ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55180

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, -0.003, 0.010, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.001, 0.017, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.017
O2 A 0, -0.008, 0.029, 0.066, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.029 std_dev=0.037
O4' A 0, -0.003, 0.091, 0.186, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.091 std_dev=0.094
O4 A 0, -0.038, 0.070, 0.178, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.070 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.001, 0.113, 0.226, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.113 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.027, 0.336, 0.644, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.336 std_dev=0.309
C4' A 0, -0.054, 0.258, 0.569, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.258 std_dev=0.311
C2' B 0, 0.036, 0.476, 0.916, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.476 std_dev=0.440
O2' A 0, -0.073, 0.376, 0.825, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.376 std_dev=0.449
C3' A 0, -0.158, 0.339, 0.836, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.339 std_dev=0.497
C5' A 0, -0.139, 0.363, 0.865, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.363 std_dev=0.502
O2' B 0, 0.107, 0.661, 1.215, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.661 std_dev=0.554
P A 0, -0.170, 0.560, 1.289, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.560 std_dev=0.730
OP1 A 0, -0.051, 0.838, 1.727, 2.110 max_d=2.110 avg_d=0.838 std_dev=0.889
C3' B 0, -0.186, 0.737, 1.660, 2.571 max_d=2.571 avg_d=0.737 std_dev=0.923
O3' A 0, -0.308, 0.667, 1.641, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.667 std_dev=0.974
OP2 A 0, -0.364, 0.768, 1.900, 3.252 max_d=3.252 avg_d=0.768 std_dev=1.132
C1' B 0, -0.179, 1.041, 2.262, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.041 std_dev=1.221
O3' B 0, -0.400, 1.044, 2.488, 3.994 max_d=3.994 avg_d=1.044 std_dev=1.444
O5' B 0, -0.014, 1.616, 3.247, 4.406 max_d=4.406 avg_d=1.616 std_dev=1.630
C4' B 0, -0.146, 1.496, 3.138, 4.904 max_d=4.904 avg_d=1.496 std_dev=1.642
O4' B 0, -0.258, 1.497, 3.252, 5.226 max_d=5.226 avg_d=1.497 std_dev=1.755
N9 B 0, -0.394, 1.450, 3.294, 5.440 max_d=5.440 avg_d=1.450 std_dev=1.844
OP2 B 0, 0.025, 1.938, 3.851, 5.038 max_d=5.038 avg_d=1.938 std_dev=1.913
C5' B 0, 0.098, 2.139, 4.180, 6.112 max_d=6.112 avg_d=2.139 std_dev=2.041
P B 0, -0.090, 1.963, 4.017, 5.293 max_d=5.293 avg_d=1.963 std_dev=2.053
C4 B 0, -0.667, 1.688, 4.043, 6.853 max_d=6.853 avg_d=1.688 std_dev=2.355
OP1 B 0, -0.064, 2.309, 4.682, 6.197 max_d=6.197 avg_d=2.309 std_dev=2.373
C8 B 0, -0.527, 1.882, 4.291, 7.058 max_d=7.058 avg_d=1.882 std_dev=2.409
N3 B 0, -0.925, 1.680, 4.285, 7.455 max_d=7.455 avg_d=1.680 std_dev=2.605
C5 B 0, -0.836, 2.134, 5.104, 8.610 max_d=8.610 avg_d=2.134 std_dev=2.970
N7 B 0, -0.778, 2.291, 5.360, 8.917 max_d=8.917 avg_d=2.291 std_dev=3.069
C2 B 0, -1.282, 2.042, 5.366, 9.428 max_d=9.428 avg_d=2.042 std_dev=3.324
C6 B 0, -1.170, 2.462, 6.094, 10.435 max_d=10.435 avg_d=2.462 std_dev=3.632
N1 B 0, -1.384, 2.388, 6.159, 10.740 max_d=10.740 avg_d=2.388 std_dev=3.771
N6 B 0, -1.363, 2.898, 7.159, 12.213 max_d=12.213 avg_d=2.898 std_dev=4.261

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.26 0.02 0.01 0.34 0.39 0.23 0.31
C2 0.02 0.00 0.04 0.17 0.01 0.09 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.14 0.01 0.05 0.31 0.46 0.08 0.28
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.22 0.05 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.48 0.44 0.56 0.52
C3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.34 0.01 0.34 0.03 0.28 0.18 0.26 0.06 0.02 0.01 0.40 0.02 0.06 0.04 0.28 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.34 0.00 0.21 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.19 0.01 0.05 0.20 0.47 0.49 0.19
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.21 0.00 0.23 0.01 0.20 0.12 0.15 0.02 0.23 0.04 0.25 0.01 0.02 0.12 0.26 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.34 0.00 0.23 0.00 0.50 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.22 0.01 0.05 0.17 0.47 0.54 0.24
C5' 0.14 0.30 0.22 0.03 0.48 0.01 0.50 0.00 0.44 0.30 0.39 0.22 0.05 0.16 0.52 0.05 0.02 0.26 0.31 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.28 0.01 0.20 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.14 0.02 0.04 0.21 0.46 0.31 0.26
N1 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01 0.12 0.01 0.30 0.01 0.00 0.02 0.01 0.18 0.10 0.01 0.03 0.30 0.44 0.08 0.28
N3 0.02 0.00 0.03 0.26 0.00 0.15 0.01 0.39 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.10 0.01 0.06 0.27 0.47 0.27 0.23
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.02 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.00 0.31 0.27 0.01 0.05 0.35 0.45 0.11 0.33
O2' 0.01 0.28 0.01 0.02 0.28 0.23 0.22 0.05 0.17 0.18 0.31 0.31 0.00 0.05 0.29 0.19 0.34 0.27 0.60 0.44
O3' 0.26 0.14 0.02 0.01 0.19 0.04 0.22 0.16 0.14 0.10 0.10 0.27 0.05 0.00 0.27 0.21 0.27 0.39 0.04 0.19
O4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.01 0.25 0.01 0.52 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.27 0.00 0.05 0.19 0.43 0.64 0.16
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.19 0.21 0.05 0.00 0.21 0.40 0.15 0.27
O5' 0.34 0.31 0.48 0.06 0.20 0.02 0.17 0.02 0.21 0.30 0.27 0.35 0.34 0.27 0.19 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.39 0.46 0.44 0.04 0.47 0.12 0.47 0.26 0.46 0.44 0.47 0.45 0.27 0.39 0.43 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.08 0.56 0.28 0.49 0.26 0.54 0.31 0.31 0.08 0.27 0.11 0.60 0.04 0.64 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.28 0.52 0.12 0.19 0.03 0.24 0.03 0.26 0.28 0.23 0.33 0.44 0.19 0.16 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.73 2.53 0.27 0.53 1.98 0.44 2.32 0.82 2.73 1.57 2.84 2.05 2.86 2.04 1.44 0.44 1.12 0.57 0.68 0.68 0.88 0.85
C2 0.68 2.82 0.33 0.55 1.88 0.66 1.96 1.14 2.42 1.10 2.84 2.31 2.40 1.48 1.24 0.54 1.12 0.67 0.99 1.10 1.23 1.21
C2' 0.67 2.43 0.28 0.55 1.91 0.49 2.33 0.82 2.78 1.60 2.82 1.92 3.02 2.12 1.40 0.52 1.17 0.42 0.58 0.50 0.75 0.71
C3' 0.45 2.09 0.14 0.81 1.71 0.69 2.28 0.93 2.72 1.61 2.61 1.58 3.10 2.19 1.25 0.39 1.40 0.11 0.45 0.43 0.54 0.49
C4 0.45 2.16 0.29 0.56 1.30 0.83 1.14 1.37 1.49 0.43 1.96 1.88 1.36 0.64 0.73 0.58 1.04 0.60 1.13 1.27 1.29 1.34
C4' 0.67 1.83 0.27 0.57 1.73 0.36 2.29 0.52 2.56 1.83 2.31 1.45 2.89 2.32 1.41 0.45 1.09 0.35 0.18 0.26 0.37 0.27
C5 0.37 1.82 0.24 0.61 1.17 0.83 1.05 1.32 1.33 0.44 1.67 1.62 1.25 0.64 0.67 0.60 1.10 0.51 0.97 0.99 1.02 1.10
C5' 0.49 1.14 0.42 0.76 1.19 0.65 1.68 0.71 1.83 1.48 1.55 0.87 2.15 1.82 1.04 0.50 1.16 0.31 0.38 0.59 0.55 0.42
C6 0.48 1.99 0.25 0.63 1.44 0.69 1.47 1.10 1.75 0.84 1.97 1.74 1.73 1.12 0.95 0.57 1.20 0.44 0.79 0.78 0.87 0.91
N1 0.64 2.51 0.29 0.58 1.80 0.60 1.94 1.03 2.32 1.17 2.58 2.10 2.33 1.55 1.23 0.52 1.17 0.55 0.83 0.85 1.00 0.99
N3 0.59 2.62 0.33 0.55 1.64 0.76 1.58 1.29 2.01 0.75 2.50 2.20 1.91 1.05 1.01 0.57 1.08 0.66 1.11 1.27 1.34 1.35
O2 0.76 3.07 0.34 0.53 2.04 0.62 2.21 1.11 2.76 1.30 3.20 2.44 2.79 1.74 1.38 0.51 1.11 0.74 1.01 1.14 1.29 1.26
O2' 0.63 2.48 0.23 0.56 1.88 0.38 2.34 0.66 2.85 1.60 2.93 1.90 3.14 2.13 1.37 0.46 1.21 0.38 0.47 0.45 0.77 0.66
O3' 0.63 2.46 0.23 0.74 2.03 0.55 2.73 0.75 3.29 1.95 3.13 1.85 3.79 2.65 1.52 0.41 1.33 0.27 0.28 0.34 0.39 0.30
O4 0.39 2.00 0.26 0.53 1.10 0.89 0.84 1.45 1.19 0.25 1.73 1.75 1.01 0.32 0.54 0.55 0.95 0.66 1.24 1.46 1.42 1.49
O4' 0.76 2.12 0.26 0.47 1.91 0.29 2.31 0.59 2.57 1.73 2.46 1.77 2.72 2.16 1.49 0.38 1.02 0.56 0.54 0.51 0.72 0.67
O5' 0.10 1.11 0.22 0.98 0.91 1.03 1.30 1.11 1.54 0.91 1.43 0.79 1.80 1.28 0.62 0.25 1.52 0.45 0.54 0.69 0.57 0.54
OP1 0.85 0.90 0.70 1.03 0.74 1.31 0.73 1.28 0.83 0.52 0.87 0.92 0.94 0.66 0.64 0.78 1.23 1.07 0.72 0.94 0.67 0.71
OP2 0.99 0.31 0.97 1.81 0.13 2.18 0.35 2.38 0.65 0.15 0.57 0.29 0.97 0.35 0.39 0.38 1.98 1.62 1.84 2.04 1.84 1.88
P 0.83 0.42 0.80 1.57 0.24 1.79 0.42 1.82 0.65 0.08 0.59 0.36 0.90 0.39 0.29 0.37 1.96 1.30 1.23 1.32 1.10 1.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.00 0.04 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.07 0.12 0.08 0.03 0.00 0.01 0.30 0.01 0.15 0.11 0.37 0.15
C2 0.11 0.00 0.32 0.16 0.01 0.20 0.03 0.39 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.59 0.04 0.30 0.66 0.70 1.60 1.01
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.17 0.02 0.07 0.15 0.14 0.17 0.25 0.32 0.10 0.10 0.02 0.00 0.09 0.03 0.38 0.30 0.54 0.34
C3' 0.04 0.16 0.01 0.00 0.09 0.01 0.07 0.05 0.10 0.09 0.13 0.15 0.10 0.08 0.04 0.01 0.01 0.02 0.36 0.38 0.42 0.33
C4 0.05 0.01 0.17 0.09 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.25 0.17 0.16 0.27 0.19 0.87 0.40
C4' 0.03 0.20 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.06 0.19 0.14 0.21 0.08 0.15 0.02 0.10 0.06 0.01 0.03 0.11 0.14 0.05
C5 0.01 0.03 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.15 0.03 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.14 0.28 0.05 0.19 0.46 0.52 0.07
C5' 0.07 0.39 0.15 0.05 0.15 0.01 0.15 0.00 0.12 0.49 0.24 0.40 0.15 0.44 0.16 0.09 0.13 0.04 0.01 0.28 0.26 0.02
C6 0.01 0.00 0.14 0.10 0.00 0.06 0.03 0.12 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.21 0.23 0.12 0.17 0.30 0.78 0.21
C8 0.06 0.05 0.17 0.09 0.02 0.19 0.05 0.49 0.09 0.00 0.06 0.03 0.17 0.01 0.01 0.36 0.41 0.24 0.66 1.06 0.35 0.67
N1 0.07 0.01 0.25 0.13 0.01 0.14 0.02 0.24 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.42 0.07 0.22 0.41 0.34 1.27 0.66
N3 0.12 0.01 0.32 0.15 0.01 0.21 0.01 0.40 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.60 0.03 0.31 0.68 0.70 1.50 0.99
N6 0.08 0.01 0.10 0.10 0.04 0.08 0.07 0.15 0.01 0.17 0.03 0.01 0.00 0.18 0.09 0.20 0.36 0.12 0.18 0.55 0.57 0.07
N7 0.03 0.04 0.10 0.08 0.02 0.15 0.02 0.44 0.08 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.02 0.28 0.38 0.16 0.60 1.08 0.25 0.62
N9 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.16 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.10 0.28 0.01 0.19 0.34 0.40 0.08
O2' 0.01 0.59 0.00 0.01 0.25 0.10 0.14 0.09 0.21 0.36 0.42 0.60 0.20 0.28 0.10 0.00 0.15 0.04 0.41 0.36 0.63 0.39
O3' 0.30 0.04 0.09 0.01 0.17 0.06 0.28 0.13 0.23 0.41 0.07 0.03 0.36 0.38 0.28 0.15 0.00 0.17 0.24 0.31 0.47 0.27
O4' 0.01 0.30 0.03 0.02 0.16 0.01 0.05 0.04 0.12 0.24 0.22 0.31 0.12 0.16 0.01 0.04 0.17 0.00 0.12 0.15 0.19 0.05
O5' 0.15 0.66 0.38 0.36 0.27 0.03 0.19 0.01 0.17 0.66 0.41 0.68 0.18 0.60 0.19 0.41 0.24 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.11 0.70 0.30 0.38 0.19 0.11 0.46 0.28 0.30 1.06 0.34 0.70 0.55 1.08 0.34 0.36 0.31 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 1.60 0.54 0.42 0.87 0.14 0.52 0.26 0.78 0.35 1.27 1.50 0.57 0.25 0.40 0.63 0.47 0.19 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.15 1.01 0.34 0.33 0.40 0.05 0.07 0.02 0.21 0.67 0.66 0.99 0.07 0.62 0.08 0.39 0.27 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00