Doublet Group distance statistics: 55177

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2	A	0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.009
O4	A	0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.019
O2	A	0, 0.024, 0.047, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.047 std_dev=0.023
C2'	A	0, 0.055, 0.112, 0.168, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.112 std_dev=0.056
O4'	A	0, 0.017, 0.079, 0.142, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.079 std_dev=0.062
C4'	A	0, 0.056, 0.147, 0.237, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.147 std_dev=0.090
C2'	B	0, 0.180, 0.335, 0.490, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.335 std_dev=0.155
C3'	B	0, 0.183, 0.356, 0.530, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.356 std_dev=0.174
O2'	B	0, 0.199, 0.377, 0.554, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.377 std_dev=0.177
C1'	B	0, 0.183, 0.405, 0.626, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.405 std_dev=0.221
O3'	B	0, 0.160, 0.402, 0.644, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.402 std_dev=0.242
O5'	A	0, 0.076, 0.355, 0.633, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.355 std_dev=0.279
O2'	A	0, -0.001, 0.278, 0.557, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.278 std_dev=0.279
C5'	A	0, 0.102, 0.390, 0.679, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.390 std_dev=0.288
P	A	0, 0.106, 0.411, 0.715, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.411 std_dev=0.304
C4'	B	0, 0.096, 0.402, 0.709, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.402 std_dev=0.306
N9	B	0, 0.158, 0.466, 0.773, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.466 std_dev=0.307
O4'	B	0, 0.130, 0.471, 0.811, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.471 std_dev=0.341
C3'	A	0, -0.053, 0.295, 0.643, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.295 std_dev=0.348
O5'	B	0, 0.148, 0.530, 0.913, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.530 std_dev=0.382
N3	B	0, 0.239, 0.629, 1.018, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.629 std_dev=0.390
C4	B	0, 0.172, 0.564, 0.955, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.564 std_dev=0.392
C8	B	0, 0.065, 0.503, 0.941, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.503 std_dev=0.438
C5'	B	0, 0.056, 0.521, 0.986, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.521 std_dev=0.465
OP2	A	0, -0.045, 0.473, 0.991, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.473 std_dev=0.518
OP1	A	0, 0.031, 0.560, 1.090, 1.743 max_d=1.743 avg_d=0.560 std_dev=0.529
C2	B	0, 0.236, 0.770, 1.304, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.770 std_dev=0.534
OP1	B	0, 0.070, 0.623, 1.175, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.623 std_dev=0.553
C5	B	0, 0.067, 0.627, 1.187, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.627 std_dev=0.560
P	B	0, 0.018, 0.588, 1.158, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.588 std_dev=0.570
N7	B	0, -0.036, 0.567, 1.170, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.567 std_dev=0.603
N1	B	0, 0.176, 0.843, 1.509, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.843 std_dev=0.667
C6	B	0, 0.078, 0.769, 1.460, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.769 std_dev=0.691
OP2	B	0, -0.061, 0.677, 1.415, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.677 std_dev=0.738
O3'	A	0, -0.203, 0.550, 1.303, 2.374 max_d=2.374 avg_d=0.550 std_dev=0.753
N6	B	0, -0.016, 0.853, 1.723, 2.859 max_d=2.859 avg_d=0.853 std_dev=0.869

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.12	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.20	0.02	0.00	0.12	0.17	0.29	0.11
C2	0.02	0.00	0.05	0.07	0.01	0.03	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01	0.20	0.17	0.01	0.03	0.22	0.24	0.33	0.14
C2'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.02	0.05	0.22	0.05	0.03	0.05	0.08	0.01	0.04	0.05	0.02	0.10	0.10	0.36	0.12
C3'	0.02	0.07	0.00	0.00	0.17	0.01	0.21	0.02	0.19	0.10	0.11	0.06	0.01	0.01	0.18	0.02	0.23	0.33	0.63	0.38
C4	0.02	0.01	0.04	0.17	0.00	0.08	0.00	0.28	0.01	0.01	0.00	0.01	0.23	0.04	0.01	0.03	0.30	0.34	0.30	0.20
C4'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.08	0.00	0.10	0.01	0.10	0.05	0.05	0.03	0.18	0.03	0.09	0.00	0.02	0.04	0.22	0.05
C5	0.02	0.01	0.05	0.21	0.00	0.10	0.00	0.29	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.09	0.01	0.03	0.32	0.33	0.28	0.20
C5'	0.12	0.19	0.22	0.02	0.28	0.01	0.29	0.00	0.27	0.20	0.23	0.14	0.10	0.11	0.29	0.02	0.01	0.14	0.06	0.04
C6	0.02	0.01	0.05	0.19	0.01	0.10	0.00	0.27	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.08	0.01	0.03	0.29	0.26	0.28	0.17
N1	0.01	0.01	0.03	0.10	0.01	0.05	0.01	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.15	0.10	0.01	0.02	0.22	0.21	0.32	0.14
N3	0.02	0.00	0.05	0.11	0.00	0.05	0.01	0.23	0.01	0.00	0.00	0.01	0.23	0.10	0.00	0.03	0.26	0.29	0.33	0.17
O2	0.03	0.01	0.08	0.06	0.01	0.03	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.19	0.27	0.01	0.04	0.18	0.22	0.35	0.14
O2'	0.03	0.20	0.01	0.01	0.23	0.18	0.19	0.10	0.15	0.15	0.23	0.19	0.00	0.09	0.25	0.11	0.16	0.14	0.44	0.17
O3'	0.20	0.17	0.04	0.01	0.04	0.03	0.09	0.11	0.08	0.10	0.10	0.27	0.09	0.00	0.05	0.19	0.20	0.40	0.84	0.46
O4	0.02	0.01	0.05	0.18	0.01	0.09	0.01	0.29	0.01	0.01	0.00	0.01	0.25	0.05	0.00	0.04	0.31	0.38	0.30	0.22
O4'	0.00	0.03	0.02	0.02	0.03	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.04	0.11	0.19	0.04	0.00	0.08	0.20	0.17	0.14
O5'	0.12	0.22	0.10	0.23	0.30	0.02	0.32	0.01	0.29	0.22	0.26	0.18	0.16	0.20	0.31	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.17	0.24	0.10	0.33	0.34	0.04	0.33	0.14	0.26	0.21	0.29	0.22	0.14	0.40	0.38	0.20	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.29	0.33	0.36	0.63	0.30	0.22	0.28	0.06	0.28	0.32	0.33	0.35	0.44	0.84	0.30	0.17	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.14	0.12	0.38	0.20	0.05	0.20	0.04	0.17	0.14	0.17	0.14	0.17	0.46	0.22	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.15	0.37	0.20	0.21	0.28	0.17	0.32	0.20	0.37	0.22	0.40	0.30	0.40	0.27	0.21	0.14	0.23	0.15	0.18	0.28	0.24	0.21
C2	0.13	0.31	0.19	0.16	0.20	0.16	0.20	0.17	0.26	0.14	0.31	0.26	0.26	0.16	0.15	0.18	0.16	0.19	0.16	0.23	0.18	0.17
C2'	0.17	0.43	0.22	0.22	0.34	0.15	0.40	0.18	0.46	0.28	0.48	0.36	0.50	0.35	0.26	0.17	0.22	0.14	0.20	0.28	0.27	0.22
C3'	0.32	0.19	0.29	0.25	0.17	0.32	0.17	0.27	0.21	0.17	0.22	0.18	0.25	0.15	0.21	0.46	0.24	0.36	0.21	0.19	0.18	0.18
C4	0.11	0.25	0.17	0.13	0.13	0.18	0.11	0.23	0.14	0.13	0.22	0.22	0.13	0.11	0.10	0.24	0.16	0.20	0.22	0.26	0.23	0.23
C4'	0.10	0.34	0.12	0.16	0.28	0.11	0.35	0.19	0.41	0.26	0.40	0.27	0.46	0.34	0.21	0.13	0.18	0.07	0.20	0.31	0.34	0.26
C5	0.11	0.25	0.17	0.12	0.15	0.14	0.12	0.19	0.16	0.10	0.22	0.23	0.14	0.09	0.10	0.24	0.15	0.15	0.18	0.24	0.20	0.19
C5'	0.36	0.58	0.36	0.33	0.54	0.27	0.59	0.28	0.63	0.49	0.62	0.53	0.66	0.56	0.47	0.30	0.27	0.31	0.34	0.37	0.47	0.38
C6	0.13	0.28	0.18	0.15	0.19	0.14	0.19	0.16	0.23	0.12	0.27	0.25	0.22	0.14	0.14	0.19	0.15	0.15	0.15	0.24	0.18	0.17
N1	0.14	0.31	0.19	0.17	0.22	0.15	0.23	0.17	0.28	0.15	0.32	0.27	0.29	0.18	0.16	0.16	0.17	0.16	0.15	0.24	0.19	0.17
N3	0.13	0.28	0.18	0.14	0.16	0.17	0.15	0.20	0.19	0.13	0.26	0.23	0.18	0.12	0.12	0.21	0.15	0.21	0.19	0.24	0.21	0.20
O2	0.15	0.34	0.20	0.17	0.22	0.16	0.23	0.17	0.30	0.15	0.35	0.27	0.31	0.18	0.16	0.17	0.17	0.20	0.16	0.23	0.19	0.17
O2'	0.28	0.60	0.31	0.26	0.48	0.21	0.52	0.22	0.59	0.38	0.63	0.52	0.62	0.45	0.38	0.24	0.23	0.21	0.24	0.30	0.30	0.26
O3'	0.54	0.41	0.49	0.37	0.42	0.40	0.35	0.32	0.32	0.37	0.35	0.47	0.27	0.32	0.45	0.62	0.29	0.50	0.30	0.21	0.26	0.25
O4	0.10	0.23	0.15	0.13	0.11	0.20	0.10	0.28	0.11	0.17	0.19	0.20	0.10	0.15	0.10	0.26	0.17	0.22	0.26	0.29	0.28	0.28
O4'	0.22	0.37	0.25	0.29	0.32	0.25	0.36	0.30	0.40	0.29	0.41	0.33	0.43	0.34	0.27	0.17	0.30	0.22	0.26	0.35	0.33	0.29
O5'	0.09	0.18	0.13	0.04	0.15	0.03	0.21	0.11	0.24	0.15	0.22	0.15	0.28	0.21	0.11	0.28	0.02	0.05	0.16	0.30	0.33	0.24
OP1	0.08	0.24	0.17	0.05	0.17	0.22	0.17	0.40	0.22	0.07	0.25	0.21	0.22	0.12	0.11	0.16	0.01	0.16	0.28	0.51	0.34	0.39
OP2	0.18	0.23	0.35	0.04	0.13	0.09	0.17	0.32	0.16	0.24	0.15	0.25	0.24	0.29	0.10	0.57	0.02	0.05	0.43	0.59	0.63	0.54
P	0.08	0.10	0.17	0.01	0.06	0.09	0.08	0.25	0.09	0.10	0.08	0.10	0.12	0.12	0.05	0.28	0.00	0.04	0.26	0.41	0.38	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.06	0.06	0.14	0.08
C2	0.02	0.00	0.06	0.06	0.01	0.02	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.10	0.03	0.15	0.21	0.36	0.24
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.04	0.02	0.04	0.01	0.05	0.03	0.05	0.06	0.05	0.03	0.02	0.00	0.03	0.01	0.08	0.09	0.16	0.09
C3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.05	0.00	0.05	0.02	0.06	0.04	0.06	0.06	0.07	0.04	0.04	0.02	0.01	0.02	0.09	0.11	0.14	0.10
C4	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.08	0.03	0.15	0.20	0.32	0.23
C4'	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.00	0.04	0.07	0.02	0.03	0.06	0.07	0.03	0.06	0.02	0.00	0.03	0.06	0.05	0.02
C5	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.04	0.00	0.13	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.08	0.03	0.19	0.28	0.40	0.30
C5'	0.03	0.08	0.01	0.02	0.09	0.00	0.13	0.00	0.13	0.15	0.10	0.06	0.15	0.16	0.09	0.06	0.03	0.01	0.01	0.06	0.02	0.02
C6	0.02	0.00	0.05	0.06	0.01	0.04	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.10	0.03	0.20	0.31	0.44	0.32
C8	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.07	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.06	0.03	0.19	0.25	0.32	0.26
N1	0.02	0.00	0.05	0.06	0.00	0.02	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.10	0.03	0.18	0.27	0.42	0.29
N3	0.02	0.00	0.06	0.06	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.09	0.03	0.13	0.16	0.31	0.20
N6	0.03	0.00	0.05	0.07	0.01	0.06	0.01	0.15	0.00	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.06	0.11	0.04	0.21	0.36	0.47	0.35
N7	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.07	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.07	0.03	0.21	0.32	0.42	0.33
N9	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.03	0.01	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.02	0.13	0.16	0.25	0.19
O2'	0.01	0.08	0.00	0.02	0.05	0.06	0.05	0.06	0.06	0.02	0.07	0.07	0.06	0.03	0.02	0.00	0.06	0.03	0.06	0.10	0.11	0.05
O3'	0.03	0.10	0.03	0.01	0.08	0.02	0.08	0.03	0.10	0.06	0.10	0.09	0.11	0.07	0.05	0.06	0.00	0.02	0.11	0.15	0.17	0.13
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.02	0.03	0.02	0.00	0.05	0.07	0.05	0.05
O5'	0.06	0.15	0.08	0.09	0.15	0.03	0.19	0.01	0.20	0.19	0.18	0.13	0.21	0.21	0.13	0.06	0.11	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.06	0.21	0.09	0.11	0.20	0.06	0.28	0.06	0.31	0.25	0.27	0.16	0.36	0.32	0.16	0.10	0.15	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.14	0.36	0.16	0.14	0.32	0.05	0.40	0.02	0.44	0.32	0.42	0.31	0.47	0.42	0.25	0.11	0.17	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.24	0.09	0.10	0.23	0.02	0.30	0.02	0.32	0.26	0.29	0.20	0.35	0.33	0.19	0.05	0.13	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00