0.08 0.21 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.24 0.19 0.29 0.09 0.26 0.14 0.15 0.07 0.00 0.03 0.26 0.13 0.19 0.19 0.37 0.18
O3' 0.20 0.13 0.02 0.01 0.17 0.02 0.18 0.12 0.12 0.10 0.13 0.20 0.03 0.00 0.21 0.13 0.04 0.24 0.15 0.02
O4 0.01 0.01 0.08 0.27 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.21 0.00 0.03 0.15 0.29 0.21 0.13
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.06 0.14 0.13 0.13 0.03 0.00 0.02 0.15 0.03 0.12
O5' 0.16 0.18 0.40 0.23 0.15 0.00 0.13 0.01 0.14 0.17 0.17 0.19 0.19 0.04 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.12 0.39 0.37 0.24 0.12 0.25 0.23 0.19 0.12 0.18 0.08 0.19 0.24 0.29 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.21 0.46 0.14 0.21 0.10 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.37 0.15 0.21 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.34 0.17 0.11 0.03 0.12 0.01 0.09 0.05 0.08 0.06 0.18 0.02 0.13 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 1.03 0.13 0.39 1.01 0.51 0.68 0.54 0.47 0.61 1.19 1.14 1.20 0.16 0.71 0.21 0.27 0.40 0.18 0.18
C2 0.30 0.96 0.12 0.30 0.94 0.49 0.62 0.56 0.44 0.57 1.11 1.05 1.15 0.17 0.45 0.28 0.30 0.48 0.06 0.31
C2' 0.61 1.37 0.29 0.08 1.46 0.16 1.17 0.11 0.93 0.99 1.58 1.60 1.45 0.28 0.42 0.38 0.44 0.18 0.67 0.41
C3' 0.15 0.79 0.24 0.48 0.91 0.50 0.66 0.42 0.43 0.42 0.99 1.07 0.91 0.30 0.84 0.22 0.23 0.14 0.39 0.05
C4 0.19 0.62 0.09 0.23 0.55 0.49 0.38 0.61 0.30 0.35 0.69 0.62 0.81 0.22 0.18 0.35 0.38 0.60 0.23 0.49
C4' 0.22 0.55 0.42 0.72 0.49 0.76 0.24 0.75 0.13 0.17 0.66 0.61 0.78 0.36 1.06 0.43 0.46 0.54 0.31 0.36
C5 0.16 0.55 0.09 0.25 0.46 0.53 0.30 0.61 0.23 0.30 0.59 0.50 0.73 0.21 0.22 0.34 0.39 0.54 0.21 0.45
C5' 0.43 0.42 0.60 0.85 0.13 0.87 0.20 0.85 0.32 0.26 0.38 0.18 0.68 0.44 1.15 0.61 0.59 0.60 0.44 0.49
C6 0.22 0.73 0.10 0.32 0.63 0.53 0.40 0.57 0.28 0.42 0.78 0.69 0.90 0.12 0.44 0.28 0.34 0.46 0.12 0.33
N1 0.28 0.93 0.12 0.34 0.87 0.51 0.57 0.55 0.40 0.54 1.04 0.97 1.12 0.14 0.54 0.25 0.30 0.44 0.10 0.27
N3 0.26 0.82 0.11 0.26 0.78 0.48 0.52 0.58 0.38 0.48 0.94 0.88 1.00 0.19 0.30 0.32 0.34 0.55 0.13 0.41
O2 0.34 1.07 0.13 0.31 1.08 0.48 0.73 0.54 0.51 0.64 1.26 1.23 1.24 0.18 0.51 0.27 0.27 0.46 0.09 0.26
O2' 0.89 1.81 0.45 0.11 1.94 0.18 1.56 0.17 1.27 1.34 2.09 2.11 1.90 0.38 0.38 0.64 0.62 0.30 0.88 0.61
O3' 0.09 0.73 0.33 0.56 0.88 0.52 0.64 0.44 0.42 0.35 0.96 1.07 0.89 0.34 0.92 0.20 0.23 0.21 0.39 0.02
O4 0.14 0.50 0.08 0.20 0.43 0.47 0.35 0.64 0.32 0.27 0.55 0.48 0.71 0.25 0.15 0.36 0.42 0.69 0.34 0.59
O4' 0.15 0.62 0.34 0.68 0.54 0.79 0.23 0.85 0.08 0.22 0.73 0.64 0.83 0.26 1.01 0.41 0.53 0.70 0.37 0.50
O5' 0.10 0.52 0.17 0.54 0.34 0.55 0.19 0.61 0.19 0.18 0.55 0.39 0.75 0.26 0.94 0.24 0.39 0.47 0.35 0.30
OP1 0.31 0.20 0.27 0.80 0.10 0.92 0.37 1.07 0.46 0.24 0.19 0.06 0.36 0.11 1.13 0.64 0.76 0.96 0.69 0.78
OP2 0.07 0.36 0.07 0.29 0.23 0.28 0.35 0.30 0.36 0.14 0.36 0.25 0.55 0.43 0.46 0.17 0.38 0.17 0.34 0.14
P 0.27 0.29 0.28 0.72 0.17 0.75 0.35 0.82 0.42 0.24 0.27 0.14 0.46 0.15 1.03 0.52 0.61 0.64 0.54 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.10 0.31 0.08
C2 0.00 0.00 0.15 0.19 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.20 0.09 0.04 0.09 0.29 0.11
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.09 0.14 0.01 0.12 0.03 0.26 0.00 0.05 0.01 0.28 0.24 0.35 0.21
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.20 0.00 0.19 0.01 0.19 0.13 0.21 0.21 0.22 0.02 0.01 0.02 0.24 0.09 0.30 0.03
C4 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.22 0.03 0.23 0.04 0.14 0.05
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07 0.02 0.18 0.01 0.00 0.01 0.06 0.28 0.05
C5 0.02 0.00 0.10 0.19 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.25 0.10 0.36 0.09 0.09 0.17
C5' 0.05 0.05 0.09 0.01 0.14 0.00 0.19 0.00 0.18 0.08 0.08 0.15 0.05 0.10 0.08 0.00 0.00 0.04 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.19 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.23 0.13 0.34 0.06 0.17 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.01 0.12 0.05 0.28 0.04
N3 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.22 0.06 0.10 0.07 0.23 0.07
N4 0.02 0.01 0.03 0.21 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.19 0.25 0.03 0.25 0.07 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.26 0.22 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.28 0.16 0.08 0.15 0.34 0.19
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.17 0.18 0.17 0.10 0.16 0.10 0.18 0.19 0.24 0.00 0.04 0.12 0.15 0.17 0.37 0.16
O3' 0.04 0.20 0.05 0.01 0.22 0.01 0.25 0.08 0.23 0.10 0.22 0.25 0.28 0.04 0.00 0.05 0.26 0.05 0.32 0.08
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.06 0.03 0.16 0.12 0.05 0.00 0.15 0.12 0.34 0.14
O5' 0.07 0.04 0.28 0.24 0.23 0.01 0.36 0.00 0.34 0.12 0.10 0.25 0.08 0.15 0.26 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.10 0.09 0.24 0.09 0.04 0.06 0.09 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.15 0.17 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.29 0.35 0.30 0.14 0.28 0.09 0.17 0.17 0.28 0.23 0.11 0.34 0.37 0.32 0.34 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.21 0.03 0.05 0.05 0.17 0.01 0.13 0.04 0.07 0.08 0.19 0.16 0.08 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00