ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55170

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 11, 12, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.033, 0.054, 0.074, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.100, 0.146, 0.193, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.146 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.081, 0.129, 0.176, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.129 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.045, 0.104, 0.163, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.104 std_dev=0.059
O4 A 0, 0.055, 0.117, 0.179, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.117 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.103, 0.168, 0.232, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.168 std_dev=0.064
O3' A 0, 0.038, 0.126, 0.214, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.126 std_dev=0.088
O2' A 0, 0.179, 0.270, 0.360, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.270 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.139, 0.239, 0.339, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.239 std_dev=0.100
C2' B 0, 0.144, 0.249, 0.354, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.249 std_dev=0.105
O3' B 0, 0.184, 0.292, 0.399, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.292 std_dev=0.108
C3' B 0, 0.182, 0.290, 0.399, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.290 std_dev=0.108
O2' B 0, 0.068, 0.180, 0.292, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.180 std_dev=0.112
P A 0, 0.213, 0.328, 0.443, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.328 std_dev=0.115
O5' A 0, 0.158, 0.279, 0.400, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.279 std_dev=0.121
C4' B 0, 0.156, 0.283, 0.409, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.283 std_dev=0.126
C1' B 0, 0.160, 0.287, 0.414, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.287 std_dev=0.127
O4' B 0, 0.143, 0.290, 0.437, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.290 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.238, 0.385, 0.533, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.385 std_dev=0.148
N9 B 0, 0.233, 0.394, 0.556, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.394 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.221, 0.389, 0.557, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.389 std_dev=0.168
C5' B 0, 0.199, 0.373, 0.547, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.373 std_dev=0.174
O5' B 0, 0.255, 0.437, 0.620, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.437 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.256, 0.445, 0.634, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.445 std_dev=0.189
C8 B 0, 0.281, 0.476, 0.670, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.476 std_dev=0.194
N3 B 0, 0.241, 0.436, 0.631, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.436 std_dev=0.195
P B 0, 0.276, 0.495, 0.713, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.495 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.302, 0.533, 0.764, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.533 std_dev=0.231
OP1 B 0, 0.298, 0.530, 0.761, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.530 std_dev=0.231
N7 B 0, 0.316, 0.553, 0.789, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.553 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.279, 0.518, 0.757, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.518 std_dev=0.239
OP2 B 0, 0.316, 0.559, 0.801, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.559 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.333, 0.604, 0.875, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.604 std_dev=0.271
N1 B 0, 0.321, 0.595, 0.870, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.595 std_dev=0.274
N6 B 0, 0.380, 0.694, 1.008, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.694 std_dev=0.314

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.11 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.12 0.14 0.07 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.10 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.08 0.10 0.05
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.15 0.15 0.09 0.10
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.15 0.15 0.09 0.11
C5' 0.02 0.05 0.03 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.09 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.14 0.13 0.08 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.12 0.12 0.07 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.14 0.15 0.08 0.09
O2 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.10 0.13 0.07 0.06
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.09 0.12 0.07
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.10 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.16 0.16 0.09 0.11
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.13 0.04 0.06
O5' 0.07 0.12 0.06 0.04 0.15 0.01 0.15 0.00 0.14 0.12 0.14 0.10 0.06 0.05 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.14 0.09 0.08 0.15 0.09 0.15 0.05 0.13 0.12 0.15 0.13 0.09 0.08 0.16 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.12 0.10 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.06 0.05 0.10 0.03 0.11 0.01 0.09 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.11 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.10 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08 0.08
C2 0.06 0.13 0.05 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.12 0.12 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07
C2' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.07 0.08 0.12 0.11 0.09
C3' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.08 0.13 0.12 0.09
C4 0.08 0.15 0.06 0.07 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.13 0.14 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.11 0.09 0.09
C4' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.12 0.09 0.07
C5 0.08 0.13 0.06 0.06 0.10 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.12 0.13 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08
C5' 0.06 0.09 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.04 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.03 0.04 0.06 0.12 0.09 0.07
C6 0.07 0.12 0.05 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.11 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07
N1 0.06 0.11 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.10 0.10 0.08 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07
N3 0.07 0.14 0.05 0.06 0.09 0.07 0.08 0.08 0.10 0.07 0.13 0.13 0.10 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.08
O2 0.06 0.13 0.05 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.06 0.12 0.12 0.09 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.11 0.07 0.08
O2' 0.09 0.13 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.13 0.13 0.10
O3' 0.08 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.13 0.12 0.09
O4 0.10 0.17 0.07 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10 0.15 0.16 0.12 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.14 0.11 0.12
O4' 0.09 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.09 0.10
O5' 0.06 0.11 0.06 0.04 0.09 0.03 0.10 0.03 0.11 0.09 0.12 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.01 0.04 0.06 0.11 0.09 0.06
OP1 0.03 0.09 0.03 0.03 0.06 0.04 0.08 0.06 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.09 0.05 0.04 0.01 0.03 0.09 0.12 0.09 0.08
OP2 0.07 0.13 0.08 0.05 0.10 0.06 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.08 0.10 0.03 0.07 0.10 0.20 0.14 0.14
P 0.03 0.08 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.07 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.12 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.10 0.06
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.03 0.07 0.09 0.15 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.10 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.09 0.15 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.11 0.17 0.11
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.11 0.17 0.12
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.08 0.10 0.15 0.11
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.03 0.07 0.10 0.16 0.11
N3 0.03 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.07 0.08 0.14 0.09
N6 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.09 0.13 0.18 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.12 0.18 0.13
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.09 0.14 0.09
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.08 0.08 0.06 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.07 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.09 0.07 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.08 0.06
O5' 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.07 0.03 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.06 0.11 0.06 0.11 0.10 0.10 0.08 0.13 0.12 0.09 0.07 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.15 0.10 0.07 0.15 0.03 0.17 0.01 0.17 0.15 0.16 0.14 0.18 0.18 0.14 0.07 0.07 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.02 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.13 0.09 0.03 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00