ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55182

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.009, 0.026, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.041, 0.065, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.041 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.025, 0.061, 0.098, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.061 std_dev=0.036
C3' B 0, 0.095, 0.225, 0.356, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.225 std_dev=0.130
C4' B 0, 0.133, 0.314, 0.496, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.314 std_dev=0.182
O3' B 0, 0.105, 0.318, 0.531, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.318 std_dev=0.213
OP2 A 0, 0.150, 0.387, 0.624, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.387 std_dev=0.237
P A 0, 0.130, 0.401, 0.672, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.401 std_dev=0.271
OP1 A 0, 0.205, 0.505, 0.804, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.505 std_dev=0.300
O4' A 0, 0.046, 0.363, 0.680, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.363 std_dev=0.317
C2' B 0, 0.140, 0.509, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.509 std_dev=0.369
C2' A 0, 0.077, 0.450, 0.823, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.450 std_dev=0.373
O5' A 0, 0.106, 0.570, 1.033, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.570 std_dev=0.463
C5' A 0, 0.143, 0.697, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.697 std_dev=0.554
C5' B 0, 0.201, 0.794, 1.386, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.794 std_dev=0.593
C4' A 0, 0.086, 0.697, 1.308, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.697 std_dev=0.611
O2' B 0, 0.114, 0.817, 1.520, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.817 std_dev=0.703
O2' A 0, 0.101, 0.877, 1.653, 1.656 max_d=1.656 avg_d=0.877 std_dev=0.776
C3' A 0, 0.110, 0.897, 1.685, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.897 std_dev=0.787
O4' B 0, 0.208, 1.141, 2.074, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.141 std_dev=0.933
O5' B 0, 0.218, 1.418, 2.618, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.418 std_dev=1.200
C1' B 0, 0.177, 1.530, 2.884, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.530 std_dev=1.354
O3' A 0, 0.154, 1.595, 3.037, 3.042 max_d=3.042 avg_d=1.595 std_dev=1.441
P B 0, 0.216, 1.963, 3.709, 3.713 max_d=3.713 avg_d=1.963 std_dev=1.747
OP2 B 0, 0.257, 2.456, 4.654, 4.653 max_d=4.653 avg_d=2.456 std_dev=2.198
N9 B 0, 0.201, 2.487, 4.773, 4.792 max_d=4.792 avg_d=2.487 std_dev=2.286
OP1 B 0, 0.145, 2.653, 5.162, 5.167 max_d=5.167 avg_d=2.653 std_dev=2.509
C8 B 0, 0.235, 2.904, 5.573, 5.586 max_d=5.586 avg_d=2.904 std_dev=2.669
C4 B 0, 0.191, 3.534, 6.877, 6.899 max_d=6.899 avg_d=3.534 std_dev=3.343
N7 B 0, 0.257, 3.985, 7.713, 7.731 max_d=7.731 avg_d=3.985 std_dev=3.728
N3 B 0, 0.166, 4.011, 7.856, 7.879 max_d=7.879 avg_d=4.011 std_dev=3.845
C5 B 0, 0.220, 4.299, 8.379, 8.399 max_d=8.399 avg_d=4.299 std_dev=4.079
C2 B 0, 0.180, 5.109, 10.038, 10.062 max_d=10.062 avg_d=5.109 std_dev=4.929
C6 B 0, 0.207, 5.423, 10.640, 10.662 max_d=10.662 avg_d=5.423 std_dev=5.217
N1 B 0, 0.177, 5.756, 11.336, 11.360 max_d=11.360 avg_d=5.756 std_dev=5.580
N6 B 0, 0.219, 6.302, 12.386, 12.409 max_d=12.409 avg_d=6.302 std_dev=6.083

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.32 0.02 0.01 0.24 0.12 0.15 0.11
C2 0.02 0.00 0.15 0.25 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.13 0.02 0.04 0.12 0.02 0.05 0.02
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.22 0.07 0.03 0.12 0.23 0.00 0.01 0.06 0.01 0.42 0.38 0.40 0.35
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.43 0.00 0.45 0.01 0.39 0.26 0.34 0.13 0.03 0.01 0.46 0.02 0.11 0.03 0.22 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.43 0.00 0.16 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.07
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.16 0.00 0.20 0.00 0.18 0.10 0.10 0.01 0.34 0.02 0.17 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04
C5 0.02 0.02 0.04 0.45 0.00 0.20 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.34 0.31 0.01 0.06 0.02 0.08 0.10 0.07
C5' 0.08 0.01 0.22 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.10 0.21 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.39 0.01 0.18 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.22 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01
N1 0.01 0.00 0.03 0.26 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.04 0.01 0.02 0.14 0.04 0.07 0.04
N3 0.02 0.00 0.12 0.34 0.01 0.10 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03
O2 0.02 0.00 0.23 0.13 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.34 0.02 0.07 0.16 0.06 0.06 0.05
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.35 0.34 0.34 0.10 0.28 0.20 0.29 0.09 0.00 0.01 0.37 0.24 0.27 0.20 0.46 0.24
O3' 0.32 0.13 0.01 0.01 0.21 0.02 0.31 0.21 0.22 0.04 0.02 0.34 0.01 0.00 0.26 0.23 0.37 0.31 0.46 0.37
O4 0.02 0.02 0.06 0.46 0.00 0.17 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.26 0.00 0.01 0.03 0.11 0.16 0.09
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.03 0.07 0.24 0.23 0.01 0.00 0.12 0.03 0.02 0.01
O5' 0.24 0.12 0.42 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.14 0.07 0.16 0.27 0.37 0.03 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.12 0.02 0.38 0.03 0.07 0.05 0.08 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.20 0.31 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.05 0.40 0.22 0.11 0.07 0.10 0.01 0.05 0.07 0.07 0.06 0.46 0.46 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.02 0.35 0.15 0.07 0.04 0.07 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.24 0.37 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.39 0.15 0.14 0.08 0.13 0.12 0.10 0.29 0.22 0.42 0.23 0.31 0.07 0.14 0.69 0.09 0.23 0.30 1.41 0.88 0.82
C2 0.07 1.55 0.04 0.15 0.84 0.13 0.79 0.31 1.15 0.04 1.51 1.24 1.10 0.30 0.32 0.60 0.09 0.03 0.56 1.88 1.27 1.19
C2' 0.15 0.51 0.03 0.07 0.30 0.08 0.43 0.19 0.59 0.15 0.62 0.34 0.68 0.34 0.12 0.54 0.11 0.04 0.05 1.12 0.55 0.51
C3' 0.49 0.04 0.26 0.31 0.10 0.29 0.05 0.15 0.18 0.16 0.17 0.11 0.28 0.02 0.24 0.61 0.25 0.40 0.29 1.43 0.84 0.83
C4 0.53 2.55 0.17 0.11 1.76 0.11 1.81 0.42 2.27 0.72 2.61 2.14 2.22 1.18 1.03 0.35 0.08 0.27 0.60 2.12 1.32 1.34
C4' 0.47 0.28 0.13 0.15 0.28 0.13 0.16 0.05 0.12 0.20 0.17 0.35 0.04 0.12 0.31 0.40 0.12 0.33 0.11 1.07 0.57 0.54
C5 0.43 1.93 0.16 0.10 1.48 0.10 1.59 0.32 1.88 0.80 2.04 1.65 1.90 1.19 0.95 0.36 0.09 0.22 0.42 1.89 0.98 1.09
C5' 0.47 0.45 0.08 0.07 0.30 0.09 0.10 0.19 0.11 0.02 0.27 0.51 0.03 0.06 0.25 0.24 0.07 0.32 0.11 0.72 0.25 0.26
C6 0.10 1.23 0.03 0.12 0.88 0.12 0.97 0.19 1.21 0.42 1.33 1.01 1.24 0.70 0.50 0.52 0.10 0.02 0.31 1.61 0.83 0.90
N1 0.06 1.07 0.07 0.14 0.60 0.13 0.62 0.21 0.88 0.05 1.09 0.84 0.88 0.30 0.21 0.64 0.10 0.09 0.41 1.65 1.01 0.98
N3 0.33 2.26 0.08 0.13 1.37 0.12 1.33 0.40 1.80 0.31 2.24 1.85 1.74 0.69 0.69 0.47 0.08 0.15 0.64 2.07 1.40 1.34
O2 0.05 1.36 0.08 0.15 0.61 0.14 0.51 0.31 0.87 0.22 1.27 1.06 0.79 0.05 0.13 0.63 0.08 0.08 0.59 1.87 1.34 1.21
O2' 0.26 0.40 0.06 0.02 0.21 0.02 0.38 0.17 0.55 0.10 0.56 0.21 0.68 0.31 0.02 0.70 0.04 0.15 0.09 1.01 0.41 0.42
O3' 0.37 0.23 0.10 0.28 0.05 0.29 0.19 0.20 0.34 0.06 0.36 0.07 0.44 0.12 0.11 0.36 0.27 0.35 0.31 1.53 0.86 0.88
O4 0.74 3.20 0.23 0.09 2.23 0.10 2.34 0.50 2.95 0.98 3.35 2.65 2.89 1.56 1.34 0.24 0.07 0.41 0.67 2.26 1.46 1.47
O4' 0.46 0.09 0.16 0.16 0.23 0.15 0.18 0.07 0.10 0.33 0.05 0.18 0.07 0.25 0.33 0.53 0.14 0.32 0.27 1.23 0.74 0.68
O5' 0.19 0.13 0.08 0.02 0.20 0.06 0.46 0.19 0.50 0.43 0.35 0.01 0.66 0.58 0.17 0.14 0.01 0.14 0.20 0.78 0.14 0.24
OP1 0.41 0.58 0.04 0.01 0.25 0.12 0.07 0.36 0.01 0.34 0.30 0.62 0.20 0.40 0.10 0.02 0.00 0.34 0.44 0.06 0.29 0.23
OP2 0.08 0.60 0.10 0.03 0.69 0.11 1.03 0.12 1.10 0.98 0.89 0.43 1.30 1.20 0.61 0.08 0.01 0.02 0.35 0.73 0.10 0.15
P 0.20 0.02 0.03 0.01 0.16 0.09 0.44 0.23 0.44 0.51 0.24 0.11 0.61 0.63 0.18 0.05 0.01 0.17 0.30 0.53 0.05 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.00 0.03 0.25 0.20 0.13
C2 0.04 0.00 0.31 0.23 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.19 0.27 0.17 0.13 0.76 0.47
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.00 0.07 0.17 0.15 0.18 0.26 0.31 0.10 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.39 0.94 0.55 0.53
C3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.27 0.00 0.37 0.01 0.38 0.34 0.33 0.18 0.43 0.39 0.24 0.02 0.01 0.02 0.08 0.78 0.25 0.32
C4 0.02 0.01 0.17 0.27 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.09 0.13 0.24 0.18 0.70 0.50
C4' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.10 0.30 0.02 0.12 0.16 0.27 0.11 0.30 0.01 0.00 0.01 0.28 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.07 0.37 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.08 0.04 0.41 0.47 0.95 0.71
C5' 0.03 0.08 0.17 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.17 0.37 0.04 0.10 0.25 0.37 0.12 0.11 0.19 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.38 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.07 0.09 0.41 0.53 1.04 0.75
C8 0.00 0.02 0.18 0.34 0.01 0.30 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.49 0.16 0.18 0.48 0.45 0.77 0.68
N1 0.02 0.00 0.26 0.33 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.19 0.31 0.36 0.95 0.64
N3 0.03 0.00 0.31 0.18 0.00 0.12 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.25 0.26 0.11 0.01 0.62 0.37
N6 0.01 0.02 0.10 0.43 0.00 0.16 0.00 0.25 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.35 0.16 0.05 0.51 0.73 1.18 0.88
N7 0.01 0.02 0.10 0.39 0.01 0.27 0.00 0.37 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.50 0.20 0.11 0.55 0.65 1.02 0.83
N9 0.01 0.02 0.01 0.24 0.01 0.11 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.05 0.01 0.23 0.11 0.54 0.43
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.14 0.30 0.32 0.11 0.26 0.49 0.09 0.11 0.35 0.50 0.23 0.00 0.01 0.23 0.28 0.93 0.65 0.48
O3' 0.30 0.19 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.19 0.07 0.16 0.05 0.25 0.16 0.20 0.05 0.01 0.00 0.19 0.10 0.61 0.15 0.17
O4' 0.00 0.27 0.02 0.02 0.13 0.00 0.04 0.01 0.09 0.18 0.19 0.26 0.05 0.11 0.01 0.23 0.19 0.00 0.11 0.06 0.40 0.35
O5' 0.03 0.17 0.39 0.08 0.24 0.01 0.41 0.00 0.41 0.48 0.31 0.11 0.51 0.55 0.23 0.28 0.10 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.13 0.94 0.78 0.18 0.28 0.47 0.05 0.53 0.45 0.36 0.01 0.73 0.65 0.11 0.93 0.61 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.76 0.55 0.25 0.70 0.06 0.95 0.01 1.04 0.77 0.95 0.62 1.18 1.02 0.54 0.65 0.15 0.40 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.47 0.53 0.32 0.50 0.01 0.71 0.01 0.75 0.68 0.64 0.37 0.88 0.83 0.43 0.48 0.17 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00