Doublet Group distance statistics: 55175

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.001, 0.007, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.008
O2	A	0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O4	A	0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O3'	A	0, 0.126, 0.294, 0.462, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.294 std_dev=0.168
C3'	A	0, 0.123, 0.388, 0.653, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.388 std_dev=0.265
O4'	A	0, 0.060, 0.329, 0.598, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.329 std_dev=0.269
C2'	A	0, 0.080, 0.372, 0.663, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.372 std_dev=0.292
P	A	0, 0.216, 0.533, 0.850, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.533 std_dev=0.317
OP2	A	0, 0.225, 0.549, 0.874, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.549 std_dev=0.325
C4'	A	0, 0.129, 0.454, 0.778, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.454 std_dev=0.325
O2'	B	0, 0.262, 0.616, 0.969, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.616 std_dev=0.353
C2'	B	0, 0.232, 0.586, 0.940, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.586 std_dev=0.354
O5'	A	0, 0.130, 0.490, 0.849, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.490 std_dev=0.359
O3'	B	0, 0.179, 0.558, 0.936, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.558 std_dev=0.378
C3'	B	0, 0.201, 0.596, 0.991, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.596 std_dev=0.395
OP1	A	0, 0.252, 0.700, 1.148, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.700 std_dev=0.448
C1'	B	0, 0.223, 0.706, 1.188, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.706 std_dev=0.483
C4'	B	0, 0.182, 0.694, 1.207, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.694 std_dev=0.512
O2'	A	0, 0.103, 0.627, 1.151, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.627 std_dev=0.524
O4'	B	0, 0.188, 0.744, 1.299, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.744 std_dev=0.556
N9	B	0, 0.237, 0.808, 1.379, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.808 std_dev=0.571
C5'	A	0, 0.140, 0.728, 1.315, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.728 std_dev=0.587
C5'	B	0, 0.241, 0.850, 1.460, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.850 std_dev=0.609
C4	B	0, 0.316, 0.951, 1.587, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.951 std_dev=0.636
C8	B	0, 0.223, 0.882, 1.542, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.882 std_dev=0.660
O5'	B	0, 0.342, 1.016, 1.689, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.016 std_dev=0.674
N3	B	0, 0.382, 1.059, 1.736, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.059 std_dev=0.677
C5	B	0, 0.304, 1.051, 1.798, 2.328 max_d=2.328 avg_d=1.051 std_dev=0.747
N7	B	0, 0.238, 1.007, 1.775, 2.384 max_d=2.384 avg_d=1.007 std_dev=0.769
P	B	0, 0.346, 1.135, 1.923, 2.544 max_d=2.544 avg_d=1.135 std_dev=0.788
C2	B	0, 0.434, 1.255, 2.076, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.255 std_dev=0.821
OP1	B	0, 0.363, 1.188, 2.012, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.188 std_dev=0.824
OP2	B	0, 0.373, 1.216, 2.059, 2.882 max_d=2.882 avg_d=1.216 std_dev=0.843
C6	B	0, 0.383, 1.250, 2.116, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.250 std_dev=0.866
N1	B	0, 0.442, 1.344, 2.247, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.344 std_dev=0.902
N6	B	0, 0.390, 1.388, 2.387, 3.258 max_d=3.258 avg_d=1.388 std_dev=0.998

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.01	0.00	0.13	0.25	0.07	0.10
C2	0.01	0.00	0.09	0.04	0.01	0.03	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.15	0.13	0.01	0.07	0.12	0.24	0.11	0.12
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.04	0.02	0.09	0.06	0.11	0.03	0.07	0.16	0.00	0.04	0.05	0.02	0.40	0.39	0.26	0.30
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.05	0.03	0.05	0.01	0.04	0.08	0.01	0.00	0.03	0.00	0.27	0.31	0.16	0.17
C4	0.01	0.01	0.04	0.03	0.00	0.06	0.00	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.11	0.00	0.02	0.14	0.32	0.16	0.17
C4'	0.01	0.03	0.02	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.07	0.03	0.04	0.04	0.03	0.01	0.06	0.00	0.01	0.26	0.08	0.05
C5	0.02	0.01	0.09	0.05	0.00	0.08	0.00	0.20	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.10	0.00	0.06	0.15	0.34	0.16	0.17
C5'	0.06	0.12	0.06	0.03	0.18	0.01	0.20	0.00	0.18	0.13	0.15	0.09	0.06	0.04	0.19	0.01	0.01	0.27	0.11	0.01
C6	0.01	0.01	0.11	0.05	0.01	0.07	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.10	0.01	0.08	0.14	0.28	0.13	0.14
N1	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.01	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.11	0.01	0.01	0.13	0.24	0.11	0.12
N3	0.01	0.00	0.07	0.04	0.00	0.04	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.13	0.12	0.01	0.06	0.13	0.27	0.14	0.15
O2	0.01	0.00	0.16	0.08	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.29	0.15	0.01	0.11	0.11	0.23	0.10	0.11
O2'	0.02	0.15	0.00	0.01	0.10	0.03	0.16	0.06	0.16	0.05	0.13	0.29	0.00	0.03	0.11	0.03	0.41	0.40	0.33	0.35
O3'	0.11	0.13	0.04	0.00	0.11	0.01	0.10	0.04	0.10	0.11	0.12	0.15	0.03	0.00	0.11	0.07	0.17	0.29	0.12	0.11
O4	0.01	0.01	0.05	0.03	0.00	0.06	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.11	0.00	0.03	0.14	0.35	0.17	0.19
O4'	0.00	0.07	0.02	0.00	0.02	0.00	0.06	0.01	0.08	0.01	0.06	0.11	0.03	0.07	0.03	0.00	0.08	0.29	0.10	0.15
O5'	0.13	0.12	0.40	0.27	0.14	0.01	0.15	0.01	0.14	0.13	0.13	0.11	0.41	0.17	0.14	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.25	0.24	0.39	0.31	0.32	0.26	0.34	0.27	0.28	0.24	0.27	0.23	0.40	0.29	0.35	0.29	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.07	0.11	0.26	0.16	0.16	0.08	0.16	0.11	0.13	0.11	0.14	0.10	0.33	0.12	0.17	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.12	0.30	0.17	0.17	0.05	0.17	0.01	0.14	0.12	0.15	0.11	0.35	0.11	0.19	0.15	0.00	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.18	0.56	0.14	0.15	0.32	0.19	0.26	0.23	0.36	0.11	0.50	0.48	0.33	0.14	0.18	0.23	0.21	0.15	0.24	0.26	0.26	0.24
C2	0.25	0.58	0.18	0.21	0.36	0.30	0.32	0.35	0.41	0.20	0.53	0.51	0.38	0.22	0.25	0.22	0.24	0.27	0.33	0.30	0.32	0.32
C2'	0.32	0.64	0.30	0.25	0.45	0.23	0.42	0.23	0.49	0.30	0.59	0.58	0.47	0.33	0.35	0.32	0.21	0.27	0.28	0.40	0.30	0.29
C3'	0.25	0.63	0.22	0.17	0.41	0.14	0.38	0.15	0.47	0.24	0.58	0.54	0.44	0.28	0.29	0.22	0.15	0.19	0.20	0.37	0.23	0.22
C4	0.41	0.55	0.28	0.30	0.43	0.43	0.39	0.48	0.43	0.36	0.50	0.51	0.40	0.35	0.39	0.31	0.24	0.45	0.45	0.39	0.45	0.45
C4'	0.12	0.49	0.11	0.16	0.27	0.16	0.23	0.20	0.31	0.16	0.43	0.42	0.28	0.17	0.16	0.13	0.23	0.11	0.22	0.29	0.23	0.21
C5	0.42	0.50	0.31	0.32	0.42	0.45	0.38	0.48	0.40	0.37	0.46	0.49	0.37	0.36	0.39	0.34	0.24	0.47	0.46	0.37	0.46	0.44
C5'	0.26	0.45	0.25	0.28	0.34	0.28	0.32	0.29	0.34	0.31	0.40	0.42	0.32	0.32	0.30	0.20	0.29	0.27	0.29	0.37	0.29	0.27
C6	0.33	0.47	0.26	0.28	0.34	0.36	0.30	0.38	0.33	0.27	0.42	0.45	0.30	0.26	0.30	0.32	0.25	0.35	0.39	0.31	0.39	0.37
N1	0.24	0.53	0.18	0.21	0.32	0.28	0.27	0.32	0.35	0.18	0.46	0.47	0.31	0.18	0.23	0.25	0.24	0.25	0.32	0.29	0.32	0.31
N3	0.33	0.57	0.22	0.25	0.39	0.36	0.36	0.41	0.42	0.27	0.52	0.51	0.40	0.28	0.32	0.25	0.24	0.36	0.38	0.35	0.38	0.39
O2	0.22	0.63	0.14	0.19	0.37	0.26	0.35	0.31	0.46	0.17	0.59	0.53	0.44	0.22	0.24	0.19	0.23	0.22	0.29	0.29	0.28	0.29
O2'	0.59	0.89	0.51	0.41	0.71	0.43	0.69	0.40	0.76	0.57	0.85	0.82	0.75	0.61	0.62	0.54	0.31	0.52	0.45	0.52	0.47	0.45
O3'	0.31	0.76	0.26	0.18	0.50	0.16	0.48	0.16	0.59	0.30	0.72	0.65	0.57	0.36	0.37	0.29	0.15	0.24	0.21	0.37	0.24	0.23
O4	0.47	0.57	0.32	0.32	0.48	0.47	0.45	0.53	0.48	0.43	0.54	0.55	0.46	0.42	0.45	0.32	0.23	0.52	0.49	0.43	0.50	0.50
O4'	0.18	0.46	0.16	0.22	0.25	0.26	0.20	0.31	0.27	0.19	0.40	0.40	0.24	0.18	0.17	0.23	0.29	0.20	0.33	0.20	0.31	0.28
O5'	0.30	0.43	0.34	0.14	0.32	0.08	0.28	0.06	0.29	0.27	0.37	0.42	0.26	0.26	0.29	0.39	0.02	0.19	0.14	0.29	0.21	0.14
OP1	0.06	0.22	0.08	0.08	0.10	0.22	0.16	0.38	0.14	0.28	0.15	0.20	0.19	0.29	0.12	0.19	0.01	0.17	0.43	0.51	0.44	0.44
OP2	0.13	0.22	0.10	0.06	0.21	0.10	0.28	0.17	0.27	0.35	0.23	0.19	0.31	0.37	0.22	0.10	0.02	0.11	0.26	0.34	0.32	0.25
P	0.06	0.19	0.12	0.02	0.09	0.08	0.12	0.18	0.11	0.22	0.14	0.18	0.14	0.22	0.09	0.18	0.01	0.04	0.25	0.33	0.28	0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.07	0.05	0.19	0.13
C2	0.02	0.00	0.13	0.12	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.19	0.17	0.02	0.14	0.12	0.30	0.20
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.07	0.02	0.04	0.01	0.06	0.06	0.10	0.13	0.05	0.04	0.02	0.00	0.03	0.01	0.05	0.10	0.17	0.09
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.06	0.01	0.07	0.02	0.07	0.12	0.09	0.11	0.07	0.11	0.05	0.02	0.01	0.01	0.08	0.15	0.16	0.09
C4	0.01	0.00	0.07	0.06	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.08	0.01	0.13	0.13	0.28	0.20
C4'	0.00	0.04	0.02	0.01	0.03	0.00	0.04	0.00	0.04	0.07	0.03	0.05	0.05	0.07	0.03	0.07	0.01	0.00	0.01	0.08	0.10	0.06
C5	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.08	0.02	0.16	0.20	0.33	0.24
C5'	0.02	0.05	0.01	0.02	0.06	0.00	0.09	0.00	0.09	0.11	0.07	0.05	0.11	0.12	0.06	0.07	0.04	0.01	0.01	0.08	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.07	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.09	0.02	0.16	0.21	0.35	0.26
C8	0.01	0.00	0.06	0.12	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.15	0.03	0.16	0.20	0.30	0.23
N1	0.02	0.00	0.10	0.09	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.16	0.13	0.02	0.15	0.17	0.33	0.23
N3	0.02	0.00	0.13	0.11	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.16	0.02	0.12	0.09	0.27	0.17
N6	0.01	0.00	0.05	0.07	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.10	0.03	0.18	0.27	0.38	0.29
N7	0.01	0.01	0.04	0.11	0.00	0.07	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.14	0.03	0.18	0.25	0.35	0.27
N9	0.00	0.00	0.02	0.05	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.05	0.01	0.12	0.11	0.25	0.18
O2'	0.01	0.19	0.00	0.02	0.09	0.07	0.07	0.07	0.11	0.04	0.16	0.17	0.09	0.02	0.02	0.00	0.05	0.06	0.05	0.10	0.17	0.11
O3'	0.02	0.17	0.03	0.01	0.08	0.01	0.08	0.04	0.09	0.15	0.13	0.16	0.10	0.14	0.05	0.05	0.00	0.01	0.15	0.22	0.19	0.13
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.06	0.01	0.00	0.08	0.07	0.17	0.13
O5'	0.07	0.14	0.05	0.08	0.13	0.01	0.16	0.01	0.16	0.16	0.15	0.12	0.18	0.18	0.12	0.05	0.15	0.08	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.05	0.12	0.10	0.15	0.13	0.08	0.20	0.08	0.21	0.20	0.17	0.09	0.27	0.25	0.11	0.10	0.22	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.19	0.30	0.17	0.16	0.28	0.10	0.33	0.02	0.35	0.30	0.33	0.27	0.38	0.35	0.25	0.17	0.19	0.17	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.20	0.09	0.09	0.20	0.06	0.24	0.01	0.26	0.23	0.23	0.17	0.29	0.27	0.18	0.11	0.13	0.13	0.00	0.00	0.01	0.00