ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55161

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O2' B 0, 0.000, 0.289, 0.577, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C2' A 0, 0.000, 0.300, 0.600, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.300 std_dev=0.300
O4' A 0, 0.000, 0.353, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C4' A 0, 0.000, 0.359, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C2' B 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.000, 0.438, 0.875, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C3' B 0, 0.000, 0.474, 0.948, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C1' B 0, 0.000, 0.484, 0.969, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.484 std_dev=0.484
O3' B 0, 0.000, 0.614, 1.228, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.614 std_dev=0.614
O2' A 0, 0.000, 0.793, 1.587, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.793 std_dev=0.793
C3' A 0, 0.000, 0.819, 1.638, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.819 std_dev=0.819
O4' B 0, 0.000, 0.984, 1.968, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.984 std_dev=0.984
C5' A 0, 0.000, 1.054, 2.109, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.054 std_dev=1.054
C2 B 0, 0.000, 1.098, 2.196, 2.196 max_d=2.196 avg_d=1.098 std_dev=1.098
C4' B 0, 0.000, 1.101, 2.202, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.101 std_dev=1.101
N3 B 0, 0.000, 1.457, 2.914, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.457 std_dev=1.457
C6 B 0, 0.000, 1.482, 2.964, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.482 std_dev=1.482
O3' A 0, 0.000, 1.555, 3.111, 3.111 max_d=3.111 avg_d=1.555 std_dev=1.555
C4 B 0, 0.000, 1.633, 3.265, 3.265 max_d=3.265 avg_d=1.633 std_dev=1.633
C5' B 0, 0.000, 1.831, 3.661, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.831 std_dev=1.831
O2 B 0, 0.000, 1.939, 3.877, 3.877 max_d=3.877 avg_d=1.939 std_dev=1.939
C5 B 0, 0.000, 1.952, 3.905, 3.905 max_d=3.905 avg_d=1.952 std_dev=1.952
O5' B 0, 0.000, 2.077, 4.155, 4.155 max_d=4.155 avg_d=2.077 std_dev=2.077
N4 B 0, 0.000, 2.249, 4.498, 4.498 max_d=4.498 avg_d=2.249 std_dev=2.249
O5' A 0, 0.000, 2.310, 4.619, 4.619 max_d=4.619 avg_d=2.310 std_dev=2.310
P B 0, 0.000, 3.317, 6.634, 6.634 max_d=6.634 avg_d=3.317 std_dev=3.317
P A 0, 0.000, 3.445, 6.889, 6.889 max_d=6.889 avg_d=3.445 std_dev=3.445
OP1 A 0, 0.000, 3.517, 7.034, 7.034 max_d=7.034 avg_d=3.517 std_dev=3.517
OP2 B 0, 0.000, 3.591, 7.183, 7.183 max_d=7.183 avg_d=3.591 std_dev=3.591
OP1 B 0, 0.000, 3.920, 7.841, 7.841 max_d=7.841 avg_d=3.920 std_dev=3.920
OP2 A 0, 0.000, 4.132, 8.265, 8.265 max_d=8.265 avg_d=4.132 std_dev=4.132

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.27 0.03 0.00 0.18 0.01 0.05 0.03
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.07 0.00 0.09 0.61 0.82 0.57 0.66
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.16 0.00 0.01 0.05 0.11 0.00 0.02 0.04 0.02 0.54 0.06 0.49 0.31
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.01 0.14 0.11 0.13 0.00 0.02 0.00 0.17 0.02 0.27 0.29 0.36 0.07
C4 0.03 0.00 0.04 0.16 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.10 0.00 0.02 0.22 0.85 0.13 0.38
C4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.02 0.14 0.22 0.01 0.04 0.00 0.01 0.43 0.05 0.24
C5 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.00 0.05 0.11 0.48 0.29 0.04
C5' 0.05 0.20 0.16 0.01 0.01 0.01 0.16 0.00 0.16 0.02 0.13 0.37 0.05 0.17 0.02 0.01 0.00 0.18 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.21 0.01 0.07 0.14 0.25 0.31 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.15 0.02 0.01 0.24 0.40 0.12 0.19
N3 0.03 0.00 0.05 0.13 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.34 0.05 0.00 0.07 0.52 0.98 0.50 0.67
O2 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.14 0.01 0.37 0.00 0.01 0.02 0.00 0.38 0.02 0.02 0.15 0.93 0.96 0.95 0.97
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.31 0.22 0.22 0.05 0.15 0.17 0.34 0.38 0.00 0.02 0.34 0.14 0.32 0.36 0.21 0.00
O3' 0.27 0.07 0.02 0.00 0.10 0.01 0.17 0.17 0.21 0.15 0.05 0.02 0.02 0.00 0.07 0.17 0.06 0.73 0.10 0.24
O4 0.03 0.00 0.04 0.17 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.34 0.07 0.00 0.02 0.23 0.98 0.16 0.45
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.15 0.14 0.17 0.02 0.00 0.07 0.14 0.15 0.25
O5' 0.18 0.61 0.54 0.27 0.22 0.01 0.11 0.00 0.14 0.24 0.52 0.93 0.32 0.06 0.23 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.82 0.06 0.29 0.85 0.43 0.48 0.18 0.25 0.40 0.98 0.96 0.36 0.73 0.98 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.57 0.49 0.36 0.13 0.05 0.29 0.25 0.31 0.12 0.50 0.95 0.21 0.10 0.16 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.66 0.31 0.07 0.38 0.24 0.04 0.01 0.16 0.19 0.67 0.97 0.00 0.24 0.45 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.61 0.10 0.20 0.57 0.75 0.28 0.92 0.10 0.22 0.72 0.66 0.74 0.08 0.24 0.63 0.77 0.98 0.24 0.79
C2 0.24 0.61 0.19 0.26 0.87 0.72 0.55 0.82 0.25 0.22 0.92 1.07 0.59 0.16 0.13 0.66 0.75 0.89 0.13 0.72
C2' 0.12 0.57 0.07 0.16 0.46 0.79 0.10 1.11 0.08 0.13 0.68 0.56 0.80 0.01 0.35 0.70 0.92 1.29 0.51 1.06
C3' 0.10 0.47 0.01 0.17 0.35 0.91 0.03 1.32 0.12 0.09 0.55 0.43 0.67 0.12 0.32 0.76 0.99 1.42 0.57 1.15
C4 0.30 0.38 0.24 0.27 1.07 0.57 0.93 0.50 0.55 0.23 0.83 1.34 0.02 0.20 0.01 0.53 0.49 0.38 0.32 0.27
C4' 0.20 0.61 0.23 0.13 0.56 0.52 0.36 0.82 0.25 0.37 0.67 0.62 0.69 0.25 0.53 0.34 0.44 0.76 0.05 0.50
C5 0.28 0.32 0.23 0.26 0.99 0.52 0.95 0.40 0.63 0.26 0.72 1.17 0.12 0.20 0.04 0.47 0.38 0.23 0.45 0.13
C5' 0.48 0.74 0.61 0.58 0.82 0.12 0.73 0.35 0.64 0.63 0.83 0.88 0.70 0.61 0.87 0.02 0.14 0.11 0.70 0.12
C6 0.23 0.44 0.21 0.26 0.83 0.59 0.72 0.54 0.48 0.28 0.72 0.95 0.18 0.19 0.03 0.53 0.48 0.42 0.27 0.30
N1 0.21 0.57 0.18 0.25 0.76 0.71 0.51 0.77 0.26 0.24 0.80 0.90 0.54 0.15 0.13 0.64 0.68 0.77 0.04 0.61
N3 0.28 0.52 0.22 0.27 1.00 0.66 0.74 0.68 0.39 0.23 0.92 1.25 0.35 0.19 0.07 0.62 0.65 0.68 0.06 0.54
O2 0.23 0.66 0.19 0.27 0.81 0.78 0.43 0.97 0.13 0.19 0.94 1.02 0.74 0.16 0.17 0.71 0.89 1.14 0.35 0.94
O2' 0.13 0.50 0.03 0.05 0.20 0.62 0.21 1.02 0.33 0.00 0.53 0.27 0.86 0.02 0.57 0.65 0.93 1.39 0.74 1.20
O3' 0.63 0.10 0.50 0.67 0.36 1.44 0.73 1.99 0.85 0.54 0.07 0.30 0.21 0.27 0.08 1.32 1.66 2.15 1.37 1.91
O4 0.31 0.29 0.24 0.27 1.13 0.52 1.03 0.41 0.62 0.22 0.79 1.47 0.14 0.20 0.04 0.49 0.43 0.26 0.43 0.17
O4' 0.23 0.68 0.19 0.09 0.71 0.47 0.55 0.62 0.42 0.47 0.77 0.77 0.68 0.16 0.43 0.28 0.34 0.53 0.25 0.30
O5' 0.93 1.04 1.23 1.31 1.19 0.54 1.19 0.39 1.13 1.05 1.12 1.22 0.90 1.17 1.59 0.49 0.92 0.74 1.51 0.93
OP1 1.06 0.96 1.18 1.65 1.07 1.16 1.15 1.13 1.15 1.06 0.99 1.08 0.82 0.79 2.00 0.95 1.67 1.58 2.01 1.65
OP2 1.60 1.53 1.94 2.25 1.75 1.53 1.85 1.52 1.83 1.67 1.60 1.77 1.32 1.57 2.23 1.34 2.25 2.14 2.78 2.29
P 1.44 1.38 1.71 2.06 1.51 1.37 1.57 1.28 1.56 1.47 1.42 1.52 1.22 1.37 2.34 1.19 1.85 1.66 2.29 1.83

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.23 0.00 0.19 0.13 0.29 0.04
C2 0.02 0.00 0.26 0.29 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.15 0.46 0.35 0.11 0.31
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.03 0.01 0.16 0.14 0.22 0.02 0.20 0.04 0.45 0.00 0.02 0.01 0.14 0.29 0.78 0.39
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.32 0.00 0.26 0.00 0.19 0.20 0.33 0.35 0.28 0.02 0.00 0.02 0.08 0.12 0.47 0.22
C4 0.01 0.01 0.03 0.32 0.00 0.14 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.29 0.15 0.02 0.76 0.62 0.48 0.63
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.21 0.00 0.22 0.09 0.05 0.15 0.08 0.25 0.01 0.00 0.00 0.15 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.16 0.26 0.00 0.21 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.47 0.13 0.15 0.84 0.67 0.48 0.69
C5' 0.04 0.03 0.14 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.24 0.06 0.03 0.17 0.13 0.10 0.16 0.00 0.00 0.29 0.21 0.01
C6 0.00 0.01 0.22 0.19 0.00 0.22 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.46 0.05 0.20 0.73 0.54 0.23 0.54
N1 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.02 0.01 0.49 0.35 0.02 0.31
N3 0.01 0.00 0.20 0.33 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.12 0.10 0.60 0.49 0.31 0.47
N4 0.01 0.01 0.04 0.35 0.00 0.15 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.31 0.20 0.01 0.82 0.71 0.63 0.72
O2 0.03 0.01 0.45 0.28 0.02 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.36 0.00 0.26 0.30 0.24 0.01 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.29 0.25 0.47 0.10 0.46 0.17 0.07 0.31 0.36 0.00 0.03 0.17 0.09 0.26 0.87 0.37
O3' 0.23 0.04 0.02 0.00 0.15 0.01 0.13 0.16 0.05 0.02 0.12 0.20 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.09 0.29 0.05
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.10 0.01 0.26 0.17 0.15 0.00 0.26 0.33 0.10 0.20
O5' 0.19 0.46 0.14 0.08 0.76 0.00 0.84 0.00 0.73 0.49 0.60 0.82 0.30 0.09 0.01 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.13 0.35 0.29 0.12 0.62 0.15 0.67 0.29 0.54 0.35 0.49 0.71 0.24 0.26 0.09 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.11 0.78 0.47 0.48 0.28 0.48 0.21 0.23 0.02 0.31 0.63 0.01 0.87 0.29 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.31 0.39 0.22 0.63 0.03 0.69 0.01 0.54 0.31 0.47 0.72 0.18 0.37 0.05 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00