ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55173

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 4, 1, 5, 4, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.017, 0.026, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.019, 0.040, 0.062, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.023, 0.054, 0.086, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.054 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.193, 0.285, 0.377, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.285 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.216, 0.311, 0.406, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.311 std_dev=0.095
P A 0, 0.252, 0.363, 0.474, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.363 std_dev=0.111
O2' A 0, 0.268, 0.397, 0.527, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.397 std_dev=0.129
C4' B 0, 0.160, 0.293, 0.426, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.293 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.270, 0.403, 0.536, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.403 std_dev=0.133
C3' B 0, 0.254, 0.392, 0.530, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.392 std_dev=0.138
C3' A 0, 0.320, 0.467, 0.614, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.467 std_dev=0.147
C5' B 0, 0.297, 0.455, 0.613, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.455 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.351, 0.513, 0.674, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.513 std_dev=0.162
O4' B 0, 0.339, 0.528, 0.716, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.528 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.353, 0.551, 0.750, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.551 std_dev=0.198
O3' A 0, 0.390, 0.592, 0.794, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.592 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.611, 0.843, 1.076, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.843 std_dev=0.233
O5' A 0, 0.653, 0.886, 1.119, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.886 std_dev=0.233
OP1 A 0, 0.543, 0.782, 1.021, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.782 std_dev=0.239
C5' A 0, 0.717, 0.981, 1.244, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.981 std_dev=0.263
OP2 A 0, 0.784, 1.053, 1.321, 1.336 max_d=1.336 avg_d=1.053 std_dev=0.268
O5' B 0, 0.487, 0.774, 1.061, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.774 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.479, 0.782, 1.085, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.782 std_dev=0.303
N9 B 0, 0.961, 1.290, 1.618, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.290 std_dev=0.328
P B 0, 0.312, 0.641, 0.970, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.641 std_dev=0.329
C8 B 0, 1.110, 1.520, 1.930, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.520 std_dev=0.410
OP1 B 0, 1.329, 1.764, 2.199, 2.120 max_d=2.120 avg_d=1.764 std_dev=0.435
C4 B 0, 1.316, 1.759, 2.201, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.759 std_dev=0.442
N7 B 0, 1.467, 1.959, 2.451, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.959 std_dev=0.492
C5 B 0, 1.564, 2.070, 2.575, 2.539 max_d=2.539 avg_d=2.070 std_dev=0.506
N3 B 0, 1.496, 2.037, 2.577, 2.791 max_d=2.791 avg_d=2.037 std_dev=0.541
C6 B 0, 1.951, 2.587, 3.222, 3.238 max_d=3.238 avg_d=2.587 std_dev=0.636
C2 B 0, 1.899, 2.572, 3.246, 3.498 max_d=3.498 avg_d=2.572 std_dev=0.674
OP2 B 0, 2.021, 2.734, 3.447, 3.612 max_d=3.612 avg_d=2.734 std_dev=0.713
N6 B 0, 2.233, 2.948, 3.662, 3.625 max_d=3.625 avg_d=2.948 std_dev=0.714
N1 B 0, 2.102, 2.820, 3.538, 3.711 max_d=3.711 avg_d=2.820 std_dev=0.718

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.09 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.09 0.07 0.14 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.08 0.08 0.05
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.01 0.07 0.01 0.06 0.09 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.03 0.10 0.08 0.17 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.04 0.11 0.08 0.17 0.09
C5' 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.11 0.07 0.14 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.08 0.07 0.12 0.07
N3 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.09 0.07 0.16 0.08
O2 0.04 0.01 0.07 0.07 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.04 0.09 0.08 0.13 0.08
O2' 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.00 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.05 0.00 0.10 0.02 0.09 0.14 0.08 0.08
O4 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.03 0.10 0.09 0.18 0.10
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.07 0.09 0.08 0.06
O5' 0.06 0.09 0.04 0.06 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.08 0.09 0.09 0.05 0.09 0.10 0.07 0.00 0.04 0.04 0.00
OP1 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.14 0.09 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.14 0.08 0.07 0.17 0.06 0.17 0.07 0.14 0.12 0.16 0.13 0.09 0.08 0.18 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.05 0.06 0.09 0.03 0.09 0.02 0.08 0.07 0.08 0.08 0.05 0.08 0.10 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.15 0.13 0.13 0.13 0.24 0.17 0.13
C2 0.13 0.14 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11 0.12 0.12 0.16 0.11 0.14 0.15 0.23 0.22 0.14
C2' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.09 0.12 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.15 0.24 0.16 0.13
C3' 0.07 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12 0.09 0.16 0.15 0.10 0.10 0.12 0.09 0.20 0.26 0.18 0.17
C4 0.11 0.15 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.12 0.11 0.14 0.15 0.12 0.11 0.11 0.14 0.10 0.11 0.14 0.22 0.25 0.14
C4' 0.08 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.15 0.13 0.14 0.12 0.09 0.15 0.15 0.10 0.10 0.12 0.10 0.21 0.25 0.19 0.17
C5 0.10 0.13 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.13 0.11 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.15 0.22 0.24 0.14
C5' 0.10 0.13 0.11 0.10 0.13 0.10 0.16 0.17 0.16 0.16 0.15 0.12 0.18 0.18 0.13 0.10 0.11 0.11 0.29 0.25 0.22 0.20
C6 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.15 0.11 0.10 0.15 0.22 0.22 0.13
N1 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.15 0.12 0.12 0.14 0.23 0.21 0.13
N3 0.13 0.15 0.11 0.09 0.13 0.10 0.12 0.12 0.12 0.11 0.14 0.15 0.12 0.11 0.12 0.16 0.11 0.13 0.15 0.23 0.24 0.14
O2 0.14 0.14 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.15 0.12 0.13 0.13 0.17 0.12 0.15 0.15 0.23 0.22 0.15
O2' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09 0.14 0.13 0.12 0.14 0.21 0.14 0.12
O3' 0.09 0.14 0.11 0.11 0.13 0.10 0.17 0.16 0.19 0.17 0.17 0.12 0.22 0.20 0.13 0.10 0.12 0.10 0.24 0.30 0.21 0.22
O4 0.11 0.17 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.14 0.14 0.11 0.16 0.16 0.13 0.11 0.11 0.13 0.10 0.11 0.15 0.22 0.26 0.15
O4' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.10 0.13 0.14 0.11 0.14 0.24 0.18 0.13
O5' 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.13 0.10 0.20 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.12 0.07 0.07 0.03 0.12 0.24 0.28 0.21 0.18
OP1 0.07 0.12 0.10 0.07 0.10 0.13 0.13 0.23 0.14 0.15 0.13 0.10 0.16 0.16 0.10 0.12 0.03 0.11 0.32 0.35 0.26 0.26
OP2 0.11 0.14 0.13 0.04 0.12 0.04 0.13 0.10 0.15 0.12 0.15 0.13 0.17 0.14 0.11 0.19 0.03 0.06 0.22 0.27 0.16 0.14
P 0.04 0.09 0.07 0.03 0.07 0.07 0.10 0.14 0.11 0.10 0.11 0.08 0.13 0.11 0.06 0.10 0.02 0.04 0.24 0.27 0.18 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.13 0.21 0.09
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.08 0.16 0.19 0.10
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.15 0.20 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.15 0.17 0.18 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.07 0.16 0.19 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.16 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.09 0.17 0.18 0.11
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.19 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.09 0.18 0.18 0.11
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.10 0.16 0.18 0.11
N1 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.04 0.08 0.17 0.18 0.10
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.07 0.15 0.20 0.10
N6 0.02 0.02 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.09 0.04 0.10 0.20 0.18 0.12
N7 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.10 0.19 0.17 0.12
N9 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.07 0.14 0.20 0.10
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.15 0.21 0.07
O3' 0.03 0.10 0.03 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.05 0.05 0.00 0.03 0.16 0.19 0.17 0.07
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.09 0.13 0.23 0.09
O5' 0.05 0.08 0.09 0.15 0.07 0.02 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.07 0.16 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.17 0.19 0.18 0.16 0.17 0.15 0.20 0.19 0.14 0.15 0.19 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.19 0.20 0.18 0.19 0.20 0.18 0.19 0.18 0.18 0.18 0.20 0.18 0.17 0.20 0.21 0.17 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.10 0.08 0.08 0.10 0.05 0.11 0.02 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00