ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55181

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.025, 0.050, 0.075, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.050 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.027, 0.058, 0.088, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.058 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.027, 0.059, 0.091, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.059 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.028, 0.065, 0.102, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.065 std_dev=0.037
C2' B 0, 0.326, 0.783, 1.241, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.783 std_dev=0.458
O2' B 0, 0.472, 1.006, 1.539, 1.573 max_d=1.573 avg_d=1.006 std_dev=0.534
O4' A 0, 0.413, 0.999, 1.585, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.999 std_dev=0.586
C2' A 0, 0.455, 1.065, 1.675, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.065 std_dev=0.610
C3' B 0, 0.092, 0.766, 1.441, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.766 std_dev=0.674
C4' A 0, 0.739, 1.587, 2.434, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.587 std_dev=0.847
C3' A 0, 1.088, 2.219, 3.351, 3.054 max_d=3.054 avg_d=2.219 std_dev=1.132
O2' A 0, 1.156, 2.351, 3.545, 3.204 max_d=3.204 avg_d=2.351 std_dev=1.195
C4' B 0, 0.681, 1.977, 3.273, 3.451 max_d=3.451 avg_d=1.977 std_dev=1.296
C1' B 0, 0.218, 1.574, 2.930, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.574 std_dev=1.356
O3' B 0, 0.423, 1.848, 3.273, 3.670 max_d=3.670 avg_d=1.848 std_dev=1.425
O4' B 0, 0.534, 2.131, 3.728, 4.038 max_d=4.038 avg_d=2.131 std_dev=1.597
C5' A 0, 1.412, 3.053, 4.694, 4.567 max_d=4.567 avg_d=3.053 std_dev=1.641
C5' B 0, 1.161, 2.867, 4.572, 4.760 max_d=4.760 avg_d=2.867 std_dev=1.705
O5' A 0, 1.666, 3.389, 5.112, 4.610 max_d=4.610 avg_d=3.389 std_dev=1.723
OP1 A 0, 0.729, 2.487, 4.245, 4.557 max_d=4.557 avg_d=2.487 std_dev=1.758
O3' A 0, 1.767, 3.538, 5.309, 4.527 max_d=4.527 avg_d=3.538 std_dev=1.771
O5' B 0, 2.010, 4.039, 6.069, 5.294 max_d=5.294 avg_d=4.039 std_dev=2.029
C8 B 0, 1.036, 3.080, 5.125, 5.500 max_d=5.500 avg_d=3.080 std_dev=2.045
P A 0, 1.906, 4.065, 6.225, 5.916 max_d=5.916 avg_d=4.065 std_dev=2.159
N9 B 0, -0.298, 2.094, 4.485, 5.085 max_d=5.085 avg_d=2.094 std_dev=2.392
P B 0, 2.819, 5.641, 8.463, 7.179 max_d=7.179 avg_d=5.641 std_dev=2.822
OP2 B 0, 2.691, 5.535, 8.379, 7.686 max_d=7.686 avg_d=5.535 std_dev=2.844
N3 B 0, 2.105, 4.964, 7.824, 7.915 max_d=7.915 avg_d=4.964 std_dev=2.859
OP2 A 0, 2.773, 5.634, 8.495, 7.657 max_d=7.657 avg_d=5.634 std_dev=2.861
C4 B 0, 0.695, 3.696, 6.696, 7.275 max_d=7.275 avg_d=3.696 std_dev=3.001
N7 B 0, 0.757, 3.937, 7.117, 7.861 max_d=7.861 avg_d=3.937 std_dev=3.180
OP1 B 0, 3.444, 6.910, 10.375, 8.943 max_d=8.943 avg_d=6.910 std_dev=3.465
C2 B 0, 2.670, 6.428, 10.186, 10.390 max_d=10.390 avg_d=6.428 std_dev=3.758
C5 B 0, -0.349, 3.826, 8.001, 8.971 max_d=8.971 avg_d=3.826 std_dev=4.175
N1 B 0, 2.074, 6.752, 11.429, 12.193 max_d=12.193 avg_d=6.752 std_dev=4.678
C6 B 0, 0.472, 5.462, 10.452, 11.516 max_d=11.516 avg_d=5.462 std_dev=4.990
N6 B 0, -0.367, 5.834, 12.034, 13.460 max_d=13.460 avg_d=5.834 std_dev=6.201

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.13 0.04 0.00 0.17 0.13 0.29 0.21
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.04 0.16 0.04 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.09 0.06 0.15 0.35 0.25 0.55 0.37
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.12 0.01 0.05 0.14 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.21 0.37 0.22
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.22 0.01 0.24 0.03 0.21 0.14 0.18 0.07 0.02 0.01 0.24 0.02 0.11 0.42 0.22 0.17
C4 0.02 0.04 0.02 0.22 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.02 0.02 0.06 0.20 0.15 0.02 0.03 0.42 0.27 0.81 0.51
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.14 0.00 0.13 0.01 0.11 0.08 0.17 0.23 0.14 0.02 0.16 0.00 0.04 0.20 0.14 0.07
C5 0.02 0.04 0.09 0.24 0.01 0.13 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.05 0.24 0.22 0.01 0.13 0.39 0.33 0.74 0.51
C5' 0.05 0.27 0.10 0.03 0.26 0.01 0.22 0.00 0.21 0.14 0.30 0.35 0.10 0.07 0.29 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.17 0.02 0.16 0.37 0.30 0.60 0.47
N1 0.01 0.01 0.01 0.14 0.02 0.08 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04 0.04 0.01 0.27 0.18 0.46 0.33
N3 0.01 0.01 0.05 0.18 0.02 0.17 0.01 0.30 0.02 0.01 0.00 0.05 0.23 0.07 0.05 0.10 0.42 0.26 0.72 0.46
O2 0.04 0.01 0.14 0.07 0.06 0.23 0.05 0.35 0.02 0.02 0.05 0.00 0.36 0.19 0.09 0.27 0.35 0.32 0.47 0.33
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.20 0.14 0.24 0.10 0.23 0.11 0.23 0.36 0.00 0.04 0.22 0.13 0.13 0.29 0.41 0.24
O3' 0.13 0.09 0.02 0.01 0.15 0.02 0.22 0.07 0.17 0.04 0.07 0.19 0.04 0.00 0.18 0.10 0.17 0.70 0.24 0.35
O4 0.04 0.06 0.03 0.24 0.02 0.16 0.01 0.29 0.02 0.04 0.05 0.09 0.22 0.18 0.00 0.04 0.45 0.28 0.91 0.55
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.03 0.00 0.13 0.02 0.16 0.01 0.10 0.27 0.13 0.10 0.04 0.00 0.18 0.06 0.17 0.14
O5' 0.17 0.35 0.16 0.11 0.42 0.04 0.39 0.01 0.37 0.27 0.42 0.35 0.13 0.17 0.45 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.25 0.21 0.42 0.27 0.20 0.33 0.09 0.30 0.18 0.26 0.32 0.29 0.70 0.28 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.29 0.55 0.37 0.22 0.81 0.14 0.74 0.17 0.60 0.46 0.72 0.47 0.41 0.24 0.91 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.37 0.22 0.17 0.51 0.07 0.51 0.01 0.47 0.33 0.46 0.33 0.24 0.35 0.55 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.30 1.54 0.10 0.23 1.77 0.42 2.20 0.41 2.17 2.39 1.85 1.41 2.43 2.56 1.82 0.52 0.80 1.39 0.72 1.00 0.73 0.85
C2 1.30 2.34 0.20 0.36 2.38 0.09 3.05 0.24 3.23 2.87 2.86 1.99 3.66 3.38 2.17 0.44 0.98 1.16 0.53 0.77 0.78 0.64
C2' 1.37 1.11 0.20 0.12 1.52 0.74 1.86 0.75 1.73 2.25 1.37 1.08 1.93 2.26 1.72 0.47 0.44 1.55 0.95 1.29 0.94 1.08
C3' 1.10 0.63 0.13 0.05 1.01 0.78 1.27 0.83 1.11 1.72 0.80 0.63 1.27 1.67 1.27 0.67 0.48 1.42 0.98 1.27 1.17 1.21
C4 1.15 2.92 0.25 0.48 2.71 0.30 3.44 0.47 3.81 2.71 3.51 2.43 4.24 3.47 2.19 0.36 1.16 0.87 0.33 0.60 0.94 0.40
C4' 0.77 0.62 0.49 0.54 0.81 0.37 1.05 0.39 0.97 1.35 0.76 0.56 1.13 1.37 0.96 0.99 1.07 1.12 0.70 0.97 0.86 0.98
C5 1.16 2.63 0.22 0.49 2.51 0.22 3.03 0.36 3.26 2.44 3.05 2.27 3.51 3.00 2.07 0.41 1.21 0.99 0.31 0.59 0.78 0.36
C5' 0.30 0.36 1.03 1.04 0.18 0.26 0.31 0.14 0.33 0.54 0.37 0.22 0.41 0.50 0.30 1.47 1.59 0.71 0.59 0.60 0.62 0.79
C6 1.25 2.13 0.15 0.43 2.19 0.06 2.61 0.18 2.71 2.39 2.47 1.89 2.92 2.73 1.98 0.49 1.15 1.22 0.46 0.65 0.64 0.50
N1 1.30 2.02 0.15 0.35 2.15 0.18 2.66 0.23 2.74 2.61 2.42 1.79 3.04 2.95 2.02 0.49 1.00 1.27 0.58 0.80 0.69 0.67
N3 1.25 2.74 0.25 0.41 2.64 0.16 3.40 0.35 3.71 2.92 3.35 2.28 4.21 3.62 2.25 0.37 1.06 1.00 0.42 0.66 0.87 0.50
O2 1.33 2.26 0.21 0.29 2.33 0.15 3.03 0.24 3.20 2.93 2.79 1.91 3.68 3.43 2.17 0.42 0.87 1.19 0.58 0.87 0.79 0.71
O2' 1.75 1.30 0.69 0.58 1.87 0.98 2.29 0.95 2.11 2.83 1.64 1.29 2.35 2.82 2.17 0.25 0.44 1.72 1.15 1.64 1.12 1.30
O3' 1.31 0.65 0.19 0.29 1.18 0.96 1.50 1.08 1.29 2.06 0.87 0.70 1.49 2.01 1.51 0.36 0.19 1.57 1.28 1.65 1.62 1.64
O4 1.04 3.25 0.29 0.51 2.84 0.46 3.65 0.64 4.20 2.61 3.94 2.63 4.75 3.53 2.15 0.31 1.17 0.68 0.30 0.61 1.11 0.39
O4' 0.92 1.16 0.35 0.61 1.29 0.20 1.62 0.20 1.63 1.75 1.39 1.02 1.84 1.90 1.31 0.88 1.23 1.14 0.63 0.81 0.73 0.85
O5' 0.35 0.29 1.04 1.16 0.23 0.44 0.34 0.28 0.41 0.39 0.39 0.17 0.49 0.40 0.28 1.49 1.82 0.70 0.45 0.26 0.37 0.54
OP1 0.79 0.31 1.67 1.94 0.59 0.88 0.66 0.77 0.53 0.93 0.38 0.40 0.57 0.85 0.78 1.92 2.42 0.33 1.40 0.78 0.94 1.31
OP2 1.22 1.57 2.20 1.94 1.51 0.77 1.59 0.42 1.66 1.39 1.66 1.49 1.71 1.51 1.40 2.47 2.24 0.48 1.00 0.59 0.27 0.78
P 0.81 0.61 1.78 1.85 0.70 0.78 0.72 0.50 0.70 0.80 0.65 0.63 0.72 0.77 0.78 2.11 2.43 0.35 0.92 0.36 0.36 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.08 0.09 0.03 0.03 0.01 0.03 0.32 0.00 0.08 0.13 0.22 0.10
C2 0.08 0.00 0.24 0.27 0.01 0.49 0.02 0.98 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.22 0.25 0.40 1.14 1.45 1.16 1.42
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.11 0.01 0.04 0.15 0.09 0.14 0.18 0.25 0.06 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.32 0.22 0.30 0.32
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.08 0.01 0.26 0.03 0.18 0.53 0.13 0.30 0.28 0.50 0.22 0.03 0.01 0.02 0.18 0.17 0.19 0.17
C4 0.04 0.01 0.11 0.08 0.00 0.18 0.00 0.36 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.22 0.15 0.22 0.27 0.38 0.15 0.33
C4' 0.01 0.49 0.01 0.01 0.18 0.00 0.05 0.01 0.11 0.44 0.32 0.49 0.06 0.34 0.09 0.31 0.01 0.00 0.04 0.12 0.08 0.04
C5 0.02 0.02 0.04 0.26 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.10 0.27 0.58 0.50 0.34
C5' 0.02 0.98 0.15 0.03 0.36 0.01 0.11 0.00 0.28 0.72 0.69 0.93 0.17 0.56 0.12 0.14 0.22 0.01 0.01 0.27 0.13 0.02
C6 0.04 0.02 0.09 0.18 0.02 0.11 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.30 0.12 0.18 0.15 0.45 0.19 0.24
C8 0.04 0.01 0.14 0.53 0.01 0.44 0.01 0.72 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.12 0.24 1.15 1.49 1.45 1.33
N1 0.08 0.00 0.18 0.13 0.02 0.32 0.01 0.69 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.25 0.17 0.30 0.70 0.94 0.66 0.91
N3 0.09 0.01 0.25 0.30 0.01 0.49 0.02 0.93 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.19 0.28 0.40 1.08 1.26 1.01 1.26
N6 0.03 0.02 0.06 0.28 0.02 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.35 0.15 0.13 0.26 0.67 0.51 0.36
N7 0.03 0.03 0.10 0.50 0.01 0.34 0.01 0.56 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.35 0.16 0.13 1.00 1.48 1.36 1.22
N9 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.10 0.01 0.33 0.49 0.53 0.39
O2' 0.03 0.22 0.00 0.03 0.22 0.31 0.30 0.14 0.30 0.32 0.25 0.19 0.35 0.35 0.21 0.00 0.02 0.22 0.21 0.14 0.20 0.24
O3' 0.32 0.25 0.03 0.01 0.15 0.01 0.09 0.22 0.12 0.12 0.17 0.28 0.15 0.16 0.10 0.02 0.00 0.19 0.29 0.39 0.18 0.36
O4' 0.00 0.40 0.02 0.02 0.22 0.00 0.10 0.01 0.18 0.24 0.30 0.40 0.13 0.13 0.01 0.22 0.19 0.00 0.17 0.10 0.36 0.18
O5' 0.08 1.14 0.32 0.18 0.27 0.04 0.27 0.01 0.15 1.15 0.70 1.08 0.26 1.00 0.33 0.21 0.29 0.17 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.13 1.45 0.22 0.17 0.38 0.12 0.58 0.27 0.45 1.49 0.94 1.26 0.67 1.48 0.49 0.14 0.39 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 1.16 0.30 0.19 0.15 0.08 0.50 0.13 0.19 1.45 0.66 1.01 0.51 1.36 0.53 0.20 0.18 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.10 1.42 0.32 0.17 0.33 0.04 0.34 0.02 0.24 1.33 0.91 1.26 0.36 1.22 0.39 0.24 0.36 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00