ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55176

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.024, 0.062, 0.099, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.062 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.051, 0.104, 0.157, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.104 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.047, 0.269, 0.491, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.269 std_dev=0.222
C2' A 0, 0.087, 0.333, 0.579, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.333 std_dev=0.246
C2' B 0, 0.236, 0.558, 0.879, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.558 std_dev=0.321
C1' B 0, 0.284, 0.623, 0.961, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.623 std_dev=0.339
C4' A 0, 0.066, 0.435, 0.805, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.435 std_dev=0.370
OP2 A 0, 0.338, 0.723, 1.108, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.723 std_dev=0.385
C3' A 0, 0.137, 0.524, 0.912, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.524 std_dev=0.388
C3' B 0, 0.194, 0.606, 1.017, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.606 std_dev=0.411
P A 0, 0.261, 0.699, 1.138, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.699 std_dev=0.439
O5' A 0, 0.169, 0.610, 1.050, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.610 std_dev=0.440
O3' B 0, 0.274, 0.739, 1.205, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.739 std_dev=0.466
C5' A 0, 0.174, 0.643, 1.112, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.643 std_dev=0.469
N9 B 0, 0.268, 0.745, 1.221, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.745 std_dev=0.477
O2' B 0, 0.407, 0.891, 1.375, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.891 std_dev=0.484
N3 B 0, 0.316, 0.824, 1.332, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.824 std_dev=0.508
C4 B 0, 0.276, 0.812, 1.348, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.812 std_dev=0.536
OP1 A 0, 0.325, 0.880, 1.436, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.880 std_dev=0.556
O4' B 0, 0.222, 0.781, 1.340, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.781 std_dev=0.559
O2' A 0, -0.023, 0.563, 1.148, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.563 std_dev=0.585
O3' A 0, 0.350, 0.943, 1.535, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.943 std_dev=0.592
C4' B 0, 0.270, 0.940, 1.610, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.940 std_dev=0.670
C8 B 0, 0.238, 0.961, 1.684, 2.481 max_d=2.481 avg_d=0.961 std_dev=0.723
C2 B 0, 0.283, 1.041, 1.798, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.041 std_dev=0.757
C5 B 0, 0.228, 1.021, 1.815, 2.835 max_d=2.835 avg_d=1.021 std_dev=0.793
N7 B 0, 0.247, 1.120, 1.992, 3.116 max_d=3.116 avg_d=1.120 std_dev=0.872
N1 B 0, 0.232, 1.201, 2.169, 3.431 max_d=3.431 avg_d=1.201 std_dev=0.968
C6 B 0, 0.213, 1.197, 2.182, 3.500 max_d=3.500 avg_d=1.197 std_dev=0.984
O5' B 0, 0.445, 1.476, 2.506, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.476 std_dev=1.030
C5' B 0, 0.360, 1.413, 2.467, 3.966 max_d=3.966 avg_d=1.413 std_dev=1.053
N6 B 0, 0.214, 1.444, 2.673, 4.353 max_d=4.353 avg_d=1.444 std_dev=1.230
P B 0, 0.423, 1.844, 3.265, 4.705 max_d=4.705 avg_d=1.844 std_dev=1.421
OP1 B 0, 0.498, 2.020, 3.542, 5.135 max_d=5.135 avg_d=2.020 std_dev=1.522
OP2 B 0, 0.078, 1.869, 3.660, 4.858 max_d=4.858 avg_d=1.869 std_dev=1.791

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.22 0.01 0.00 0.14 0.13 0.26 0.15
C2 0.02 0.00 0.13 0.19 0.02 0.05 0.03 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.12 0.01 0.05 0.18 0.08 0.20 0.08
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.15 0.15 0.03 0.09 0.25 0.01 0.02 0.06 0.01 0.32 0.30 0.41 0.32
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.31 0.01 0.33 0.02 0.29 0.19 0.25 0.18 0.02 0.01 0.33 0.03 0.10 0.11 0.19 0.10
C4 0.01 0.02 0.05 0.31 0.00 0.15 0.01 0.27 0.02 0.01 0.01 0.03 0.30 0.23 0.00 0.03 0.36 0.26 0.30 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.09 0.09 0.07 0.24 0.02 0.17 0.00 0.01 0.11 0.14 0.08
C5 0.02 0.03 0.13 0.33 0.01 0.20 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.04 0.31 0.30 0.01 0.05 0.41 0.28 0.29 0.28
C5' 0.06 0.11 0.15 0.02 0.27 0.01 0.32 0.00 0.28 0.14 0.18 0.05 0.09 0.16 0.30 0.01 0.01 0.11 0.03 0.02
C6 0.02 0.02 0.15 0.29 0.02 0.19 0.00 0.28 0.00 0.01 0.02 0.03 0.26 0.26 0.02 0.06 0.34 0.17 0.20 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.11 0.01 0.01 0.20 0.07 0.20 0.07
N3 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.00 0.02 0.27 0.13 0.01 0.04 0.27 0.17 0.24 0.16
O2 0.05 0.01 0.25 0.18 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.22 0.26 0.02 0.08 0.12 0.05 0.20 0.06
O2' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.30 0.24 0.31 0.09 0.26 0.18 0.27 0.22 0.00 0.04 0.33 0.17 0.23 0.21 0.43 0.24
O3' 0.22 0.12 0.02 0.01 0.23 0.02 0.30 0.16 0.26 0.11 0.13 0.26 0.04 0.00 0.26 0.15 0.24 0.31 0.29 0.24
O4 0.01 0.01 0.06 0.33 0.00 0.17 0.01 0.30 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.26 0.00 0.03 0.40 0.33 0.37 0.32
O4' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.17 0.15 0.03 0.00 0.11 0.21 0.30 0.23
O5' 0.14 0.18 0.32 0.10 0.36 0.01 0.41 0.01 0.34 0.20 0.27 0.12 0.23 0.24 0.40 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.08 0.30 0.11 0.26 0.11 0.28 0.11 0.17 0.07 0.17 0.05 0.21 0.31 0.33 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.20 0.41 0.19 0.30 0.14 0.29 0.03 0.20 0.20 0.24 0.20 0.43 0.29 0.37 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.08 0.32 0.10 0.26 0.08 0.28 0.02 0.15 0.07 0.16 0.06 0.24 0.24 0.32 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.51 0.16 0.17 0.42 0.20 0.56 0.23 0.66 0.42 0.64 0.37 0.73 0.55 0.32 0.43 0.25 0.17 0.46 0.31 0.81 0.42
C2 0.20 0.37 0.09 0.17 0.49 0.21 0.76 0.41 0.83 0.67 0.63 0.27 0.96 0.84 0.46 0.35 0.07 0.27 0.64 0.69 1.20 0.78
C2' 0.21 0.49 0.19 0.28 0.42 0.29 0.58 0.38 0.67 0.48 0.63 0.35 0.77 0.59 0.36 0.36 0.28 0.25 0.46 0.35 0.91 0.48
C3' 0.16 0.47 0.13 0.14 0.39 0.13 0.49 0.16 0.57 0.36 0.56 0.37 0.63 0.47 0.30 0.22 0.13 0.14 0.49 0.42 0.74 0.45
C4 0.22 0.46 0.15 0.28 0.26 0.40 0.48 0.68 0.35 0.67 0.32 0.33 0.47 0.76 0.37 0.28 0.16 0.40 0.88 1.07 1.53 1.12
C4' 0.25 0.54 0.24 0.18 0.42 0.22 0.47 0.21 0.55 0.34 0.58 0.45 0.57 0.41 0.33 0.26 0.20 0.22 0.40 0.29 0.56 0.29
C5 0.18 0.46 0.18 0.25 0.20 0.34 0.26 0.59 0.18 0.48 0.33 0.37 0.20 0.48 0.26 0.28 0.18 0.32 0.78 0.91 1.31 0.95
C5' 0.29 0.51 0.30 0.21 0.41 0.17 0.41 0.16 0.46 0.32 0.51 0.46 0.46 0.36 0.34 0.26 0.13 0.22 0.34 0.28 0.44 0.22
C6 0.16 0.25 0.17 0.15 0.22 0.20 0.32 0.38 0.27 0.40 0.20 0.23 0.32 0.44 0.25 0.33 0.07 0.21 0.60 0.61 1.03 0.67
N1 0.15 0.31 0.11 0.13 0.38 0.15 0.56 0.31 0.59 0.51 0.47 0.24 0.67 0.62 0.35 0.37 0.10 0.19 0.55 0.52 1.01 0.62
N3 0.24 0.28 0.12 0.23 0.42 0.32 0.73 0.57 0.71 0.74 0.40 0.22 0.89 0.90 0.46 0.32 0.08 0.36 0.79 0.92 1.43 1.00
O2 0.23 0.59 0.10 0.17 0.61 0.19 0.89 0.36 1.04 0.72 0.90 0.41 1.21 0.92 0.51 0.36 0.12 0.27 0.60 0.63 1.17 0.73
O2' 0.18 0.56 0.17 0.20 0.43 0.26 0.64 0.34 0.77 0.49 0.73 0.38 0.91 0.65 0.33 0.51 0.23 0.21 0.42 0.25 0.85 0.39
O3' 0.27 0.64 0.24 0.15 0.50 0.15 0.58 0.17 0.69 0.41 0.71 0.53 0.74 0.53 0.38 0.30 0.15 0.19 0.48 0.51 0.69 0.45
O4 0.25 0.67 0.17 0.33 0.27 0.49 0.44 0.81 0.38 0.71 0.57 0.45 0.45 0.79 0.38 0.26 0.22 0.47 1.00 1.29 1.75 1.33
O4' 0.23 0.55 0.20 0.20 0.44 0.24 0.49 0.24 0.57 0.36 0.59 0.45 0.59 0.44 0.34 0.28 0.31 0.21 0.44 0.26 0.62 0.31
O5' 0.17 0.30 0.16 0.13 0.26 0.09 0.28 0.10 0.30 0.24 0.31 0.26 0.31 0.27 0.22 0.12 0.03 0.12 0.42 0.35 0.57 0.36
OP1 0.10 0.14 0.05 0.10 0.12 0.16 0.16 0.29 0.17 0.19 0.16 0.12 0.19 0.20 0.13 0.07 0.02 0.17 0.47 0.40 0.40 0.38
OP2 0.07 0.28 0.10 0.04 0.19 0.16 0.21 0.29 0.26 0.10 0.29 0.23 0.26 0.16 0.11 0.08 0.02 0.12 0.53 0.57 0.68 0.54
P 0.02 0.15 0.03 0.02 0.09 0.06 0.11 0.10 0.14 0.08 0.16 0.12 0.15 0.11 0.05 0.05 0.01 0.05 0.40 0.30 0.43 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.20 0.20 0.12
C2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.13 0.01 0.42 0.36 0.67 0.39
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.09 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.23 0.26 0.25 0.16
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.02 0.31 0.25 0.30 0.19
C4 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.06 0.02 0.41 0.34 0.63 0.38
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.04 0.04 0.08 0.11 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.25 0.20 0.16
C5 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.06 0.04 0.50 0.49 0.86 0.56
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.19 0.00 0.18 0.23 0.13 0.06 0.21 0.25 0.12 0.04 0.03 0.01 0.01 0.14 0.29 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.04 0.51 0.52 0.93 0.60
C8 0.03 0.01 0.04 0.08 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.08 0.06 0.47 0.44 0.73 0.52
N1 0.03 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.12 0.12 0.02 0.48 0.45 0.84 0.51
N3 0.03 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.13 0.11 0.02 0.36 0.30 0.53 0.30
N6 0.05 0.02 0.06 0.08 0.02 0.08 0.02 0.21 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.09 0.06 0.54 0.62 1.06 0.69
N7 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.11 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.08 0.06 0.54 0.58 0.94 0.66
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.36 0.28 0.50 0.31
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.04 0.06 0.04 0.09 0.04 0.12 0.13 0.09 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.41 0.15 0.27
O3' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.09 0.08 0.12 0.11 0.09 0.08 0.03 0.04 0.00 0.02 0.25 0.26 0.24 0.14
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.07 0.19 0.21 0.15
O5' 0.15 0.42 0.23 0.31 0.41 0.02 0.50 0.01 0.51 0.47 0.48 0.36 0.54 0.54 0.36 0.04 0.25 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.36 0.26 0.25 0.34 0.25 0.49 0.14 0.52 0.44 0.45 0.30 0.62 0.58 0.28 0.41 0.26 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.67 0.25 0.30 0.63 0.20 0.86 0.29 0.93 0.73 0.84 0.53 1.06 0.94 0.50 0.15 0.24 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.39 0.16 0.19 0.38 0.16 0.56 0.01 0.60 0.52 0.51 0.30 0.69 0.66 0.31 0.27 0.14 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00