ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55178

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.005, 0.028, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.016, 0.048, 0.081, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.048 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.028, 0.065, 0.102, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.065 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.074, 0.300, 0.527, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.300 std_dev=0.227
O3' B 0, 0.321, 0.581, 0.841, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.581 std_dev=0.260
O2' B 0, 0.230, 0.491, 0.751, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.491 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.027, 0.297, 0.567, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.297 std_dev=0.270
C4' A 0, 0.153, 0.452, 0.752, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.452 std_dev=0.299
P A 0, 0.315, 0.649, 0.983, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.649 std_dev=0.334
C2' B 0, 0.315, 0.665, 1.015, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.665 std_dev=0.350
C3' A 0, -0.051, 0.387, 0.826, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.387 std_dev=0.439
OP2 A 0, 0.366, 0.840, 1.313, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.840 std_dev=0.473
O2' A 0, 0.066, 0.539, 1.013, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.539 std_dev=0.474
C5' A 0, 0.303, 0.804, 1.304, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.804 std_dev=0.501
OP1 A 0, 0.447, 0.969, 1.492, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.969 std_dev=0.523
C3' B 0, 0.290, 0.846, 1.402, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.846 std_dev=0.556
O5' A 0, 0.118, 0.793, 1.468, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.793 std_dev=0.675
C1' B 0, 0.281, 1.010, 1.738, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.010 std_dev=0.728
O3' A 0, -0.178, 0.676, 1.529, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.676 std_dev=0.853
C4' B 0, 0.154, 1.245, 2.335, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.245 std_dev=1.091
O4' B 0, 0.118, 1.323, 2.528, 3.614 max_d=3.614 avg_d=1.323 std_dev=1.205
N9 B 0, 0.302, 1.611, 2.921, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.611 std_dev=1.309
N3 B 0, 0.606, 1.975, 3.345, 3.995 max_d=3.995 avg_d=1.975 std_dev=1.370
C4 B 0, 0.136, 1.733, 3.330, 4.699 max_d=4.699 avg_d=1.733 std_dev=1.597
C5' B 0, -0.010, 1.752, 3.513, 5.021 max_d=5.021 avg_d=1.752 std_dev=1.761
O5' B 0, -0.065, 1.752, 3.570, 5.588 max_d=5.588 avg_d=1.752 std_dev=1.817
C2 B 0, 0.716, 2.628, 4.540, 5.552 max_d=5.552 avg_d=2.628 std_dev=1.912
C8 B 0, 0.475, 2.429, 4.384, 5.986 max_d=5.986 avg_d=2.429 std_dev=1.954
C5 B 0, 0.163, 2.382, 4.602, 6.719 max_d=6.719 avg_d=2.382 std_dev=2.219
OP1 B 0, -0.051, 2.302, 4.654, 7.667 max_d=7.667 avg_d=2.302 std_dev=2.352
P B 0, -0.249, 2.127, 4.502, 7.614 max_d=7.614 avg_d=2.127 std_dev=2.376
N7 B 0, 0.486, 2.866, 5.246, 7.421 max_d=7.421 avg_d=2.866 std_dev=2.380
N1 B 0, 0.566, 2.966, 5.367, 7.306 max_d=7.306 avg_d=2.966 std_dev=2.401
OP2 B 0, -0.035, 2.605, 5.245, 8.486 max_d=8.486 avg_d=2.605 std_dev=2.640
C6 B 0, 0.044, 2.739, 5.434, 7.909 max_d=7.909 avg_d=2.739 std_dev=2.695
N6 B 0, 0.045, 3.369, 6.693, 9.867 max_d=9.867 avg_d=3.369 std_dev=3.324

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.21 0.04 0.00 0.27 0.61 0.25 0.11
C2 0.05 0.00 0.15 0.19 0.02 0.08 0.02 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.09 0.02 0.09 0.35 0.57 0.13 0.14
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.02 0.11 0.16 0.14 0.03 0.11 0.27 0.00 0.03 0.05 0.01 0.40 0.34 0.67 0.30
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.24 0.00 0.22 0.01 0.19 0.16 0.22 0.18 0.02 0.01 0.25 0.02 0.31 0.46 0.59 0.28
C4 0.04 0.02 0.05 0.24 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.23 0.12 0.00 0.02 0.39 0.45 0.11 0.12
C4' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.11 0.24 0.02 0.06 0.01 0.02 0.50 0.25 0.13
C5 0.02 0.02 0.11 0.22 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.26 0.12 0.02 0.05 0.40 0.43 0.11 0.12
C5' 0.07 0.10 0.16 0.01 0.14 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.17 0.16 0.01 0.01 0.30 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.14 0.19 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.09 0.02 0.07 0.40 0.52 0.05 0.13
N1 0.02 0.00 0.03 0.16 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.01 0.03 0.35 0.58 0.13 0.14
N3 0.05 0.01 0.11 0.22 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.02 0.07 0.38 0.51 0.08 0.12
O2 0.07 0.00 0.27 0.18 0.02 0.11 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.16 0.03 0.15 0.33 0.60 0.19 0.15
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.23 0.24 0.26 0.11 0.23 0.14 0.21 0.30 0.00 0.04 0.24 0.13 0.40 0.46 0.72 0.34
O3' 0.21 0.09 0.03 0.01 0.12 0.02 0.12 0.17 0.09 0.07 0.09 0.16 0.04 0.00 0.14 0.15 0.37 0.54 0.51 0.31
O4 0.04 0.02 0.05 0.25 0.00 0.06 0.02 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.24 0.14 0.00 0.02 0.39 0.39 0.17 0.12
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.15 0.13 0.15 0.02 0.00 0.17 0.74 0.08 0.28
O5' 0.27 0.35 0.40 0.31 0.39 0.02 0.40 0.01 0.40 0.35 0.38 0.33 0.40 0.37 0.39 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.61 0.57 0.34 0.46 0.45 0.50 0.43 0.30 0.52 0.58 0.51 0.60 0.46 0.54 0.39 0.74 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.25 0.13 0.67 0.59 0.11 0.25 0.11 0.29 0.05 0.13 0.08 0.19 0.72 0.51 0.17 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.30 0.28 0.12 0.13 0.12 0.02 0.13 0.14 0.12 0.15 0.34 0.31 0.12 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.45 1.12 0.41 0.36 0.99 0.17 1.25 0.18 1.36 1.12 1.29 0.93 1.52 1.33 0.86 0.22 0.28 0.29 0.50 0.45 0.86 0.52
C2 0.31 1.36 0.37 0.20 1.01 0.38 1.24 0.46 1.47 0.89 1.52 1.08 1.61 1.16 0.73 0.18 0.26 0.21 0.36 0.30 0.67 0.32
C2' 0.72 1.31 0.62 0.70 1.23 0.47 1.50 0.61 1.56 1.46 1.46 1.14 1.69 1.63 1.15 0.13 0.38 0.66 0.95 0.97 1.32 1.02
C3' 0.64 0.92 0.49 0.58 0.90 0.52 1.17 0.70 1.17 1.30 1.04 0.79 1.33 1.42 0.93 0.60 0.28 0.66 1.01 1.06 1.49 1.18
C4 0.14 1.05 0.25 0.17 0.65 0.71 0.76 0.95 0.98 0.44 1.11 0.81 1.04 0.62 0.37 0.15 0.24 0.51 0.68 0.70 0.88 0.69
C4' 0.36 0.71 0.32 0.34 0.56 0.27 0.73 0.35 0.75 0.84 0.71 0.62 0.87 0.93 0.54 0.52 0.32 0.33 0.59 0.63 1.02 0.69
C5 0.12 0.78 0.25 0.17 0.50 0.66 0.59 0.88 0.74 0.39 0.82 0.62 0.78 0.52 0.31 0.19 0.24 0.45 0.65 0.67 0.80 0.66
C5' 0.38 0.81 0.42 0.35 0.49 0.33 0.44 0.42 0.49 0.58 0.66 0.75 0.47 0.57 0.41 0.58 0.34 0.34 0.48 0.56 0.81 0.52
C6 0.22 0.82 0.33 0.15 0.63 0.41 0.75 0.53 0.87 0.60 0.89 0.68 0.94 0.74 0.48 0.12 0.25 0.22 0.39 0.41 0.54 0.36
N1 0.34 1.11 0.38 0.24 0.89 0.29 1.09 0.34 1.24 0.87 1.24 0.91 1.36 1.08 0.70 0.17 0.27 0.17 0.34 0.30 0.61 0.31
N3 0.21 1.31 0.31 0.14 0.88 0.56 1.06 0.73 1.32 0.67 1.43 1.02 1.43 0.92 0.57 0.14 0.25 0.35 0.49 0.47 0.73 0.46
O2 0.38 1.56 0.39 0.25 1.17 0.30 1.46 0.34 1.74 1.08 1.77 1.22 1.93 1.40 0.86 0.23 0.27 0.20 0.38 0.28 0.78 0.38
O2' 1.12 1.91 0.91 0.91 1.83 0.74 2.18 0.87 2.27 2.01 2.14 1.68 2.44 2.29 1.67 0.24 0.45 1.02 1.25 1.20 1.67 1.34
O3' 0.90 1.17 0.72 0.67 1.19 0.64 1.52 0.77 1.54 1.61 1.36 1.02 1.76 1.79 1.21 0.79 0.34 0.86 1.13 1.15 1.73 1.35
O4 0.18 1.03 0.20 0.25 0.56 0.86 0.64 1.17 0.88 0.34 1.07 0.78 0.93 0.48 0.27 0.18 0.25 0.67 0.87 0.90 1.12 0.91
O4' 0.28 0.74 0.27 0.30 0.59 0.33 0.78 0.31 0.86 0.77 0.81 0.63 0.99 0.91 0.51 0.42 0.44 0.25 0.38 0.32 0.68 0.38
O5' 0.40 0.89 0.46 0.21 0.55 0.10 0.44 0.18 0.50 0.49 0.71 0.86 0.44 0.47 0.42 0.53 0.03 0.23 0.40 0.34 0.58 0.32
OP1 0.18 0.85 0.10 0.18 0.38 0.36 0.40 0.54 0.45 0.66 0.66 0.75 0.48 0.64 0.30 0.17 0.01 0.32 0.61 0.78 0.59 0.51
OP2 0.15 1.26 0.32 0.03 0.58 0.34 0.44 0.66 0.64 0.53 1.00 1.12 0.56 0.50 0.24 0.36 0.01 0.17 0.53 0.78 0.73 0.64
P 0.09 0.90 0.20 0.02 0.39 0.16 0.24 0.31 0.37 0.44 0.67 0.83 0.31 0.39 0.13 0.24 0.01 0.07 0.32 0.37 0.39 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.28 0.22 0.12
C2 0.05 0.00 0.23 0.55 0.02 0.43 0.04 0.67 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.21 0.59 0.26 0.96 1.66 0.88 1.10
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.14 0.16 0.24 0.07 0.10 0.03 0.01 0.02 0.01 0.16 0.25 0.30 0.05
C3' 0.01 0.55 0.00 0.00 0.24 0.00 0.11 0.01 0.19 0.36 0.39 0.56 0.14 0.27 0.07 0.02 0.01 0.01 0.29 0.12 0.36 0.18
C4 0.03 0.02 0.10 0.24 0.00 0.19 0.00 0.28 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.24 0.14 0.40 0.77 0.56 0.41
C4' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.19 0.00 0.07 0.01 0.15 0.27 0.30 0.42 0.09 0.19 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.40 0.16 0.17
C5 0.01 0.04 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.06 0.23 0.58 0.81 0.38
C5' 0.04 0.67 0.02 0.01 0.28 0.01 0.13 0.00 0.25 0.44 0.49 0.63 0.17 0.33 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.30 0.30 0.03
C6 0.03 0.03 0.09 0.19 0.02 0.15 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.22 0.11 0.39 0.96 0.80 0.51
C8 0.03 0.03 0.14 0.36 0.01 0.27 0.01 0.44 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.35 0.15 0.63 0.43 1.16 0.82
N1 0.05 0.00 0.16 0.39 0.02 0.30 0.02 0.49 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.18 0.42 0.19 0.73 1.46 0.79 0.86
N3 0.05 0.01 0.24 0.56 0.01 0.42 0.02 0.63 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.57 0.26 0.88 1.38 0.76 0.94
N6 0.02 0.03 0.07 0.14 0.02 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.18 0.07 0.29 0.85 0.98 0.52
N7 0.02 0.03 0.10 0.27 0.01 0.19 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.29 0.07 0.50 0.36 1.24 0.76
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.15 0.19 0.56 0.23
O2' 0.01 0.21 0.01 0.02 0.09 0.03 0.05 0.04 0.10 0.10 0.18 0.20 0.08 0.07 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.50 0.08 0.23
O3' 0.02 0.59 0.02 0.01 0.24 0.02 0.13 0.03 0.22 0.35 0.42 0.57 0.18 0.29 0.07 0.04 0.00 0.02 0.32 0.19 0.33 0.22
O4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.14 0.00 0.06 0.03 0.11 0.15 0.19 0.26 0.07 0.07 0.02 0.03 0.02 0.00 0.14 0.34 0.10 0.21
O5' 0.05 0.96 0.16 0.29 0.40 0.02 0.23 0.01 0.39 0.63 0.73 0.88 0.29 0.50 0.15 0.05 0.32 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.28 1.66 0.25 0.12 0.77 0.40 0.58 0.30 0.96 0.43 1.46 1.38 0.85 0.36 0.19 0.50 0.19 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.88 0.30 0.36 0.56 0.16 0.81 0.30 0.80 1.16 0.79 0.76 0.98 1.24 0.56 0.08 0.33 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 1.10 0.05 0.18 0.41 0.17 0.38 0.03 0.51 0.82 0.86 0.94 0.52 0.76 0.23 0.23 0.22 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00