ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55174

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.025 std_dev=0.020
N3 A 0, -0.001, 0.020, 0.040, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.014, 0.040, 0.065, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.006, 0.042, 0.078, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.042 std_dev=0.036
O4 A 0, 0.004, 0.057, 0.110, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.057 std_dev=0.053
O2 A 0, 0.062, 0.130, 0.199, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.130 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.224, 0.436, 0.647, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.436 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.256, 0.478, 0.699, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.478 std_dev=0.221
O2' A 0, 0.338, 0.609, 0.880, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.609 std_dev=0.271
C2' B 0, 0.372, 0.658, 0.943, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.658 std_dev=0.286
C4' A 0, 0.317, 0.611, 0.904, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.611 std_dev=0.294
O2' B 0, 0.433, 0.768, 1.103, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.768 std_dev=0.335
C3' A 0, 0.377, 0.717, 1.057, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.717 std_dev=0.340
O3' A 0, 0.534, 1.039, 1.544, 1.646 max_d=1.646 avg_d=1.039 std_dev=0.505
C3' B 0, 0.757, 1.268, 1.779, 1.772 max_d=1.772 avg_d=1.268 std_dev=0.511
C5' A 0, 0.614, 1.152, 1.689, 1.829 max_d=1.829 avg_d=1.152 std_dev=0.538
O3' B 0, 0.642, 1.188, 1.734, 1.880 max_d=1.880 avg_d=1.188 std_dev=0.546
O5' A 0, 0.575, 1.163, 1.751, 1.975 max_d=1.975 avg_d=1.163 std_dev=0.588
P A 0, 0.460, 1.066, 1.672, 1.831 max_d=1.831 avg_d=1.066 std_dev=0.606
OP2 A 0, 0.494, 1.107, 1.721, 2.035 max_d=2.035 avg_d=1.107 std_dev=0.613
OP1 A 0, 0.393, 1.084, 1.775, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.084 std_dev=0.691
C1' B 0, 0.408, 1.100, 1.791, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.100 std_dev=0.691
O4' B 0, 0.960, 1.691, 2.423, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.691 std_dev=0.731
C4' B 0, 1.071, 1.814, 2.558, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.814 std_dev=0.743
O5' B 0, 1.157, 2.169, 3.181, 3.419 max_d=3.419 avg_d=2.169 std_dev=1.012
C5' B 0, 1.614, 2.729, 3.843, 4.279 max_d=4.279 avg_d=2.729 std_dev=1.114
N9 B 0, 0.448, 1.589, 2.730, 3.642 max_d=3.642 avg_d=1.589 std_dev=1.141
C8 B 0, 0.613, 1.806, 2.998, 3.684 max_d=3.684 avg_d=1.806 std_dev=1.192
OP2 B 0, 1.097, 2.628, 4.158, 4.213 max_d=4.213 avg_d=2.628 std_dev=1.530
P B 0, 1.988, 3.587, 5.186, 5.411 max_d=5.411 avg_d=3.587 std_dev=1.599
N7 B 0, 0.561, 2.316, 4.072, 5.185 max_d=5.185 avg_d=2.316 std_dev=1.756
C4 B 0, 0.338, 2.203, 4.068, 5.549 max_d=5.549 avg_d=2.203 std_dev=1.865
C5 B 0, 0.374, 2.553, 4.732, 6.357 max_d=6.357 avg_d=2.553 std_dev=2.179
OP1 B 0, 3.334, 5.550, 7.766, 7.525 max_d=7.525 avg_d=5.550 std_dev=2.216
N3 B 0, 0.323, 2.625, 4.926, 6.699 max_d=6.699 avg_d=2.625 std_dev=2.302
C6 B 0, 0.321, 3.251, 6.180, 8.341 max_d=8.341 avg_d=3.251 std_dev=2.930
C2 B 0, 0.273, 3.324, 6.375, 8.642 max_d=8.642 avg_d=3.324 std_dev=3.051
N6 B 0, 0.430, 3.693, 6.956, 9.279 max_d=9.279 avg_d=3.693 std_dev=3.263
N1 B 0, 0.253, 3.614, 6.974, 9.457 max_d=9.457 avg_d=3.614 std_dev=3.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.12 0.12 0.21 0.14
C2 0.05 0.00 0.08 0.07 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.05 0.04 0.23 0.30 0.44 0.30
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.11 0.00 0.02 0.11 0.01 0.04 0.08 0.09 0.04
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.04 0.06 0.11 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.10 0.06 0.06
C4 0.05 0.03 0.09 0.07 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.04 0.01 0.02 0.10 0.11 0.02 0.04 0.32 0.47 0.62 0.45
C4' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03
C5 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.13 0.02 0.05 0.32 0.44 0.56 0.43
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.17 0.01 0.18 0.00 0.14 0.09 0.14 0.08 0.10 0.05 0.18 0.02 0.01 0.07 0.03 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.02 0.05 0.27 0.32 0.40 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.22 0.25 0.35 0.26
N3 0.05 0.01 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04 0.03 0.29 0.41 0.55 0.39
O2 0.08 0.01 0.11 0.11 0.02 0.09 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.14 0.04 0.08 0.19 0.25 0.39 0.25
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.10 0.09 0.06 0.10 0.05 0.03 0.10 0.14 0.00 0.06 0.12 0.05 0.05 0.12 0.02 0.06
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.05 0.12 0.04 0.09 0.14 0.06 0.00 0.13 0.02 0.17 0.20 0.21 0.18
O4 0.06 0.05 0.11 0.08 0.02 0.05 0.02 0.18 0.02 0.05 0.04 0.04 0.12 0.13 0.00 0.05 0.33 0.53 0.68 0.49
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.08 0.05 0.02 0.05 0.00 0.11 0.11 0.14 0.11
O5' 0.12 0.23 0.04 0.08 0.32 0.02 0.32 0.01 0.27 0.22 0.29 0.19 0.05 0.17 0.33 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.12 0.30 0.08 0.10 0.47 0.06 0.44 0.07 0.32 0.25 0.41 0.25 0.12 0.20 0.53 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.44 0.09 0.06 0.62 0.02 0.56 0.03 0.40 0.35 0.55 0.39 0.02 0.21 0.68 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.30 0.04 0.06 0.45 0.03 0.43 0.03 0.32 0.26 0.39 0.25 0.06 0.18 0.49 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 1.86 0.28 0.23 0.98 0.23 0.84 0.24 1.21 0.32 1.69 1.54 1.10 0.40 0.45 0.19 0.19 0.27 0.39 0.52 0.62 0.46
C2 0.51 2.63 0.31 0.31 1.50 0.34 1.43 0.40 1.99 0.47 2.57 2.10 1.90 0.77 0.77 0.22 0.24 0.44 0.56 0.77 0.85 0.69
C2' 0.27 1.82 0.26 0.19 0.96 0.17 0.88 0.22 1.29 0.27 1.73 1.46 1.23 0.42 0.44 0.23 0.14 0.22 0.39 0.52 0.64 0.46
C3' 0.22 1.44 0.26 0.17 0.77 0.16 0.73 0.20 1.06 0.26 1.39 1.14 1.02 0.37 0.35 0.29 0.14 0.19 0.35 0.46 0.56 0.40
C4 0.66 2.81 0.32 0.39 1.83 0.44 1.89 0.52 2.47 0.70 2.90 2.29 2.42 1.18 1.04 0.20 0.34 0.56 0.67 0.95 0.97 0.84
C4' 0.19 1.09 0.27 0.15 0.54 0.19 0.45 0.17 0.69 0.23 0.98 0.89 0.62 0.20 0.23 0.26 0.14 0.19 0.26 0.34 0.37 0.25
C5 0.61 2.38 0.32 0.38 1.64 0.41 1.60 0.48 2.01 0.59 2.37 2.03 1.91 0.98 0.95 0.19 0.34 0.50 0.61 0.83 0.84 0.73
C5' 0.22 0.68 0.31 0.18 0.33 0.23 0.30 0.22 0.45 0.27 0.63 0.55 0.42 0.21 0.20 0.33 0.16 0.22 0.26 0.33 0.24 0.22
C6 0.46 2.06 0.30 0.31 1.31 0.32 1.19 0.37 1.56 0.34 1.95 1.78 1.44 0.62 0.69 0.20 0.26 0.38 0.51 0.67 0.73 0.60
N1 0.42 2.22 0.29 0.29 1.27 0.29 1.14 0.34 1.58 0.35 2.08 1.84 1.46 0.56 0.63 0.22 0.22 0.36 0.50 0.66 0.74 0.60
N3 0.62 2.89 0.33 0.36 1.74 0.41 1.75 0.48 2.39 0.61 2.94 2.30 2.33 1.02 0.95 0.21 0.29 0.53 0.63 0.89 0.94 0.79
O2 0.48 2.63 0.29 0.29 1.43 0.31 1.36 0.37 1.95 0.48 2.58 2.06 1.88 0.74 0.72 0.24 0.21 0.41 0.54 0.76 0.84 0.68
O2' 0.24 1.71 0.26 0.18 0.85 0.17 0.76 0.19 1.15 0.32 1.61 1.35 1.09 0.38 0.37 0.21 0.16 0.20 0.34 0.47 0.59 0.40
O3' 0.22 1.32 0.26 0.20 0.68 0.19 0.68 0.23 1.00 0.29 1.30 1.01 0.99 0.37 0.32 0.29 0.19 0.20 0.35 0.46 0.59 0.41
O4 0.72 2.96 0.31 0.41 1.98 0.48 2.15 0.58 2.81 0.87 3.18 2.37 2.85 1.43 1.16 0.19 0.37 0.62 0.73 1.06 1.06 0.93
O4' 0.23 1.32 0.27 0.20 0.66 0.21 0.52 0.19 0.78 0.30 1.15 1.13 0.67 0.26 0.29 0.21 0.19 0.22 0.31 0.39 0.46 0.33
O5' 0.19 0.91 0.27 0.06 0.57 0.07 0.59 0.11 0.77 0.30 0.91 0.74 0.77 0.43 0.31 0.29 0.04 0.13 0.22 0.31 0.28 0.20
OP1 0.21 0.48 0.12 0.04 0.24 0.15 0.34 0.17 0.41 0.39 0.44 0.43 0.50 0.47 0.13 0.14 0.02 0.16 0.35 0.38 0.22 0.29
OP2 0.16 0.91 0.21 0.07 0.77 0.24 1.01 0.36 1.14 0.80 1.08 0.72 1.27 1.03 0.57 0.17 0.01 0.10 0.38 0.46 0.29 0.34
P 0.11 0.57 0.16 0.03 0.40 0.11 0.53 0.15 0.62 0.45 0.63 0.45 0.70 0.57 0.26 0.15 0.01 0.08 0.28 0.30 0.16 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.10 0.20 0.25 0.17
C2 0.07 0.00 0.41 0.29 0.01 0.32 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.35 0.43 0.31 0.60 0.64 0.42
C2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.22 0.02 0.12 0.10 0.21 0.19 0.33 0.40 0.16 0.08 0.02 0.00 0.02 0.04 0.28 0.26 0.34 0.29
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.25 0.00 0.33 0.02 0.34 0.36 0.31 0.25 0.37 0.39 0.21 0.02 0.01 0.03 0.15 0.13 0.13 0.08
C4 0.04 0.01 0.22 0.25 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.23 0.26 0.43 0.69 0.40
C4' 0.03 0.32 0.02 0.00 0.10 0.00 0.10 0.01 0.09 0.35 0.21 0.33 0.10 0.29 0.10 0.25 0.02 0.01 0.03 0.12 0.09 0.04
C5 0.03 0.01 0.12 0.33 0.01 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.14 0.11 0.44 0.58 1.03 0.63
C5' 0.04 0.38 0.10 0.02 0.16 0.01 0.25 0.00 0.22 0.51 0.27 0.37 0.28 0.49 0.18 0.14 0.12 0.02 0.01 0.11 0.10 0.03
C6 0.05 0.01 0.21 0.34 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.19 0.21 0.41 0.60 1.07 0.61
C8 0.02 0.01 0.19 0.36 0.01 0.35 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.50 0.23 0.22 0.62 0.72 1.02 0.77
N1 0.06 0.01 0.33 0.31 0.02 0.21 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.27 0.35 0.32 0.58 0.87 0.49
N3 0.08 0.01 0.40 0.25 0.00 0.33 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.35 0.44 0.29 0.56 0.51 0.37
N6 0.05 0.01 0.16 0.37 0.02 0.10 0.02 0.28 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.22 0.21 0.16 0.52 0.73 1.28 0.75
N7 0.01 0.01 0.08 0.39 0.01 0.29 0.00 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.44 0.23 0.12 0.67 0.82 1.27 0.88
N9 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.10 0.01 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.20 0.06 0.02 0.27 0.36 0.60 0.39
O2' 0.02 0.34 0.00 0.02 0.10 0.25 0.21 0.14 0.15 0.50 0.19 0.34 0.22 0.44 0.20 0.00 0.04 0.15 0.13 0.15 0.34 0.16
O3' 0.23 0.35 0.02 0.01 0.16 0.02 0.14 0.12 0.19 0.23 0.27 0.35 0.21 0.23 0.06 0.04 0.00 0.11 0.20 0.26 0.11 0.15
O4' 0.01 0.43 0.04 0.03 0.23 0.01 0.11 0.02 0.21 0.22 0.35 0.44 0.16 0.12 0.02 0.15 0.11 0.00 0.14 0.17 0.21 0.13
O5' 0.10 0.31 0.28 0.15 0.26 0.03 0.44 0.01 0.41 0.62 0.32 0.29 0.52 0.67 0.27 0.13 0.20 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.60 0.26 0.13 0.43 0.12 0.58 0.11 0.60 0.72 0.58 0.56 0.73 0.82 0.36 0.15 0.26 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.64 0.34 0.13 0.69 0.09 1.03 0.10 1.07 1.02 0.87 0.51 1.28 1.27 0.60 0.34 0.11 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.42 0.29 0.08 0.40 0.04 0.63 0.03 0.61 0.77 0.49 0.37 0.75 0.88 0.39 0.16 0.15 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00