ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55171

back

Distances from reference structure (by RMSD)

5, 5, 4, 0, 3, 2, 3, 0, 0, 0, 9, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.021, 0.046, 0.072, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.046 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.029, 0.070, 0.112, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.070 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.010, 0.391, 0.772, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.391 std_dev=0.381
C2' A 0, 0.011, 0.415, 0.818, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.415 std_dev=0.403
O2' B 0, 0.126, 0.539, 0.953, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.539 std_dev=0.414
C2' B 0, 0.126, 0.568, 1.011, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.568 std_dev=0.442
C4' A 0, 0.003, 0.608, 1.213, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.608 std_dev=0.605
C5' A 0, 0.033, 0.648, 1.262, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.648 std_dev=0.615
O5' A 0, 0.034, 0.673, 1.312, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.673 std_dev=0.639
O2' A 0, 0.020, 0.741, 1.463, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.741 std_dev=0.721
C3' A 0, -0.020, 0.739, 1.497, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.739 std_dev=0.758
P A 0, -0.022, 1.082, 2.186, 3.287 max_d=3.287 avg_d=1.082 std_dev=1.104
OP1 A 0, 0.029, 1.140, 2.252, 2.819 max_d=2.819 avg_d=1.140 std_dev=1.111
OP2 A 0, 0.000, 1.284, 2.568, 4.190 max_d=4.190 avg_d=1.284 std_dev=1.284
C1' B 0, 0.027, 1.379, 2.731, 3.418 max_d=3.418 avg_d=1.379 std_dev=1.352
O3' B 0, -0.113, 1.247, 2.607, 3.326 max_d=3.326 avg_d=1.247 std_dev=1.360
C3' B 0, -0.053, 1.308, 2.670, 3.371 max_d=3.371 avg_d=1.308 std_dev=1.361
C8 B 0, 0.181, 1.569, 2.957, 3.574 max_d=3.574 avg_d=1.569 std_dev=1.388
O3' A 0, -0.086, 1.303, 2.692, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.303 std_dev=1.389
N9 B 0, 0.015, 1.655, 3.295, 4.039 max_d=4.039 avg_d=1.655 std_dev=1.640
N7 B 0, 0.090, 2.139, 4.188, 5.065 max_d=5.065 avg_d=2.139 std_dev=2.049
O5' B 0, 0.020, 2.077, 4.135, 5.008 max_d=5.008 avg_d=2.077 std_dev=2.058
O4' B 0, -0.057, 2.012, 4.080, 5.069 max_d=5.069 avg_d=2.012 std_dev=2.068
C4' B 0, -0.113, 2.043, 4.200, 5.205 max_d=5.205 avg_d=2.043 std_dev=2.156
OP2 B 0, -0.002, 2.361, 4.724, 5.480 max_d=5.480 avg_d=2.361 std_dev=2.363
C4 B 0, -0.182, 2.290, 4.761, 5.798 max_d=5.798 avg_d=2.290 std_dev=2.471
C5' B 0, -0.112, 2.504, 5.120, 6.277 max_d=6.277 avg_d=2.504 std_dev=2.616
C5 B 0, -0.161, 2.607, 5.375, 6.529 max_d=6.529 avg_d=2.607 std_dev=2.768
P B 0, -0.079, 2.767, 5.613, 6.622 max_d=6.622 avg_d=2.767 std_dev=2.846
N3 B 0, -0.297, 2.658, 5.614, 6.805 max_d=6.805 avg_d=2.658 std_dev=2.955
OP1 B 0, -0.162, 3.491, 7.144, 8.391 max_d=8.391 avg_d=3.491 std_dev=3.653
C6 B 0, -0.352, 3.380, 7.112, 8.625 max_d=8.625 avg_d=3.380 std_dev=3.732
C2 B 0, -0.414, 3.376, 7.166, 8.658 max_d=8.658 avg_d=3.376 std_dev=3.790
N6 B 0, -0.363, 3.826, 8.015, 9.721 max_d=9.721 avg_d=3.826 std_dev=4.189
N1 B 0, -0.474, 3.750, 7.974, 9.652 max_d=9.652 avg_d=3.750 std_dev=4.224

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.01 0.00 0.40 0.19 0.33 0.33
C2 0.01 0.00 0.18 0.27 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.15 0.01 0.06 0.39 0.23 0.43 0.42
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.27 0.13 0.02 0.14 0.30 0.00 0.03 0.05 0.02 0.59 0.42 0.50 0.49
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.38 0.00 0.33 0.03 0.25 0.22 0.35 0.22 0.01 0.01 0.41 0.03 0.05 0.27 0.58 0.28
C4 0.01 0.01 0.04 0.38 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.12 0.00 0.03 0.42 0.47 0.74 0.64
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.08 0.07 0.35 0.04 0.09 0.00 0.01 0.20 0.31 0.12
C5 0.01 0.00 0.09 0.33 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.12 0.01 0.02 0.46 0.57 0.86 0.74
C5' 0.13 0.14 0.27 0.03 0.19 0.01 0.22 0.00 0.22 0.16 0.16 0.10 0.11 0.23 0.20 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.25 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.04 0.01 0.04 0.50 0.50 0.75 0.68
N1 0.00 0.01 0.02 0.22 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.14 0.01 0.01 0.44 0.30 0.50 0.48
N3 0.01 0.00 0.14 0.35 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.29 0.07 0.01 0.05 0.40 0.33 0.55 0.51
O2 0.02 0.00 0.30 0.22 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.27 0.01 0.08 0.35 0.14 0.30 0.30
O2' 0.02 0.21 0.00 0.01 0.34 0.35 0.34 0.11 0.28 0.20 0.29 0.10 0.00 0.04 0.37 0.21 0.39 0.33 0.52 0.33
O3' 0.38 0.15 0.03 0.01 0.12 0.04 0.12 0.23 0.04 0.14 0.07 0.27 0.04 0.00 0.17 0.28 0.46 0.96 1.32 0.94
O4 0.01 0.01 0.05 0.41 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.17 0.00 0.03 0.41 0.51 0.78 0.66
O4' 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.21 0.28 0.03 0.00 0.19 0.05 0.17 0.17
O5' 0.40 0.39 0.59 0.05 0.42 0.01 0.46 0.01 0.50 0.44 0.40 0.35 0.39 0.46 0.41 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.19 0.23 0.42 0.27 0.47 0.20 0.57 0.05 0.50 0.30 0.33 0.14 0.33 0.96 0.51 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.43 0.50 0.58 0.74 0.31 0.86 0.10 0.75 0.50 0.55 0.30 0.52 1.32 0.78 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.42 0.49 0.28 0.64 0.12 0.74 0.01 0.68 0.48 0.51 0.30 0.33 0.94 0.66 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.94 2.34 0.19 0.21 1.71 0.24 1.70 0.18 2.02 1.05 2.31 2.05 1.99 1.32 1.23 0.17 0.08 0.82 0.31 1.53 1.12 0.92
C2 1.08 3.27 0.18 0.31 2.32 0.23 2.45 0.29 3.01 1.37 3.40 2.72 3.02 1.86 1.58 0.17 0.15 0.90 0.47 1.73 1.37 1.14
C2' 0.52 2.14 0.30 0.75 1.42 0.48 1.51 0.73 1.91 0.76 2.20 1.74 1.96 1.11 0.88 0.18 0.65 0.35 0.79 2.20 1.55 1.48
C3' 0.48 1.52 0.10 0.43 1.11 0.25 1.23 0.40 1.48 0.79 1.61 1.26 1.56 1.04 0.79 0.20 0.47 0.27 0.36 1.57 0.96 0.92
C4 0.88 2.85 0.12 0.47 2.20 0.24 2.53 0.50 3.04 1.40 3.17 2.36 3.14 2.01 1.48 0.16 0.31 0.62 0.68 1.75 1.53 1.29
C4' 0.36 1.01 0.13 0.28 0.71 0.11 0.73 0.21 0.89 0.47 1.01 0.87 0.90 0.59 0.50 0.16 0.25 0.28 0.26 1.29 0.89 0.76
C5 0.76 2.23 0.12 0.51 1.85 0.27 2.05 0.51 2.33 1.23 2.41 1.92 2.36 1.67 1.31 0.18 0.35 0.48 0.65 1.66 1.40 1.22
C5' 0.24 0.47 0.38 0.55 0.29 0.50 0.26 0.54 0.34 0.17 0.44 0.42 0.34 0.18 0.20 0.32 0.57 0.30 0.52 1.37 1.00 0.93
C6 0.83 2.14 0.12 0.42 1.74 0.17 1.81 0.36 2.06 1.11 2.21 1.90 2.04 1.44 1.26 0.20 0.28 0.57 0.49 1.59 1.23 1.07
N1 0.99 2.66 0.17 0.31 1.99 0.19 2.03 0.26 2.41 1.20 2.69 2.31 2.38 1.57 1.40 0.18 0.16 0.79 0.42 1.63 1.25 1.05
N3 1.03 3.33 0.15 0.39 2.41 0.21 2.67 0.39 3.31 1.45 3.62 2.71 3.39 2.04 1.61 0.16 0.22 0.82 0.58 1.78 1.48 1.24
O2 1.15 3.50 0.20 0.26 2.39 0.31 2.51 0.26 3.14 1.40 3.63 2.86 3.18 1.89 1.62 0.17 0.10 1.02 0.43 1.74 1.36 1.11
O2' 0.72 2.47 0.18 0.56 1.62 0.30 1.67 0.63 2.11 0.85 2.49 2.04 2.14 1.21 1.05 0.13 0.35 0.55 0.79 2.36 1.75 1.60
O3' 0.40 1.32 0.10 0.39 0.92 0.25 1.02 0.39 1.27 0.64 1.41 1.07 1.34 0.85 0.63 0.15 0.40 0.25 0.39 1.51 1.02 0.92
O4 0.80 2.81 0.13 0.51 2.15 0.30 2.60 0.59 3.19 1.39 3.23 2.27 3.43 2.11 1.42 0.15 0.34 0.55 0.77 1.75 1.59 1.36
O4' 0.80 1.47 0.22 0.08 1.15 0.34 1.10 0.17 1.25 0.77 1.42 1.36 1.21 0.89 0.90 0.17 0.21 0.74 0.13 1.08 0.80 0.58
O5' 0.53 0.32 0.67 1.11 0.24 1.11 0.14 1.17 0.22 0.24 0.30 0.33 0.26 0.11 0.31 0.32 1.17 0.79 1.06 1.95 1.44 1.48
OP1 1.37 0.90 1.23 1.75 1.02 2.04 0.86 2.08 0.75 1.00 0.77 1.06 0.64 0.85 1.13 0.70 1.91 1.77 1.82 2.58 1.95 2.13
OP2 1.48 0.48 1.54 2.39 0.81 2.63 0.64 2.87 0.42 1.04 0.36 0.73 0.34 0.77 1.11 0.77 2.28 2.08 2.60 3.65 2.74 3.05
P 1.43 0.77 1.38 2.02 0.96 2.20 0.79 2.24 0.64 1.01 0.64 0.96 0.53 0.82 1.13 0.77 2.17 1.85 1.99 2.76 2.11 2.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.24 0.24 0.29 0.22
C2 0.01 0.00 0.13 0.07 0.00 0.19 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.37 0.15 0.24 0.33 0.29 0.66 0.53
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.08 0.04 0.12 0.09 0.14 0.03 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.39 0.24 0.18
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.08 0.04 0.07 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.57 0.37 0.29
C4 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.19 0.07 0.13 0.35 0.29 0.69 0.53
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.09 0.15 0.18 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.13 0.09
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05 0.42 0.49 0.95 0.70
C5' 0.06 0.32 0.08 0.02 0.20 0.00 0.19 0.00 0.23 0.22 0.29 0.29 0.22 0.20 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.15 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.10 0.41 0.52 0.99 0.73
C8 0.01 0.01 0.12 0.08 0.00 0.09 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.18 0.07 0.13 0.51 0.58 0.93 0.70
N1 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.15 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.11 0.18 0.37 0.41 0.85 0.65
N3 0.01 0.00 0.14 0.07 0.00 0.18 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.37 0.15 0.25 0.30 0.19 0.53 0.44
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.06 0.44 0.66 1.14 0.83
N7 0.01 0.01 0.09 0.07 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.08 0.50 0.67 1.11 0.80
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.37 0.30 0.62 0.47
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.19 0.01 0.08 0.08 0.15 0.18 0.28 0.37 0.09 0.11 0.03 0.00 0.05 0.01 0.18 0.47 0.30 0.22
O3' 0.03 0.15 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.11 0.15 0.04 0.05 0.03 0.05 0.00 0.05 0.06 0.68 0.41 0.33
O4' 0.00 0.24 0.01 0.01 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.18 0.25 0.06 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.16 0.17 0.21 0.18
O5' 0.24 0.33 0.19 0.04 0.35 0.01 0.42 0.01 0.41 0.51 0.37 0.30 0.44 0.50 0.37 0.18 0.06 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.24 0.29 0.39 0.57 0.29 0.33 0.49 0.15 0.52 0.58 0.41 0.19 0.66 0.67 0.30 0.47 0.68 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.66 0.24 0.37 0.69 0.13 0.95 0.07 0.99 0.93 0.85 0.53 1.14 1.11 0.62 0.30 0.41 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.53 0.18 0.29 0.53 0.09 0.70 0.01 0.73 0.70 0.65 0.44 0.83 0.80 0.47 0.22 0.33 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00