ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55169

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 11, 11, 3, 3, 8, 0, 2, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.007, 0.043, 0.080, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.043 std_dev=0.036
O4' A 0, -0.030, 0.140, 0.311, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.140 std_dev=0.171
C2' A 0, -0.007, 0.164, 0.335, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.164 std_dev=0.171
C4' A 0, -0.039, 0.232, 0.503, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.232 std_dev=0.271
O2' A 0, -0.019, 0.265, 0.548, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.265 std_dev=0.284
C2' B 0, 0.083, 0.374, 0.664, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.374 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.085, 0.385, 0.684, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.385 std_dev=0.300
C3' A 0, -0.098, 0.289, 0.676, 2.191 max_d=2.191 avg_d=0.289 std_dev=0.387
C1' B 0, 0.047, 0.438, 0.829, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.438 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.065, 0.457, 0.848, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.457 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.031, 0.476, 0.922, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.476 std_dev=0.446
C4' B 0, 0.074, 0.540, 1.005, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.540 std_dev=0.466
C5' A 0, -0.092, 0.389, 0.869, 2.064 max_d=2.064 avg_d=0.389 std_dev=0.480
O4' B 0, 0.037, 0.526, 1.014, 2.579 max_d=2.579 avg_d=0.526 std_dev=0.489
N9 B 0, -0.046, 0.474, 0.993, 3.361 max_d=3.361 avg_d=0.474 std_dev=0.519
C8 B 0, -0.001, 0.571, 1.142, 3.480 max_d=3.480 avg_d=0.571 std_dev=0.571
OP1 A 0, -0.092, 0.549, 1.190, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.549 std_dev=0.641
O3' A 0, -0.192, 0.452, 1.096, 3.899 max_d=3.899 avg_d=0.452 std_dev=0.644
C5' B 0, 0.046, 0.696, 1.347, 2.956 max_d=2.956 avg_d=0.696 std_dev=0.651
P A 0, -0.162, 0.492, 1.147, 3.846 max_d=3.846 avg_d=0.492 std_dev=0.654
O5' A 0, -0.189, 0.465, 1.119, 3.452 max_d=3.452 avg_d=0.465 std_dev=0.654
C4 B 0, -0.250, 0.476, 1.201, 4.946 max_d=4.946 avg_d=0.476 std_dev=0.725
N7 B 0, -0.146, 0.614, 1.374, 4.904 max_d=4.904 avg_d=0.614 std_dev=0.760
O5' B 0, 0.002, 0.801, 1.600, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.801 std_dev=0.799
N3 B 0, -0.341, 0.482, 1.306, 5.654 max_d=5.654 avg_d=0.482 std_dev=0.824
OP2 A 0, -0.296, 0.531, 1.358, 5.334 max_d=5.334 avg_d=0.531 std_dev=0.827
C5 B 0, -0.315, 0.552, 1.419, 5.843 max_d=5.843 avg_d=0.552 std_dev=0.867
P B 0, -0.042, 0.989, 2.021, 4.102 max_d=4.102 avg_d=0.989 std_dev=1.031
C2 B 0, -0.504, 0.565, 1.635, 7.295 max_d=7.295 avg_d=0.565 std_dev=1.069
C6 B 0, -0.522, 0.604, 1.730, 7.581 max_d=7.581 avg_d=0.604 std_dev=1.126
OP2 B 0, -0.062, 1.095, 2.253, 4.150 max_d=4.150 avg_d=1.095 std_dev=1.158
OP1 B 0, -0.113, 1.102, 2.317, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.102 std_dev=1.215
N1 B 0, -0.603, 0.616, 1.836, 8.266 max_d=8.266 avg_d=0.616 std_dev=1.219
N6 B 0, -0.604, 0.694, 1.993, 8.629 max_d=8.629 avg_d=0.694 std_dev=1.299

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.02 0.00 0.07 0.13 0.31 0.22
C2 0.02 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.01 0.02 0.18 0.19 0.35 0.25
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.12 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.20 0.44 0.31
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.17 0.00 0.20 0.02 0.19 0.10 0.13 0.13 0.02 0.01 0.18 0.01 0.06 0.16 0.22 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.02 0.32 0.24 0.36 0.25
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.06 0.11 0.03 0.09 0.00 0.02 0.11 0.16 0.09
C5 0.01 0.01 0.06 0.20 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.15 0.01 0.02 0.37 0.21 0.35 0.24
C5' 0.02 0.09 0.05 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.19 0.10 0.14 0.07 0.07 0.05 0.20 0.01 0.01 0.14 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.02 0.32 0.15 0.25 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.05 0.01 0.02 0.19 0.15 0.28 0.20
N3 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.01 0.02 0.25 0.23 0.35 0.25
O2 0.03 0.01 0.12 0.13 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.21 0.02 0.03 0.13 0.20 0.40 0.28
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.12 0.11 0.08 0.07 0.05 0.07 0.15 0.20 0.00 0.04 0.13 0.08 0.08 0.19 0.48 0.28
O3' 0.11 0.12 0.01 0.01 0.11 0.03 0.15 0.05 0.13 0.05 0.11 0.21 0.04 0.00 0.13 0.06 0.10 0.31 0.18 0.10
O4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.13 0.00 0.03 0.34 0.27 0.39 0.27
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.08 0.06 0.03 0.00 0.07 0.12 0.24 0.20
O5' 0.07 0.18 0.10 0.06 0.32 0.02 0.37 0.01 0.32 0.19 0.25 0.13 0.08 0.10 0.34 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.13 0.19 0.20 0.16 0.24 0.11 0.21 0.14 0.15 0.15 0.23 0.20 0.19 0.31 0.27 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.35 0.44 0.22 0.36 0.16 0.35 0.04 0.25 0.28 0.35 0.40 0.48 0.18 0.39 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.31 0.12 0.25 0.09 0.24 0.02 0.18 0.20 0.25 0.28 0.28 0.10 0.27 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.63 0.26 0.32 0.39 0.25 0.39 0.32 0.49 0.29 0.60 0.52 0.48 0.33 0.29 0.20 0.30 0.24 0.46 0.51 0.68 0.52
C2 0.25 0.88 0.22 0.33 0.55 0.27 0.59 0.40 0.76 0.37 0.90 0.70 0.76 0.47 0.37 0.15 0.30 0.26 0.59 0.66 0.85 0.67
C2' 0.20 0.61 0.22 0.27 0.38 0.20 0.40 0.26 0.51 0.28 0.61 0.49 0.51 0.33 0.27 0.16 0.24 0.19 0.43 0.50 0.65 0.49
C3' 0.16 0.46 0.23 0.28 0.30 0.15 0.32 0.22 0.40 0.24 0.46 0.38 0.41 0.28 0.22 0.14 0.29 0.14 0.38 0.46 0.53 0.42
C4 0.29 0.96 0.18 0.32 0.67 0.33 0.74 0.50 0.91 0.47 1.01 0.78 0.92 0.61 0.46 0.13 0.30 0.33 0.70 0.80 0.98 0.80
C4' 0.15 0.38 0.21 0.25 0.24 0.14 0.24 0.18 0.30 0.20 0.36 0.32 0.30 0.22 0.18 0.15 0.27 0.14 0.32 0.38 0.47 0.35
C5 0.29 0.84 0.19 0.34 0.61 0.34 0.64 0.49 0.75 0.44 0.85 0.71 0.74 0.53 0.44 0.13 0.29 0.32 0.68 0.75 0.89 0.75
C5' 0.23 0.39 0.34 0.33 0.31 0.18 0.31 0.20 0.34 0.28 0.38 0.36 0.34 0.29 0.27 0.29 0.37 0.18 0.33 0.37 0.36 0.32
C6 0.26 0.73 0.23 0.35 0.52 0.30 0.52 0.42 0.61 0.36 0.71 0.63 0.59 0.41 0.37 0.15 0.29 0.28 0.58 0.63 0.77 0.64
N1 0.25 0.76 0.24 0.33 0.50 0.27 0.51 0.37 0.62 0.34 0.75 0.63 0.61 0.40 0.34 0.16 0.30 0.25 0.55 0.60 0.77 0.61
N3 0.27 0.97 0.20 0.33 0.63 0.30 0.70 0.45 0.89 0.43 1.02 0.76 0.90 0.56 0.42 0.13 0.30 0.29 0.66 0.75 0.94 0.75
O2 0.24 0.87 0.23 0.32 0.52 0.25 0.57 0.37 0.74 0.36 0.89 0.67 0.76 0.45 0.35 0.17 0.30 0.24 0.56 0.64 0.84 0.65
O2' 0.25 0.63 0.26 0.29 0.39 0.22 0.39 0.26 0.49 0.28 0.61 0.52 0.49 0.32 0.29 0.19 0.26 0.24 0.41 0.46 0.62 0.45
O3' 0.15 0.30 0.15 0.21 0.18 0.10 0.20 0.15 0.25 0.20 0.30 0.23 0.27 0.21 0.16 0.16 0.26 0.11 0.30 0.41 0.47 0.35
O4 0.32 1.01 0.17 0.31 0.71 0.35 0.82 0.54 1.01 0.52 1.10 0.81 1.05 0.69 0.49 0.14 0.30 0.36 0.75 0.88 1.06 0.88
O4' 0.20 0.51 0.25 0.31 0.32 0.23 0.31 0.27 0.38 0.24 0.47 0.44 0.37 0.25 0.24 0.17 0.31 0.21 0.39 0.44 0.57 0.43
O5' 0.46 0.64 0.56 0.52 0.58 0.36 0.59 0.36 0.62 0.52 0.64 0.62 0.62 0.56 0.52 0.46 0.48 0.41 0.50 0.50 0.46 0.47
OP1 0.27 0.44 0.34 0.39 0.38 0.34 0.41 0.42 0.44 0.38 0.45 0.41 0.46 0.42 0.34 0.26 0.40 0.31 0.52 0.59 0.44 0.51
OP2 0.52 0.67 0.54 0.68 0.67 0.59 0.73 0.70 0.75 0.70 0.72 0.64 0.78 0.75 0.64 0.29 0.57 0.59 0.89 0.90 0.80 0.86
P 0.39 0.53 0.46 0.55 0.50 0.44 0.52 0.50 0.54 0.49 0.54 0.50 0.56 0.52 0.46 0.29 0.53 0.43 0.63 0.63 0.50 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.17 0.15 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.12 0.29 0.31 0.52 0.36
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.08 0.14 0.17 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.13 0.33 0.15
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.13 0.11 0.14 0.14 0.14 0.12 0.07 0.02 0.01 0.03 0.13 0.15 0.32 0.17
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.11 0.06 0.26 0.29 0.46 0.33
C4' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.14 0.07 0.08 0.10 0.14 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.10 0.16 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.03 0.33 0.40 0.58 0.44
C5' 0.04 0.17 0.02 0.03 0.16 0.01 0.23 0.00 0.23 0.28 0.20 0.15 0.27 0.30 0.15 0.06 0.03 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.05 0.35 0.44 0.64 0.47
C8 0.02 0.01 0.08 0.11 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.12 0.08 0.34 0.37 0.45 0.39
N1 0.02 0.00 0.14 0.14 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.18 0.09 0.32 0.39 0.60 0.43
N3 0.03 0.00 0.17 0.14 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.17 0.12 0.25 0.25 0.44 0.30
N6 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.04 0.39 0.52 0.71 0.54
N7 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.06 0.38 0.46 0.60 0.49
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.23 0.23 0.36 0.27
O2' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.10 0.06 0.08 0.06 0.11 0.10 0.17 0.20 0.10 0.08 0.04 0.00 0.06 0.05 0.06 0.14 0.28 0.10
O3' 0.02 0.19 0.03 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.14 0.12 0.18 0.17 0.15 0.12 0.06 0.06 0.00 0.02 0.13 0.19 0.35 0.18
O4' 0.00 0.12 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.09 0.12 0.04 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.10 0.14 0.08
O5' 0.09 0.29 0.11 0.13 0.26 0.02 0.33 0.01 0.35 0.34 0.32 0.25 0.39 0.38 0.23 0.06 0.13 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.09 0.31 0.13 0.15 0.29 0.10 0.40 0.06 0.44 0.37 0.39 0.25 0.52 0.46 0.23 0.14 0.19 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.52 0.33 0.32 0.46 0.16 0.58 0.10 0.64 0.45 0.60 0.44 0.71 0.60 0.36 0.28 0.35 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.36 0.15 0.17 0.33 0.05 0.44 0.02 0.47 0.39 0.43 0.30 0.54 0.49 0.27 0.10 0.18 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00